網羅的ゲノム解析を行なう
我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ
... ゲノム科学におけるビッグデータ分析 本研究室では、大規模データ解析に対し以下の 4方法で対応している。 HPCも、モンテカルロも、クラウドも使えるものは何でも使う主義。 1. モンテカルロシミュレーション ：大量データから無作為に サンプルを抽出し、元のデータをシミュレーション ...
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相同性配列検索ツール：GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析
... – 感度が高く、高速な検索 • GHOSTXアルゴリズム （ Suzuki et al. 2014） による高速な検索 • Message Passing Interface （MPI）と OpenMPによる並列化による計算資源の利用 • 大量クエリ配列の並列検索を高速に行える ...
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13:55 ~ 14:55 口演 2 遺伝子解析 1 座長植木敬介 中村英夫 O-7 メチル化網羅的解析により同定された神経膠腫悪性転化に関わる重要な分子機構 東京大学医学部脳神経外科齊藤邦昭 O-8 膠芽腫の発生 進展におけるゲノム異常から誘導されるエピゲノム異常の同定 名古屋大学医学部脳神経外科
... DP-1 5ALA 術中蛍光染色を用いた腫瘍切除に carmustine wafer 留置を併用した悪性神経膠腫手術 奈良県立医科大学 脳神経外科 松田 良介 DP-2 術中残存髄膜腫の同定、及び神経脱落症状を避けながら全摘出する際の 5-ALA の有用性 りんくう総合医療センター 脳神経外科 福永 貴典 ...
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メタゲノム解析(2017NGSハンズオン講習会-2017年8月31日)
... DGGE法による細菌群集の解析法 ・・・ バンドパターンのみであり、 細菌群集の全体像をとらえるのは困難 細菌群集を解析するために使用されてきた実験手法 細菌群集が形成するシステムを詳細に解析するためには、これらの手法では断片的 な情報しか得られないため、細菌群集についての理解はあまり進んでいなかった ...
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第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
... RNA シーケンスをする目的 l RNAを研究することで分かること – RNA-seq は細胞・組織の”今”の状態を知る l ライブラリー作製・シーケンスは解明のための通過点（一手段） ...
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V1 ゲノム R e s e q 変異解析 Copyright Amelieff Corporation All Rights Reserved.
... 応 用 ） リ ア ラ イ メ ン ト リアライメントは必要？ BWAでは、 1本のリードに複 数の変異が含まれる場合に、 アライメントスコアの計算上、 SNVやIndelの正確な位置を 決めることが出来ません。 このような領域を対象領域と して抜き出して、改めて丁寧 にアライメントを行う。 ...
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ポスト・ゲノム関連技術−蛋白質レベルでの解析とIT活用−（13年度更新）
... で を 行 う の は 難 し い 状 況 に な っ て き て い る が 、 ベ ン チ ャ ー ／ 大 手 企 業 は 提 携 に よ り お 互 い の 技 術 を 補 完 し あ い 、 効 率 的 な 製 品 化 を 目 指 す よ う に な っ て い る 。 こ う し た 提 携 で は 、 権 利 化 さ れ た 固 有 の 技 術 を 有 す ...
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大規模ゲノム解析から明らかとなった低悪性度神経膠腫における遺伝学的予後予測因子 研究活動 | 研究／産学官連携
... 分け こ 報告し いま Suzuki and Aoki et al, Nat Genet , 2015 翌 改定さ WHO 分類 結果 踏まえ 悪性度神経膠腫 診断 病理診断 共 遺伝子診断 用い こ まし 悪性度神経膠腫 い 十分 観察期間 あ 多数検体 用い 各 subtype 分け 上 網羅的 遺伝子異常 患者予後 関係 解析し 報告さ いま ...
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ポスト・ゲノム関連技術 蛋白質レベルでの解析とIT活用
... - 18- （３）知的財産戦略のアウトソーシング 知的財産に関連するシンクタンク業、コンサルティング業などの知財サービス産業は、特 許戦略のアウトソーシングとして重要である。日米における実態を調査した結果、米国は日 本に比較し、当該分野における実施主体の数が多く、更に日本においてはそのサービスが出 願業務や特許関連調査にとどまっているのに対し、米国においては、特許の価値評価や、特 ...
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非アルコール性脂肪肝障害のゲノム・エピゲノム解析
... 49 第三章 NAFLD 発症と進展に関わる DNA メチル化の解析 前章では、PNPLA3、SAMM50、PARVB 遺伝子を含む領域が NAFLD の発 症や進展に重要な領域（遺伝素因）であることを示した。 NAFLD の発症や進展 には遺伝素因と環境要因（DNA メチル化）が相互作用していると考えられてい ることから、感受性領域に DNA メチル化の変化が生じていることが考えられる。 ...
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報道関係者各位 平成 26 年 7 月 10 日 国立大学法人筑波大学 多層的ゲノミクス解析により胃癌に特異的な遺伝子調節の変化を発見 ~ 微量臨床検体のゲノム エピゲノム統合解析法を開発 ~ 研究成果のポイント 1. 微量組織のゲノム ( 注 1) エピゲノム ( 注 2) 統合解析法を開発しまし
... 研究内容と成果 本研究では、「クロマチン免疫沈降法」とよばれるDNA解析手法を高速DNA解析装置と組み合わせ、ごく微量な 組織検体のDNAを効率よく増幅し解析するための技術を開発しました。この手法には、これまで別々に解析されて ...
