見直しに係る所要の改正
⑴ 改正の内容
次の土地税制について、法人税法等の改正に よって、全部取得条項付種類株式の端数処理、
株式併合の端数処理及び株式売渡請求により対 象法人が他の法人との間に完全支配関係を有す
ることとなることが株式交換等として非適格株 式交換等に係る完全子法人等の有する資産の時 価評価制度等の対象とされたことに伴い、全部 取得条項付種類株式の端数処理、株式併合の端 数処理及び株式売渡請求による対象法人の完全 子法人化（非適格株式交換等に該当するものに 限ります。）が行われた場合において、その直 前の時に1,000万円以上の特別勘定の金額を有 するときは、その特別勘定の金額を取り崩すこ ととされました。
（注） 法人税法等の改正については、前掲「法人 税法等の改正」の「三 組織再編税制」をご 参照ください。
① 収用等に伴い特別勘定を設けた場合の課税 の特例（措法64の 2 ⑪）
② 換地処分等に伴い特別勘定を設けた場合の 課税の特例（措法64の 2 ⑪、65③）
③ 特定の資産の譲渡に伴い特別勘定を設けた 場合の課税の特例（措法65の 8 ⑪）
④ 大規模な住宅地等造成事業の施行区域内に ある土地等の造成のための譲渡に伴い特別勘 定を設けた場合の課税の特例（措法65の12
⑫）
なお、連結納税制度の場合についても、同様 の改正が行われています（措法68の71⑫、68の 72③、68の79⑫、68の83⑬）。
⑵ 適用関係
上記⑴の改正は、平成29年10月 1 日以後に行 われる株式交換等について適用し、同日前に行 われた株式交換については、なお従前の例によ ることとされています（改正法附則69③⑫⑭）。
連結納税制度の場合についても同様です（改正 法附則84③⑫⑭）。
第五 その他の特別措置関係
一 対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課 税の特例（連結：対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶 による収入金額の課税の特例）（トン数標準税制）
1 改正前の制度の概要
この制度は、青色申告書を提出する法人で、海 上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成 20年法律第53号）の施行の日（平成20年 7 月17 日）から平成26年 3 月31日までの間に日本船舶・
船員確保計画の認定を受けた船舶運航事業者等に 該当するものが、その認定を受けた日本船舶・船 員確保計画（以下「認定計画」といいます。）に 記載された計画期間内の日を含む各事業年度終了 の時においてその認定計画に従って日本船舶及び 船員の確保を実施している場合には、その事業年 度の所得の金額の計算上、その事業年度における 次の⑴の金額が次の⑵の金額を超えるときはその 超える部分の金額を損金の額に算入することとし、
その事業年度における次の⑴の金額が次の⑵の金 額に満たないときはその満たない部分の金額を益 金の額に算入するというものです（措法59の 2 ①）。
⑴ その法人のその事業年度における日本船舶
（特定準日本船舶を含みます。以下同じです。）
を用いた対外船舶運航事業等による収入金額に 係る所得の金額
⑵ その法人のその事業年度における日本船舶の 純トン数に応じた利益の金額
（注 1 ） 日本船舶・船員確保計画の認定とは、日 本船舶・船員確保計画について日本船舶増 加割合に係る基準に適合する旨の海上運送 法第35条第 3 項の認定（以下「当初認定」
といいます。）又は同条第 4 項の認定のうち その認定により日本船舶増加割合に係る基 準に適合することとなったもの（以下「変 更認定」といいます。）をいい、日本船舶・
船員確保計画とは、同条第 1 項に規定する
日本船舶・船員確保計画をいいます。
（注 2 ） 日本船舶増加割合に係る基準は、認定計 画が、日本船舶及び船員の確保の目標とし て計画期間における日本船舶の隻数の増加 の割合が記載されたものであって、その割 合が220％以上のものであることとされてい ます（海運法35③五⑤、海運法35省令 5 ）。
（注 3 ） 船舶運航事業者等とは、海上運送法第34 条第 2 項第 3 号に規定する船舶運航事業者 等のうち日本船舶を用いて対外船舶運航事 業を営むものをいい、日本船舶とは、船舶 法第 1 条に規定する日本船舶のうち総トン 数100ｔ以上のものをいい（海運法34①、38、
