サンプル ファイルの Analysis Defaults の作成
Analysis Defaults とは
サンプルファイルは Sample Manager に追加されると、次にAnalysis Defaultsを通過します。
サンプルファイルには、処理パラメータの設定（ベースコーリング、ポストプロセシング、
印刷）、シーケンスファイル形式の設定（.seq、.scf、.phd.1）、および Analysis Protocol が含 まれています。含まれていない場合のみ、Analysis Protocol はサンプルに割り当てられます。
Analysis Defaults
Analysis Defaults は、ソフトウェアのインストールに含まれています。Analysis Protocol は「None」に設定されています。
関連した Analysis Protocol が含まれていないサンプルファイルが Sample Manager に追加さ れ、「Analysis Defaults」で Analysis Protocol が選択されていない場合、次の警告ボックスが 開きます。
Analysis Protocol を含む Analysis Defaults が作成されてサンプルファイルに適用されるま
で、Sample Manager にサンプルは追加されません。
Analysis Protocol とは
Analysis Protocol には、データのベースコーリングおよびポストプロセシングに必要な設定 がすべて含まれています。Analysis Protocol は、Sequencing Analysis ソフトウェアの前バー ジョンで使用された優先設定をすべて置換します。プロトコールは、ファイルに適用されて保 存されると、サンプルファイル内に保存されます。Analysis Protocol を 含むサンプル ファイル
次の装置で作成されたサンプルファイルには、Analysis Protocol が含まれています。
• バージョン 1.0 または 2.0 Data Collection ソフトウェアを実行する Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzer
• ABI PRISM® 3100/3100-バージョン 2.0 Data Collection ソフトウェアを実行する Avant ジェネティックアナライザ
Analysis Protocol は選択されていません。
Analysis Protocol を 含まない サンプル ファイル
次の装置で作成されたサンプルファイルには、Analysis Protocol が含まれていません。
• ABI PRISM® 3700 DNA Analyzer
• バージョン 1.1（以前）の Data Collection ソフトウェアを実行する ABI PRISM® 3100 ジェ ネティックアナライザ
• バージョン 1.0 Data Collection ソフトウェアを実行する ABI PRISM® 3100-Avant ジェネ ティックアナライザ
• ABI PRISM® 377 DNA Sequencer
• ABI PRISM® 310 ジェネティックアナライザ Analysis Defaultsの適用方法
サンプルファイルが Sample Manager に追加されると、Analysis Protocol が適用されます。
Data Collection ソフトウェアのサンプルシートで定義された DyeSet/Primer ファイルとマト
リックスファイルが使用され、Analysis Protocol （Basecaller を含む）およびAnalysis Defaults の他の設定がすべてサンプルに適用されます。3-7ページの図 3-1を参照してください。
重要！ DyeSet/Primer ファイルは、Data Collectionソフトウェアと Analysis Protocol の両方 で使用しているケミストリおよび Basecaller タイプと一致する必要があります。
作成する Analysis Protocol では、Data Collection ソフトウェアのサンプルシートで使用され ているのと同じ Basecaller および関連するファイルを使用する必要があります。サンプル シート内で、選択した DyeSet/Primer ファイルが ABI Basecaller に関連付けられており、
Analysis Protocol では選択した Basecaller が KB Basecaller である場合、解析は失敗します。
これらのサンプルファイルを修正するには、Sample Manager のドロップダウンリストから
正しい Basecaller と DyeSet/Primer ファイルを選択し、ファイルを再解析してください。
サンプルファイルのAnalysis Defaultsの作成
図3-1 Sequencing Analysis ソフトウェアにおけるサンプルファイルへのAnalysis Defaults
の適用方法
Analysis Defaults の 設定
Analysis Protocol および Analysis Defaults の作成方法の詳細については、第8章「Analysis Protocol、オプション、および Analysis Defaults」を参照してください。
重要！ Analysis Protocol を作成または編集する場合、付録C「Basecallers と DyeSet/Primer ファイル」を使用して、解析を成功させるために Basecaller と DyeSet/Primer の正しい組み 合わせを選択してください。
Analysis Defaults を設定するには
1. 「Analysis」>「Analysis Defaults」を選択します。
2. 「Add Samples Settings」セクションで、次の操作を行います。
a.「Analysis Protocol」ドロップダウンリストで、次のいずれかを行います。
– Basecaller、DyeSet/Primer ファイル、マトリックスファイル、および他の設定が
ラン条件に対して正しい場合、デフォルトの Master Analysis Protocol の 1 つを選 択します。8-4 ページの「デフォルトの Master Analysis Protocol の設定」を参照 してください。
– 新規の Analysis Protocol を作成するか、既存の Analysis Protocol を編集します。
注：Analysis Protocol を作成または編集するには、「Analysis Protocol」ドロップダウン リストを使用して「New」または「Edit」を選択し、8-3ページを参照して設定を定義し てください。
b.「Basecalling (BC)」、「Post Processing (PP)」、および「Print (P)」オプションを必要に 応じて選択します。
3. 「Sequence File Formats」セクションで、「Analysis Protocol」の現在の設定を使用する か、無効にするように選択します。
4. 「OK」をクリックします。
デフォルトの Master Analysis Protocol