■ ノーマライズド結 合
■ アップロードした構 造 の属 性 確 認
■ BATCH 検 索
■ RANGE 検 索 (範 囲 指 定 検 索 )
■ SAVE と ACTIVATE
APPENDIX
87
ノーマライズド結合
■ ノーマライズド結 合 とは，偶 数 員 環 中 の単 結 合 と二 重 結 合 の交 互 結 合 ，および互 変 異 性 結 合 な どに指 定 される結 合 タイプである．
・ 「エグザクト」 を指 定 した場 合 は，その部 分 の結 合 が 「エグザクト」 で登 録 されている化 合 物 のみが得 られ，その部 分 の結 合 が 「ノーマライズド」 で登 録 されている化 合 物 は得 られない．
■ STN Express や STN on the Web の構 造 作 図 Plug-in で作 図 するとノーマライズド結 合 を認 識 し，自 動 的 に結 合 タイプが指 定 される．
・ STN Express や STN on the Web の構 造 作 図 Plug-in ではあらゆる可 能 性 を考 慮 して，
自 動 的 にエグザクト/ノーマライズド結 合 が指 定 される．
- 自 動 的 に指 定 された結 合 タイプを変 更 したい場 合 は，結 合 属 性 画 面 で変 更 する．
・ 自 動 的 に指 定 される結 合 タイプの例
[例 1 ： ベンゼン環 ]
作 図 した構 造 図 結 合 タイプ 回 答 例
[例 2 ： シクロヘキサン環 ]
作 図 した構 造 図 結 合 タイプ 回 答 例
APPENDIX
・ 環の構 成 原 子 数 が偶 数 である．
・ 単 結 合 と二 重 結 合 が環 上 に交 互 に存 在 する．
■ ノーマライズド結 合 の例 － 環
・ 次 の条 件 を満 たす単 環 のすべての結 合 はノーマライズド結 合 として登 録 されている．
単 環 の場 合
縮 合 環 の場 合
・ 環 のノーマライズド結 合 の例 (矢 印 の部 分 はノーマライズド結 合 ではない)
・ 環の構 成 原 子 数 が偶 数 である閉 径 路 がある．
・ 単 結 合 と二 重 結 合 がその径 路 に沿 って 交 互 に存 在 する．
APPENDIX
89
■ ノーマライズド結 合 の例 － 互 変 異 性 (Tautomer)
・ 次 の定 義 に合 致 する互 変 異 性 結 合 は，ノーマライズド結 合 として登 録 されている．
・ 中 心 原 子 が 2 個 のヘテロ原 子 に結 合 している．
- 中 心 原 子 (②) ： C，N，P，As，Sb，S，Se，Te，Cl，Br，I - ヘテロ原 子 (①，③) ： N，O，S，Se，Te
・ 中 心 原 子 (②) と一 方 のヘテロ原 子 との結 合 は二 重 結 合 である．
・ 中心原子 (②) ともう一方のヘテロ原子との結合は単結合で表記でき，そのヘテロ原 子 には 水 素 ，水 素 の同 位 体 ，または電 荷 がある．
・ 互 変 異 性 のノーマライズド結 合 の例
H － ① － ② ＝ ③ ① ＝ ② － ③ － H
中 心 原 子 中 心 原 子
中 心 原 子
中 心 原 子 中 心 原 子
中 心 原 子
中 心 原 子
中 心 原 子
APPENDIX
アップロードした構造の属性確認
■ P.10 のように STN Express で 「コマンドで修 正 可 能 な形 式 でアップロード」 にチェックを入 れて 構 造 質 問 式 をアップロードし => D QUE L# と入 力 すると，構 造 質 問 式 の属 性 を確 認 できる．
■ => D QUE L# で表 示される主な属 性
・ NODE ATTRIBUTES (ノードの属 性 )
- CONNECT (結 合 非 水 素 数 ) - NSPEC (ノード属 性 )
- MLEVEL (マッチレベル) * - ECLEVEL (元 素 数 レベル) * - ECOUNT (元 素 数 )
* マッチレベル，元 素 数 レベルは MARPAT ファイルの構 造 検 索 時 のみに影 響 する属 性
・ GRAPH ATTRIBUTES (孤 立 環 /非 孤 立 環 の指 定 )
