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化学物質検索Ⅱ - 構造

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STN INTERNATIONAL

REGISTRY FILE WORKSHOP II

化学物質検索 Ⅱ

構造

化学物質検索 

Ⅱ 

 構造

(2)
(3)

化学物質検索  Ⅱ

構造

March ₂₀₁₆

(4)
(5)

* 目次 *

A 構 造 検 索 の概 要

構 造 検 索 とは ... 1 構 造 検 索 の方 法 ... 3 構 造 検 索 のタイプ ... 4 構 造 検 索 の流 れ (REGISTRY ファイルの場 合 ) ... 8 構 造 検 索 例 ... 9 参 考 : 検 索 タイプとヒットした回 答 例 ... 16 回 答 表 示 (REGISTRY ファイルの場 合 ) ... 18 参 考 : 構 造 検 索 のしくみとシステム制 限 ... 19

B 便 利 な作 図 機 能

便 利 な作 図 機 能 一 覧 . ... 21 環 の孤 立 化 ... 22 可 変 置 換 位 置 ... 23 繰 り返 しグループ ... 24 参 考 : 繰 り返 しグループの活 用 方 法 ... 25 G グループ ... 26 参 考 : 可 変 置 換 位 置 (VPA) を指 定 したフラグメント ... 32 参 考 : G グループ内 に水 素 を指 定 する場 合 の注 意 点 ... 33 【応 用 】 結 合 点 が 2 点 ある G グループの作 図 ... 34 ノードの属 性 ... 36 参 考 : G グループに対 するノード属 性 の指 定 ... 37 結 合 の属 性 ... 38 一 般 式 属 性 ... 39 元 素 数 ... 41 結 合 非 水 素 数 ... 42 参 考 : ショートカット記 号 SH 使 用 時 の注 意 ... 46

C 絞 り込み検 索

絞 り込 み検 索 の概 要 . ... 49 辞 書 検 索 を用 いた絞 り込 み ... 50 構 造 検 索 を用 いた絞 り込 み - サブセット検 索 ... 53 複 数 の構 造 質 問 式 を利 用 した構 造 検 索 ... 58

D 化 学 物 質 関 連 情 報 の検 索

化 学 物 質 のクロスオーバー検 索 ... 63 化 学 物 質 の調 査 ... 70 参 考 : 作 図 上 の注 意 点 ... 71

練 習 問 題

... 77

(6)

APPENDIX

ノーマライズド結 合 ... 87 アップロードした構 造 の属 性 確 認 ... 90 BATCH 検 索 ... 92 RANGE 検 索 (範 囲 指 定 検 索 ) ... 94 SAVE と ACTIVATE ... 96

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A 概要

STN ではいくつかのファイルで構 造 検 索 を行 うことができます.同 じ

構 造 図 でも指 定 する構 造 検 索 のタイプにより得 られる回 答 が異 なりま

す.この章では検 索 タイプの種 類 および検 索 方 法 をご紹 介 します.

(8)
(9)

A 構造検索の概要

CO2H NH2 N

構造検索とは

■ 構 造 検 索 とは,検 索 語 の一 つとして化 学 構 造 図 を使 った検 索 である.

・ STN での構 造 検 索 のポイント

① 検 索 タイプの指 定 : 同 じ化 学 構 造 図 でも検 索 タイプによって得 られる回 答 が異 なる.

例 : 「作 図 した構 造 と完 全 に一 致 する物 質 」 あるいは 「作 図 した部 分 構 造 を含 む物 質 」

というような検 索 が,簡 単 に指 定 できる.

[構 造 質 問 式 ] [検 索 タイプ] [回 答 例 ]

② 独 自の構 造 作 図 機 能 : 誘 導 体 検 索 に便 利 な機 能 を多 数 搭 載 している.

例 : オルト,メタ,パラ位 に水 酸 基 が置 換 している物 質 を一 度 に検 索 できる.

オルト位 メタ位 パラ位

・ 検 索 タイプの指 定 や,構 造 作 図 機 能 を活 用 することにより,目 的 の回 答 を効 率 よく検 索 するこ

とができる.

完 全 一 致 検 索 (EXACT) 部 分 構 造 検 索 (SSS) 誘 導 体 検 索 が 簡 単 にできる 誘 導 体 検 索 が 効 率 よくできる EtO SMe C O H2N NH2 N

(10)

A 構造検索の概要

2

■ STN で構 造 検 索 可 能 なファイル ( 代 表 的 なデータベース)

ファイル名 主 な収 録 情 報 立 体 サン プ ル 備 考 物 質 調 査 REGISTRY 有 機 ・無 機 化 合 物 ,ポリマ ー,配 列 ,合 金 などの 物 質 情 報 と物 性 データ ○ ○ ・ 世 界 最 大 の化 学 物 質 データベース 【当 講 習 会 】 ReaxysFile 有 機 ・無 機 化 合 物 の 物 質 情 報 ・物 性 データ・ 反 応 情 報 ○ ○ MARPAT 特 許 中 のマルクーシュ 構 造 と特 許 情 報 × ○ ・ 構 造 質 問 式 に対 しマッチレベルや元 素 数 レベルの指 定 も行 う ・ 完 全 一 致 検 索 (EXA),ファミリー検 索 (FAM) は不 可 【講 習 会 】構 造 検 索 を用 いた 特 許 調 査 - MARPAT WPINDEX/WPIDS /WPIX 世 界 主 要 特 許 発 行 機 関 か ら 発 行 さ れ る 特 許 情 報 と一 部 の物 質 情 報 × ○ ・ WPI ファイルの特 許 中 から索 引 され た物 質 を構 造 検 索 できる 【講 習 会 】特 許 II 反 応 調 査 CASREACT 有 機 化 学 反 応 情 報 × ○ ・ 化 学 反 応 式 を使 った反 応 検 索 を実 行 できる ・ 完 全 一 致 検 索 (EXA),ファミリー検 索 (FAM) は不 可 【講 習 会 】反 応 情 報 検 索 ReaxysFile 有 機 ・無 機 化 合 物 の 物 質 情 報 ・物 性 データ・ 反 応 情 報 ○ ○ 【講 習 会 】反 応 情 報 検 索 DJSMONLINE /DJSMDS Derwent Journal of Synthetic Methods の 有 機 化 学 反 応 情 報 × × ・ 化 学 反 応 式 を使 った反 応 検 索 を実 行 できる ・ 完 全 一 致 検 索 (EXA),ファミリー検 索 (FAM) は不 可 PS 世 界 中 に上 市 された重 要 な医 薬 品 の合 成 法 ,薬 理 作 用 ,特 許 情 報 × × 医 薬 品 PS 世 界 中 に上 市 された重 要 な医 薬 品 の合 成 法 ,薬 理 作 用 ,特 許 情 報 × × ・ 化 学 反 応 式 を使 った反 応 検 索 を実 行 できる ・ 完 全 一 致 検 索 (EXA),ファミリー検 索 (FAM) は不 可 DRUGU 医 薬 品 開 発 に関 する 文 献 と物 質 情 報 × × ・ DRUGU の非 会 員 用 ファイル (DDFU) では構 造 検 索 不 可 * 立 体 : 立 体 構 造 検 索 機 能 , サンプル : サンプル検 索 機 能

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A 構造検索の概要

EtO SMe C O H2N NH2 N CO2H NH2 N

構造検索の方法

■ 構 造 検 索 は,大きく分 けると三 つのステップで簡 単 に行 うことができる.

STEP 1

: 検 索 したい化 学 構 造 図 を作 図 する

- STN Express,STN on the Web の構造作図 Plug-in を用いて作図する.

- 原子と結合を描くだけでなく,誘導体検索に便利な様々な作図機能が利用できる.

【作 図テクニック】

-

何が置換してもよい場合には,何も作図しない.

-

可変原子 (X: ハロゲン一般,A: 水素以外 など),結合の種類で幅広く作図ができる.

-

誘 導 体 検 索 に便 利 な機 能 (可 変 置 換 位 置 ,G グループ,繰 り返 しグループなど) が利 用

できるため,これらを用 いると,複 数 の構 造 を一 つの構 造 質 問 式 で検 索できる.

STEP 2

: 作 図 した化 学 構 造 の情 報 を STN にアップロードする

-

構造検索できるファイルに入りボタンをクリックするだけで,簡単にアップロード可能.

STEP 3

: 検 索 タイプ,検 索 範 囲 を指 定 して検 索 を実 行 する

【検 索タイプ】

-

同じ構造質問式でも,指定する検索タイプによって得られる回答が異なる.

