PubMed
の使い方
京都大学医学図書館 2003.10.2
1
PubMed
とは
1.1
MEDLINE
MEDlars onLINEの略。Index Medicus、Index to Dental Literature、International Nursing Indexを電子情報 化したもの
作成 米国国立医学図書館 NLM(National Library of Medicine)
収録 1966年から現在までの世界約70ヶ国、4,600誌以上の主要な生物医学雑誌に掲載された論文や記事の
書誌と抄録を提供しています。
分野 Anesthesia・Dentistry・Health Sciences・Healthcare・Life Sciences・Medicine・Nursing・Psychiatry・ Public Healthなど
全レコード数 約1,200万件
年間追加レコード数 約500,000件
1.2
PubMed
インターネットで現在無料公開されているMEDLINEデータベース。
NLMのNCBI(National Center for Biotechnology Information)生物工学情報センターが作成している、Entrez
という統合型分子生物学データベースの一部です。MEDLINEのデータのほかに、MEDLINEに未収録状態 の最新書誌情報データベースPreMEDLINE(MeSHは付与されていない)の検索も可能です。最新情報が手に 入る反面、印刷して出版されていない(出版予定の)データまで検索されるので手に入らない事もあります。 PubMedプロジェクトに参加する出版社からNLMに毎週データが供給され、PubMed固有の識別番号 (PMID)が付与されます。またプロジェクト参加の出版社に雑誌のフルテキストを提供するWebサイトがあ れば、そのサイトへのリンクも提供しています。 2003年9月に、1953年∼1965年分のOLDMEDLINEデータもPubMedで検索できるようになりました。
2
検索基本画面
まず、以下のURLにアクセスしてください。 http://pubmed.gov http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?holding=ijpktolib (京大専用入口) PubMedの検索基本画面は、[図1]のようになっています。 (1) Query Box(検索語入力エリア)(1) (7) (8) (2)(3)(4)(5)(6) 図1: PubMed検索基本画面 (2) Limits(検索フィールドや、出版形態等を限定した上で検索する場合に用います) (3) Preview/Index(Index機能や絞込み検索を行いたい場合に用います) (4) History(検索履歴が保存されます) (5) Clipboard(検索結果の表示中にClipboard登録されたデータが保存されます) (6) Details(具体的にどのような検索式で検索されたのかを確かめることができます)
(7) Search(プ ル ダ ウ ン し て デ ー タ ベ ー ス の 選 択 が で き ま す 。PubMed, Protein, Nucleotide, Structure, Genome, PopSet, OMIM, Taxonomyなど)
(8) PubMed Services(Journal Database, MeSH Database, Single Citation Matcher, Batch Citation Matcher, Clinical Queriesなどの各種機能)
3
検索
3.1
Automatic Term Mapping
機能
この機能は、検索基本画面で検索語入力エリアに入力された語句を自動的により適切な用語に置き換えて検
MeSH Translation Table MeSH変換表(MeSH見出し語、MeSH Subheadings、Publication Type
などを含む)の中に適切なものが見つかれば、その語とText Word (標
題、抄録、MeSH、Subheading、化学物質名からの索引語)の論理和
(OR)になります。
⇓
Journal Translation Table 雑誌フルタイトル、MEDLINE の略誌名、ISSN (国際標準逐次刊
行物番号)の中から探します。雑誌名の検索は必ずフルタイトルか
「MEDLINE形式の略誌名」(後述Journal Database参照)を使います。 ⇓
Auther Index 上記2つのTableで見つからない場合、かつ1単語の後に1字ある
いは2字がくる場合に。
それでも見つからなければ、複数の語を入力した場合、単語を1語ずつ減らして同様な参照を繰り返しま
す。最終的にPubMed索引にも無い場合、それぞれの単語で全てのフィールドを探し、スペースをANDとみ
