DyeSet/Primer ファイルは、使用されたケミストリに応じて、モビリティシフトとカラーコー
ドの変更を補正します。デフォルトの DyeSet/Primer は、Data Collection で指定されたファ イルです。
DyeSet/Primer ファイルは、モビリティファイルまたは .mob ファイルと呼ばれることもあり
ます。DyeSet/Primer ファイルにはすべて、拡張子 .mob が付いています。
重要！ DyeSet/Primer ファイルは、使用しているケミストリおよび Basecaller の種類と一致 している必要があります。
注：DyeSet/Primer ファイルは、選択した Basecaller と装置モデルに基づいてフィルタにか
けられます。
図5-3 ソフトウェアに付属の DyeSet/Primer ファイルのリスト
DyeSet/Primer ファイル命名規則
DyeSet/Primer ファイル名では、文字の組合せを使用して、Basecaller、装置、ケミストリ、お
よびポリマーの種類を示します。省略形は次のとおりです。命名規則
表5-3 DyeSet/Primer ファイル名
省略形 ラン
Basecaller KB KB Basecaller
DP ダイプライマーケミストリおよび ABI Basecaller DT ダイターミネータケミストリおよび ABI Basecaller
ポリマーまたはゲルの種類 5%LR 5 % Long Ranger ゲル（377 装置のみ）
POP4 ABI PRISM® POP-4™ ポリマー POP5 ABI PRISM® POP-5™ ポリマー POP6 ABI PRISM® POP-6™ ポリマー POP7 ABI PRISM® POP-7™ ポリマー
ケミストリ
BDTv3 ABI PRISM® BigDye® v3.0 および 3.1 Terminator ケミストリ {BDv3}
BDv1 ABI PRISM® BigDye® v1.0 および 1.1 Terminator ケミストリ {BD}
{BDv1}
{dRhod} dRhodamine Terminator ケミストリ
{-21M13} ダイプライマーケミストリ – -21M13 プライマ−に標識されています。
{M13Rev} ダイプライマーケミストリ – M13Rev プライマーに標識されています。
K B _ 3 7 3 0 _ P O P 7 _ B D T v 3 . m o b
ケミストリ ポリマー 装置
KB Basecaller ファイル拡張子
D T 3 1 0 0 P O P 4 { B D T v 3 } . m o b
ケミストリ ポリマー ファイル拡張子
解析パラメータ
正しい DyeSet/Primer ファイルの選択
Basecaller は、いくつかのファクタに基づいて選択されます。
• 選択された Basecaller
• 使用している装置モデル
• ポリマーまたはゲルの種類
データに対して正しい DyeSet/Primer ファイルを決定するには、次の表を参照してください。
DyeSet/Primer ファイルは、装置モデル、Basecaller ごとにリストされています。
モビリティ シフトの 補正
Basecaller アルゴリズムでは、適切なモビリティシフト補正を適用するために、DyeSet/Primer
情報が必要とされます。
ファイルが存在しない 場合
Sample Manager の「DyeSet/Primer」ドロップダウンリストには、Mobility フォルダ内の
DyeSet/Primer ファイルがすべて表示されます。
Mobility フォルダ内に DyeSet/Primer ファイルが存在しない場合、そのファイルを使用した
解析は行えません。「DyeSet/Primer」ファイルフィールド内にファイル名が太字の斜体フォ ントで表示されている場合、そのファイルは Mobility フォルダに存在しておらず、サンプル ファイルの処理に使用することはできません。DyeSet/Primer ファイルを解析ソフトウェアの
Mobility フォルダにコピーするには、1-16ページの「310 マトリックスおよび DyeSet/Primer
ファイルのコピー」を参照してください。
Mobility フォルダへのパスは次のとおりです。
ドライブ名:\AppliedBiosystems\SeqA5.1\AppSeqA\bin\Basecaller\Mobility
表5-4 DyeSet/Primer ファイルのリスト
装置 参照ページ
310 C-2
377 C-4
3100 C-5
3100-Avant C-7
3700 C-9
3730/3730xl C-10
状況 状況 2 対処法
Data Collection ソフトウェア上 で誤った DyeSet/Primer
（モビリティ）ファイルを指定した
選択 し た DyeSet/Primer フ ァ イル用のケミストリとは異なる ケミストリを使用した
ドロップダウンリストから選択 することにより設定を変更でき、
影響を受けたサンプルファイル を再解析できます