-

「作図した構造と完全に一致する」 あるいは 「作図した部分構造を含む」 といった検索が,

簡 単 に指 定 できる.

[構 造 質 問 式 ] [検 索 タイプ] [回 答 例 ]

完 全 一 致 検 索 (EXACT) 部 分 構 造 検 索 (SSS)

=> S L# 検索タイプ 検索範囲

(12)

A 構造検索の概要

4

構造検索のタイプ

■ 構 造 検 索 には四 つの検 索 タイプが存 在 する.目 的 に合 わせて,適 切 な検 索 タイプを使 用 する.

検 索 タイプ コード 特 徴 完 全 一 致 検 索 EXA 構 造 質 問 式 に完 全 に一 致 する物 質 を検 索 する ファミリー検 索 FAM 構 造 質 問 式 に完 全 に一 致 する物 質 を検 索 する ・ 他 の成 分 が含 まれていてもよい 閉 構 造 部 分 構 造 検 索 CSS 構 造 質 問 式 に完 全 に一 致 する物 質 を検 索 する ・ 他 の成 分 が含 まれていてもよい ・ 可 変 原 子 ,G グループなどの可 変 構 造 質 問 式 を利 用 できる ・ 指 定 した位 置 のみに追 加 の置 換 基 の結 合 を許 容 できる 部 分 構 造 検 索 デフォールト SSS 構 造 質 問 式 を部 分 構 造 として含 む物 質 を検 索 する ・ 他 の成 分 が含 まれていてもよい ・ 可 変 原 子 ,G グループなどの可 変 構 造 質 問 式 を利 用 できる ・ 追 加 の置 換 基 が存 在 してもよい

・ 検 索 タイプの選 び方

■ 検 索 範 囲

検 索 範 囲 入 力 形 式 検 索 対 象 サンプル検 索 => S L# => S L# SAM データベース中 の化 学 物 質 の一 部 デフォールト フルファイル検 索 => S L# FUL データベース中 の化 学 物 質 すべて サブセット検 索 => S L# SUB=Ln 検 索 範 囲 回 答 セット (Ln)

RANGE 検 索 => S L# RAN=(RN1,RN2) 指 定 した CAS 登 録 番 号 の範 囲 (RN1~RN2) (REGISTRY ファイルの場 合 )

作 図 していない (結 合 手

が余 っている) 箇 所 には

何 が置 換 してもよい

YES

可 変 原 子 ,可 変 置 換 位 置 ,

繰 り返しグループ,G グループ

を構 造 中 に使 っている

YES

NO

CSS 検 索

SSS 検 索

NO

(13)

A 構造検索の概要

構 造 作 図 上 のポイント 置 換 基 の有 無 多 成 分 物 質 原 子 ,ショートカット,結 合 のみ利 用 した構 造 作 図 可 変 原 子 などの便 利 な作 図 機 能 は利 用 できないが, 結 合 の種 類 は不 定 にできるので,ある程 度 柔 軟 な検 索 ができる 作 図 していないところには, H (水 素 ) 以 外 の原 子 は結 合 しない × ○ 誘 導 体 検 索 に便 利 な構 造 作 図 機 能 が使 用 できる (可 変 原 子 ,G グループ, 繰 り返 し グル ープ, 可 変 置 換 位 置 な ど が 使 え る . こ れ ら を 含 む 構 造 質 問 式 は , CSS 検 索 か,SSS 検 索 しかできない) ○ 作 図 し てい な い と こ ろ に は あら ゆ る 原 子 による置 換 が許 容 される ○ ポイント 入 力 例 フルファイル検 索 が実 行 可 能 かどうかの判 断 ができるため,フルファイル 検 索 の前 に必 ず行 う.予 想 回 答 数 なども表 示 される => S L1 => S L1 EXA 構 造 検 索 を行 うときに使 用 する検 索 範 囲 => S L1 FUL => S L1 FAM FUL 一 度 検 索 した結 果 に対 して,構 造 検 索 で絞 込 みを行 いたいときに有 効 * サンプル検 索 とフルファイル検 索 がある => S L4 SSS SUB=L3 SAM => S L4 SSS SUB=L3 FUL 特 に,INCOMPLETE になった場 合 に利 用 することが多 い * サンプル検 索 はない => S L1 RAN=,99602-93-4

多 成 分 物 質 (ポリマー,

塩 など) も含 めて検 索

したい

EXA 検 索

NO

FAM 検 索

YES

(14)

A 構造検索の概要

6

■ 回 答 例 1

構 造 質 問 式 (結 合 の種 類 は不 定 )

便 利 な作 図 機 能 を使 っていないため,FAM 検 索 と CSS 検 索 の結 果 は同 じになる

- 誘 導 体 検 索 に便 利 な作 図 機 能 (

可 変 原 子 ,繰 り返 しグループ,G グループなど)

を利 用 せず,

作 図 していないところはすべて H (水 素 ) が置 換 した化 合 物 を検 索 する場 合 は,FAM 検

索 を実 行 する.

混 合 物 CM1 CM2 ポリマー Me Me Me Me O O O

FAM 検 索 EXA 検 索 の回 答 のほかに,

その多 成 分 物 質 (ポリマー,塩 ,付 加 化 合 物 ) も含 む

SSS 検 索 作 図 した構 造 に あらゆる置 換 基 を許 容 した物 質

(多 成 分 物 質 も含 む) を検 索

EXA 検 索 作 図 していないところは,すべて水 素 が置 換 した化 学 物 質

立 体 異 性 体 ,同 位 体 なども含 む

Me Me O O O O H H R S S R OEt OEt Pr-i Me O P S N N CH3 H3C OH O O S R R CH3 H3C OH O O S S S Me CH2T 14C O O O Me Me O O O Me Me O O O A c O C H C H 2 H 2 C C H 2 CM1 CM2 CM3 ポリマー Me Me O O O Me Me Ph N CM1 CM2 付 加 化 合 物 MeO Me3Si OMe OMe OMe OMe O O O C O C O R R Et CH O O CH2 O C H C H 2 C N CM1 CM2

(15)

A 構造検索の概要

■ 回 答 例 2

構 造質 問 式 (結 合 の種 類 は不 定 )

ポリマー CM1 CM2 CM3 ポリマー CM1 CM2 Me O O Me Me Cl Cl O N O

CSS 検 索 作 図 していないところは

水 素 が置 換 した物 質 (多 成 分 物 質 を含 む) を検 索

EXA 検 索 FAM 検 索 便 利 な作 図 機 能 (可 変 原 子 ,G グループなど) を

用 いた場 合 には利 用 不 可

* エラーメッセージが表 示 され,実 行 できない

SSS 検 索 作 図 した構 造 にあらゆる置 換 基 を許 容 した物 質

(多 成 分 物 質 も含 む) を検 索

Me Me Me Me O O O CH3 H3C OH O O S R R CH3 H3C OH O O S S S Me CH2T 14C O O O Me Me O O O Me Me O O O A c O C H C H 2 H 2 C C H 2 CM1 CM2 CM3 ポリマー Me Me O O O Me Me Ph N CM1 CM2 付 加 化 合 物 Ph Ph O O O S S Me Me O N H O E Na SiMe3 Me3Si Ph Ph D D O O S O O H H S R R S 塩 Me Me O S O Me Me O N H O ( C H 2 ) 5 M e M e O C C O C H 2 M e C C O 2H C H 2 可 変 原 子 を利 用 (Q : C,H 以 外 の元 素 )

(16)

A 構造検索の概要

8

構造検索の流れ (REGISTRY ファイルの場合)

■ 基 本 的 な構 造 検 索

構 造 質 問 式 の作 図 ・保 存

STN Express STN on the Web

* 他 のソフトで作 図 した構 造 を利 用 したり,ダウンロード ファイルから構 造 質 問 式 を作 成 することもできる 接 続

STN Express STN on the Web

オフライン オンライン ファイルの選 択 => FILE REGISTRY 構 造 修 正 セッション中 断 => LOG H (=> LOG Y) 構 造 質 問 式 のアップロード

STN Express STN on the Web

* アップロードした構 造 は => D QUE L1 で確 認 できる 構 造 検 索 ① サンプル検 索 => S L1 ② 回 答 確 認 => D SCAN ③ フルファイル検 索 => S L1 FULL 回 答 表 示 => D クロスオーバー検 索 => FILE CAPLUS => S L3 セッション終 了 => LOG Y => LOG H

Step 1

Step 2

Step 3

クロスオーバー検 索 により,簡 単 に 文 献 情 報 を入 手 できる.

