配列を用いない解析で
生体高分子構造解析支援システム 遺伝子やタンパク質の研究での情報処理 未知配列の既知配列データべースに対する相同性 (homology) 検索 この配列は何に類似しているか? 配列の持つ機能やその進化の探索 未知配列と特定既知配列とのアライメント操作 これらの配列はどの部分がどの程度類似しているか?
... 生体高分子構造解析支援システム ヒト HSP60 とピロリ菌 HSP60 の免疫交叉とその応用について 研究の背景 Helicobacter pyloriは、胃十二指腸潰瘍・胃癌の原因菌として知ら れるが、心筋梗塞患者血清中に抗Helicobacter pylori-HSP60抗体(抗 ...
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R Commanderを用いたデータ解析
... • "The Comprehensive R Archive Network (CRAN)" というユーザ団体 により管理・メンテナンスされている , 信頼性も高い • 様々な分野・領域で用いられている ( 統計的手法の研究・データ解析 ) • 追加パッケージを利用した拡張が可能 , パッケージは世界中の R ユー ザが開発して登録している (2009/12/24 ...
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ロックイン赤外線発熱解析法を用いた故障解析サービス
... ロックイン赤外線発熱解析を用いた実装基板の故障解析 Failure Analysis for Mounting Circuit Substrate using Lock-In Thermal Emission 沖エンジニアリング（株）信頼性解析事業部 ○味岡 恒夫、高森 圭、山本 剣、中村 隆治 Tsuneo AJIOKA Kei TAKAMORI Ken ...
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物学的現象をはっきりと掌握することに成功した論文である との高い評価を得ています 2. 研究成果ブフネラゲノムの全塩基配列の決定に当たっては 全ゲノムショットガンシークエンス法 4 を用いました 今回ゲノム解析に成功したのは エンドウヒゲナガアブラムシ (Acyrthosiphon pisum) の
... なお、宿主昆虫であるアブラムシは、世界的な農業害虫として知られており、細 胞内共生バクテリアはそのバイオマスコントロールの手段として有望視されてい ます。また、ブフネラがわれわれ動物に必須な栄養分を、選択的に合成している点 も注目に値します。これら産業面での応用については、解決すべき多くの問題があ ...
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次世代遺伝子解析装置を用いた難病研究の連携
... 実臨床において，どのような遺伝子検査が必要であるのか？ 1. 臨床診断から考えて，検査対象となる遺伝子が多数に上る場合が少なくない． 例： 白質脳症：白質脳症の診断確定のためには, 35 種類以上の遺伝子を調べる必要がある 遺伝子を１つ１つ解析するのは現実的でなく，網羅的に解析することが必要 ...
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次世代シーケンサーを用いた乳腺上皮細胞におけるTGF-βシグナルの解析
... RNA-sequencing を 行った結果、 long intergenic non-coding (linc) RNA -Smad7 を同定した。定量的 RT-PCR の結果より、lincRNA -Smad7 は複数種の乳腺上皮細胞および乳がん細胞に おいて TGF-βにより顕著に発現が誘導・持続していることが示された。さらにノー ザンブロッティングと RACE ...
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1/14 モールの定理を用いた変位計算 CAELinux による 3D 解析とシェル解析の比較荒川誠目次 1. 解析概要 2. モールの定理を用いた変位算出 3.CAELinux Salome-meca を用いたシェル解析 4.CAELinux Salome-meca を用いた 3D 解析 5. 結
... ４．CAELinux Salome-meca を用いた 3D 解析 4-1 モデルの作成 今までと同様に、モデルは 100x20x2(mm)の片持梁とし、今回は Solid を作成し、 端を固定(fix)とし、逆端を荷重(load)とする。 以下のモデルが作成したモデルである。 ...
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Partek 社の NGS データ解析ソリューションは次世代シーケンサーから出力されたファイルを読み込んで 参 照ゲノム配列へのアラインメント データの品質管理 統計解析 ゲノム統合解析 生物学的解釈 各種グラフ やゲノムビューアーでの表示など NGS のデータ解析をすべてサポートします ファイルの
... クラスターマシンやクラウドサービスでスケーラブルな解析パワー 解析速度はサーバーに搭載された CPU コアの数やメモリー容量などに依存します。クラスターマシンに 対応しているので、タスクを各ノードに振り分けることで処理を高速化できます。アマゾンウェブサービス ...
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ライフサイエンス研究分野で広く使われている PowerLab データ収録解析システムを用いた PC ベースで 使いやすい 新しいスタイルの学生実習システム ライフサイエンス研究分野で広く使われている PowerLab データ収録解析システムを用いて 生理学実習や薬理学実習を始めとするライフサイエンス
... 新しいスタイルの学生実習システム ライフサイエンス研究分野で広く使われている PowerLab データ収録解析システムを用いて、生理学実習や薬理学実習を 始めとするライフサイエンス分野の学生実習を行うシステムです。 多機能一体型の実習用 PowerLab と使いやすいソフトウェア LabChart、LabTutor ...