海運法35省令 7 ）、対外船舶運航事業とは、
海上運送法第35条第 3 項第 5 号に規定する 対外船舶運航事業をいいます。
（注 4 ） 認定計画は、変更認定があったときは、
その変更後のものとすることとされていま す。
（注 5 ） 計画期間は、 3 年、 4 年又は 5 年とされ ていますが、本制度の適用を受けようとす る場合にあっては、当初認定又は変更認定 の申請日の属する事業年度の翌事業年度開 始の日から 5 年とされています（海運法35
②三③三、海運法35省令 4 ）。
（注 6 ） 日本船舶及び船員の確保とは、安定的な 海上輸送の確保を図るために必要な日本船 舶の確保、これに乗り組む船員の育成及び 確保等をいいます（海運法34①）。
（注 7 ） 特定準日本船舶とは、準日本船舶のうち 安定的な海上輸送の確保に資するものとし て、その法人のその事業年度において日本 船舶の確保に関連して実施される措置とし
ての準日本船舶の確保の対象となる準日本 船舶に該当するものであることにつき、国 土交通大臣の確認を受けた準日本船舶をい います（措法59の 2 ①一、措規21の17①）。
（注 8 ） 準日本船舶とは、海上運送法第39条の 5 第 5 項に規定する準日本船舶をいいます。
（注 9 ） 国土交通大臣の確認とは、海上運送法第 35条の規定に基づく日本船舶・船員確保計 画の認定等に関する省令第12条第 4 項の規 定による国土交通大臣の確認をいい、この 国土交通大臣の確認は、日本船舶・船員確 保計画に記載された準日本船舶で、平成25 年度以降の事業年度に増加させた外航日本 船舶の隻数の合計の 3 倍までの隻数に係る ものについて行われ、全ての外航日本船舶 及び日本船舶・船員確保計画の認定を受け た船舶運航事業者等が運航する準日本船舶 の合計隻数が450隻を超える場合は、450隻 から全ての外航日本船舶の隻数を減じた隻 数に係る準日本船舶について行うこととさ れています（平25. 3 国土交通告326（ 2 .⑶））。
（注10） 対外船舶運航事業等とは、海上運送法第 38条に規定する対外船舶運航事業等をいい、
純トン数とは、船舶のトン数の測度に関す る法律第 6 条に規定する純トン数をいいま す。
また、認定計画に記載された計画期間内の日を 含む各事業年度において本制度の適用を受けた法 人が、その認定を取り消された場合には、その各 事業年度においてすでに本制度により損金の額に 算入された金額の合計額は、その認定を取り消さ れた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益 金の額に算入することとされています（措法59の
2 ⑤）。
なお、連結納税制度の場合についても、同様の 措置が講じられています（措法68の62の 2 ）。
2 改正の内容
⑴ 適用法人が有する外航日本船舶及びその適用 法人の子会社が有する外航外国船舶に対する不 適用措置の追加等
制度の適用を受ける法人が有する外航船舶の うち日本船舶に該当するもの（以下「外航日本 船舶」といいます。）及びその法人の子会社に 該当する法人が有する外航船舶のうち日本船舶 に該当しないもの（以下「外航外国船舶」とい います。）の不適用措置（改正前：船舶の特別 償却制度（下記①）のみ）に、下記②から⑥ま での措置が追加され、この制度の適用を受ける 法人のその適用を受ける事業年度においては、
適用しないこととされました（措法59の 2 ⑦、
措令35の 2 ④）。
（注 1 ） 外航船舶とは、本邦と外国との間又は外 国と外国との間を往来する船舶をいい、日 本船舶とは、船舶法第 1 条に規定する日本 船舶をいいます（措法59の 2 ⑦）。
（注 2 ） 子会社とは、海上運送法第39条の 5 第 1 項に規定する子会社をいいます（措法59の
2 ⑦）。具体的には、会社法第 2 条第 3 号に 規定する子会社とされており（海運法39の 5 ①）、会社がその総株主の議決権の過半数 を有する株式会社及びその会社が他の会社 等の財務及び事業の方針の決定を支配して いる場合における当該他の会社等とされて います（会社法 2 三、会社法規 3 ①③）。