(17)

A 構造検索の概要

構造検索例

■ 検 索 例 1 : 下 記 の構 造 質 問 式 で部 分 構 造 検 索 (SSS) する.

結 合 の種 類 : 不 定 結 合

■ 構 造 作 図 画 面 の起 動

・ メインメニューツールバーに表 示 される をクリックする.

・ 構 造 作 図 プラグイン をダブルクリックする (C:\stnweb\stnwpsi.exe).

・ 構 造 作 図 用 Plug-in は https://stnweb-japan.cas.org/ からあらかじめインストールしておく.

構 造 作 図 用 Plug-in は常 に最 新 版 を利 用 する.

■ 構 造 質 問 式 の作 図 と保 存

- STN Express と STN on the Web の作図機能は同じ.

・ 結 合 の種 類 の変 更

Step 1 構造質問式の作図

STN Express の場 合

(18)

A 構造検索の概要

10

■ STN へ接 続 し,構 造 検 索 ができるファイル (REGISTRY ファイルなど) に入 る.

■ 構 造 質 問 式 をアップロードする

STN Express の場 合

① をクリックする.

② 構 造 質 問 式 を選 択 し,「開く」 をクリックする.

③ 構 造 質 問 式 がアップロードされ L 番 号 が付 与 される.

=>

Uploading C:\Users\xxxxx\Documents\STN Express 8.6\Queries\sample1.str L1 STRUCTURE UPLOADED => 「コマンドで修 正 可 能 な形 式 でアップロード」 にチェックを付 けてアップロードすると => D QUE L# で属 性 も表 示 される. 構 造 質 問 式 がアップロードされ L 番 号 が付 与 される

Step 2 構造質問式のアップロード

(19)

A 構造検索の概要

STN on the Web の場 合

① Assistants から 「Structure Search」 を選 択 し, をクリックする.

② 構 造 作 図 画 面 が表 示 される.作 図 した構 造 質 問 式 を呼 び出 す.

③ をクリックする.

④ 構 造 質 問 式 がアップロードされ L 番 号 が付 与 される.自 動 的 にコマンド入 力 画 面 に戻 る.

=> Uploading C:\stnweb\Queries\sample1.str

L1 STRUCTURE UPLOADED => 構 造 質 問 式 がアップロードされ L 番 号 が付 与 される

(20)

A 構造検索の概要

12

=> FILE REGISTRY =>

Uploading C:\Users\xxxxx\Documents\STN Express 8.6\Queries\sample1.str L1 STRUCTURE UPLOADED => D QUE L1 STR NODE ATTRIBUTES: NSPEC IS R AT 1 NSPEC IS R AT 2 NSPEC IS R AT 3 NSPEC IS R AT 4 NSPEC IS R AT 5 NSPEC IS C AT 6 NSPEC IS C AT 7 NSPEC IS C AT 8 NSPEC IS C AT 9 DEFAULT MLEVEL IS ATOM

MLEVEL IS CLASS AT 6 7 8 9 DEFAULT ECLEVEL IS LIMITED

GRAPH ATTRIBUTES:

RING(S) ARE ISOLATED OR EMBEDDED NUMBER OF NODES IS 9

STEREO ATTRIBUTES: NONE

・ 検 索 タイプを決 定 し,サンプル検 索 (データベース中 の一 部 の化 学 物 質 のみを検 索 対 象 とした

構 造 検 索 ) を必ず行 う.

・ 入 力 例 (検 索 タイプを指 定 しない場 合 は自 動 的 に SSS 検 索 になる)

- 完全一致検索 (EXA 検索)

=> S L1 EXA

(=> S L1 EXA SAM)

- ファミリー検索 (FAM 検索)

=> S L1 FAM

(=> S L1 FAM SAM)

- 閉構造部分構造検索 (CSS 検索)

=> S L1 CSS

(=> S L1 CSS SAM)

- 部分構造検索 (SSS 検索)

=> S L1

(=> S L1 SAM)

=> S L1 SSS

(=> S L1 SSS SAM)

O C C C C O C C O 1 5 2 4 3 6 7 8 9

Step 3-1 コマンドを使った検索 - サンプル検索

=> S L# 検索タイプ (SAM

*

)

* 検 索 範 囲 を入 力 しない場 合 は,

自 動 的 にサンプル検 索 になる

=> D QUE L# と入 力 すると,アップロードした構 造 質 問 式 を 確 認 できる STN Express で 「コマンドで修 正 可 能 な形 式 でアップロード」 にチェック を付 けてアップロードすると, 属 性 (アトリ ビュ ート) も表 示 される (属 性 の見 方 は APPENDIX 参 照 ) STN Express で 「コマンドで修 正 可 能 な形 式 でアップロード」 にチェックを付 けずにアップロードすると,属 性 が表 示 されない => D QUE L1 STR

Structure attributes must be viewed using STN Express query preparation.

O O O

(21)

A 構造検索の概要

=> S

L1

SAMPLE SEARCH INITIATED 11:22:53 FILE 'REGISTRY' SAMPLE SCREEN SEARCH COMPLETED - 2616 TO ITERATE

100.0% PROCESSED 2616 ITERATIONS 50 ANSWERS INCOMPLETE SEARCH (SYSTEM LIMIT EXCEEDED)

SEARCH TIME: 00.00.01

FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **COMPLETE** BATCH **COMPLETE** PROJECTED ITERATIONS: 49252 TO 55388 PROJECTED ANSWERS: 2389 TO 3891 L2 50 SEA SSS SAM L1 ↑ ↑ ↑ => D SCAN

L2 50 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN

IN 3-Furanpropanoic acid, tetrahydro-,,4-trimethyl-2,5-dioxo- MF C10 H14 O5

**PROPERTY DATA AVAILABLE IN THE 'PROP' FORMAT** HOW MANY MORE ANSWERS DO YOU WISH TO SCAN? (1):END

・ サンプル検 索 時 のチェックの流 れ

サンプル検 索 が重 要 な理 由

・ 候 補 物 質 数 がシステム制 限 を超 えると,構 造 検 索 が途 中 で止 まり不 完 全 な回 答 になるため,

事 前 にシステム制 限 内 かどうかを確 認 する必 要 がある.

・ 予 想 回 答 数 や,ヒットした回 答 (目 的 に合 った回 答 が得 られているかどうか) を確 認できる.

Me Me Me C CH2 CO2H O O O

NO

(0 件 )

予 想 回 答 数 予 想 候 補 物 質 数 サンプル検 索 の回 答 フルファイル検 索 の予 想 BATCH 検 索 の予 想 SSS 検 索 でサンプル検 索 を実 行 する

① FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **COMPLETE** である

② サンプル検 索 で回 答 が得 られた

YES

構 造 質 問 式 の修 正 , バッチ検 索 等 を行 う 構 造 質 問 式 を確 認 する (問 題 がなければ フルファイル検 索 を行 う)

YES

③ D SCAN で回 答 の適 合 性 を確 認

NO

フルファイル検 索 を行 う 構 造 質 問 式 を修 正 する

YES

NO

*

SCAN 表 示 形 式 で確 認

* 予 想 回 答 数 は予 想 値 のため,実 際 の検 索 結 果 と 異 なることもある. 例 : 予 想 回 答 数 が 0 件 でも,フルファイル検 索 を 実 行 すると回 答 が得 られる場 合 がある.

検 索 範 囲 検 索 タイプ 質 問 式

(22)

A 構造検索の概要

14

・ サンプル検 索 でシステム制 限 内 であること,作 図 した構 造 質 問 式 が妥 当 であると確 認 した後 ,

フルファイル検 索 (データベース中のすべての化 学 物 質 を対 象 とした構 造 検 索 ) を行 う.

・ 入 力 例 (検 索 タイプを指 定 しない場 合 は自 動 的 に SSS 検 索 になる)

-

完全一致検索 (EXA 検索)

=> S L1 EXA FULL

-

ファミリー検索 (FAM 検索)

=> S L1 FAM FULL

- 閉構造部分構造検索 (CSS 検索)

=> S L1 CSS FULL

- 部分構造検索 (SSS 検索)

=> S L1 FULL (=> S L1 SSS FULL)

・ フルファイル検 索 の結 果 は SAVE コマンドで保 存 しておくとよい (APPENDIX 参 照 ).

