未知タンパク質の配列解析
生体高分子構造解析支援システム 遺伝子やタンパク質の研究での情報処理 未知配列の既知配列データべースに対する相同性 (homology) 検索 この配列は何に類似しているか? 配列の持つ機能やその進化の探索 未知配列と特定既知配列とのアライメント操作 これらの配列はどの部分がどの程度類似しているか?
... Hp-HSP60 抗体)が高率に検出されることが見出された。さらに心筋梗 塞患者では、ヒト-熱ストレス蛋白60( Hu-HSP60 )に対する抗体価の上 昇が認められた。これらの知見は動脈硬化がその基本病態である心筋 梗塞でのみ疾患特異性に認められ、潰瘍患者には認められない。Hp感 染が動脈硬化を促進する可能性も指摘されつつある。 ...
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博士学位論文 論文題目 出芽酵母分泌経路の機能未知必須膜タンパク質の解析 東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 平成 18 年度博士課程進学 氏 名佐藤啓介 指導教員名依田幸司
... 2001)．そこで，Kei1 の場合も同様に C 末端部分で COPI コートマーと相互作用している可能性を考え，C 末端の親水性 領域（C 末端から 46 アミノ酸残基）を glutathione S-transferase (GST)と融合して 大腸菌で大量発現し，可溶性画分から Glutathione sepharose により精製・回収し， 1% Triton X-100 で膜を可溶化した酵母 ...
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BIG IDEAS 2019 次世代型 DNA 配列解析 次世代型 DNA 配列解析は ゲノム革命の原動力となっています DNA 配列解析コストは劇的に低下しています 2003 年以降 生化学や演算能力の進歩のおかげで ヒトゲノムの全配列解析にかかるコストは約 30 億ドルから 1,000 ドル未満
... 8 ヘルスケアセクターのリスク ヘルスケアセクターは、政府規制や医療保険制度、医療費の国庫償還の制限、医薬品およびサービス費用の増減、製品責任賠償請求などの影響を受ける可能性がありま す。ヘルスケア企業の多くは、以下の可能性を含んでいます。(i) ...
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単純反復配列を考慮した塩基配列データの類似性検定 : スペクトル解析による特徴量の抽出
... 現在一般的な類似性検定手法として「BLAST」とい うものがある。これは塩基配列データを集積したデー タバンクを用意し、ある塩基配列と類似性が高い位置 を検索し、またどの程度類似性があるかを調査するこ とができるプログラムである。このプログラムは、反 復配列には対応しておらず、反復配列の部 を目印と しその前後を調査することで類似性検定を行ってい る ...
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アミトロール抵抗性大腸菌株におけるタンパク質発現解析
... superfamily の う ち 、 疎 水 性 低 分 子 に 結 合 す る lipocalin/calicin family や ABC transporter の金属結 合 レ セ プ タ ー と も 相 同 性 が 見 ら れ る た め 、 lipocalin と類似した機能を持つと推定されている。 この点において、AT 存在下で発現誘導をされた zinT ...
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2次元配列自己組織化マップにおける準吸収特性について (非線形解析学と凸解析学の研究)
... Faculty of Systems Science and Technology, Akita Prefectural University 1. 基本的な自己組織化マップ 本報告は Kohonen 型アルゴリズム [8] として知られている自己組織化マップにおける整 列化に関する数理的考察である．自己組織化マップは広範囲に応用例を有し，アルゴリズ ...
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ウドンコカビ科のnrDNAおよびMCM7配列に基づく分子系統解析
... にとどまっており，科内，特に連や属などの高次 の系統関係については十分な検討がなされていない．そこで本研究では，ウドンコカビ科内のより信 頼性の高い系統仮説を得ることを目的とし，約 270 分類群のうどんこ病菌から得た nrDNA（LSU， ...MCM7 の塩基配列に基づく系統推定を行った．その結果，先行研究で報告され ...
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転写因子タンパク質Bach1の天然変性状態制御の物理化学的解析
... 427nm の吸収スペクトル変化は、HBR-N nCP では WT に 比べて 3 つのシステインがアラニンに変異しているにもかかわらず、両タンパクにおいてほぼ同様の 推移となった。このことから、 6 配位のヘム結合は CP モチーフ以外のシステイン残基とはまた別の アミノ酸残基を利用していると考えられた。一方、 HBR-N mCP の ...
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赤痢アメーバの新規βバレル型マイトソーム外膜タンパク質の解析
... これらの実験結果を踏まえて筆者は、 Entaamoeba属のMBOMP30は構造的にも機能的にも新規のBOMPであり、 真核生物の MBOMPの7番目のクラスに位置付けられるものであるとの結論を下した。これにより、バクテリアの多 種多様な ...
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共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発
... • ドメイン・モチーフの位置についての情報が存在しないので、タン パク質配列に対して PROSITEのps_scanにより配列に対して予測 計算を行い求める。 • Pfamのドメイン情報も進行状況次第で取り入れる。 ...
