解析の概要
解析、ポストプロセシング、印刷はすべて、Sample Manager で行われます。サンプルファ イルを解析して閲覧する手順は、次のとおりです。1. Sample Manager にサンプルを追加します。
2. サンプルデータを表示します。
3. Analysis Protocol を修正します（オプション）。
4. データを解析します。
5. 結果の閲覧と編集を行ない、アナリシスレポートを生成します。
6. サンプルファイルを保存します。
ソフトウェアの起動
（Sequencing Analysis 5.1 のデスクトップショートカット）をダブルクリックします。Sample Manager へのサンプルの追加
Add Samples 機能を使用すると、Sample Manager にサンプルを追加して、データの解析、
印刷、表示、編集、またはアナリシスレポートが生成できます。
Sample Manager にサンプルを追加するには
1. （Add Sample(s)）をクリックするか、「File」>「Add Samples」を選択します。
2. サンプルの場所に移動します。
3. ダイアログボックスの「Samples To Add」ペインに追加するファイルを選択します。
a.「Add Samples」ダイアログボックスで「OK」をクリックします。
ダイアログボックスが閉じて、選択したファイルが「Sample Manager」ウィンドウ に追加されます。
b.「サンプルデータの表示」に進んでください。
追加する対象 操作
単一ファイルをリストに追加 ファイルを選択し、「Add Selected Samples」をクリックします。
連続した複数のファイル [Shift] キーを使用してサンプルを選択し、「Add Selected Samples」 をクリックします。
不連続の複数のファイル [Ctrl] キーを使用してサンプルを選択し、「Add Selected Samples」 をクリックします。
単一フォルダ内のすべての サンプル
フォルダを選択し、「Add Selected Samples」をクリックします。
操作の概要
サンプル データの表示
データを表示するには1. 「Show」チェックボックスを使用して、1 つまたは複数のサンプルファイルのデータを 表示します（詳細については 3-12 ページの「サンプルファイルデータの表示」を参照 してください）。
図2-1 「Sample Manager」ビューにおけるサンプル
2. 「Sample Navigator」ビューにデータを表示するには、 をクリックするか、「View」>
「Sample Navigator」を選択してください。
図2-2 「Sample Navigator」ビューにおけるサンプル
Analysis Protocol の 編集および適用
注：既存の Analysis Protocol 設定が正しい場合、このセクションを読む必要はありません。
サンプルごとの Analysis Protocol の編集
Analysis Protocol 機能を使用して、Sample Manager 内にある個々のサンプルの Analysis
Protocol を変更できます。
単一サンプルのプロトコールを編集するには
1. Sample Manager で、サンプル列を選択します。
2. をクリックするか、「Analysis」>「Analysis Protocol」を選択します。
3. 必要に応じてプロトコールを編集します。
「General」、「Basecalling」、「Mixed Bases」、「Clear Range」タブで変更を行います。
4. 「OK」をクリックします。
注：変更は、選択したサンプルのプロトコールのみに適用されます。
新規の Analysis Protocol の編集および適用
Analysis Protocol Manager 機能を使用して、サンプルの Analysis Protocol 設定およびマスタ プロトコールを変更できます。
新規の Analysis Protocol を編集して適用するには
1. Sample Manager でサンプルを選択します。
• [Shift] キーを使用して、連続したサンプルを選択します。
• [Ctrl] キーを使用して、不連続のサンプルを選択します。
2. 「Analysis」>「Analysis Protocol Manager」を選択します。
3. 「Analysis Protocol」カラムで、編集するプロトコールを選択します。
4. 「File」ボタンをクリックし、「Open」を選択するか、プロトコール名をダブルクリック します。
5. 必要に応じて、「General」、「Basecalling」、「Mixed Bases」、「Clear Range」タブで変更 を行います。
注：この手順の詳細については、8-11ページの「Analysis Protocol の作成と編集」を参 照してください。
6. 「OK」をクリックしてプロトコールを保存し、「Sequence Analysis Protocol Editor」ダ イアログボックスを閉じます。
注：バージョン番号は 1 ずつ増えていきます。
7. 「Apply to Selected Samples」をクリックします。
