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SAGA パッケージの利用方法

ドキュメント内 坂本, 裕一郎 (ページ 145-158)

本研究では,得られたデータを様々に組合せ,多面的に評価する必要がある.そこで,統 計処理を得意とするソフトウェア「R」(101)に着目した.また,計算途中に得られたデータを 取り扱うためには,プレインテキスト形式で数十Gbyteに達するデータから評価したいデー タを即座に取り出す必要がある.これを実現する方法として,リレーショナルデータベース システムを採用し,MySQL(102)を導入した.なお,MySQLにデータを整理して格納するた めには,多数の試行計算結果の出力ファイルから一つの大きなデータテーブルを作成する必 要があるが,この処理に対してはファイル処理を得意とするsedやawk,(103)またはpython(104) が非常に有用であった*i).本章では,本研究で用いた多目的最適化手法の評価指標の高速な 計算を目的として独自に開発した「SAGAパッケージ」*ii)について概説する.

Listing E.1 Sample usage of SAGA package 1 library(SAGA)

2 data(Ranking)

3 Ranking$frank <- fonseca.ranking(Ranking) 4 p <- ggplot(Ranking,aes(x=f,y=m,colour=frank)) 5 p + geom_point()

SAGAパッケージ利用の具体例をリストE.1に示す.1行目はSAGAパッケージを読み込 む命令であり,2行目はSAGAに組み込まれているサンプルデータフレームを利用可能に する命令である.3行目は,Rankingというデータに対して式(2.19)を用いたランクの値を

計算し,Rankignデータフレームに追加する操作を行っている.最後の2行は,ランクの値

を目的関数空間上で可視化する命令である.このように,非常に少ない記述でチャンピオン データ等に対する複雑な計算が可能になっている.なお,SAGAパッケージで利用可能な関 数の詳細については,パッケージ付属の説明書に記述した.詳細はそちらを確認されたい.

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