Sequencing Analysis ソフトウェア v5.1 の 新機能
Sequencing Analysis ソフトウェア v5.1 は、ABI PRISM® Seqencing Analysis ソフトウェア v3.7
および v5.0 の後継バージョンです。次の主要な機能がアプリケーションに組み込まれています。
• ABI PRISM® 310 ジェネティックアナライザの自動化をサポート
• ABI PRISM® 3100/3100-Avant ジェネティックアナライザ（v2.0 Data Collection を使用す る）の自動化をサポート
• ABI PRISM® 3700 DNA Analyzer、ABI PRISM® 377 DNA Sequencer、および ABI PRISM®
310 ジェネティックアナライザで作成されたサンプルファイルの解析
• アプリケーションへの Make Matrix ユーティリティの組み込み
• 印刷機能の強化
• KB Basecaller v1.1
– Quality Thresholdが満たされていない場合、N を読み取るオプション
– True ProfileまたはFlat Profileでデータを処理するオプション
• 310、3100、および 3100-Avant システムで作成されたデータに対する KB Basecaller のサ ポート
• ファイル共有
Master Analysis Protocol は、Sequencing Analysis ソフトウェアと 3100/3100-Avant Data
Collection ソフトウェアの間で共有されます。
• オーディットトレール
塩基の変更のオーディットトレールを行うオプション機能です。オーディットトレール情 報は、ユーザが次の作業を行うたびに作成されます。
– 塩基の変更
新しい機能
Sequencing Analysis ソフトウェア v5.0 の 新機能
Sequencing Analysis ソフトウェア v5.0 には、次の主要な機能が組み込まれました。
• Sample Manager およびサンプルデータウィンドウを含む単一ウィンドウインタフェース
• KB Basecaller v1.0
KB Basecaller は、ベースコーリングの新しいアルゴリズムで、次の改良点と機能があります。
– ミックスベースの計算
ミックスベースは、1 つの塩基の位置に 2 つの塩基が含まれることを意味します。これ らの塩基には、適切な IUB コードが割り当てられます。
– 単一の塩基とミックスベースの Quality Value（QV）の計算と表示
QV は、Basecaller 精度の塩基当たりの推定値です。
• ファイル形式の追加
ファイル形式は、Phred（.phd.1）およびStandard Chromatogram Format（.scf）形式です。
注：Standard Chromatogram Format形式が作成された場合、ファイル名に拡張子 .scf は付加
されませんが、正しいファイル形式です。
• Raw Data と解析済みデータ両方のビューの水平、垂直方向のスクロールおよびズームイン
もアウトも可能
• Sample Manager における「Sample File Name」カラムのサイズを変更可能
• 「Sample Manager」ペインと「Sample Navigator」ペインから複数のファイルを表示可能
• 複数のサンプルを水平方向にスクロール
• Sample Manager と Sample Navigator のビュー切り替え機能
• Analysis Protocol
Analysis Protocol は、解析とポストプロセシングに必要なすべての設定を保存します。こ
の設定により、Sequencing Analysis ソフトウェアの旧バージョンで使用された設定はすべ て置換されます。プロトコールはサンプルファイルに保存されます。
Analysis Protocol には、次の 2 種類があります。
– サンプルあたりの Analysis Protocol – サンプルファイル内に保存されたプロトコール。
これは編集が可能です。変更は、選択したサンプルのプロトコールのみに影響します。
– Master Analysis Protocol – どのサンプルにも関連付けられていません。これは、サンプ
ルにプロトコールが含まれない場合、「Apply to Selected Samples」機能または Analysis
Defaults によりサンプルにコピーされ、割り当てられます。
• 「New Post Processing」オプション: Clear Range の計算
Clear Range は、5´ と 3´ の両末端でクオリティの低いまたはエラーが発生しやすいシーケ
ンスを除外した後に残るシーケンスの領域です。
• 読み取りの長さ（LOR）の計算
クオリティの高い塩基の長さの測定LOR は、「Display Settings」ダイアログボックス内で ユーザが定義可能で、「Analysis」レポートに表示されます。
• サンプルスコアの計算
サンプルスコアは QV から作成されます。そのサンプルの Clear Range シーケンスにおけ る塩基の平均 Quality Value です。この情報はアナリシスレポート内に表示されます。
• アナリシスレポートの作成
アナリシスレポートには、データ解析のステータスが表示されます。レポートは、トラブ
ソフトウェアの概要
はじめに
この節では、共通のソフトウェアアプリケーションウィンドウの概要を説明します。Sequencing Analysis のメイン ウィンドウ
Sequencing Analysis のメインウィンドウは、ソフトウェアを起動すると開きます。ここには、
メニューバーと、よく使用される機能のボタンを含むツールバーがあります。すべての操作 をこのウィンドウ内で実行します。
メニューコマンドとツールバーアイコンの詳細については、付録 B「メニューコマンドと ツールバーボタン」を参照してください。
