PubMedの使い方

PubMed 入門

接続先

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?otool=ijpokulib

本日の内容

• PubMed の概要

• 検索の基本

• 全文入手の方法

• MeSH の利用

• 便利な検索

文献入手までの流れ

文献データベースを検索 して文献を特定する

電子ジャーナルで利用で きるかどうか確認する

電子ジャー ナルで利用

できる

図書館にあるかどうか 検索する

図書館に ある

学外から取り寄せる

文献入手！

NO YES

NO YES

YES NO

文献が特定

できている

PubMed の概要

PubMed とは

• NCBI （国立生物科学情報センター）が作成。

• 世界 80  カ国以上で発行された医学関連分野の論文を検索できる 無料データベース。

データソースは MEDLINE （※有料の医学データベース）と、

Non‐MEDLINE （ MEDLINE 非採録のデータ、整備前のレコード等）。

件数参照：図解 の使い方 改訂第 版 岩下愛 山下ユミ著（ 発行）

収 録 範 囲

年～現在（ほぼ毎日更新）

収 載 雑 誌 約

誌

収 録 件 数 約

万件

PubMed の論文レコードは、以下のように状態が変化。

後述の一部の

や、

用語を使った検索は、

のデータしかヒットしません。

(

全体の約９０パーセント）

PubMed データの遷移

[PubMed] MEDLINE

に登録されないレコード。

画面表示 データ作成手順

1 [PubMed – as supplied by  publisher] 

雑誌出版社からデータが送られてくる。

2 [PubMed – in process] 

書誌事項の確認、索引付（

用語 の 付与）等の整備中のレコード

3 [PubMed – indexed for MEDLINE]  

MEDLINE

用のデータとして登録が完了し

たレコード。（

用語の付与が完了）

検索の基本

検索語の入力規則

・検索語は、大文字、小文字の区別なし。

・ギリシャ文字、ローマ数字は英語表記。

α →

alpha      

Ⅲ →

iii

・ハイフンはスペース。アポストロフィー（ ` ）は省略 high‐risk  → high  risk

doctors` health  → doctors health

・分子式

H₂O

H2O または h2o 20

“20 degrees C”

・自動マッピング機能がうまくいかない場合（

）、熟語で検索するには

“ ”で囲む。

metabolic syndrome   → “metabolic syndrome”