8. 「Done」をクリックして、「Analysis Protocol Manager」ダイアログボックスを閉じます。
注：選択したサンプルおよびマスタプロトコールに変更が適用されます。
操作の概要
データの解析
解析を開始するには（Start Analysis）をクリックして、選択したベースコーリング、ポストプロセシング、お
よび印刷を開始します。
ベースコーリング
BC パラメータ（ベースコーリング）が選択されている場合、選択された Basecaller は次の処 理を実行します。
• KB Basecaller
– ミックスベースオプションが選択されている場合、ミックスベースを読み取ります。
ミックス ベースは、1 つの塩基の位置に 2 つの塩基が含まれることを意味します。
Basecaller は、A、C、G、T、または IUB コードを各塩基に割り当てます。
– ミックスベースオプションが選択されていない場合、単一の塩基のみを読み取ります。
Basecaller は、A、C、G、または T を各塩基に割り当てます。
– ミックスベースオプションが選択されている場合、単一の塩基とミックスベースの Quality Value（QV）を計算します。
– Quality Thresholdが満たされていない場合、N を読み取ります（選択されている場合）。
– True ProfileまたはFlat Profileでデータを処理します。
または、
• ABI Basecaller
Basecaller は、A、C、G、T、または N を各塩基に割り当てます（ミックスベース読み取
りまたは QV オプションが選択されていない場合）。
ポストプロセシング
PP パラメータ（ポストプロセシング）が選択されている場合、Clear Range が計算されます。
Clear Range は、5´ と 3´ の両末端でクオリティの低いまたはエラーが発生しやすいシーケン
スを除外した後に残るシーケンスの領域です。KB Basecaller が解析に使用された場合、Clear
Range は QV から計算されます。ABI Basecaller が使用された場合、範囲はデータ内の N か
ら計算されるか、データの Start Point と Stop Point で塩基数だけ切り捨てられます（または その両方が行われます）。
印刷
P パラメータ（印刷）が選択されている場合、解析およびポストプロセシングの後、サンプル ビューが自動的に印刷されます。
注：印刷されるビューは、「Options」ダイアログボックスで定義されています。デフォルト を変更するには、「Tools」>「Options」を選択し、「Printing」タブをクリックしてください。
結果全体の閲覧と アナリシス レポートの 生成
結果全体を閲覧するには
1. Sample Manager で結果を閲覧します。
a. BC パラメータで緑、黄、または赤のボックスを探します。緑は処理が成功したこと、
黄はデータの品質が低いこと、赤は失敗を示しています。
注：黄色で示された結果は、KB Basecaller で解析されたサンプルに適用されます。
b. PP および P パラメータ（またはそのいずれか）で緑または赤のボックスを探します。
緑は処理が成功したこと、赤は失敗を示しています。
c. Spacing、Peak 1 Location、Start Point、Stop Pointを閲覧します。「Base Spacing」カ ラムに赤の値が表示されている場合は、Spacing が計算できず、デフォルト値が解析 に使用されています。
2. アナリシスレポートを閲覧します。
a. （Analysis Report）をクリックして、アナリシスレポートを生成し、表示します。
b. レポートのデータを閲覧します。
レポートをエクスポートするには、「File」>「Export Report」を選択します。ファ イルがタブ区切りの形式でエクスポートされます。
サンプルの閲覧と塩基 の編集
サンプルを閲覧して塩基を編集するには 1. サンプルファイルを選択します。
2. サンプルファイルで結果を閲覧します。
a. Raw Data、解析データ、および EPT データを閲覧します。
b. クオリティの低いベースコーリング（KB Basecaller で解析されたサンプル）を閲覧 して、エラーがないかチェックします。
3. 必要に応じて塩基を編集します。
塩基を編集する際、変更に応じて QV が次のように変化します。
• 塩基を挿入した場合 – QV は追加されません。
• 塩基を削除した場合 – QV は削除されます。
• 塩基を変更した場合 – QV の数値は同じですが、灰色のバーで表示されます。
4. サンプルファイルを保存します（サンプルファイルは、再解析または編集の後、自動的 には保存されません）。
• 選択したサンプルを保存するには、 をクリックするか、「File」>「Save Sample(s)」 を選択します。
• すべてのサンプルを保存するには、 をクリックするか、「File」>「Save All Sample(s)」を選択します。
注：サンプルファイルの解析時に .seq ファイルが作成されている場合、サンプルファ イルを保存すると、サンプルファイルと .seq ファイルの両方が更新されます。