Basecaller 、 DyeSet/Primer 、 およびマトリックス
ファイルの変更
Basecaller ファイルまたは DyeSet/Primer ファイルを変更して、サンプルを再解析した場合、
Basecaller により Peak 1 Location、Start Point、Stop Point、および Spacing が再計算されます。
これらのパラメータに対してユーザが入力した値はすべて、再解析処理中に上書きされます。
Basecaller および DyeSet/Primer ファイル（またはそのいずれか）を変更するには
1. Sample Manager でサンプルを選択します。
2. Basecaller ドロップダウンリストで、新規の Basecaller を選択します（付録C「Basecallers と DyeSet/Primer ファイル」を参照）。
3. 「DyeSet/Primer」ドロップダウンリストで、新規の DyeSet/Primer ファイルを選択しま
す（付録C「Basecallers と DyeSet/Primer ファイル」を参照）。
重要！ Basecaller ファイルと DyeSet/Primer ファイルのタイプが一致していることを確 認してください。
4. 310 または 377 データのみ: データの解析に誤ったマトリックスが使用されていた場合、
ドロップダウンリストから正しいファイルを選択します。
5. オプション: 他の変更を行う必要がある場合、次の手順に進んでください。
6. 「BC」チェックボックスを選択します（必要に応じて「PP」や「P 」チェック ボック スも選択します）。
7. （Start Analysis）をクリックします。
Spacing 、 Peak 1 、 Start 、および Stop
パラメータの変更
サンプルの Analysis Settings を変更するには
1. Sample Manager で、変更するサンプルを選択します。
2. サンプルを選択し、「Raw」タブをクリックします。
3. ツールバーの「Zoom In Horizontal」および「Zoom In Vertical」ボタンを使用して、「Raw」 データビューを拡大します。
4. 対象の設定を変更するには、5-19ページの表 5-5 「Analysis Settings の変更方法」の説 明に従ってください。
注：上記の値のいずれかを再計算するには、値を 0 にリセットしてください。次のサン プル解析時、ソフトウェアにより Peak 1 Location、Start Point、Stop Point、および Spacing が再計算されます。
5. 「BC」チェックボックスを選択します（必要に応じて「PP」や「P 」チェック ボック スも選択します）。
6. をクリックします。
Sample Manager からの解析パラメータの変更
表5-5 Analysis Settings の変更方法
変更する
対象 手順
Spacing 1. + マークカーソルを使用して 2 つの隣接ピークの上でスキャン番号を決定した後、
大きい方から小さい方の数値を引いて Spacing を決定します。
注：最初の 100 塩基または最後の 200 塩基は使用しないでください。
2. 値を記録します。
3. Sample Manager で新規の値を入力します。
注：ソフトウェアでスペーシングパラメータを再計算する場合、この値を 0 に設定し てください。
Peak 1 Location
1. 最初の塩基ピークの Start Point（Peak 1 Location の値）を見つけます。ピーク の Start Point をポイントし、マウスボタンを押してロケータ線を表示します。
2. X 軸上のカーソル位置を記録します。
3. Sample Manager で新規の値を入力します。
次の図は、BigDye® Terinator v3 ケミストリに用意されたサンプルの（スキャン番 号 2048 における）正しい Peak 1 Location 値を示しています。
注：Peak 1 Location 値を変更すると、モビリティシフトの補正のために DyeSet/Primer ファイルが適用される方法に影響が生じます。
スキャン番号
サンプル ファイルの 保存
サンプルファイル内のデータは、ベースコーリングおよびポストプロセシング（またはその いずれか）の後、自動的には保存されません。4-15ページの「サンプルファイルの保存」を 参照してください。
注：サンプルファイルの解析時に .seq ファイルが作成されている場合、サンプルファイルを 保存すると、サンプルファイルと .seq ファイルの両方が更新されます。
Start Point 1. カーソルを使用してピークの Start Point をポイントし、マウスボタンを押してロ ケータ線を表示します。
2. X 軸上のカーソル位置を記録します。
この数値が、解析に使用する新規の Start Point 値となります。
注：この値は Peak 1 Location には使用しないでください。
次の例は、Peak 1 Location と Start Point の違いを示しています。
Stop Point 1. カーソルを使用してピークの Start Point をポイントし、マウスボタンを押してロ ケータ線を表示します。
2. X 軸上のカーソル位置を記録します。
この数値が、解析に使用する新規の Stop Point 値となります。
注：PCR 産物の解析を最適化するには、実際にデータピークがあらわれる部分のみ を含む Stop Point でサンプルを再解析することが重要です。
表5-5 Analysis Settings の変更方法（続き）
変更する
対象 手順
「Raw」データビューで、
カーソルが Peak 1 Location に置かれています。スキャン 番号は 505 で、データを開始 する位置を表しています。
「Raw」データビューで、
カーソルが Start Point に置か れています。スキャン番号は 759 で、ベースコーリングを 開始する位置を表しています。