論文を検索する

①雑誌名や著者名で検索する場合

②特定のテーマで検索する場合

① ―1 雑誌名で検索

フルタイトル、略誌名、 ISSN （雑誌固有の番号）のいずれからも検索 できる。

例） American journal of medicine 例） Am J Med

例） 0002‐9343 （ハイフンも必要）

① ―2 著者名で検索

姓

名

ミドルネーム。名とミドルネームはイニシャルのみ。

例） Smith RM

ただし、自動的に前方一致で検索されるので、

で検索を

かけると、

だけでなく、

や

なども検索される。

Smith R 

に限定したいなら、

と入力する。

（

年以降で原著に記載があれば、フルネームでも検索可。）

特定のテーマで検索する

① 検索欄にキーワードを入力。

➔ 複数のキーワードを組みあわせて検索するには

「スペース」もしくは「演算子（ AND OR NOT ）」

② Filter 機能を利用して絞り込み

➔ 年齢や性別、論文種類、主題等を指定する

③ MeSH を利用して絞り込み

④ 関連情報検索を利用して絞り込み

演算子

（１）両方の語を含む論文を探すとき

スペースもしくは AND

・・・ IPS cells AND Yamanaka S

（２）どちらかの語を含む論文を探すとき

OR ・・・ vitamin OR zinc

（３） 前者を含む論文で、

後者を含まない論文を探す

NOT ・・・ allergy NOT hay fever

1つ目の キーワード

2つ目の キーワード

1つ目の

キーワード ２つ目の キーワード

1つ目の キーワード

2つ目の キーワード

検索画面

＞＞「肺がん」（

）を検索してください。

検索キーワード入力欄

フルテキストリンク

論文タイトルをクリックすると表示。

索引付けがされたデータは、

用語 等がそれぞれ参照できる。

「NLM catalog」より 雑誌の詳細情報が参照可

アイテムの保存

（

）

詳細表示画面

関連情報検索

検索語と関連する検索例

全文が無料で公開されているものに絞り込む。

（※PubMed Centralというサイトのみ。

PubMedと同じ作成機関による提供）

並び順等を指定

詳細検索

検索結果一覧画面①

各種フィルター：

検索結果を絞り込む

出版年による絞込み

検索語をタイトルに含む

論文

他のデータベースを再検索

検索履歴 Search details ： 実際に実行した検索式（自動マッピング機能）。

最適な検索結果となるように、検索者が入力したキーワードを適 切な検索語に自動変換。

検索に慣れていない人でも適切な検索結果が得やすいようになっ ていますが、万能ではないため、検索のたびにきちんと検索が行 えているかチェックします。

検索結果一覧画面②

検索結果の絞込み ー Filter ー

※

この機能を使うと、整備されていないデータが漏れる可能性もあります。

Filterは一度選択すると、以降の検索に常に維 持される。不要な場合は解除を忘れず行う。

チェック中のfiletrを再度クリックするか、

「Clear all」をクリックする。

Text availability フルテキスト、抄録 Publication dates 雑誌発行年

Species 人間または動物

Article types 論文の種類

Languages 言語

Sex 性別

Subjects 主題

Journal categories 雑誌カテゴリー

Ages 年齢

Search Field 検索フィールドの再検索

検索結果を一時保存・転送

File PC

上にテキストファイルで保存

Clipboard PubMed

上に一時保存（

件まで

時間）

E‐mail

メール転送（最大

件）

Citation Manager

文献管理ソフト用のファイル形式で保存

Clipboard

に一時保存後に、その他の作業をするほうが効率的

全文を入手する方法

DB 検索結果から本文へリンク

※ EJ 本文への到達経路は様々！！

① 直接リンク ダイレクトに電子ジャーナルページにリンク

② リンクリゾルバ経由 岡山大学で利用できる電子ジャーナル情報と 照合してリンク

③ 別途検索 該当するツールを別途検索する

①直接リンク ②リンクリゾルバ

リゾルバの利用

該当する文献の情報

①無料のDB等を再検索

②岡山大学の蔵書を検索

③全国の蔵書を検索して

取り寄せる

【演習】

Filter 機能を使って検索してください。

「 IPS 細胞（ IPS cells ）に関する、レビュー論文を 読みたい。」

※「レビュー論文」はFilter

機能の

で指定します。

基本 論文を検索し、全文を入手できる。

MeSH の利用

MeSH

Medical Subject Headings （医学主題見出し）。

様々な医学用語を統一して使えるようにまとめた用語集

例）「がん」「腫瘍」に関する論文について

PubMed

のデータ

論文

雑誌名 発行年 巻号ページ 論文名（

～）

MeSH

（

、

）

PubMed

のデータ

論文

雑誌名 発行年 巻号ページ 論文名（

～）

MeSH

（

、

MeSH用語による統制

文献内での表現

Cancer Neoplasm Tunor

Neoplasms

MeSH のみで検索する

○ 自動マッピング機能で多くの場合 MeSH が付与されるが 不要な検索結果も数多く含んでしまう。

"neoplasms"[MeSH Terms] OR 

"neoplasms"[All Fields] OR "cancer"[All Fields]

