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LIMS ワークリストの書式
はじめに
Chromeleon では、必要な情報が決められたワークリスト書式(wlex)で提供される場合、LIMS からシーケンスを作成
できます。
ワークリストの書式
Chromeleon でシーケンスを使用するために必要なワークリストの書式(.wlex)は、XML ベースの書式です。注入リス
ト、シーケンスで使用するファイル、およびシーケンスのプロパティを定義します。使用する要素は以下のとおりです。
<Worklist> ルート識別子
<Options> ワークリストをインポートするための一般パラメータ
<Templates> 関連アイテム(装置メソッド、処理メソッド、レイアウト、報告書テンプレート、ドキュメントなど)の場所
<Sequence> シーケンスのプロパティおよび注入リストの記述
<Injection> 該当する場合、すべての注入変数およびカスタム変数の記述
利用可能な要素および属性の詳細は、以下の表をご覧ください。特に記述されていない限り、要素および属性はすべ
て必須です。
Options の要素
属性 説明 allowAppendInjections 既定設定では、シーケンスが既存の場合、シーケンスの作成は中断されます。この属性を true に設定すると、注入は既存のシーケンスに追加されます。 deleteWorklist true に設定すると、シーケンスが正常に作成された場合、ワークリストは削除されます。 renameOnError true に設定すると、シーケンスの作成中にエラーを引き起こしたワークリストは名前が変更され、 ファイル拡張子が"wlex.failed"になります。例：
Templates の要素
以下のメンバ要素があります。
AssociatedItem：指定したシーケンスにコピーする関連アイテム(装置メソッド、処理メソッド、表示設定、報告書テンプ
レート、ドキュメント)の名前および URL を記述します。関連アイテムの名前が URL で指定する名前と同じでない場合
は、そのアイテムの名前が変更されます (属性：name、url)。
CustomVariable：シーケンスまたは注入を記述する際に使用するカスタム変数の短縮名を記述します。url は、希望
のカスタム変数がグローバルカスタム変数リストで指定されているデータ保管庫を参照します(属性：name、url)。
属性 説明 name 関連アイテムまたはカスタム変数の名前url 関連アイテムまたはカスタム変数のデータ保管庫の Chromeleon URL
例：
<Templates>
<AssociatedItem name="PAH340"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/Templates/PAH340.instmeth"/> <CustomVariable name="LimsSampleID"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal"/> </Templates>
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Sequence の要素
属性 説明 name 生成するシーケンスの名前 url シーケンスを生成するフォルダの場所。指定された場所にある既存のシーケンスが上書きされる ことは決してありません。allowAppendInjections 属性が true に設定されている場合(上記参照) はワークリストで指定された注入が既存シーケンスに追加され、それ以外の場合はシーケンスの 作成が中断されます。 comment シーケンスのプロパティに追加するコメント preferredViewSettings シーケンスの注入を開くときに使用する表示設定 preferredReportTemplate シーケンスの注入を開くときに使用する報告書テンプレート preferredChannel 注入リストで既定設定で表示されるチャンネル。クロマトグラフィースタジオで注入を開くときにも 表示されます。 submitSignature true に設定すると、認証ユーザーはシーケンスに電子署名し、提出できます。 reviewSignature true に設定すると、認証ユーザーはシーケンスを電子的に照査できます。 approveSignature true に設定すると、認証ユーザーはシーケンスを電子的に承認できます。以下のメンバ要素があります。
CustomVariable：シーケンスまたは注入に追加するカスタム変数およびその値を記述します。カスタム変数は、あら
かじめ Template 要素で指定しておく必要があります(属性：name、value)。
属性 説明 name カスタム変数の名前 value ワークリストの値は常に文字列で表現されます。ただし、シーケンスの作成中に対応するカスタ ム変数値パーサによって解析され、カスタム変数のタイプによっては中断エラーが発生する可能 性があります。Instrument：シーケンスに指定する装置のホストおよび名前を記述します(属性：name、host)。
属性 説明 name 装置の名前 host 装置のホスト例：
Sequence name="DEMO340" url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/ImportTest/"
comment="PAH hair analytic" preferredViewSettings="Default DAD"
preferredReportTemplate="Default DAD" preferredChannel="UV_VIS_1"
submitSignature="true" approveSignature="true">
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Injection の要素
属性 説明 name 注入の名前 type 注入の種類 level レベル(校正レベル) position 注入の位置。位置の正しい書式は、使用するオートサンプラによって異なります。 この属性が空の場合、ユーザーはシーケンス作成後に手動で位置を設定できます。いずれにし ろ、位置が指定されていない場合、警告が生成されます。 volume 注入量(μL 単位) instrumentMethod 注入の処理に使用する装置メソッドの名前。指定したメソッドが存在しない場合、警告が表示され ます。 processingMethod クロマトグラフィーデータの処理に使用する処理メソッドの名前。指定したメソッドが存在しない場 合、警告が表示されます。 weight 重み(重み係数) dilution 希釈(率) intStd 内部標準量 replicateId レプリケート ID comment コメント spikeGroup "添加グループ"例：
Injection name="Sample1" type="Unknown" position="26" volume="20" instrumentMethod="PAH340"
ワークリストからのシーケンスの作成： 例
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><!--ワークリストファイルの例-->
Worklist xmlns="www.thermofisher.com/namespaces/Chromeleon/LIMS-worklist" version="1.0">
<Options allowAppendInjections="false" deleteWorklist="true"
renameOnError="true"/>
<Templates>
<AssociatedItem name="PAK_TEST"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/Templates/PAK_TEST.instmeth"/> <AssociatedItem name="PAK_TEST"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/Templates/PAK_TEST.procmeth"/> <AssociatedItem name="Default"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/Templates/Default.layout"/> <AssociatedItem name="PAK_TEST"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/Templates/PAK_TEST.report"/> <AssociatedItem name="LimsFormat.pdf"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/DEMO340.seq/LimsFormat.pdf.file"/> <CustomVariable name="LimsSampleID"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal"/> <CustomVariable name="Comment"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal"/> </Templates>
<Sequence name="PAK_TEST"
url="chrom://localhost/ChromeleonLocal/ImportTest/"
comment="PAH hair analytic" preferredViewSettings="Default" preferredReportTemplate="PAK_TEST" preferredChannel="UV_VIS_1" submitSignature="true" approveSignature="true">
Instrument name="HPLC1" host="localhost"/>
CustomVariable name="Comment" value="SEQ-ID96-895-675"/>
<Injection name="Standard1" type="Standard" level="01" position="1" volume="20" instrumentMethod="PAK_TEST" processingMethod="PAK_TEST"
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<Injection name="Injection1" type="Unknown" level="" position="26" volume="20" instrumentMethod="PAK_TEST" processingMethod="PAK_TEST" weight="1.0" dilution="1.0" intStd="1.0" replicateId=""
comment="PAK hair sample, ID96-895-675">
<CustomVariable name="LimsSampleID" value="ID96-895-675"/>
</Injection> </Sequence> </Worklist>