=>

S L1 FUL

← SSS 検 索 で フ ル フ ァ イ ル 検 索 を 実 行 す る

FULL SEARCH INITIATED 11:22:57 FILE 'REGISTRY' FULL SCREEN SEARCH COMPLETED - 53640 TO ITERATE

100.0% PROCESSED 53640 ITERATIONS 3245 ANSWERS SEARCH TIME: 00.00.01

L3 3245 SEA SSS FUL L1

=> D SCAN ← SCAN 表 示 形 式 で 確 認 す る

L3 3245 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN IN 2,5-Furandione, 3,4-dimethyl-

MF C6 H6 O3 CI COM

**PROPERTY DATA AVAILABLE IN THE 'PROP' FORMAT** HOW MANY MORE ANSWERS DO YOU WISH TO SCAN? (1):5

L3 3245 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN IN 2,5-Furandione-3,4-13C2, 3,4-di(methyl-13C)- (9CI) MF C6 H6 O3

=> S L# 検索タイプ FULL

*

* 検 索 範 囲 FULL を指 定

Step 3-2 コマンドを使った検索 - フルファイル検索

Me Me O O O 構 造 質 問 式 に対 して水 素 以 外 の 官 能 基 が置 換 していない化 合 物 (単 成 分 物 質 ) 13CH3 13C 13C 13CH3 O O O 構 造 質 問 式 に対 して水 素 以 外 の 官 能 基 が置 換 していない化 合 物 (単 成 分 物 質 ,標 識 化 合 物 )

(23)

A 構造検索の概要

L3 3245 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN IN 2,5-Furandione, 3,4-bis(dichloromethylene)dihydro- MF C6 Cl4 O3

**PROPERTY DATA AVAILABLE IN THE 'PROP' FORMAT**

L3 3245 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN

IN 4,7-Epoxyisobenzofuran-1,3-dione, hexahydro-3a,7a-dimethyl-, (3aR,4S,7R,7aS)-rel- MF C10 H12 O4 CI COM Relative stereochemistry.

**PROPERTY DATA AVAILABLE IN THE 'PROP' FORMAT**

L3 3245 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN

IN 2-Propenenitrile, polymer with 3-ethenyl-4-ethyldihydro-2,5-furandione (9CI) MF (C8 H10 O3 . C3 H3 N)x CI PMS CM 1 CM 2

L3 3245 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN

IN 2,5-Furandione, 3,4-dimethyl-, polymer with 2,2'-oxybis[ethanol] (9CI) MF (C6 H6 O3 . C4 H10 O3)x

CI PMS

**RELATED POLYMERS AVAILABLE WITH POLYLINK**

CM 1

CM 2

HOW MANY MORE ANSWERS DO YOU WISH TO SCAN? (1):END => SAVE TEMP L3 TEST1/A

ANSWER SET L3 HAS BEEN SAVED AS 'TEST1/A'

CCl2 Cl2C O O O Me Me O O O O H H R S S R Et CH O O CH2 O C H C H 2 C N 構 造 質 問 式 に対 して置 換 した 化 合 物 (単 成 分 物 質 ) 構 造 質 問 式 に 対 し て 置 換 / 縮 環 した化 合 物 (単 成 分 物 質 ) 構 造 質 問 式 に対 して置 換 した 化 合 物 (多 成 分 物 質 ) Me Me O O O O C H 2 C H 2 C H 2 C H 2 H O O H 構 造 質 問 式 に対 して水 素 以 外 の 官 能 基 が置 換 していない化 合 物 (多 成 分 物 質 ) SSS 検 索 では作 図 した構 造 に対 して 様 々な誘 導 体 がヒットする 構 造 検 索 の回 答 は SAVE コマンドで保 存 しておくとよい (APPENDIX 参 照 )

(24)

A 構造検索の概要

16

参考 : 検索タイプとヒットした回答例

=> S L1 EXA :

100.0% PROCESSED 15 ITERATIONS 0 ANSWERS :

FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **COMPLETE** BATCH **COMPLETE** PROJECTED ITERATIONS: 68 TO 532 PROJECTED ANSWERS: 0 TO 0 L2 0 SEA EXA SAM L1

=> S L1 EXA FUL :

100.0% PROCESSED 311 ITERATIONS 23 ANSWERS

L3 23 SEA EXA FUL L1

=> S L1 FAM :

FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **COMPLETE** BATCH **COMPLETE** PROJECTED ITERATIONS: 6671 TO 9049 PROJECTED ANSWERS: 1 TO 80 L4 1 SEA FAM SAM L1

=> S L1 FAM FUL :

L5 59 SEA FAM FUL L1 => S L1 CSS

:

FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **COMPLETE** BATCH **COMPLETE** PROJECTED ITERATIONS: 49252 TO 55388 PROJECTED ANSWERS: 1 TO 80 L6 1 SEA CSS SAM L1 => S L1 CSS FUL : L7 59 SEA CSS FUL L1 => S L1 :

FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **COMPLETE** BATCH **COMPLETE** PROJECTED ITERATIONS: 49252 TO 55388 PROJECTED ANSWERS: 2389 TO 3891 L8 50 SEA SSS SAM L1 => S L1 FUL : L9 3245 SEA SSS FUL L1 SSS 検 索 (3245) CSS 検 索 FAM 検 索 (59) EXA 検 索 (23)

EXA 検索

FAM 検索

CSS 検索

SSS 検索

予 想 回 答 件 数 はデータベース中 の一 部 の物 質 を検 索 した ときのヒット率 から予 想 している.予 想 回 答 件 数 が 0 件 で あってもフルファイル検 索 で回 答 が得 られる場 合 がある. 今 回 の作 図 では,CSS 検 索 と FAM 検 索 の結 果 は同 じ => S L5 AND L7 L10 59 L5 AND L7 データベースの一 部 15 件 0 件 データベース全 体 68~532 件 0~0 件 (候 補 物 質 ) (回 答 ) 予 想 予 想 データベース全 体 311 件 23 件 フルファイル検 索 サンプル検 索

(25)

A 構造検索の概要

=> D SCAN L3 ← EXA 検 索 の 回 答 例

L3 23 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN

IN 2(3H)-Furanone, dihydro-5-hydroxy-3,4-dimethyl-, (3,4,5)- (9CI) MF C6 H10 O3

Relative stereochemistry.

**PROPERTY DATA AVAILABLE IN THE 'PROP' FORMAT** HOW MANY MORE ANSWERS DO YOU WISH TO SCAN? (1):1 L3 23 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN IN 2,5-Furandione-2-14C, 3-methyl-4-(methyl-t)- MF C6 H5 O3 T

HOW MANY MORE ANSWERS DO YOU WISH TO SCAN? (1):END => D SCAN L5 ← FAM 検 索 (CSS 検 索 ) の 回 答 例

L5 59 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN

IN 2,5-Furandione, 3,4-dimethyl-, polymer with 1,2-propanediol (9CI) MF (C6 H6 O3 . C3 H8 O2)x

CI PMS

**RELATED POLYMERS AVAILABLE WITH POLYLINK**

CM 1

CM 2

HOW MANY MORE ANSWERS DO YOU WISH TO SCAN? (1):END => D SCAN L9 ← SSS 検 索 の 回 答 例

L9 3245 ANSWERS REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN

IN 2(5H)-Furanone, 3-(1,8-dihydroxy-8-methylnonyl)-5-hydroxy-4-methyl- MF C15 H26 O5

HOW MANY MORE ANSWERS DO YOU WISH TO SCAN? (1):END

CH3 H3C OH O O S S R Me Me O O O C H C H 2 H 3 C O H O H (CH2)6 Me Me Me CH OH C OH O HO O Me CH2T 14C O O O EXA 検 索 は,作 図 していないところは,すべて水 素 が 結 合 した化 学 物 質 (立 体 異 性 体 ,同 位 体 ) がヒット FAM,CSS 検 索 では,EXA 検 索 の回 答 + その多 成 分 物 質 (ポリマー,塩 ,付 加 化 合 物 ) がヒット SSS 検 索 は CSS (FAM) 検 索 の回 答 + 作 図 した構 造 の あらゆる位 置 に置 換 基 が付 いた化 学 物 質 もヒット

(26)

A 構造検索の概要

18

回答表示 (REGISTRY ファイルの場合)

■ 回 答 表 示

・ REGISTRY ファイルの各 レコードには,以 下 のようなさまざまな情 報 が収 録 されている.

