GSAパッケージを用いた遺伝子セット解析
次世代遺伝子解析装置を用いた難病研究の連携
... インフォームドコンセントについて • 実臨床における診断のための検査 vs. 研究的な側面： 診断目的であるが，医学研究的 な部分が出てくる可能性があり，研究としての同意をいただくプロセスが必要？ • 改正個人情報保護法に対する対応も含めて，インフォームドコンセントを設計する必要 がある．特に，第三者提供における，同意が重要となる．従来型のオプトアウト手続きで の対応ができなくなる． ...
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軟骨特異的遺伝子破壊マウスを用いた変形性関節症におけるスフィンゴ糖脂質の機能解析
... 害 を 予 防 す る ) 胎 児 ラ ッ ト を L P S に 暴 露 す る こ と に よ っ て 作 成 し た N e w B P D モ デ ル に 対 し 、 生 後 の エ リ ス ロ ポ エ チ ン 投 与 に よ る 肺 の 組 織 学 的 変 化 を 検 討 し た 研 究 で あ る 。 新 生 児 の 肺 に エ リ ス ロ ポ エ チ ン ...
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アルツハイマー病患者におけるcDNAサブトラクション法を用いた脳部位特異的遺伝子発現の解析
... アルツハイマー病の大多数は、アルツハイマー型老年性認知症（Senile dementia with Alzheimer's type ; SDAT）という 65 歳以上において発症するものであり、65 歳未満に発症 する AD と区別され、両者を合わせて DAT （Dementia with Alzheimer's type）と呼ばれて いた（Ref. ...
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肺腺癌細胞株を用いた癌細胞変異・遺伝子発現および転写制御パターンの統合解析
... TopHat2ベースで、シングルまたはペアエンドリードか ら融合遺伝子を抽出する（Kim and Salzberg. 2011 Genome Biol）。 deFuse http://compbio.bccrc.ca/software/defuse/ ペアエンドのRNA Seqリードから、融合部位を抽出す る（McPherson et al. 2011 PLoS Comput Biol）。 ...
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頭蓋内主幹動脈狭窄の遺伝子解析研究―もやもや病関連遺伝子RNF213の解析―
... 虚血性脳卒中（脳梗塞）の主要な原因の一つである頭蓋内主幹動脈狭窄はアジア人種に多い発症が知られてお り，遺伝的要因の関与が示唆されてきた．近年，もやもや病の疾患感受性遺伝子として ring finger protein 213 （RNF213）が同定された．我々は RNF213 上の単一のミスセンス変異（c.14576G>A, p. R4859K, rs112735431）が ...
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軟骨特異的遺伝子破壊マウスを用いた変形性関節症におけるスフィンゴ糖脂質の機能解析
... 近年、 糖鎖生物学的アプローチによる重要な生命現象 （老化、 癌化等） の解析が行われている。 スフィンゴ糖脂質（ Glycosphingolipids; 以下 GSLs ）は脊椎動物の全身の細胞膜上に広く存在し、 膜を介するシグナル伝達の調節や、 細胞 - 細胞間・ 細胞 - 細胞外マトリックス間相互作用の媒介など 多様な役割を担っている。 大部分の GSLs ...
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肺癌の進展に関連した遺伝子の統合的解析
... (n=6)などの集塊を形成し た。EGFR, MET, HER2 の変異あるいは増幅を示す細胞株(n=13)は、1 株の例外を除き round or mass の集塊を形成した。KRAS 変異の細胞株では一定の傾向はなかった。以上、 マトリゲル上での肺癌細胞の形態と EGFR, MET, HER2 ...
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次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析
... 解析サンプル：腫瘍細胞（1サンプル） 日本人がん患者の腫瘍サンプルを、Illumina社の最新のシークエンサーMiniSeqと、同社の TruSight Cancer panelを用いて、がん関連遺伝子のターゲットシークエンスを行った。得ら れたFASTQファイルは、同社BaseSpaceプラットフォームのIsaac ...
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網羅的遺伝子発現解析を用いた白色腐朽菌のリグニン分解酵素生産制御機構に関する研究
... 現在までのところ、 P. chrysosporium は全ゲノムデータが公的に利用できる唯一の白色 腐朽菌である。すなわち、トランスクリプトーム解析やプロテオーム解析などの網羅的発 現解析、いわゆるポストゲノム解析が可能な唯一の白色腐朽菌である。これまで他の研究 ...
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遺伝子プローブAPEX2を用いたマウス心臓における生着ヒトiPS細胞由来心筋細胞のナノ構造解析
... GFP 遺伝子を導入し、さらに恒常的に luciferase 2（Luc2）を発現する健常人 由来ヒト iPS 細胞のレポーターライン（201B7-MYH6-GFP-CAG-Luc2）を用 いた。これにより、セルソーターで GFP 陽性細胞を回収することで心筋細胞を 純化し、移植後に luciferin ...
