この章では、次の項目について説明します。
Sample Manager について. . . 5-2
「Show」チェックボックス. . . 5-4 Sample File Name . . . 5-5 Sample Name . . . 5-5 データプロセシングパラメータ. . . 5-6 解析パラメータ . . . 5-9 計算結果. . . . 5-15 解析パラメータの変更. . . 5-17 Sample Manager からの解析パラメータの変更 . . . 5-18 Analysis Protocol における解析パラメータの変更. . . 5-21
Sample Manager について
「 Sample Manager 」 ペイン
Sample Manager は、サンプルファイルとその現在の Analysis Settings を表示できるウィン
ドウです。設定を修正して、サンプルに適用することができます。単一のサンプル、複数のサ ンプル、またはウィンドウ内のすべてのサンプルに設定の変更を適用できます。
スプリットバー を使用して、
「Sample Manager」 ペインと
「Sample View」 ペインのサイズ を調整します。
「Sample Manager」 ペインにおけ るサンプル
処理パラメータ
解析パラメータは、Sample Manager または Analysis Protocol で変更できます。
マトリックスファイルは 310 および 377 データ にのみ使用されます。
タブを使用し て、「Sample View」ペイン 内のデータを 表示します。
計算結果
「Show」チェック ボックスを使用して、
サンプルデータを 表示します。
サンプルを表 示するスク ロールバー
複数サンプル をまとめて スクロールす るスクロール バー 他のサンプル を表示するス クロールバー
Sample Manager について
表5-1 「Sample Manager」ウィンドウの項目
項目 説明
Show 「Sample View」ペインにサンプルを表示するためのチェックボックスです。
Sample File Name プレートレコードの情報です。
Sample Manager では変更できません。
Sample Name プレートレコードから取得されたサンプルの名前です。変更が可能です。
処理パラメータ
BC (Basecalling) 選択されたファイルをベースコール（解析）します。
PP (Post processing) 選択されたファイルの Clear Range を定義します。
P (Print) 選択されたファイルを印刷します。
解析パラメータ
Basecaller 塩基を読み取るために使用されるアルゴリズムです。
DyeSet/Primer DyeSet/Primer ファイルは、使用されたケミストリに応じて、モビリティ
シフトや色コードの変更を補正します。
Matrix File 4 つまたは 5 つの蛍光色素に対して、蛍光スペクトルのオーバーラップを
補正するファイル。
• ベース コーリング中にマトリックスが適用されるため、310 および 377 データに使用される
• データ収集中にマトリックスがデータに適用されるため、 3100/3100-Avant、3700、または 3730/3730xl データには使用されない
計算結果
Spacing Spacingは、あるピークの頂点から次のピークの頂点までのスキャンポイ
ント数によって定義されます。
Peak 1 Location サンプルの生データの最初のポイント（ダイプライマーケミストリではプ
ライマーピークを除く）。ベースコーリングソフトウェアによりSpacing 計算とモビリティ補正が行われるリファレンスポイントです。
Start Point Start Point は、サンプルファイル内でベースコーリングが開始される
Raw Data上のポイントです。Start Point は通常、最初の塩基ピークの Start Point と同じです。
Stop Point Stop Point は、ベースコーリングに含まれる最後の Raw Data ポイント を指定します。