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救命救急センター開設と外傷患者の搬送状況に関する地域網羅的解析 長崎市│長崎救急医療白書
... 我が国で救命救急センター開設の影響を地域網羅的に解析した研究は、渉猟しえた限りで は認められなかった。本研究が可能であったのは、長崎医療地域において長年にわたって検 証票が運用されてきたこと、回収率が90％を超えていること、そして、救急活動記録に確定 診断名と予後が記入されていることに負うところが大きい。しかし、本研究を行う中でいく ...
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1. 研究実施の概要 (1) 実施概要まず 造血幹細胞のエピジェネティクス制御機構の解析を ヒストン修飾分子であるポリコーム群複合体を中心に行った 解析はノックアウトマウスを用いた解析と ChIP-chip や ChIP-sequence RNA-sequence による網羅的なエピジェネティック解
... 対する耐性を付与することが明らかとなり、造血幹細胞の自己複製能の維持を強化するこ とが確認された (Nakamura et al., Plos One, 2012)。 また、ポリコーム群複合体の構成分子である Ezh2 遺伝子のノックアウトマウスの解析から、ポリ コーム群複合体による造血幹細胞のエピジェネティック制御の様式が胎仔肝と骨髄において異な ...
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悪性脳腫瘍（低悪性度神経膠腫）の遺伝子異常の全体図を解明 －悪性脳腫瘍に関する最大規模のゲノム解析を実施－
... 腫瘍 発生 進行 いく中 う 遺伝子異常 発生 いく いう 解明 今回 京都大学大学院医学研究科 腫瘍生物学 教授 小 誠司 屋大学大学院医学系研究科 脳 神経外科学 准教授 夏目敦 中心 研究 」00 例 超え 症例 対象 最先端 遺伝子解析技術 駆使 悪性 神経膠腫 網羅的遺伝子解析 注 行 い 遺伝子異常 全体図 ...
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定 2) 糖鎖関連遺伝子に対するハエRNAiノックダウン体の網羅的作製と解析 3) 解析結果の哺乳類細胞での検討の3つの部分から構成されるが 2) が研究の中心となっている 1) ショウジョウバエ糖鎖関連遺伝子の網羅的単離と同定我々は 160 種にのぼるヒト糖転移酵素遺伝子や糖ヌクレオチド輸送体の配
... 我々は、160種にのぼるヒト糖転移酵素遺伝子や糖ヌクレオチド輸送体の配列を用いてハ エゲノムデータベースを検索し、８０種の糖転移酵素遺伝子、１１種の硫酸転移酵素遺伝 子、１種のエピメラーゼ、５種の糖ヌクレオチド輸送体遺伝子を見出した。系統樹解析を 行ったところ、４７％にあたるものが、ヒト遺伝子の1:1オーソログにあたるものであっ ...
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BIG IDEAS 2019 次世代型 DNA 配列解析 次世代型 DNA 配列解析は ゲノム革命の原動力となっています DNA 配列解析コストは劇的に低下しています 2003 年以降 生化学や演算能力の進歩のおかげで ヒトゲノムの全配列解析にかかるコストは約 30 億ドルから 1,000 ドル未満
... スク 製薬業界の企業は、とりわけ、製品およびサービスに対する政府の承認、規制および償還率、製品責任賠償請求、特許の有効期限と保護、競争激化により著しく影響を受ける場合があります。 リスクとディスクロージャー ...
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抗真菌剤FR901469生産菌No. 11243株のゲノム解析と分子育種に関する研究
... 菌 を は じ め と す る 微 生 物 の 二次代謝産物は医薬品候補化合物の供給源として重要な位置を占め続けると考えられる。さ ら に 、 次 世 代 型 ゲ ノ ム 解 析 法 な ど の 発 展 に よ り 、 発 見 し た 微 生 物 の 全ゲノム配列情報を短期間 ...
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外部有識者提出資料 3-2 個別化ゲノム医療 予防実現の方策 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター宮野悟 ゲノムシークエンス技術の革新的発展による患者さんにぴったりの医療 予防と医療費の劇的削減 世界に一つだけの花 私たちは一人一人異なるゲノムを持っている がんは日本の国民病 日本人の半分が罹
... • 国民健康保険、レセプト、特定健康診断に莫大な量の、健康に関 するデータが数十年の単位で蓄積：世界に類をみないデータ。し かし、高齢化社会とともに、健保の負担は急増。 • 世界トップのシリコンシークエンサーの技術の種がある：阪大・川 合教授の技術でできたシリコンのみのナノポアシークエンサー技 術もった会社 Quantum Biosystemsがブレークする可能性が高い。 ...
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物学的現象をはっきりと掌握することに成功した論文である との高い評価を得ています 2. 研究成果ブフネラゲノムの全塩基配列の決定に当たっては 全ゲノムショットガンシークエンス法 4 を用いました 今回ゲノム解析に成功したのは エンドウヒゲナガアブラムシ (Acyrthosiphon pisum) の
... ュータ上でつなげていき（アセンブル） 、最終的にひとつながりのゲノム DNA の配 列が決定されるという手法。断片同士の重なる度合いがアセンブルの精度を決める ので、ゲノムの長さの 5－10 倍量のシークエンスが必要である。シークエンスの自 動化技術とコストダウンの結果、バクテリアレベルの大きさのゲノム配列決定では ...
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目次 生命科学系の研究分野において主にゲノムデータ解析用の プラットフォームとして使われている Galaxy について オンデマンドクラウド機能を活用して解析環境を提供する 事例をご紹介します 1. データ解析プラットフォーム Galaxy とは 2. Galaxy によるNGSデータ解析について
... 2. 自分の環境にGalaxyをインストールして利用 専用サーバを用意する。一般的な LinuxやmacOSが搭載されたマシン であればインストールはそれほど難しくない。 • インターネットにアップロードできないデータを解析したい ...
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