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[PDF] 蛍光タンパク質FRETプローブを用いたアポトーシスのタイムラプス解析
... SCAT3.1 を ECFP の励起波長付近である 435nm で励起した場合、ECFP から Venus への FRET が起こり、Venus の 蛍光である 530nm の蛍光が検出される。しかし、活性型 Caspase-3 によりリンカーペプチドが切断されると、ECFP と Venus が切り離され FRET が解消されることにより、ECFP の蛍光である ...
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次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析
... 解析サンプル：腫瘍細胞（1サンプル） 日本人がん患者の腫瘍サンプルを、Illumina社の最新のシークエンサーMiniSeqと、同社の TruSight Cancer panelを用いて、がん関連遺伝子のターゲットシークエンスを行った。得ら れたFASTQファイルは、同社BaseSpaceプラットフォームのIsaac Enrichment v2.1.0ア ...
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相同性配列検索ツール：GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析
... • GPUを用いた相同配列検索 – GHOSTZ : Suzuki et al., (in press) doi: 10.1093/bioinformatics/btu780 • 部分文字列のクラスタリングによるアラインメント候補位置の高速探索 – GHOSTZ-GPU : Suzuki et al., (in preparation) ...
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Microsoft PowerPoint _生物配列解析基礎_3回目.pptx
... 課題２ 「bacteria_pgk.fas」には、14種のバクテリア由来のphosphoglycerate kinase のアミノ酸配列が入っている alanyl-tRNA synthetaseのアミノ酸配列を用いたのと同様に、以下の設定を用い て最尤法の系統樹を作成し、ファイル名「kadai2」として保存 ...
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HOKUGA: 離散ウェーブレット解析を用いた復元波形に関する検討
... ウェーブレットを選択するうえで軌道狂い波形は概ね半波長では左右対称と見なすことができ るので Symlet ウェーブレットが適している。本研究では後述する対象となる軌道狂い原波形を ウェーブレット解析によって成 ごとに 解し，これを再構成した波形と絶対線形の波形とのコ ...
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分光・偏光を用いた薄膜・界面解析の実際
... 本稿では，光学モデルを用いたフィッティング解析を中心にして，分光干渉法，分光エリプソ メトリーによる薄膜解析の実際について概説した．フィッティング解析では，サンプル内で起こっ ている光と物質の相互作用を，如何に解釈して光学モデル化するかが，重要かつ本質的な問題で ...
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2-6 粉末 X 線構造解析概要 本節では 粉末試料によるX 線回折データを用いて構造解析をおこなうためのリートベルト解析ソフトを紹介し 結晶構造パラメーターから結晶構造モデルを可視化するための結晶構造描画 VESTA の使用方法について解説する リートベルト解析への第一歩構造解析を行
... 素原子の配列に起因している。ダイヤモンドは四面体配位した近接の炭素原子が共有結合 で三次元的に連なった構造を持つのに対し、グラファイトは層状構造を持ち、層内では共 有結合した炭素原子が六角形に配列しており、各層の層間はファンデルワールス力で結合 している。このように物質の性質と構造とは密接な相関があることから、物質の化学的、 ...
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鍛造解析に用いられる
... 任意の3次元幾何形状の自動要素分割方法は多くの研究が行われており，四面体要素では比較的質 の良い要素が生成されるようになっている．しかしながら，鍛造解析での使用を考えた場合，四面体 1次要素では非圧縮の拘束条件により良好な解析結果が得られない，四面体2次要素では素材と工具の ...
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コスメトロジー研究報告 Vol.19, 実験 HAS 発現の定量トータルRNA はプールされたラット組織から抽出した cdnaの合成およびrt-pcrは過去の文献に記載された方法を用いた PCR 増幅に用いたプライマーの塩基配列はラットのものを用い 遺伝子バンクからの配列を元に合成し
... 細胞内には多数の酵素が存在し、その酵素サブタイプに は複数存在することが知られている。シグナル伝達の過程 においては、異なったサブタイプが相補的に作用し、同じ ような結果を生む場合と、それぞれのサブタイプが異なっ た機能を担っている場合がある。PGE刺激によるヒアル ロン酸産生に関しては後者の可能性が考えられる。EP4、 アデニル酸シクラーゼ6型、およびヒアルロン酸産生酵素 ...
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潜在意味解析を用いた語彙習得研究の展望について
... LSA を用いて分析している。このテ ストでは空欄のある文を読み、その空欄に何が入るかを受験者は補充しなけ ればならない。研究では文レベルの意味的関連度に着目している。調査の結 果、空所に入る単語とその文中の他の単語との意味的関連性が重要であるの ...
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ゲノム情報解析基礎 ～ Rで塩基配列解析 ～
... 基本はコピペ 16 Jun12 2014 ①一連のコマンド群をコピーして ②R Console画面上でペースト 2013年7月以降のリニューアル で、コードのコピーがやりずらく なっています。CTRLとALTキー を押しながらコードの枠内で左ク リックすると、全選択できます。 ...
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