（注 3 ） 下記の措置を適用しないこととなる事業 年度は、その子会社に該当する法人にあっ ては、この制度の適用を受ける法人のその 適用を受ける事業年度内の日を含む事業年 度とされています（措法59の 2 ⑦）。
① 船舶の特別償却制度（措法43）
② 特定船舶に係る特別修繕準備金制度（措法 57の 8 ①⑩）
③ 特定の資産の買換えの場合の課税の特例
（措法65の 7 ①⑨）
④ 特定の資産の譲渡に伴い特別勘定を設けた
場合の課税の特例（措法65の 8 ①②⑦⑧）
⑤ 租税特別措置法施行令第39条の15第 1 項第 1 号（同令第25条の20第 1 項（同令第25条の 26第 9 項においてその例による場合を含みま す。）の規定により適用する場合を含みま す。）の規定により同号に掲げる金額を同号 に規定する本邦法令の規定の例により計算す る場合（租税特別措置法施行令第39条の20の 3 第 9 項において同令第39条の15第 1 項の規 定の例により計算する場合を含みます。）に おける上記①から④までの措置
⑥ 租税特別措置法施行令第39条の115第 1 項 第 1 号の規定により同号に掲げる金額を同号 に規定する本邦法令の規定の例により計算す る場合（租税特別措置法施行令第39条の120 の 3 第 5 項において同令第39条の115第 1 項 の規定の例により計算する場合を含みます。）
における上記①から④までの措置
上記①の措置は日本船舶及び外国船舶につい て、上記②から④までの措置は日本船舶につい て、それぞれ適用できる措置であり、上記⑤及 び⑥の措置（外国子会社合算税制（措法40の 4
②四、66の 6 ②四、68の90②四）及びコーポレ ート・インバージョン対策合算税制（措法40の 7 ②五、66の 9 の 2 ②五、68の93の 2 ②五））
は外国子会社等の適用対象金額の計算上適用さ れる措置であることから、この制度の適用を受 ける法人が有する外航日本船舶は上記①から④ までの措置が、その法人の子会社に該当する法 人が有する外航外国船舶は上記①、⑤及び⑥の 措置が、それぞれ不適用となります。
なお、従前、船舶の特別償却制度の不適用措 置は、同制度における対象船舶からこの制度の 適用を受ける法人が有する外航日本船舶及びそ の法人の子会社に該当する法人が有する外航外 国船舶を除外する方法によって規定されていま したが、不適用措置の追加を契機に、この制度 において不適用措置を規定することとされ、こ れに伴い、船舶の特別償却制度において規定さ れていた不適用措置は廃止されています（旧措
法43①表二中欄、措法59の 2 ⑦、措令35の 2 ④）。
⑵ 計画の認定に係る期限の延長
制度の適用対象となる法人が受ける日本船 舶・船員確保計画の認定に係る期限が、平成32 年 3 月31日まで延長されました（措法59の 2 ①）。
（注） 下記3⑵のとおり、この改正の施行日は海 上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平 成29年法律第21号）の施行の日（平成29年10 月 1 日）とされており、同日以後に日本船舶・
船員確保計画の認定申請手続等を規定してい る日本船舶及び船員の確保に関する基本方針
（平25. 3 国土交通告326）の改正等が予定され ていることから、実際に新たな日本船舶・船 員確保計画の認定を受けることができる期間 は、同告示の改正告示等の公布の日から平成 32年 3 月31日までの期間となります。
なお、連結納税制度の場合についても、上記⑴ 及び⑵と同様の改正が行われています（旧措法68 の16①表二中欄、措法68の62の 2 ①⑦、措令39の 89の 2 ④）。
⑶ その他関係法令の改正
① 特定準日本船舶の対象となる準日本船舶の 追加
特定準日本船舶の対象となる準日本船舶に、
本邦船主の子会社が所有する次の要件等に適 合している外国船舶が追加されました（海運 法39の 5 ②）。
イ その本邦船主が、その子会社との間で、
その対外船舶運航事業者に対し国土交通大 臣による航海命令が発せられた場合におい てその対外船舶運航事業者がその外国船舶 を命令航海に従事させる必要があるときに、
その本邦船主の求めに応じて遅滞なくその 子会社がその本邦船主に譲渡することを内 容とする契約を締結しているものであるこ と。
ロ その対外船舶運航事業者が、その本邦船 主との間で、その対外船舶運航事業者に対