ここに必要ない内容の論文がヒット。

自動マッピング機能に頼らず、 MeSH のみを指定して検索

すれば、不要な論文がヒットしにくくなる。

MeSH のみで検索する

① 「肺がん」について調べたい場合

→

「肺がん」の意味を持つ英語表現で検索

② 「肺がん」の MeSH のボックスにチェックを付ける。

用語をクリックするとより細かく言葉の意味を限定できる。

③ 「 Add to search builder 」で検索フィールドに MeSH を入力

④ 「 Search PubMed 」で検索実行

選んだ

を論文の中心的主題にしている論文だけ に絞って検索できる。

Meshをさらに細かく限定することができる。

例）drug Therapyにチェックを付けて検索すると

「肺がんの薬物療法」について書かれた論文を探せる。

MeSH サブヘディング

上下の概念

•

該当のMeSHの上位概念（より意味の広 い言葉）と下位概念（より狭い概念の 言葉）のMeSHが表示される。

MeSHをクリックすると、その用語の詳 細画面に行くことができる。

通常はMeSHで検索するとき、下位概念 も含んだ検索になる。

上位概念

下位概念

abnormalities 奇形 isolation & purification 分離と精製

administration & dosage 薬物投与と投与量 legislation & jurisprudence 法律学 法制と法学

adverse effects 有害作用 副作用 manpower 人的資源

agonists アゴニスト metabolism 代謝

analogs & derivatives 類似体と誘導体 methods 方法

analysis 分析 microbiology 微生物学

anatomy & histology 解剖学と組織学 mortality 死亡率

antagonists & inhibitors 拮抗物質と阻害物質 nursing 看護

biosynthesis 生合成 organization & administration 組織と管理

blood 血液 parasitology 寄生虫学

blood supply 血液供給 血液循環 pathogenicity 病原性

cerebrospinal fluid 脳脊髄液 pathology 病理学

chemical synthesis 化学合成 pharmacokinetics 薬物動態学 薬物速度論

chemically induced 化学的誘発 pharmacology 薬理学

chemistry 化学 physiology 生理学

classification 分類 physiopathology 生態生理学

complications 合併症 poisoning 中毒

congenital 先天性 prevention & control 予防と抑制

contraindications 禁忌 psychology 心理学

cytology 細胞学 radiation effects 放射線作用 放射線効果

deficiency 欠乏 radiography Ｘ線撮影

diagnosis 診断 radionuclide imaging 放射性核種イメージング

diagnostic use 診断用 診断への利用 radiotherapy 放射線療法

diet therapy 食事療法 rehabilitation リハビリテーション

drug effects 薬物作用 secondary 二次性 続発性

drug therapy 薬物療法 secretion 分泌

economics 経済学 standards 標準

education 教育 statistics & numerical data 統計と数値データ

embryology 発生学 supply & distribution 供給と配分

enzymology 酵素学 surgery 外科学

epidemiology 疫学 therapeutic use 治療用 治療への利用

ethics 倫理学 therapy 治療

ethnology 民俗学 toxicity 毒性

etiology 病因 transmission 伝播

genetics 遺伝学 transplantation 移植

growth & development 成長と発育 trends 傾向

history 歴史 ultrasonography 超音波検査 超音波画像

immunology 免疫学 ultrastructure 超微細構造

injuries 損傷 urine 尿

補足 サブヘディング（副題）一覧 対訳

MeSH のみでの検索のメリット、デメリット

メリット

・内容に関係のない論文が避けられる

・表記のブレによる検索もれが起きにくい デメリット

・ MeSH が付与される前の最新データや、付与されない データは、 MeSH では検索できない。（ｐ 6 参照）

必要に応じて、自動マッピング機能を活かした通常検索と、

MeSH 用語での検索を掛け合わせる必要がある。

【演習】

アトピー性皮膚炎（例： atopic dermatitis ）の 食事療法（ diet therapy ）に関する文献を 調べたい。

※アトピー性皮膚炎を MeSH 用語で検索します

※ diet therapy は ” サブヘディング ” で指定します

（ p28‐30 ）

便利な検索

関連文献の検索① ー Related citations ー

○検索結果一覧、もしくは詳細表示中の「

」をクリックする。

MeSH

、タイトル、抄録中のキーワードを自動的に分析し、関連性の高い文献へ

のリンクを提供する機能

関連文献の検索② ー MeSH の指定ー

○

が付与された文献は、詳細表示の

「

～」から該 当文献に付与された

を参照できる。

自分のテーマに一致する文献がある場合

は、その文献に付与されている

を参

考にして関連文献を検索する方法もある。

関連文献の検索③ ー Cited in PMC ー

○

間で引用関係がある場合、該当する論文を引用している他の論文

が表示される。

※PubMedCetral

以外から引用されている場合は、表示されません。

詳細表示へ

関連文献の検索④

ー Web of Science を利用するー

○ 「

」を使うとより詳しい引用関係を調べることができます。

・

：表示している文献を引用している別の文献の数

・

：表示している文献が引用している別の文献の数

Single Citation Matcher

論文の情報が部分的にわかっている時に。

断片的な情報から該当するものが探せます。

忙しい方のための臨床に関する論文検索

Clinical Queries

• 臨床研究論文を短時間で検索する

Clinical Queries

• ３つの検索フィルター

研究デザインに着目したキーワードのまとまりであるフィル ターが、自動的に付与されて検索される。

① ② ③

検索内容を確認するには Filterをクリックする。

Clinical Queries

① Clinical Study Category

左図のように

５種類の研究カテゴリーと２種類の

を設定する。

Category

（臨床研究カテゴリー）

etiology

（病因）、

（診断）、

therapy

（治療）、

（予後）、

clinical prediction guides

（臨床予測指針）

Scope

（検索の範囲）

narrow 

： 適切でない文献は少なくなるが、適切 な文献が漏れる可能性が高まる

broad    

：適切な文献を数多く検索するが、あまり

適切でない文献も含まれる

Clinical Queries

② Find Systematic Reviews

Systematic Review に関連ある論文を探す。

システマティック・レビューとは、同一の テーマに関する複数のランダム化比較試 験（

）などを統計的に処理して総合評 価した結果をまとめた論文。

※

コクラン共同体システマティックビュー

について、

では抄録まで。全

文は岡山大学契約データベースの

に収録。

Clinical Queries

③ Medical Genetics

遺伝子学関係の論文に絞って検索できます。

Topic 

による絞込みは

（診断）

Differential Diagnosis

（鑑別診断）

Clinical Description

（臨床記述）

Management

（マネジメント）

GeneticCounseling

（遺伝カウンセリング）

Molecular Genetics

（分子遺伝学）

Genetic Testing

（遺伝学的検査）

から選べます。

ありがとうございました。

【和英・英和辞典のご紹介】

PubMed

検索でキーワードを選ぶ時にご活用ください。

京都大学の教員の方の科研費事業

○ライフサイエンス辞書「

」

http://lsd.pharm.kyoto‐u.ac.jp/ja/service/weblsd/

参考文献

•

「図解

の使い方

インターネットで医学文献を探す」改訂

版

岩下愛

山下ユミ共著日本医学図書館協会

（

階閲覧室あり

）

•

「上手な情報検索のための

活用マニュアル」改訂第

版 縣俊彦編著南江堂

（

閲覧室あり

）

•

東京大学医学図書館

の使い方

http://www.lib.m.u‐tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf

•

慶應大学信濃町メディアセンター

の使い方

•

東邦大学医学メディアセンター

の使い方

http://www.mnc.toho‐u.ac.jp/mmc/handout/pubmed2010‐1.pdf