- 孤 立 環 (RSPEC) を指 定 した場 合 ： 環 系 が一 つの場 合 は RSPEC I と表 示 され，孤 立 環 が複 数 ある場 合 は，RSPEC <環 上 のノード番 号 > が表 示 される
- 孤 立 環 を指 定 しない場 合 (デフォールト ： 孤 立 /非 孤 立 ) ： RING(S) ARE ISOLATED OR EMBEDDED と表 示 される
・ STEREO ATTRIBUTES (立 体 化 学 情 報 )
- 立 体 構 造 を含 む質 問 式 の場 合 に，指 定 した立 体 化 学 情 報 が表 示 される
・ 結 合 属 性
- 結 合 の種 類 ，結 合 次 数 といった結 合 属 性 は，構 造 図 中 に記 号 や線で表 現 される
記 号 内 容 記 号 内 容
R 環 M 最 小 数
C 鎖 X 最 大 数
RC 環 または鎖 E 正 確 な数 (ちょうど)
表 示 結 合 次 数 表 示 結 合 次 数
A A 単 結 合 (SE) A A 単 結 合 またはノーマライズド結 合 (S) A A 二 重 結 合 (DE) A A 二 重 結 合 またはノーマライズド結 合 (D) A A 三 重 結 合 (T) A A ノーマライズド結 合 (N)
A A 不 定 結 合 (U)
表 示 鎖 結 合 の種 類 A A 鎖 結 合 A A 環 結 合
A A× 環 または鎖 結 合
APPENDIX
91
・ 表 示 例
=> FILE REGISTRY
=>
Uploading C:\Users\xxxxx\Documents\STN Express 8.6\Queries\Queries_App3.str L1 STRUCTURE UPLOADED
=> D QUE
L1 STR
NODE ATTRIBUTES:
NODE ATTRIBUTES:
HCOUNT IS M3 AT 12 ← ノ ー ド 番 号 12 の 水 素 数 ： 最 小 3 NSPEC IS R AT 1
NSPEC IS R AT 2 NSPEC IS R AT 3 NSPEC IS R AT 4
NSPEC IS R AT 5 ノ ー ド 番 号 1-6 は 環 上 (R) の ノ ー ド
NSPEC IS R AT 6 ノ ー ド 番 号 7, 8, 10, 12 は 鎖 上 (C) の ノ ー ド NSPEC IS C AT 7 ノ ー ド 番 号 9, 11 は 環 ま た は 鎖 上 (RC) の ノ ー ド NSPEC IS C AT 8
NSPEC IS RC AT 9 NSPEC IS C AT 10 NSPEC IS RC AT 11 NSPEC IS C AT 12
CONNECT IS E2 RC AT 4 ← ノード番号 4 の結合非水素数：ちょうど 2，環/鎖
DEFAULT MLEVEL IS ATOM ← マ ッ チ レ ベ ル の 設 定 (MARPAT フ ァ イ ル で 有 効 ) MLEVEL IS CLASS AT 8 9 10 11 12 ← 元 素 数 レ ベ ル の 設 定 (MARPAT フ ァ イ ル で 有 効 ) DEFAULT ECLEVEL IS LIMITED
ECOUNT IS M1-X2 N AT 7 ← Hy (ノ ー ド 番 号 7) の 元 素 数 ： 1-2 個 の 窒 素
GRAPH ATTRIBUTES:
RING(S) ARE ISOLATED OR EMBEDDED ← 環 系 ： 孤 立 /非 孤 立 NUMBER OF NODES IS 12 ← 全 体 の ノ ー ド 数 ： 12 個
STEREO ATTRIBUTES: NONE ← 立 体 化 学 情 報 ： な し C C
C C C C
Hy
C N O
C C
M3
1 2 6
5 3
4
7
8 9 10 12 11
【結 合 非 水 素 数 】 ちょうど 2
【ノード属 性 】 環 /鎖
各 ノードにノード番 号 が振 られ，結 合 属 性 が 構 造 図 中 に記 号 や線 で表 現 される
N-C (ノード番 号 9-11) の結 合 は環 または鎖
【結 合 属 性 】 環 /鎖
【元 素 数 】 1-2 個 の窒 素
ノード番 号 ノード属 性 と内 容
APPENDIX
BATCH 検索
