4. 「Basecalling」タブを選択し、次の手順を実行します。
a. ドロップダウンリストから適切な Basecaller と DyeSet/Primer ファイルを選択しま す。付録C「Basecallers と DyeSet/Primer ファイル」を参照してください。
b. 310 および 377 データについては、ドロップダウンリストからマトリックスを選択し
ます。
c.「Processed Data」ペインで、「True Profile」または「Flat Profile」を選択します（KB Basecaller の場合のみ）。
d. 必要に応じて、データ解析の終了ポイントを 1 つまたは複数選択します。
e.「Threshold Quality」オプションを選択します（KB Basecaller の場合のみ）。
5. 「Mixed Bases」タブを選択し、次の手順を実行します。
a. ミックスベースデータの場合、「Use Mixed Base Identification」チェックボック スを選択します。
b. デフォルトの検出レベルである 25 % を使用するか、新規の値を入力または % ライン
Analysis Protocol の作成と編集
6. 「Clear Range」タブを選択し、次の手順を実行します。
必要に応じて、データ解析の終了ポイントを 1 つまたは複数選択します。
7. 「OK」をクリックしてプロトコールを保存し、「Sequence Analysis Protocol Editor」ダ イアログボックスを閉じます。
8. 「Done」をクリックして「Analysis Protocol Manager」を閉じます。
Analysis Protocol をサンプルに適用するには、8-15ページを参照してください。
Master Analysis Protocol の編集
Master Analysis Protocol を編集するには
1. 「Analysis」>「Analysis Protocol Manager」を選択します。「Analysis Protocol Manager」 が開きます。
2. 「Analysis Protocol」カラムで、編集するプロトコールを選択します。
3. 「Edit」をクリックするか、プロトコール名をダブルクリックします。
4. 必要に応じて、「General」、「Basecalling」、「Mixed Bases」、「Clear Range」タブで変更 を行います。
5. 「OK」をクリックしてプロトコールを保存し、「Sequence Analysis Protocol Editor」ダ イアログボックスを閉じます。
注：バージョン番号は、「OK」を押すたびに 1 ずつ増えていきます。
6. 「Done」をクリックして、「Analysis Protocol Manager」ダイアログボックスを閉じます。
Analysis Protocol をサンプルに適用するには、8-15ページを参照してください。
Master Analysis Protocol の削除
Master Analysis Protocol を削除するには
1. 「Analysis」>「Analysis Protocol Manager」を選択します。
2. 「Analysis Protocol」カラムで、削除するプロトコールを選択し、「Delete」を選択します。
3. 「Deletion Confirmation」ダイアログボックスで「Yes」をクリックします。
4. 「Done」をクリックして「Analysis Protocol Manager」を閉じます。
サンプルごとの Analysis Protocol の 編集
Analysis Protocol 機能を使用して、Sample Manager 内にある個々のサンプルの Analysis
Protocol を変更できます。
サンプルごとの Analysis Protocol を編集するには
1. Sample Manager にサンプルを追加します（3-9ページの「Sample Manager へのサンプ
ルファイルの追加」を参照）。
2. Sample Manager でサンプルを選択します。
3. 「Analysis」>「Analysis Protocol」を選択します。
4. オプション: 必要に応じて、「General」、「Basecalling」、「Mixed Bases」、「Clear Range」 の各タブで適切に変更を加えます。
5. 「OK」をクリックします。
6. サンプルを再解析します。
7. 変更を保存するには、サンプルファイルを保存してください（4-15ページの「サンプル ファイルの保存」を参照）。
注：変更は、選択したサンプルのプロトコールのみに影響します。