環境メタゲノム解析研究チーム
非アルコール性脂肪肝障害のゲノム・エピゲノム解析
... 49 第三章 NAFLD 発症と進展に関わる DNA メチル化の解析 前章では、PNPLA3、SAMM50、PARVB 遺伝子を含む領域が NAFLD の発 症や進展に重要な領域（遺伝素因）であることを示した。 NAFLD の発症や進展 には遺伝素因と環境要因（DNA メチル化）が相互作用していると考えられてい ることから、感受性領域に DNA メチル化の変化が生じていることが考えられる。 ...
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抗真菌剤FR901469生産菌No. 11243株のゲノム解析と分子育種に関する研究
... 糸状菌は、多種の二次代謝産物を産生することが知られており、その中から数多くの医薬品化合物が見つ けられている。糸状菌から作られる代表的な抗生物質として、ペニシリン、セファロスポリンがあり、酵素 群としては、セルラーゼ、各種のプロテアーゼ、ラクターゼなどがある。加えて、近年、純 粋 培 養 法 が 次 々 と 確 立 さ れ 、 新 た な 有 用 微 生 物 も 多 く 発 見 さ れ て お り 、 今 後 も 、 糸 状 菌 を は ...
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目次 生命科学系の研究分野において主にゲノムデータ解析用の プラットフォームとして使われている Galaxy について オンデマンドクラウド機能を活用して解析環境を提供する 事例をご紹介します 1. データ解析プラットフォーム Galaxy とは 2. Galaxy によるNGSデータ解析について
... 2. 自分の環境にGalaxyをインストールして利用 専用サーバを用意する。一般的な LinuxやmacOSが搭載されたマシン であればインストールはそれほど難しくない。 • インターネットにアップロードできないデータを解析したい ...
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第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
... RNA シーケンスをする目的 l RNAを研究することで分かること – RNA-seq は細胞・組織の”今”の状態を知る l ライブラリー作製・シーケンスは解明のための通過点（一手段） ...
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国際共同研究グループ 理化学研究所統合生命医科学研究センター ゲノムシーケンス解析研究チーム チームリーダー 中川英刀 ( なかがわひでわき ) 研究員 藤田征志 ( ふじたまさし ) 研究員 ( 研究当時 ) クリストファー ウォーデル (Christopher Wardell) 北海道大学大学院
... 7 を用いて起源細胞を解析した。 [3] 遺伝性乳がん・卵巣がん（HBOC） 乳がんや卵巣がんの 5～10％は、遺伝的な要因が強く関与して発症していると考えら れおり、その中で最も多くの割合を占めるのが、HBOC(hereditary breast and ovarian cancer)です。HBOC は、BRCA1 遺伝子または BRCA2 遺伝子の生殖細胞系列の病的な変 ...
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Rでゲノム・トランスクリプトーム解析
... 2.貸与PCのデスクトップ上の アイコンとフォルダ 12 ①第2部のフォルダの中身は空です（ゆと りができればスタッフが第2部用の講義 資料PDFを手作業でダウンロードしてお きますが期待しないでください）。7/8に門 田が思いつきで作成しただけなので、こ のようになっているだけです。②第3部は 一応中身が入ってはいますが、多少当日 までに修正すると思いますがそれらを全 部入れ替えるゆとりはおそらくありません ...
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ヒトゲノム 遺伝子解析研究に関する倫理指針の見直しに関する専門委員会 ( 第 9 回 ) ヒトゲノム 遺伝子解析研究倫理指針に関する専門委員会 ( 第 9 回 ) 個人遺伝情報保護小委員会 ( 第 20 回 ) - 議事次第 - 日時平成 23 年 12 月 19 日 ( 月 )16:00~17:3
... ○永井座長 藤原委員。 ○藤原（康）委員 全然実務的な観点から皆さんに、特に研究者の方に聞きたいのです けれども、私ども臨床の現場でグローバルの臨床試験とか治験に参加していると、遺伝情 報なんかに関してやっている海外の機関というのはＧＬ、検体の保存に関してとか、測定 方法に関してバリデーションをすごくきちんとしているのです。ＧＬＰに対応するとか、 ...
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Rでゲノム・トランスクリプトーム解析
... アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム 他大学の学生や社会人も受講できる、希少なバイオインフォ教育プログラム 少数のスタッフで行っているアグリバイオの活動のみで基本的に手一杯。 ここ数年でさらに「研究 << 教育」のヒトに…。現在、研究は片手間以下。 ①限界以下のスタッフ数でアグリバイオの本務を行っているため、精神 ...
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Rでゲノム・トランスクリプトーム解析
... HGAPはbax.h5ファイルのみしか受け付けない 。 HGAPを内包するPacBio提供のSMRT Analysisシ ステムのインストールは超高難易度（個人の感想 です）。しかも数百GBメモリ搭載マシンでないと動 かせない（DDBJ Pipeline上でDRR054113のみを入 力としてHGAPを実行しても120GB程度のメモリを 要する）。共同研究などで他人に頼むなど以外の 場合、通常はDDBJ ...
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自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... (3) 得られた配列データと既知の配列との相同性検索には、 BLASTなどが用いられます。 Perl、Python、Ruby、Javaなどには、 (4) 生物学的解析に特化した関数などを集めたライブラリが整備 されており、それぞれBioPerl、BioPython、BioRuby、BioJavaと呼 ばれています。また、 ...