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[PDF] 蛍光タンパク質FRETプローブを用いたアポトーシスのタイムラプス解析
... 次に、各細胞における FRET 変化を Venus/ECFP の蛍光強度比の変化としてプロットした（Fig.4A）。これにより、細胞 毎の Caspase-3 の活性化のタイミングの違いを明確に可視化することができた。均一な条件でのアッセイにもかか わらず、細胞 1 と細胞 4 では、Caspase-3 の活性化に 3hr 以上の時間差が生じていることが解る。 最後に、細胞 3 ...
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網羅的遺伝子解析手法を用いたTGF-βのRANKL誘導性破骨細胞分化に対する作用機序の解明
... NfatC1 遺伝子の発現によって促進することから、 NfatC1 遺伝子におけるエピジェネティックな修飾変化を解析した。RANKL 刺激後の FAIREseq のシグナル量は TGF- 刺激で増加した。 Smad シグナル 阻害下では、NfatC1 遺伝子への c-Fos の結合シグナル量が減少した。また 逆に c-Fos ...
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プラントキャノピーアナライザーを利用したイネの葉群動態の遺伝子型間変異に関する解析
... LAI を評価するのに適した装置で あることが知られている（山本ら 1995, Sone et ...LAI-2000 を用いて 数品種の LAI を数環境で経時的に計測して葉群展開の成 長解析を行い，多系統の葉群展開に関する表現型を量的に ...
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資料 1-0 研究計画書 遺伝性消化管腫瘍症候群 ( ポリポーシス及び関連癌を含む ) における原因遺伝子の同定と新たな原因候補遺伝子の探索 次世代シークエンシング技術を利用して - Ver /12/15 次世代シークエンシング技術を用いた遺伝子解析による 遺伝性消化管腫瘍症候群の
... 7 遺伝子のパネルでサービス が開始されたが[4]，その後，2012 年 6 月には CDH1, PTEN, STK11, TP53, SMAD4, BMPR1A の 6 遺伝子が，さらに 2013 年 10 月には POLE, POLD1, GALNT12, GREM1, AKT1, PIK3CA の 6 遺伝子が追加され，計 19 遺伝子のパ ...
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学位論文 遺伝子改変メダカを用いた精巣初期分化の分子機構の解析 Molecular mechanism of early testicular development using genetically modified medaka strains 東京農工大学大学院 連合農学研究科
... （VECTOR） を用いて室温で 30 分間反応させた． その後，ImmPACT DAB Peroxidase Substrate Kit（VECTOR）を用いて室温・遮光条件下で 5 分間発色させた．DAB（3,3’-ジ アミノベンジジン四塩酸塩）はペルオキシダーゼの基質であり，ペルオキシダーゼに代謝 されることで茶褐色を呈する． ...
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アルツハイマー病患者におけるcDNAサブトラクション法を用いた脳部位特異的遺伝子発現の解析
... 審査の結果の要旨 (批評) 本研究は、AD 患者における神経の生と死の調節に関連するタンパク質の新しい知見を示している。特 に、TRIM32/37 によるユビキチン・プロテアソームシステムの新たな知見、並びに、MAP1B 及び MAP2 の 側頭葉・後頭葉における機能は、AD 発症のメカニズムやそれに関わる因子の各部位における役割を示唆 する。また、新規に得られた P9TLDR は、A ...
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染色体工学技術を用いたがん抑制遺伝子の同定
... transcriptase（TERT）は，テロメラーゼ を構成する中で触媒サブユニットとして働いて いる 53-56） ．一方，ヒト体細胞においては，テロメ ラーゼ活性は認められないことから，発がん抑 制メカニズムとして厳密に調整されていると考 えられる．これまでMMCTを用いて，我々と他 のグループにより，ヒト3，5，6，7，10番染色 ...
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ダイズさび病抵抗性遺伝子 Rpp の準同質遺伝子系統を用いたダイズ宿主抵抗性の解析
... エネルギー及び環境情報のセンシング、代謝、酸化、シグナル伝達、転写関連、防御の7つのカテゴリーに 類別できた。このうち、防御クラス遺伝子と類別された遺伝子のほとんどが、ダイズのファイトアレキシン であるグリセオリンの生合成を先導するフェニルプロパノイド経路とイソフラボノイド経路に関連してい ...
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潜在意味解析を用いた語彙習得研究の展望について
... LSA を用いて分析し、文脈の質が学習に与える影響について調査している。 使用したコーパスはコロラド大学の LSA サイトで提供されている General_ Reading_up_to_1st_year_college という英語母語話者の大学生レベルのコーパ スである。学習方略についても調査を実施している。実験の結果、文中の単 ...
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薬物動態解析ソフトを用いた 造影CT検査シミュレーション
... 静脈の容量は分布容積（ Vd)の考え 方を使う！！ 薬物を注射したとき、薬物は血液・体液など あらゆる組織に分布する。このとき薬物が血 液・体液などに対して、どれだけの体積に分 散したかを表す見かけの容積 ...
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