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がん遺伝子パネル
がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用 のアッセイキット コストの低減や、研究プログラムの簡素化に 有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて、1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため、 より高感度な変異の検出が可能3
変異データ解析パイプライン
1. リファレンスゲノム配列への アライメント／マッピング 2. 変異の検出 3. アノテーション付けとフィルタ リング 4. レポートの作成4
VCF File
• シークエンスによって検出された変異のリストデータ • エラーやノイズも含め、数千、数万のデータとなる場 合もある • 多くの場合、各変異の詳細情報（遺伝子情報、 臨床情報など）は記載されていない、または限定 的な情報のみが記載されている2次解析パイプライン
5 VCFファイル アノテーションソース フィルタリング クリニカルレポート
3次解析パイプライン
6 シンプルな操作で、変異データのアノテーショ ン付け、フィルタリング、データの解釈が可能 ワークフローを用いたユーザー独自の解析パ イプラインを作成可能 各種公共データベース、ユーザー独自定義 データベースによるアノテーション付け • dbSNP • ClinVar • COSMIC • 1000 Genome • NHLBI 6500 Exomes
• SIFT and PolyPhen ...など
家族内サンプルを用いたトリオ解析、 がん-正常サンプルの解析に対応 各種グラフ表示機能 • LD（連鎖不平衡）プロット • 数値データプロット • BAMファイルプロット（ゲノムブラウザー） • アレル配列プロット ...など
VarSeq
®7 アノテーションデータはGolden Helix社の サーバーから、データベース管理ツールを使っ てダウンロード 各アノテーションデータは、Golden Helix社 によってデータの精査、メンテナンスが行われ ている データは生物種ごとに分類されており、解析 に使用する生物のデータをダウンロード可能
アノテーションデータのダウンロード
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独自フォーマットファイルのインポート
独自フォーマットで作成されたHGVD (
http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/SnpDB/index.html) などの日本人変異データをインポートし、各種解析に 利用が可能。
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サンプルデータから、各種データの集計を行うための、様々な解析アルゴリズムを搭載。
10 フィルタリングワークフローでは、フィルタリング項目が表示 フィルタリング項目は自由に追加・並べ替えが可能 フィルタリング条件を柔軟に変更し、変更結果がリアルタ イムで反映される
フィルタリングワークフロー
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Linkage Disequilibrium（連鎖不平衡）プロット 数値データプロット
BAMファイルプロット アリル配列プロット
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製品ラインナップ
OncoMD-Access
VSPipeline
VSReport
• がん関連変異データベース • 変異データへのアノテーション 付けに利用 • 臨床試験やFDA承認薬の情 報などを含む • コマンドライン解析用ツール • 複数サンプルデータのバッチ処 理に利用 • VarSeq®で作成したワークフ ローを実行可能 • ユーザー独自で構築したバイ オインフォマティクス解析パイプ ラインに組み込んでの使用が 可能 • レポート作成モジュール • フィルタリングを行った変異デー タから、疾患レポートを作成 • 変異と疾患との関連付けには 、OMIMデータベースの情報を 利用 • 遺伝子パネルを用いた解析結 果のサマリーに有用
13 がん研究にフォーカスした、ヒューマンキュレーションのナレッジデータベース VarSeq®からアクセスし、アノテーション 付けに使用可能 変異や遺伝子の、関連する臨床試験 やFDA承認薬、さらに薬物ターゲットなど の情報を含む
OncoMD-Access
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解析作業のオートメーション化に利用
作成したワークフローのコマンドプログラムをロー
ドし、複数サンプルデータのバッチ処理が可能
15 OMIMデータベースの情報に基づき、変異 または遺伝子の臨床情報とリンクしたレ ポートを作成 レポートには、サンプル情報や実験情報な ども記載し、カスタマイズも可能
VSReport
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無償で利用できる、専用のビューワーソフ
トを使用し、解析結果の共有や視覚化が 可能
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シークエンサー機種：Illumina MiniSeq
遺伝子パネル：Illumina TruSight Cancer panel
変異コールソフトウェア：Isaac Enrichment v2.1.0 BaseSpace App
解析サンプル：腫瘍細胞（1サンプル）
日本人がん患者の腫瘍サンプルを、Illumina社の最新のシークエンサーMiniSeqと、同社の
TruSight Cancer panelを用いて、がん関連遺伝子のターゲットシークエンスを行った。得ら
れたFASTQファイルは、同社BaseSpaceプラットフォームのIsaac Enrichment v2.1.0ア
プリを用いて変異コールを行い、アライメントデータのBAMファイルと、変異コールデータのVCFフ
ァイルを取得した。
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サンプルデータのインポート
VCFファイル BAMファイル サンプルのVCFファイルのインポートと同時に、 BAMファイルを関連付けることができる19
サンプルデータの表示
インポートした変異データ（VCFファイル）と、アライメントデータ（BAMファイル）を表示
することが可能
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アライメントデータから、遺伝子パネルのTarget Regionのカバレッジ（リード深度）を確認
21 Annotation
データベース管理ツールから、任意のアノテーションソースを選択するだけで、自動的にア ノテーション情報の付加が実行される。
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アノテーションソースやシークエンス情報に基づき、任意のフィルタリングワークフローを作成 する。
フィルタリング用ワークフロー
23 レポートに含める変異を選択して、クリニカルレポート を作成する 必要に応じて、サンプル情報や実験情報なども記載 し、テンプレートとして保存することも可能 作成したレポートはPDFファイル出力が可能
クリニカルレポートの出力
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シークエンサー機種：Illumina HiSeq 2000
シークエンス：Exome Sequencing
変異コールソフトウェア：BWA + GATK
解析サンプル：胃腺がん腫瘍細胞と正常細胞（それぞれ1サンプル）
日本人胃腺がん患者の腫瘍細胞サンプルと正常細胞サンプルを、Illumina社HiSeq 2000
を用いて全エクソームシークエンスを行った。得られたFASTQファイルは、BWAおよびGATKソ
フトウェアを用いて変異コールを行い、それぞれのサンプルにおいてBAMファイルとVCFファイルを
取得した。
解析例2
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サンプルの関連情報として「Tumor/Normal」
を選択し、さらに各サンプルのどちらが「Tumor」 または「Normal」なのかを指定する。
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サンプルデータの表示
TumorサンプルとNormalサンプルの両方のデータを並べて表示が可能。
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Tumorサンプルでは検出されたが、Normalサンプルでは検出されなかった変異を検索。
フィルタリングワークフローの作成
Tumorサンプルのフィルタリング条件
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アライメントデータで、各サンプルにおける変異をもつリード配列を確認。