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大規模ゲノム解析から明らかとなった低悪性度神経膠腫における遺伝学的予後予測因子 研究活動 | 研究／産学官連携
... 日本 症例 ア カ The Cancer Genome Atlas TCGA 公開さ い タ 合わ 悪性度神経膠腫症例 対し 全 ソン しく 標的 ン 遺伝子変異解析 SNP array ピ 数解析 行い 悪性度神経膠腫 IDH1 ま IDH2 IDH1/2 変異 染色体 1p 19q 1p/19q 共 損 無 臨床的 遺伝学的 明瞭 異 3 subtype ...
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Verson_1.0_2020年11月認知療法学会_一般演題資料（メタ解析）
... • 検索単語： ”“videoconference” OR “video conference” OR videoconferencing” OR “teleconference” AND “anxiety” OR “depression” OR “obsessive-compulsive disorder” OR “post-traumatic stress disorder” • ...
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自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... ピークコーリングなどに用いられる Rパッケージ • BayesPeak : 隠れマルコフモデルとベイズ統計 • PICS : ChIP-‐Seqの確率推論 • DiffBind Link : ChIP-‐Seq ピークデータの結合差解析Overlap ...
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ヒトゲノム 遺伝子解析研究に関する倫理指針の見直しに関する専門委員会 ( 第 5 回 ) ヒトゲノム 遺伝子解析研究倫理指針に関する専門委員会 ( 第 5 回 ) 個人遺伝情報保護小委員会 ( 第 16 回 ) - 議事次第 - 日時 平成 23 年 7 月 19 日 ( 火 )15:30~18:0
... お手元の資料の 32 頁の「ヒトゲノム研究に関する基本原則について」とい うところで、科学技術会議の生命倫理委員会が平成 12 年ぐらいに出した答申 だと思いますが、そこに包括的同意のことが結構書いてありまして、ここは いま皆さんが議論している「包括同意」とは違って、 「包括的同意」というこ とで、「的」が入っています。そこが事務局が考えているスタンスと同じで、 ...
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ポスト・ゲノム関連技術 蛋白質レベルでの解析とIT活用
... - 24- − コラム（４） 特許の社会波及効果 − バ イ オ テ ク ノ ロ ジ ー関連の プレス 情報は 1998 年以降急増 し て い る。記事 の内容 を見ると 、1990 年 代前半で は、遺伝子組換 えや、 バイオ 医薬等、 バイオテクノロジー全 般に関 する記 事が多 かったが 、 1990 年 代 後 半に な る と、ゲノム・遺伝子解析 、蛋白質解析、 D N A ...
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従来の医学系研究の規制 治験 :GCP 省令とガイダンス 治験以外 : 研究の種類ごとに行政指針 主要な三つの指針 1. ヒトゲノム 遺伝子解析研究に関する倫理指針 ( ゲノム指針 ) 2. 臨床研究に関する倫理指針 ( 臨床指針 ) 3. 疫学研究に関する倫理指針 ( 疫学指針 ) 指針同士の関係
... – 「侵襲なし」「軽微な侵襲」で非介入：迅速審査 • 公開データベース（ UMIN-CTR等 ）への登録 – 非介入研究：必要ない（ 侵襲の有無を問わない ） • 記録の保存やモニタリング・監査 ...
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ヒトの健康における細菌およびメタゲノム
... られましたが、共通のエリアを共有する遺伝的関連性のない個人では大きな違いを示しました。ショットガン メタゲノムシーケンスを行った結果、特定の居住者にみられた病原菌および病原性遺伝子が、キッチンカ ウンターの表面にはほとんど存在しないことが明らかになりました。この研究では、ヒトと環境との相互作 ...
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目次 Ion Reporter 概要とメタゲノム解析 Ion16S Metagenome Kit データ解析概略 解析実行手順 解析実行結果 カスタムプライマー利用時のWorkflow 作成 サポート情報 p.3 p.9 p.14 p.19 p.26 p.35 2
... Ion16S Metagenomics Kit ＆データ解析 ・ サンプル調製：チューブ 2 本で 複数の可変領域を増幅（ V2,4,6 & V3,6,9 ） ・ データ解析 : Ion Reporter による専用パイプラインと２つのデータベースとの連携 ・ メタゲノム解析のポイントとなる２プロセスのソリューションを提供 ...
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報道関係者各位 平成 26 年 7 月 10 日 国立大学法人筑波大学 多層的ゲノミクス解析により胃癌に特異的な遺伝子調節の変化を発見 ~ 微量臨床検体のゲノム エピゲノム統合解析法を開発 ~ 研究成果のポイント 1. 微量組織のゲノム ( 注 1) エピゲノム ( 注 2) 統合解析法を開発しまし
... 掲載論文 【題名】 Nanoscale Chromatin Profiling of Gastric Adenocarcinoma Reveals Cancer-Associated Cryptic Promoters and Somatically Acquired Regulatory Elements （胃癌のナノスケール・クロマチン解析が癌に関連するクリプティック遺伝子プロモーターと体細胞での ...
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Microsoft Word 細則入りr2 ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針（平成29年2月28日一部改正）r3 (2) (2).docx
... （１）研究者等（個人情報保護法の適用を受ける大学その他の学術研究を目的と する機関若しくは団体又はそれらに属する者であって、その個人情報又は匿 名加工情報を取り扱う目的の全部又は一部が学術研究の用に供する目的であ る者に限る。以下この 20 において同じ。 ）は、匿名加工情報（匿名加工情報 データベース等（匿名加工情報を含む情報の集合物であって、特定の匿名加 ...
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