なして検索します。
3.2
Automatic Term Mapping
機能が働かない検索
3.2.1 検索項目を直接入力して検索する 例) japanese[LA]（日本語で書かれた論文） Nakayama-T[AU]（著者名で検索） [ ]のようなタグで囲まれた部分は検索する項目(=Field)を指定したものです。検索基本画面の検索語入力エ リアに打ち込むことで、後述のLimits検索と同じ役割を果します。 ¶ ³ 【検索時の注意】 著者名の入力には、“姓(フル) 名(イニシャル)“の形で行います。
例）Nakayama Takeo→Nakayama T (“ ”は、スペース)
µ ´
3.2.2 アスタリスク（*）をつけた前方一致検索 例）cancer*
cancerと入力して検索 neoplasmsがMeSH Termsに適合。OR検索でText Wordの中にCancerがあればそ れも見つけてきます。
で)。このとき、Neoplasmsは見つけません。
上図のような検索式の表示は検索後、検索結果プレビュー画面でDetailsボタンをクリックします。
3.2.3 囲み限定子” ”をつけた検索 例）”kawasaki disease”
kawasaki diseaseで検索すると、
(”mucocutaneous lymph node syndrome”[MeSH Terms] OR kawasaki disease[Text Word])
というように、「皮膚粘膜リンパ節症候群」というMeSH Termでも検索してくれます。しかし、”kawasaki
disease”というように囲み限定子で囲んで検索すると、自由語でしか検索されません。
3.3
Limits
検索項目や、出版形態等を限定した上で検索する場合に用います(図2)。検索項目、出版形態、年齢、データ ベース登録日、出版年、Abstractsの有無、言語、人間と動物の別、Subsets、性別等で限定できます。各々のボ タンはプルダウンメニューになっています。プルダウンメニューに出てこないものは、Query Box内に”[ ]” で囲んで入力し検索します。 図2: Limits検索 1. All Fieldsボタン(検索項目)Affiliation [AD]第1著者の所属する施設名とアドレス
All Fields [ALL]すべてのフィールドに含まれるすべての語句(初期設定)
Author Name [AU]著者名。姓 名(イニシャルで2つまで、無くても良い)の形で入力する。
EC/RN Number [RN] Enzyme Commisionによる酵素番号
Entrez Date [EDAT] PubMedにデータが収録された日
Filter [FILTER][SB] “LinkOut”で使われるタグ
Issue [IP]雑誌の号数
Journal [TA]雑誌名(略誌名、正式誌名、ISSN) Language [LA]言語
MeSH Date [MHDA] MeSHが付与された日付
MeSH Major Topic [MAJR]論文の主論点に付与されたMeSH MeSH Terms [MH] MeSH(Medical Subject Headings)用語
Pagination [PG]論文の開始ページ
Pharmacological Action
Publication Date [DP]論文が掲載されている雑誌の発行年月日
Publication Type [PT]論文の発行形態。Clinical Traial Letter Retracted Publication Reviewなど
Secondary Source ID [SI]二次資料の特定
Substance Name [NM]論文の関連する化学物質名
Text Word [TW]論文名、抄録、MeSH、Subheadings、化学物質名、主題としての人名などの語句
Title [TI]論文名の語句
Title/Abstract [TIAB]論文名、抄録の語句
Volume [VI]論文の掲載巻数
[ ]内は検索項目の直接入力時に使用する省略形です。
2. Publication Typesボタン(出版形態)
Clinical Trial, Editorial, Letter, Meta-Analysis, Practice Guideline, Randomized Controlled Trial, Review 3. Agesボタン(年齢)
• All Infant: birth-23 months • All Child: 0-18 years • All Adult: 19+ years • Newborn: birth-1 month • Infant: 1-23 months • Preschool Child: 2-5 years • Child: 6-12 years