メニューバー ツールバー
ソフトウェアの概要
「 Sample Manager 」 ウィンドウ
「Sample Manager」ウィンドウ内には 2 つのペインがあります。
• Sample Manager
• Sample Navigator
これらのペイン間を切り替えるには、 をクリックするか、「View」>「Sample Manager」 または「Sample Navigator」を選択します。
「Sample Manager」ペイン
「Sample Manager」ビューは、ソフトウェア起動時のデフォルトのビューです。
このペインには、サンプルと、各種の解析パラメータ値が含まれています。サンプルは、この ウィンドウペインで表示、解析、編集、印刷、保存することができます。
分割バーを 使用して、
「Sample Manager」 ペインと
「Sample View」ペイン のサイズを 調整します。
「Sample Manager」 ペインに入って いるサンプル
処理パラメータ
解析パラメータは、「Sample Manager」または
「Analysis Protocol」で変更できます。マトリックス ファイルは 310 および 377 データにのみ使用されます。
タブを使用して、
「Sample View」 ペイン内の データを表示 します。
計算結果
「Show」チェック ボックスを使用して、
サンプルデータを 表示します。
複数サンプルを まとめて スクロールする スクロールバー 他のサンプルを 表示する スクロールバー
サンプルを表示 するスクロール バー
「Sample Navigator」ペイン
「Sample Navigator」ビューに切り替えるには、 をクリックするか、「View」>「Sample
Navigator」を選択します。
このペインには、サンプル名とサンプルビューが表示されます。サンプルは、このペインで 編集して保存できます。
サンプルの詳細については、第 3章「Sample Manager のサンプルファイル」を参照してく ださい。
「Sample Navigator」 ペイン
サンプル ビューの タブ
分割バー
ソフトウェアの概要
「 Sample View 」ペイン
サンプルビューは、サンプルのデータ特性をすべて表示するときに使用します。サンプルビューの各タブと表示される情報は次のとおりです。
注：未解析サンプルについては、「Annotation」、「Raw」、および「EPT」タブのみに情報が 含まれています。
7 つのタブがあるビューの例は、2-8ページの表 2-2 「サンプルビュー」を参照してください。
表2-1 サンプルビューのタブ
タブ 表示される情報
Annotation データとその解析に関する情報
Sequence サンプルのシーケンス。クオリティバーとその値、オリジナルデータの表示
はオプションです。読みやすくするため、シーケンスは10文字ごとにスペー スで区切られて表示されます。
Features 計算された Clear Range
Electropherogram サンプルのエレクトロフェログラムおよびベースコールデータ。品質バーと
Quality Value、オリジナルデータの表示はオプションです。Clear Range から除外されたデータは灰色で表示されます。
Raw 装置によって検出された生のデータ
EPT 装置によって検出されたボルト、ワット、電流、および温度データ。
Audit データの修正に関する情報（塩基の変更、削除、挿入、解析設定の変更、サ
ンプル名の変更）。「Options」ダイアログボックスの「Authentication and Audit」タブで「Audit Trail」機能がアクティブになっている場合のみ、この ウィンドウにデータが含まれています。
表2-2 サンプルビュー
サンプルビューの
タブ データ例
Annotation
Sequence
「Show/Hide QV」ボタン を使用して QV を表示/非表示にします。
ソフトウェアの概要
Feature
Electropherogram
「Show/Hide QV」ボタン を使用して QV を表示/非表示にします。
Raw
表2-2 サンプルビュー（続き）
サンプルビューの
タブ データ例
サンプルの詳細については、3-4ページの「サンプルファイルについて」を参照してください。
複数サンプルの表示
サンプルビューのタブを使用すると、複数のサンプルを同時に表示できます。「Electropherogram」ビューの複数サンプルの例を次に示します。
EPT
Audit
表2-2 サンプルビュー（続き）
サンプルビューの
タブ データ例
ソフトウェアの概要
アナリシス レポート
Sample Manager 内にサンプルファイルがあるときは常に、Analysis Report を作成して、Sample Manager 内のサンプルのステータスを表示できます。
レポートを表示するには、 をクリックします。
Analysis Report を次に示します。ここには、データ解析の成功および失敗（またはそのいず
れか）が表示されます。アナリシスレポートは複数の部分から成り立っています。
• Summary – レポート内の全サンプルの要約が含まれています。
• Length of Read (LOR) – 各サンプルの LOR（読み取りの長さ）が含まれています。
• Sample Details – 各サンプル、ベースコーリングステータスおよびそれに関連した Quality
Value、およびサンプルスコアのリストが含まれています。「BC Status」カラムに黄の三角
形または赤の停止記号が表示されている場合、解析の一部が失敗しています。黄と赤のア イコンは、エラーテーブル内の特定のエラーメッセージにリンクされています。また、サ ンプルファイル名は Sample Manager にリンクされています。
• Errors – サンプルファイルの解析中に発生したエラーがリストされます。
詳細については、第7章「アナリシスレポート」を参照してください。