- CAS 登録番号,化学物質名,分子式,構造図

-

配列

- 物性データ,スペクトルデータ

-

CAS ロール (スーパーロール)

■ 表 示 形 式

・ 調 査 内 容 に適 した表 示 形 式 を指 定 する.

表 示 形 式 内 容 SAM 名 称 (CA 索 引 名 ),分 子 式 ,クラス識 別 子 ,構 造 図 ,配 列 長 SCAN SAM と同 じ (回 答 番 号 指 定 不 可 : ランダム表 示 ) IDE (デフォールト) 基 本 的 な物 質 情 報 (CAS 登 録 番 号 ,名 称 ,構 造 を含 む) (化 学 物 質 名 は 50 まで表 示 ) IDERL IDE,CAplus ファイルのスーパーロールと資 料 種 類 FIDE すべての物 質 情 報 (RSD,スーパーロール,物 性 などを含 む) ALL FIDE,CA ファイル中 の最 新 の 10 文 献 (ALL 表 示 形 式 )

* 表 示 されるフィールドによって異 なる. 表 示 形 式 REGISTRY CA 回答番号 RN IN CN MF CI 構造 ED FS LC REF ロール RSD 物性 文献 SAM ○ - ○ - ○ ○ ○ - - - - - - SCAN - - ○ - ○ ○ ○ - - - - - - IDE (デフォールト) ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ - - - - IDERL ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ - - - FIDE ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ - ALL* ○ ○ * ALL 表 示 形 式 を指 示 すると,CA ファイルのデータ (最 新 10 件 分 ) も表 示 される

・ 入 力 例

=> D L2 SCAN ← L2 の 回 答 を SCAN 表 示 形 式 で ラ ン ダ ム に 表 示 => D L1 1-3 IDE ← L1 の 1~ 3 番 目 の 回 答 を IDE 表 示 形 式 で 表 示 => D L4 5 FIDE ← L4 の 5 番 目 の 回 答 を FIDE 表 示 形 式 で 表 示

=> D L1 1-3 (IDE)

L 番号 回 答 番 号 表 示 形 式 * L 番 号 ,回 答 番 号 ,表 示 形 式 を省 略 すると, デフォールト (直 前 の L#,1 番 目 の回 答 , IDE 表 示 形 式 ) が指 定 される. 簡 易 詳 細 構 造 を確 認 できる

(27)

A 構造検索の概要

REGISTRY ファイル

イタレーション

(候 補 物 質 )

回 答

参考 : 構造検索のしくみとシステム制限

■ 構 造 検 索 は,二 つのステップを経て実 行 されている.

① スクリーン検 索 : 作 図 した構 造 と大まかな特 徴 が一 致 する化 学 物 質 の集 合 を作 成 する

② イタレーション検 索 : スクリーン検 索 を通 過 した物 質 について,作 図 した構 造 と適 合 するか

を詳 細 にチェックする

=> S L1

・ REGISTRY ファイルの構 造 検 索 におけるシステム制 限 値

オンライン検 索 BATCH 検 索 * サンプル検 索 フルファイル検 索 フルファイル検 索 イタレーション数 1,000,000 件 6,000,000 件 8,000,000 件 回 答 数 50 件 6,000,000 件 8,000,000 件 * BATCH 検 索 とは,構 造 質 問 式 をシステムに登 録 しておき,データベースの利 用 が少 ない時 間 に 一 括 して検 索 させる方 法 である.オンライン検 索 に比 較 してシステム制 限 が緩 和 される.

REGISTRY ファイルでは PROJECTED ITERATIONS (予 想 候 補 物 質 ) の数 がシステム制 限

値 を超える場 合 に,FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **INCOMPLETE** となる.

そのままフルファイル検 索 を実 行 すると,システム制 限 値 以 降 の候 補 物 質 を検 索 することなく

終 わってしまうため,不 完 全 な検 索 となる.

例 : ・ ヘテロ原 子 1 個 以 上 ・ 5 員 環 1 個 以 上

① スクリーン検 索

② イタレーション検 索

構 造 質 問 式 L1

(28)

A 構造検索の概要

20

まとめ

・ 構 造 検 索 を実 行 する際 には,目 的 に合 った検 索 のタイプと検 索 範 囲 を指 定 する.

- 検索タイプの指定により,同じ構造質問式でも得られる回答が異なる.

- フルファイル検 索 を実 行 する前 に必 ずサンプル検 索 を実 行 して,回 答 例 や予 想 回 答 件 数

を確 認 する.

練習問題

1. 下 記 の構 造 で EXA,FAM,SSS 検 索 を実 行 して,得 られた回 答 を比 較 する.

→ 回 答 は P.78

(29)

B 便利な作図機能

誘 導 体 検 索 に欠 かせない便 利な作 図 機 能 をご紹 介 します.

繰 り返 しグループや可 変 置 換 位 置 ,G グループなどの作 図 機 能 や,

ノード属 性 ,結 合 属 性 などの属 性 (アトリビュート) を指 定 すると,

幅 広 い誘 導 体 検 索 が可 能 です.

(30)
(31)

B 便利な作図機能

便利な作図機能一覧

■ REGISTRY ファイルの部 分 構 造 検 索 (SSS) または閉 構 造 部 分 構 造 検 索 (CSS) では,誘 導 体

検 索 に便 利 な様々な作 図 機 能 を利 用 することができる.

■ 便 利 な作 図 機 能 の例

・ 環 の孤 立 化 : 作 図した以 外 の環 の縮 合 やスピロ型 結 合 は除 く

目 的 の回 答 縮 合 環 スピロ環 架 橋 型 環 の孤 立 化 を指 定 不 要 な回 答

・ 可 変 置 換 位 置 : 環 上 の置 換 位 置 が可 変 である場 合 の作 図

まとめて作 図 したい オルト位 メタ位 パラ位 可 変 置 換 位 置 の指 定

・ 繰 り返しグループ : 繰 り返 し単 位 を含 む構 造 をまとめて作 図

まとめて作 図 したい 繰 り返 しグループの設 定

・ G グループ : 一つのノードが複 数 の原 子 や部 分 構 造 となる可 能 性 がある場 合 の作 図

G1 = O/N/COOH/X まとめて作 図 したい G グループの設 定

(32)

B 便利な作図機能

22

環の孤立化

■ 「環 の孤 立 化 」 は,作 図 した環 系 を孤 立 させる,つまり他 の環 が縮 合 またはスピロ型 結 合 しない

ことを指 定 する属 性 である.

目 的 の回 答 縮 合 環 スピロ環 架 橋 型

環 の孤 立 化 を指 定

不 要 な回 答

■ 環 の孤 立 化 の指 定 方 法

① 孤 立 化 を指 定 したい環 のいずれか一 つのノード (原 子 ) にポインタを合 わせて右 クリックし,

ポップアップメニューから 「環の孤 立 化 」 を選 択 する.

② 「環 の孤 立 化 」 ダイアログボックスが表 示 される.「孤 立 」 を選 択 し,「OK」 をクリックする.

デ フ ォ ー ル ト は 「孤 立 /非 孤 立 」 環 の孤 立 化 は,環 系 中 の 1 つのノードに 指 定 すれば環 系 全 体 に適 用 される 「質 問 式 属 性 」 ウィンドウを開 くと, ポ イ ン タ を 重 ね た ノ ー ド の 属 性 を 確 認 できる

(33)

B 便利な作図機能

可変置換位置

■ 「環」 または 「一つの環 系 」 に対 する置 換 基 の可 変 な結 合 位 置 を指 定 できる.

オルト,メタ,パラ置 換 体 まとめて検 索 したい 可 変 置 換 位 置 の指 定

■ 作 図 例

① 基 本 骨 格 と置 換 基 を離 して作 図 する.

② ハイライトツールに切り替 えて,置 換 基 と結 合 先 の置 換 位 置 を同 時 に選 択 する.

(複 数 のノードを選 択 するには,SHIFT キーを押 しながらクリックする.)

③ 「作 図 」 メニューから 「可 変 置 換 位 置 (VPA)」 を選ぶ.

■ 可 変 置 換 位 置 を指 定 するときの注 意 点

・ 置 換 基 の結 合 先 として指 定 できるのは一 つの環 系 上 のノードのみ.鎖 上 のノードや,複 数 の環

系 上 のノードには指 定 できない.

・ 2 つ以 上 の置 換 基 が結 合 する場 合 は,置 換 基 を必 要 な数 だけ作 図 して,それぞれに可 変 置

換 位 置 を指 定 する.