■ BATCH 検 索 は，構 造 質 問 式 をシステムに登 録 することで，コンピュータの利 用 度 の少 ない時 に 一 括 して構 造 検 索 を行 わせる検 索 である．
・ オンラインでの検 索 に比 べてシステム制 限 値 が高 く設 定 されているため，オンラインでサンプル 検 索 したときに FULL FILE PROJECTIONS： ONLINE **INCOMPLETE** が表 示 されても，
BATCH 検 索 は実 行 できる場 合 がある．
・ 回 答 は 1～2 日 後 にオンラインで見 ることができる．
■ BATCH 検 索 を指 定 するには，質 問 式 の L 番 号 を使う．
・ 構 造 質 問 式 ，スクリーンセット，両 者 を結 合 した質 問 式 などの L 番 号 も使 用 可 能 ．
■ BATCH コマンド入 力 例
=> BATCH
ENTER QUERY L# FOR BATCH REQUEST OR (END):L1 ← 質 問 式 の L 番 号 ENTER BATCH REQUEST NAME OR (END):STR1/B ← 注 文 名 /B
ENTER TYPE OF SEARCH (SSS), CSS, FAMILY, OR EXACT:. ← 検 索 の タ イ プ ENTER SCOPE OF SEARCH (FULL) OR RANGE:. ← 検 索 の 範 囲 QUERY 'L1' HAS BEEN SAVED AS BATCH REQUEST 'STR1/B'
・ 以 下 のようにまとめて入 力 することもできる．
=> BATCH L1 STR1/B SSS FULL
QUERY 'L1' HAS BEEN SAVED AS BATCH REQUEST 'STR1/B'
■ BATCH 検 索 の回 答 表 示
・ 検 索 が実 行 されるまでは，=> D SAVED/B で質 問 式 が確 認 できる．
・ BATCH 検 索 が終 了 すると /B のついた質 問 式 は削 除 される．
=> D SAVED/B
NAME CREATED NOTES/TITLE
--- --- --- STR1/B 01 FEB 2016 BATCH REQUEST FOR FILE REGISTRY
FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **INCOMPLETE**
BATCH **COMPLETE**
PROJECTED ITERATIONS: 7461405 TO 7533275 PROJECTED ANSWERS: 2691872 TO 2735728
BATCH **COMPLETE**
のときに実 行 可 能
APPENDIX
93
■ BATCH 検 索 指 示 を取 り消 すには DELETE コマンドを使 う．
=> DEL STR1/B
DELETE STR1/B? (Y)/N:Y STR1/B DELETED
■ 検 索 実 行 後 ，回 答 は BATCH 検 索 の登 録 時 につけた名 前 に /A が付 与 され，回 答 セットとして 保 存 される．
=> FILE REGISTRY
=> D SAVED/A
NAME CREATED NOTES/TITLE
--- --- --- STR1/A 01 FEB 2016 2723981 ANSWERS IN FILE REGISTRY
■ 保 存 されている回 答 セットは ACTIVATE コマンドで呼 び出 して表 示 する．
=> FILE REGISTRY
=> ACT STR1/A L1 STR
L2 2723981 SEA FILE=REGISTRY SSS FUL L1
=> D IDE 3
L2 ANSWER 3 OF 2723981 REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN RN 1856523-53-9 REGISTRY
ED Entered STN: 31 Jan 2016 CN INDEX NAME NOT YET ASSIGNED MF C14 H27 N O
SR Chemical Catalog
Supplier: Ukrorgsyntez Ltd.
