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化学と生物 Vol. 51, No. 7, 2013
巻頭言
Top Column
昔の話で恐縮ですが，私もコンピュータ のボードゲームに熱中した時代がありまし た．これらのゲームで，ターンと呼ばれる ゲーム進行の単位があり，各プレイヤーに 一定の順序でターンが訪れ，ターンが回っ てきたプレイヤーは，自分の取る手を選択 することになります．このターン制のゲー ム を 生 物 学 に 例 え る と，1990年 代 か ら 2000年 代 に お け る，バ イ オ イ ン フ ォ マ ティクスの勃興とゲノムプロジェクトの開 始は新しい生物学分野のターンでした．こ の両分野は相互に活性化し圧倒的な速度で 発展してきました．その起点が，1982年，
将来膨大に産生されるデータの爆発を見越 して，わずか606件，680,338塩基で創設 された塩基配列データベースGenBankで した．
私が，このGenBankのデータと出会っ たのが，1983年で，その当時の九州大学 遺伝情報実験施設長 榊 佳之先生（現 豊 橋技術科学大学学長）からデータが入った オープンリールのテープを渡され，情報を 読み出して使えるようにしましょうと言わ れたのです．使えるようにするには，デー タベースシステムを構築するしかありませ んでしたので，当時九州大学の大型計算機 センターにいらっしゃいました高木利久先 生（現 東京大学大学院新領域創成科学研 究科・教授）に助けていただいてデータ ベースGENASを構築したのが1984年，こ のころはレーザープリンタなどなく，タイ プライターに似たラインプリンターで出力 された壁一面の出力を見て，ホモロジー検 索を行った思い出があります．年に数回の データベース更新は，GenBankから郵送 されたオープンリールのテープをテープ リーダーで読み出し，データベース化した ものでした．当時すでに大学間ネットワー
クもありましたが，回線スピードも遅く，
学内のネットワークは電話回線を利用する もので，300 bpsの速度で，受けるほうも 8インチの256 KBのフロッピーディスク などに保存していたものです．現在の1テ ラバイトのハードディスク付きのマルチ CPUの パ ソ コ ン は100 Gbpsの 光 ネ ッ ト ワークに接続され，計算速度もひと昔前の 大型計算機より高速で，タンパク質の立体 構造からヒトゲノムの構造をとおして細胞 の状態までもが目の前で見ることができる 現状は，わずか20数年前には想像できま せんでした．同じように，塩基配列決定の スピードも1990年代は1 kbpの配列を決め るのにもゲル板でDNA断片を電気泳動 し，RI標識を目で測定していた時代から，
エマルジョンPCRあるいはブッリジ増幅 などの小容量での増幅など，サブマイクロ 環境での実験が可能になり，一気にヒト 30億塩基配列が10万円で数時間の間に読 める時代に変わってきました．すでにヒト を 含 め た 真 核 生 物180種，バ ク テ リ ア 3,900種，アーキア180種を超えるゲノム の配列が決定され，あるいは決定中であ り，蓄積された膨大なゲノム情報あるいは ゲノム関連の情報が解析を待っています．
この研究環境の急激な変化，特に膨大な ゲノムデータなどを生物学研究はあまり有 効活用してきていないと私は感じていま す．現在，研究のターンは生物学側に渡さ れています．大量のデータ，たとえば，
種，株ごとのゲノムデータ，ヒト個人のゲ ノムデータあるいはオミックスデータなど を基盤として，どんな研究が展開されるか は，今後10年間の生物学ターンの課題だ と思います．これらの研究を担うのは「化 学と生物」を読んでいるあなたなのです．
新しい生物学への挑戦を期待しています．
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