置 換 基 は離 して作 図 する

Shift キーを押 しながらクリック し て置 換 基 と 結 合 位 置 を 同 時 に選 択

「 表 示 」 → 「 VPA の 表 示 」 で 結 合 位 置 の 表 示 /非 表 示 を切 り替 えられる

(34)

B 便利な作図機能

24

繰り返しグループ

■ 繰 り返しグループを利 用 すると,繰り返 しを含む構 造 をまとめて作 図 できる.

まとめて作 図 したい 繰 り返 しグループの設 定

■ 作 図 例

① 繰り返 し部 分 を含 めて基 本 骨 格 を作 図 する.ハイライトツールをクリックする.

② ハイライトツールで基 本 骨 格 中 の繰 り返し部 分 を選 択 する.

(複 数 のノードを選 択 するには,SHIFT キーを押しながらクリックする.)

③ 「作 図 」 メニューから 「繰り返 しグループ」 を選 ぶ.

④ 繰り返 す値 を入 力 し,「OK」 をクリックする.

■ 繰 り返しグループを指 定 するときの注 意 点

・ 繰 り返しの範 囲 は 0 ~ 20

・ 繰 り返しグループには結 合 点 が二 つ必 要

・ 繰 り返し単 位 間 の結 合 は指 定 できない

・ Ak のみを 2 回 以 上 繰 り返 す指 定 はできない

Shift キ ー を 押 し な が ら 繰 り 返 す 部 分 をクリックする

繰 り返 しグループを取 り消 す 場 合 は , 消 し ゴ ム ツ ー ル で 繰 り返 し数 を削 除 する 結 合 点 が 一 つ し か な い た め 繰 り返 しの指 定 はできない 繰 り 返 し 単 位 間 の 結 合 は 不 定 として検 索 される

(35)

B 便利な作図機能

参考 : 繰り返しグループの活用方法

■ 繰 り返 しグループは鎖 上 のノードに対 してだけでなく,環 上 のノードにも指 定 できるため,下 記 の

ような条 件 にも利 用 できる.

【条 件】

右 の環 は 5~7 員 環 で,ヘテロ環でもよい.

また,環 内 の結 合 の次 数 は問わない.

・ 作 図 方 法

- 炭素環またはヘテロ環である 5~7 員環は,可変原子 A (水素以外) を利用

- 環内の結合は次数を特定しないため,5~7 員環の結合は不定を利用

5 員 環 6 員 環 7 員 環

上 記 3 つの構 造 を繰 り返 しグループを用 いて一 つの構 造 にまとめる

* 可 変 原 子 選 択 ,Bond Selection については 「化 学 物 質 検 索 I – 基礎」 講習会テキストを参照 5~7 員 環

(36)

B 便利な作図機能

26

G グループ

■ G グループを利 用 すると,一 つのノードに複 数 の原 子 やショートカット,可 変 原 子 やフラグメントを

指 定 できる.

G1 = O/N/COOH/X まとめて検 索 したい G グループを作 成

■ 作 図 例 1 : 上 記 の構 造 をまとめて検 索 する (G1 は O,N,COOH または X)

・ 原 子 ,ショートカット,可 変 原 子 を G グループの中 に含める.

G グループの中 身 を決 める

G を作 図 する

① 基 本 骨 格 を作 図 してから,「作 図」 メニューを開 いて 「G グループ」 を選 択 する.

② 「新 規 作 成 」 をクリックする.

G グループ (箱 ) を作 成

O,N

【原 子】

COOH

【ショートカット】

X

【可 変 原 子 】

G グ ル ー プ を 作 図 す る ノ ー ド は 炭 素 原 子 で作 図 しておく

G

G

G

(37)

B 便利な作図機能

③ G1 に含 める内 容 を指 定 し 「保 存 」 をクリックする.

④ 「1 回 使 用 」 を選 択 し,ペンシルツールで G1 を作 図 する.G グループに指 定 した内 容 は,画 面

上 部 の Q アイコンで開く 「質 問 式 属 性 」 ウィンドウで確 認 することができる.

N,O

COOH

X

G グループの 中 身 を指 定 選 択 内 容 が表 示 される 中 身 を 決 め た ら 保 存 する

G

(38)

B 便利な作図機能

28

■ 作 図 例 2 : 自 分 で作 図 した構 造 を G グループに入 れて検 索 する (フラグメントの指 定 )

どこに結 合 してもよい

・ 原 子 , ショ ートカット , 可 変 原 子 にな い構 造 で も, 自 分 で 作 図 して G グル ープの 内 容 として

指 定 することができる.

フラグメントを作 成 @ をつける G グループを作 成 して G グループを作 図 中 身 を指 定 する @ を付 けるとシステムが G グループに 含 めるフラグメントであると認 識 する. 基 本 骨 格 と結 合 する位 置 に @ を付 ける

① 基 本 骨 格 を作 図 する.また,G グループの内 容 として指 定 したいフラグメント (部 分 構 造 ) を

同 一 画 面 上 に離 して作 図 する.

フ ラ グ メ ン ト を作 図

G

G

フラグメントを作 図 G グ ル ー プ を 作 図 す る ノ ー ド は 炭 素 原 子 で 作 図 しておく

(39)

B 便利な作図機能

② 作 図 メニューから 「G グループ」 を選ぶ.

③ 「@ 結 合 位 置 」 を選 択 して,「複 数 回 使 用 」 をクリックする.

④ G グループに含 めるフラグメント中 での結 合 点 となるノードをクリックすると,@ が付 与 される.

@ が付 与 された構 造 は,G グループのフラグメントとして認 識 されるようになる.

「@ 結 合 位 置 」 を ハイライト 結 合 点 を指 定 する アクティブな原 子 は @ (結 合 位 置 ) に変 更 されている (元 に戻 す場 合 は C/- ボタンをクリックする) @ を付 与 する

(40)

B 便利な作図機能

30

⑤ 再 度 ,作 図 メニューから 「G グループ」 を選 択 して,「新 規 作 成 」をクリックする.作 図 したフラグメ

ントを G グループに含 めるため,「フラグメント」を選 択 する.

⑥ G グループフラグメントダイアログボックスが表 示 される.ハイライトされているフラグメントを含 める

場 合 は, 「このフラグメントを使 う」 にチェックを入 れ,「次 のフラグメント」 をクリックする.

* 「全 フラグメントを使 う」 を選 択 すると,結 合 位 置 (@) を付 与 したすべてのフラグメントが自 動

的 に G グループの中 に入 り,⑧ の画 面 に切 り替 わる.

⑦ 別 の フラ グメ ン トがハ イライ トされ た G グ ル ープフラ グメ ント ダイア ロ グボッ クス が 表 示 され る.

ハイライトされたフラグメントを含 める場 合 には, 「このフラグメントを使 う」 にチェックする.すべて

のフラグメントを含 めたら,「OK」 をクリックする.

「フラグメント」 をクリックする (@ が 付 与 さ れ たフ ラ グメ ン ト が あ ると ボタンがアクティブになる) G グループを作 成 して中 身 を指 定

G

(41)

B 便利な作図機能

⑧ フラグメントの指 定 が終 了 すると,G グループの定 義 としてフラグメントのノード番 号 が表 示 される.

終 了 したら,「保 存 」 をクリックする.このノード番 号 は設 定 が終 了 後 ,作 図 画 面 の @ マークの隣

にも同じ番 号 が表 示 される.

⑨ G グループが定 義 される.「1 回 使 用 」 または 「複 数 回 使 用 」 を選 び,ペンシルツールで G1 を

作 図 する.

G グループを作 図

G

(42)

B 便利な作図機能

32

■ G グループを指 定 するときの注 意 点

・ G1-G20 まで作 成 できる.

・ 各 G グループ内 に最 大 20 種 類 の値 (原 子 ,ショートカット,G グループ,フラグメント) を

指 定 できる.

・ G グループの結 合 位 置 (@) は全 G グループあわせて合 計 100 箇 所まで付 与 できる.

・ G グループの中 に可 変 置 換 位 置 (VPA) を指 定 したフラグメントを入 れることはできない.

・ G グループの中 に H (水 素 ) を含 めるとノイズが生じる場 合 がある (後 述 ).

・ 使 用 しないフラグメントは必 ず削 除 する.

・ ベンゼン環 を G グループに指 定 する際 ,無 置 換 ベンゼンの場 合 はショートカットの Ph を

利 用 し,置 換 ベンゼンも含 める場 合 はベンゼン環 をフラグメントとして作 図 する.