**PROPERTY DATA AVAILABLE IN THE 'PROP' FORMAT**
* 注 意
BATCH 検 索 で得 られた回 答 セット (例 ： STR1/A) は恒 久 保 存 となる．不 要 になった回 答 セット は DELETE コマンドで削 除 する (P.96 参 照)．
Me
Me NH CH CH
OH
APPENDIX
RANGE 検索 (範囲指定検索)
■ サンプル検 索 の結 果 FULL FILE PROJECTIONS が ONLINE，BATCH 共 に **INCOMPLETE**
であっても，RANGE 検 索 を利 用 して複 数 回 フルファイル検 索 を実 行 すれば，すべての回 答 を得 る ことができる．
・ RANGE 検 索 とは，データベースの特 定 の範 囲 を指 定 して検 索 する方 法 ．
- REGISTRY ファイルでは CAS 登 録 番 号 を用 いて範 囲を指 定 することができる．
・ フルファイル検 索 を複 数 回 行 う場 合 は，必 ず事 前 に PROJECTED ITERATIONS の数 を確 認 して，何 回 フルファイル検 索 を行 う必 要 があるのかを予 想 する．
■ 検 索 例 ： 以 下 の構 造 を有 する物 質 を検 索 する
=> FILE REGISTRY
=>
Uploading C:\Users\xxxxx\Documents\STN Express 8.6\Queries\Queries_App_104.str L1 STRUCTURE UPLOADED
=> S L1
FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **INCOMPLETE**
BATCH **INCOMPLETE**
PROJECTED ITERATIONS: 9782122 TO 9863838 PROJECTED ANSWERS: 3286400 TO 3334760 L2 50 SEA SSS SAM L1
=> S L1 FUL
FULL SEARCH INITIATED 10:58:03 FILE 'REGISTRY' FULL SCREEN SEARCH COMPLETED - 9841404 TO ITERATE
61.0% PROCESSED 6000000 ITERATIONS 2255831 ANSWERS INCOMPLETE SEARCH (SYSTEM LIMIT EXCEEDED)
SEARCH TIME: 00.00.12
FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **INCOMPLETE**
BATCH **INCOMPLETE**
PROJECTED ITERATIONS: 9841404 TO 9841404 PROJECTED ANSWERS: 3694381 TO 3705799 L3 2255831 SEA SSS FUL L1
FULL FILE PROJECTIONS: ONLINE **INCOMPLETE**
BATCH **INCOMPLETE**
PROJECTED ITERATIONS: 9782122 TO 9863838 PROJECTED ANSWERS: 3286400 TO 3334760
オンライン検 索 時 のイタレーション検 索 の制 限 値 は 6,000,000 であるため，
2 回 フルファイル検 索 すればファイル 全 体 を検 索 できると考 えられる．
・ 環 は縮 合 しない
・ 置 換 基 は付 いてもよい
PROJECTED ITERATIONS が
約 9,863,000 な の で ， 2 回 フ ル フ ァ イ ル 検 索 を実 行 すれば，イタレーション検 索 が 完 了 する ＝ 構 造 検 索 が完 了 する
スクリーン検 索 の結 果 ， 候 補 物 質 は 9,841,404 物 質 フルファイル検 索 を行 う
オンライン検 索 時 のイタレーション 検 索 の制 限 値 で検 索 が中 断 する．
APPENDIX
95
構 造 検 索 は，新 規 に登 録 された物 質 から順 に遡 って実 行 される．したがって，検 索 が中 断 さ れたレコードまでの検 索 は完 全 に行 われているため，その物 質 以 前 に登 録 された CAS 登 録 番 号 の範 囲 で RANGE 検 索 を実 行 し，ファイル全 体 の検 索 を完 了 させる．
・ カンマ (，) の位 置で，「以 前 」「以 降 」 を指 定 する．
・ RANGE 検 索 にはサンプル検 索 はなく，すべてフルファイル検 索 になる．
=> D 2255831 RN
L3 ANSWER 2255831 OF 2255831 REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN RN 889862-13-9 REGISTRY
=> S L1 SSS
RAN=,889862-13-9
RANGE MORE THAN 100,000. WILL BE BILLED AS A FULL FILE SEARCH.
INITIATE SEARCH? Y/(N):Y
RANGE SEARCH INITIATED 10:59:10 FILE 'REGISTRY' RANGE SCREEN SEARCH COMPLETED - 3841413 TO ITERATE
100.0% PROCESSED 3841413 ITERATIONS 1068076 ANSWERS SEARCH TIME: 00.00.05
L4 1068076 SEA RAN=(,889862-13-9) SSS L1
=> S L3 OR L4
L5 3323906 L3 OR L4
=> D
L5 ANSWER 1 OF 3323906 REGISTRY COPYRIGHT 2016 ACS on STN RN 1875676-74-6 REGISTRY
ED Entered STN: 28 Feb 2016 CN INDEX NAME NOT YET ASSIGNED MF C17 H18 O2
SR CA
(CH2)4 C O O
CH CH2
=> S L# 検索タイプ RAN=，CAS 登録番号
↑ CAS 登録番号以 前 に登録された物質を構造 検索する
=> S L# 検索タイプ RAN=CAS 登録番号，
↑ CAS 登録番号以 降 に登録された物質を構造 検索する
その CAS 登 録 番 号 以 前 の物 質
= 889862-13-9 より古 い物 質 を 889862-13-9 を含 めて検 索 する．
フルファイル料 金 が課 金 される旨 のメッセージ．
検 索 を実 行 するには Y と入 力 する．
最 後 にヒットした物 質 の CAS 登 録 番 号 を調 べる
APPENDIX