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恐怖記憶制御に対するタンパク質翻訳後修飾の役割の解析
... N-結合型糖鎖修飾の役割 タンパク質糖鎖修飾は遺伝子発現の最終段階の翻訳後 修飾であり，真核生物において発現するタンパク質の過 半数が糖鎖修飾を受けており，この糖鎖修飾はタンパク 質の機能決定に重要な役割を担うことが知られている。 糖鎖修飾は，N-結合型と O-結合型に大別される。小胞 ...
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黄色ブドウ球菌の表層タンパク質Skipの発現制御機構の解析
... 審査委員 教 授 菅 井 基 行 〔論文審査の要旨〕 黄色ブドウ球菌はヒト皮膚の常在フローラであるが，多様な皮膚感染症の起因菌となる ことが知られている。最近，ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群 (Staphylococcal Scalded Skin Syndrome : SSSS) 由来株は他の感染症由来株と異なり，菌体表層タンパク Skip (Skin infection ...
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糖タンパク質の機能解析をめざす複合科学的研究（PDF）
... サイクルを担う「フォールディングセンサー」 タンパク質 UDP-グルコース：糖タンパク質グルコース転移酵 素 (UGGT), 小胞体グルコシダーゼ II, 糖鎖認識性シャペロン カルレティキュリンの定量的解析に成功したことは重要な成果 であり，糖鎖科学における合成化学的手法の威力を示したもの である．また，小胞体関連分解における 酵素であるユビキチ ンリガーゼ ...
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[PDF] 蛍光タンパク質FRETプローブを用いたアポトーシスのタイムラプス解析
... Caspase-3 の基質となるプロテアーゼ認識配列を含むリンカーでつないだアポトーシスセンサーである。通常、 SCAT3.1 を ECFP の励起波長付近である 435nm で励起した場合、ECFP から Venus への FRET が起こり、Venus の 蛍光である 530nm の蛍光が検出される。しかし、活性型 Caspase-3 ...
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転写因子タンパク質Bach1の天然変性状態制御の物理化学的解析
... Bach1 のヘム結合領域は bZip 部分をはさんでアミノ末端側ヘム結合領域(Heme Binding Region(HBR)-N)、とカルボキシル末端側ヘム結合領域(HBR-C)が存在し、これらに焦点を当て物理 化学的特性を解析した。円二色性スペクトル解析より、 HBR-N 及び HBR-C は天然変性領域である ことが示唆された。紫外可視分光法により HBR-N 及び HBR-C ...
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成長円錐ラメリポディア領域におけるアクチン結合タンパク質fascinの観察と解析
... fascin の機能が成長円錐の形成と形態の維持に重要な ことが指摘されている。fascin はフィロポディアとラメリポディアの両方に分布しているが、これま でに行われたほとんどの研究は、太いアクチン線維束をもつフィロポディアにおける fascin の役割を 対象にしている。ラメリポディア領域における fascin ...
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プロテアソーム相互作用タンパク質Ecm29の解析
... 織化学的解析を行い、ユビキチンの蓄積を比較したが、野生型と Ecm29遺伝子欠損マウスでは 同程度の蓄積量を示した。以上の結果より、 Ecm29欠損はユビキチン化タンパク質の分解に対 しても特に影響を及ぼさないことが考えられた。次にプロテアソームをグリセロール密度勾配遠 ...
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マウス神経発生における低分子量Gタンパク質Arl8bの機能解析
... ノックアウトマウスで異常の観察された脳背側領域の構造体は、神経管 の蓋板領域から発達して形成される。 Arl8b ノックアウトマウスでは対照マウス と比較して、胎生 10.5 日目で蓋板の細胞死が減少し、Sox1 や Sox9 などの蓋板 に特徴的なパターンを示す遺伝子発現に異常が生じていた。これらの知見から、 Arl8b ...
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タンパク質受託解析カタログ
... リン酸化タンパク質を数種のタンパク質分解酵素（Trypsin、Asp-N、Glu-Cなど）で切断することにより、検出ペプチド のカバー率を高めます。 ● リン酸化ペプチドの精製が成否のカギです。蓄積したノウハウを用いて、リン酸化ペプチドを多段精製します。 ● ...
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急性腎不全の発症におけるシグナル伝達分子および疾患関連タンパク質の解析
... 2． 目的 腎臓は金属による影響を受けやすく，水銀やカ ドミウムによる腎毒性にはフリーラジカルが関与 すると考えられている． 3,4) 亜鉛は重要な生体微量元 素の一つであり，多くの細胞機能に必要とされてい る．しかし，一方で，脳神経において過剰な亜鉛が 細胞障害を引き起こすことが報告されている． 5) 最 近，亜鉛はマグネシウムおよび銅と共に，栄養機能 食品に追加され，サプリメントとして使用されるよ ...
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