参考 : 可変置換位置 (VPA) を指定したフラグメント

■ G グループには可 変 置 換 位 置 (VPA) を指 定 したフラグメントを入れることはできない.

・ すべての置 換 位 置 のパターンをフラグメントとして作 図 して,G グループに含 めるとよい.

エラーメッセージが 表 示 される

(43)

B 便利な作図機能

参考 : G グループ内に水素を指定する場合の注意点

■ G グループ内 に水 素 を指 定 するとノイズを生 じることがある.ただし,目 的 の化 合 物 が検 索 から

もれることはない.

・ ノイズを生 じない場 合

G グループに結 合 するノードが他 に水 素 と結 合 しない

G1 = H,Cl,CH3

・ ノイズを生 じる場 合

G グループに結 合 するノードが …

■ 作 図 例 と検 索 結 果 の比 較

・ ノイズを生 じる作 図 例 (L1)

G1 = H, CH3

=> FILE REGISTRY => S L1 : => S L1 FUL L4 80 SEA SSS FUL L1 => S L2 : => S L2 FUL L6 71 SEA SSS FUL L2

① 水 素 に結 合 している,または水 素 を

含 むショートカット記 号 の場 合

G1 = H, Cl, CH3

② 水 素 を含 む複 数 の G グループと

結 合 する場 合

G1 = H, Cl, CH3

・ 好 ましい作 図 例 (L2)

水 素 と結 合 G1 = CH2, [@1] (CH を含 めたフラグメントと CH2 を G グループとして作 図 する) Me Ph Ph N N H O Ph Ph OH N N O H [正 しい回 答 ] [L4 に含 まれるノイズ]

(44)

B 便利な作図機能

34

G を作 図 する

【応用】 結合点が 2 点ある G グループの作図

結 合 点 が 2 点 ある構 造 もフラグメントとして G グループの中 に入 れることができる.

① G グループの内 容 に含 めたい部 分 構 造 フラグメントと基 本 骨 格 を,同 じ作 図 画 面 中 に作 図 する.

フラグメントに結 合 点 を指 定 し,G グループを定 義 する.

フラグメントを作 成 し @ をつける G グループ (箱 ) を作 成 し,中 に入 れる 含 め る フ ラ グ メ ン ト の 両 端 に @ をつける G グ ル ー プ の 向 きを指 定 基 本 骨 格 中 の 原 子 と 隣 り 合 う,フラグメント中 の原 子 を指 定 する 基 本 骨 格 と結 合 する 2 つのノードに @ をつける. 同 じフラグメントでも指 定 する際 の向 きが異 なるため, 2 つ作 図 しておく.

G

G

(45)

B 便利な作図機能

② 作 図 した構 造 質 問 式 を保 存 する.ファイル名 を入 力 し,「保 存 」 をクリックする.一 つのフラグメント

に二 つ以 上 の結 合 点 がある場 合 は, 「G グループの向き」 にチェックが入 っていることを確 認 し.

「保 存」 をクリックする.

③ フラグメントの向 きを指 定 する画 面 が表 示 される.基 本 骨 格 中 のハイライトされているノードと結 合

するフラグメント中 のノード番 号 (下 図 の例 では 1) を右 上 のボックスでハイライトさせ,「選 択 」 を

クリックする.

④ もう一 つのフラグメントの向 きを指 定 するダイアログボックスが表 示 される.先 ほど指 定 した向 きと

は逆 方 向 になるようにノード番 号 を指 定 し,「選 択 」 ボタンをクリックする.すべてのフラグメントの

指 定 が終 わったら,設 定 が完 了 する.

2

1

基 本 骨 格 中 のハイライトされているノードと,フラグメント 中 のどちらのノードが結 合 するかを選 択 する G1

4

3

G1 フラグメント中 の 3 の窒 素 と結 合 クリックすると 3,4 を含 むフラグメントが表 示 される

(46)

B 便利な作図機能

36

ノードの属性

■ 「ノードの属 性 」 は,ノードが 「環 上 ,鎖 上 ,環 または鎖 上」 にあることを指 定 する属 性 である.

ノードの属 性 を 「環 /鎖 」 に変 更

・ 作 図 したままのデフォールトでは,鎖 上 のノードの属 性 は 「鎖 」 に指 定 されている.属 性 を変

更 しない限 り,このノードが環の一 部 となるような物 質 は検 索 されない.

・ 「ノードの属 性 」 を 「環 /鎖 」 に変 更 すれば,ノードが環 上 でも鎖 上 でも検 索 される.

■ 作 図 例

① 属 性 を変 更 したいノード (原 子 ) にポインタを合 わせて右 クリックし,ポップアップメニューから

「ノードの属 性 」 を選 択 する.

② 「ノード属 性 」 ダイアログボックスが表 示 される.属 性 を指 定 し,「OK」 をクリックする.

■ ノードの属 性 を指 定 するときの注 意 点

・ ノード属 性 を変 更 しても,そのノードに係 わる結 合 の属 性 は影 響 されない.

デフォールトの属 性 は 「鎖 」 ノードの属 性 を変 更 しても,このノード に 結 合 し て い る 結 合 の 属 性 は 「 鎖 」 のままで変 更 されない

(47)

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参考 : G グループに対するノード属性の指定

■ G グループのノードの属 性 は,鎖 上 にあれば鎖 ,環 上 にあれば環 と認 識 されている.G グループ

のノード属 性 を直 接 変 更 することはできない.

・ G グループに属 性 を指 定 する場 合 は,G グループの内 容 となる原 子 や一 般 式 グループをフラ

グメントとして作 図 し,そのフラグメントに属 性 を指 定 する.

■ 作 図 例

G1 は C,N,O のいずれかであり,これらの元 素 は

環 の一 部 になっても鎖 の一 部 になってもよい

① 各 フラグメントの 「ノードの属 性 」 を 「環 /鎖 」 と指 定 する ② G グループに含 める ポイント G グループに含 める原 子 を一 覧 表 から選 択 せずに, フラグメントとして作 図 する

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38

結合の属性

■ 「結 合 属 性 」 は,結 合 の種 類 (環 ,鎖 ,環 または鎖 ) と,ノーマライズド結 合 の可 能 性 を指 定 する

属 性 である.(ノーマライズド結 合 については APPENDIX 参 照 )

結 合 の属 性 を 「環 /鎖 」 に変 更

・ 作 図 したままのデフォールトでは,環 外 の結 合 の属 性 は 「鎖 」 に指 定 されている.結 合 属 性 を

変 更 しない限 り,この結 合 が環の一 部 となる物 質 は検 索 されない.

・ 作 図 した鎖 結 合 が環 の一 部 になってもよい場 合 は,「結 合 の属 性 」 を 「環 /鎖 」 に変 更 する.

■ 作 図 例

① 属 性 を変 更 したい結 合 にポインタを合 わせて右 クリックする.

② 「結 合 属 性 」 ダイアログボックスが表 示 される.属 性 を指 定 し,「OK」 をクリックする.

■ 結 合 の属 性 を指 定 するときの注 意 点

・ 結 合 の属 性 を変 更 すると,その結 合 の両 端 のノードの属 性 も変 更 される.

デ フ ォ ー ル ト の 属 性 は 「鎖 」 結 合 の属 性 を変 更 すると,両 端 のノード属 性 も 自 動 的 に変 更 される

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一般式属性

■ 「一 般 式 属 性 」 は,一 般 式 グループ記 号 (Hy,Cb,Cy,Ak) について 「飽 和 度 」,「鎖 の種 類 」,

「ヘテロ原 子 の数」,「環 系 の種 類 」,「炭 素 原 子 数 」 のような大 まかな特 徴 を指 定 できる.

一 般 式 属 性 を 「直 鎖 」「飽 和 」 「炭 素 数 7 未 満 」 に指 定

・ 一 般 式 グループ記 号 として,次 の 4 種 類 を使 用 できる.

一 般 式 記 号 Hy Cb Cy Ak 内 容 ヘテロ環 炭 素 環 任 意 の環 鎖 式 炭 素 検 索 される 構 造 少 なくとも一 つの 非 炭 素 原 子 を 含 む環 炭 素 のみから なる環 環 なら何 でもよい 全 鎖 式 炭 素 直 鎖 分 岐 飽 和 不 飽 和 置 換 あり 置 換 なし 環 とは縮 合 環 ,スピロ環 を含 む 作 図 可 能 な 置 換 基 の数 16 個 まで置 換 基 の指 定 が可 能 注 意 事 項 Hy,Cb,Cy はそれ自 体 孤 立 した環 系 を示 すため, 「環 の孤 立 (Ring Isolation)」 は適 用 されない *

* Ak ノードの直 鎖 ,分 岐 の指 定 の注 意

- イソプロピル基,sec-ブチル基はシステム上,直鎖のアルキル鎖として認識されている.

Ak ノードに分 岐 を指 定 すると,イソプロピル基 や

sec-ブチル基 などは除かれてしまう.

直 鎖 , 飽 和 で 炭 素 数 が 7 未 満 の炭 素 鎖 を検 索 ヒット 直 鎖 に指 定 イソプロピル基 分 岐 のないアルキル鎖 と認 識

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40

■ 作 図 例

① 属 性 を変 更 したいノード (Hy,Cb,Cy,Ak) にポインタを合 わせて右 クリックし,ポップアップメ

ニューから 「一 般 式 属 性 」 を選 択 する.

② 「一 般 式 定 義 」 ダイアログボックスが表 示 される.指 定 できる属 性 のみアクティブになっている.

目 的 の属 性 を指 定 して 「OK」 をクリックする.(デフォールトはすべて不 定 )

特 定 の ヘ テ ロ 原 子 数 お よ び 炭 素 原 子 数 を 指 定 す る に は 「元 素 数 」 を利 用 する Hy,Cb, Cy では「単 環 」と 「多 環 (縮 合 環 )」を選 択 できる

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元素数

■ 「元 素 数 」 を指 定 すると,一 般 式 グループ (Hy,Cb,Cy,Ak) について,元 素 の種 類 と数 を限 定

することができる.

元 素 数 を 「N 1-3,O 1-2」 に指 定

・ Ak (アルキル鎖 ) および Cb (炭 素 環 ) に対 して指 定 できる元 素 は C (炭 素 ) のみ.

また,C (炭 素 ) の数は 0 (ゼロ) を指 定 できない.

■ 作 図 例

① 元 素 数 を指 定 したい一 般 式 グループ (Hy,Cb,Cy,Ak) にポインタを合 わせて右 クリックし,

ポップアップメニューから 「元 素 数」 を選 択 する.

② 「元 素 数 」 ダイアログボックスが表 示 される.元 素 種 と存 在 数 を指 定 して 「追 加 」 をクリック

する.

③ 右 上 のボックスに元 素 数 の指 定 が表 示 される.「OK」 をクリックする.

N : 1~3 個 O : 1~2 個 を含 むヘテロ環 を検 索 元 素 の種 類 と数 を指 定 指 定 した定 義 がこのウィンドウに反 映 される. 異 な る 元 素 を 数 種 類 指 定 す る 場 合 は 元 素 ごと に ② の作 業 を繰 り返 す * 複 数 の元 素 を指 定 するときは,指 定 した 元 素 をすべて含 むものを検 索 する

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結合非水素数

■ 結 合 非 水 素 数 を指 定 すると,特 定 のノードに結 合 する水 素 以 外 のノードの数 を限 定 することがで

きる.

結 合 非 水 素 数 を 「ちょうど 4,環 /鎖 」 に指 定

・ 指 定 したノードに結 合 する水 素 以 外 のノードの数 だけでなく,結 合 の属 性 (鎖 ,環 ,環 /鎖 ) も

指 定 できる.

- 結合次数 (単結合,二重結合など) は問わない.

- 既に作図している構造中のノードの数,結合の属性も含める.

■ 指 定 内 容

・ 非 水 素 ノードの数

結 合 非 水 素 数 の指 定 指 定 範 囲 内 容 不 定 (デフォールト) 結 合 する非 水 素 ノードの数 は問 わない 特 定 正 確 な数 の指 定 結 合 する非 水 素 ノードの数 はちょうど n 個 最 小 値 の指 定 結 合 する非 水 素 ノードは n 個 以 上 最 大 値 の指 定 結 合 する非 水 素 ノードは n 個 以 下

・ 結 合 非 水 素 数 を指 定 したノードからの結 合 の属 性

指 定 範 囲 内 容 鎖 指 定 したノードからの鎖 結 合 の数 環 指 定 したノードからの環 結 合 の数 環 /鎖 指 定 したノードからの鎖 または環 結 合 の数 こ の 位 置 に 必 ず 2 つ の 置 換 基 が結 合 する物 質 のみを検 索 この位 置 に必 ず二 つの 置 換 基 がつく 例 : 結 合 非 水 素 数 を 4 にすれば,必 ず 置 換 基 が結 合 する (結 合 は環 /鎖 ) 数 を指 定 鎖 結 合 の場 合 環 結 合 の場 合

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■ 作 図 例

矢 印 のノードに結 合 非 水 素 数 「ちょうど 3,環 /鎖 」 を指 定 し,

得 られる回 答 を確 認 する

① 結 合 非 水 素 数 を指 定 したいノードにポインタを合 わせて右 クリックして,ポップアップメニュー

から 「結 合 非 水 素 数 」 を選 択 する.

② 「結 合 非 水 素 数 」 ダイアログボックスが表 示 される.指 定 したノードからの結 合 の属 性 および

結 合 する非 水 素 ノードの数 を指 定 し,「OK」 をクリックする.

ヒットする構 造 ヒットしない構 造

・ あるノードに,「ちょうど 3, 環 /鎖 」 と指 定 すると,指 定 したノードに対 し,水 素 以 外 のノードが

必 ず三 つ結 合 した物 質 のみヒットする.

結 合 の属 性 は問わず,置 換 の数 だけ指 定 したいときは 「環 /鎖 」 で指 定 する.

このノードに,「ちょうど 3, 環 /鎖 」 を指 定 鎖 :1 環 :2 環 /鎖 :3 鎖 :0 環 :3 環 /鎖 :3 鎖 :1 環 :2 環 /鎖 :3 鎖 :0 環 :2 環 /鎖 :2 鎖 :2 環 :2 環 /鎖 :4 結 合 次 数 は問 わない

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■ 利 用 例 1 : 特 定 の位 置 の置 換 基 のみを無 置 換 にする.

【条 件】

① Ak は何 も置 換 しない

② ベンゼン環 には何が置 換 してもよい

・ 作 図 方 法

-

Ak のみを無 置 換 にするためには,Ak ノードの結 合 非 水 素 数 を 「ちょうど 1,環 /鎖 」 に

指 定 する.

- 作図した構 造中で Ak は非水 素ノード O (酸 素) と結合している.これによって結合 非水

素 数 「ちょうど 1」 の条 件 が既 に満 たされているため,これ以 上 の非 水 素 ノードは Ak に

は結 合できない.

[ヒットする構 造 ]

[ヒットしない構 造 ]

Ak ノードに相 当 する部 分

置 換 基 の数 だけ制 限 したいときは,結 合 属 性 は 「環 /鎖」 を利 用 すると簡 単 である.

1 1 2 2

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■ 利 用 例 2 : 環 上 の特 定 の位 置 のみに環 の縮 合 を許 容 する.

・ 作 図 方 法

- SSS 検索で環を非孤立にすると目的でない位置で縮環した物質もヒットしてしまうため,

結 合 非 水 素 数 を利 用 して作 図 する.

-

矢印以外の原子に対し,結合非水素数 「ちょうど 2,環」 を指定して縮環を禁止する.

環 上 の特 定 の原 子 のみに環 の縮 合 を許 容 するには,縮 合 させたくないところに結 合 非 水 素 数

を指 定 する.このとき, 「環 」 の数 を制 限 するのがポイント.

- 上 記でハイライトしたノードでは縮 環は禁 止されるが,鎖 結 合で置 換した物 質は回 答として

得 られる.

- 矢 印 の位 置 のノードに対 しては結 合 非 水 素 数 の指 定 をしていないため,SSS 検 索 を実 行

すると無 置 換 の物 質 や鎖 結 合 で置 換 した物 質 ,縮 環 した物 質 が回 答 として得 られる.

■ 結 合 非 水 素 数 を指 定 するときの注 意 点

・ 環 の孤 立 化 と,結 合 非 水 素 数 ,結 合 の属 性 な

どを同 時 に指 定 する際 は,それぞれの設 定 が

矛 盾 しないようにする.

【条 件】

の位 置 でのみ,環 が更 に縮 環 してもよい.

環 上 の他 の位 置 では縮 環 を禁 じる.

矛 盾 した設 定 例

【結 合 非 水 素 数 】 環 ,ちょうど 3 = 縮 環 が必 須 環 の孤 立 化 = 縮 環 の禁 止

参照

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