• Adolescent: 13-18 years • Adult: 19-44 years • Middle Aged: 45-64 years • Aged: 65+ years
• 80 and over: 80+ years
4. Entrez Dateボタン(データベース登録日)
5. Publication Dateボタン(出版年)
From ｜ ｜ To ｜ ｜ 年月日で範囲指定も可能
また、Publication DateボタンはプルダウンするとEntrez Dateボタンにもなります。
¶ ³ 【直接入力時の日付の指定例】 2000/10/31［dp］ 2000年10月31日に出版 1999［dp］ 1999年に出版 1999/01:2000/9［dp］ 1999年1月から2000年9月の間に出版 µ ´
6. only items with abstractsチェック（Abstractsの有無） チェックするとアブストラクト有のみに限定します。 7. Languagesボタン(言語)
English, French, German, Italian, Japanese, Russian, Spanish 8. Human or Animalボタン(人間と動物の別)
Human, Animal 9. Subsetsボタン
収載誌の限定 Core clinical journals, Dental journals, Nursing journals
データ範囲の限定 主 題 (AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine, History of Medicine, Space Life Sciences, Toxicology), MEDLINE(索引済みのMEDLINEデータ), PubMed Central(無料
でフルテキストが読めるもの) 10. Genderボタン(性別) Female, Male
3.4
Preview/Index
Index機能や絞込み検索を行いたい場合に用います(図3)。 3.4.1 Index機能“Add Term(s) to Query or ViewIndex:”下方の検索語入力エリアに語句を入れ ¤ £ ¡ ¢ Indexボタンをクリックし ます。 該当する語句があればその語句を先頭に(なければアルファベット順で入力語句より後の語句)周辺の語句 が表示されます(図4)。 マウスでクリックして語句を選択し、 ¤ £ ¡ ¢ Preview ボタンをクリックすると検索が開始されます。複数語句を選 択する場合は、 ¤ £ ¡ ¢ Ctrlキーを押しながら語句をクリックして指定します。この場合OR検索となります。 文献データを表示するには ¤ £ ¡ ¢ Goボタンをクリックするか、Resultの下のヒット件数をクリックします。 3.4.2 絞込み検索 検索の結果、ヒット件数が多い時などは検索条件をさらに追加して検索します。
上方の検索語入力エリアに語句が入っている状態（図3参照）で、下方の”Add Term(s) to Query or View
Index:”の検索語入力エリアに語句を入れ ¤ £ ¡ ¢ AND 、 ¤ £ ¡ ¢ OR、 ¤ £ ¡ ¢ NOT のいずれかのボタンをクリックすると、上方
図3: Preview/Index検索 図4: Index の検索語入力エリアに追加の語句が入ります。この状態で ¤ £ ¡ ¢ Preview もしくは ¤ £ ¡ ¢ Goボタンをクリックします。 ¤ £ ¡ ¢ Previewボタンは検索式とヒット件数を表示する画面へ、 ¤ £ ¡ ¢ Go ボタンは文献データの画面へ移行します。
4
検索結果
4.1
表示形式
検索を実行してヒットすると、自動的に書誌情報が表示されます(図6)。 ここで、表示形式を変更したい文献データのチェックボックスにチェックを入れることができます。図5:検索結果プレビュー画面
図6:検索結果簡易表示
Summaryと書かれたプルダウンメニューは画面表示の形式を選択できます。形式には、Summary, Brief, Abstract, Citation, MEDLINE, ASN.1, XML/SGML, LinkOut, Related Articles, Protein Links, Nucleotide Links, Popset Links, Structure Links, Genome Links, OMIM Linksなどがあります。メニューから選択し、
¨ § ¥ ¦ Display ボタンをクリックすると、その形式で再表示されます。 また、 ¤ £ ¡ ¢
Send toボタンではファイル保存やPubMedのClipboardへの保存などができます。Clipboardには
4.2
Summary
形式
(
図
7)
検索結果として最初に出てくる形式。著者名,タイトル、雑誌名、巻号、ページ、出版形態、英語以外で書か れている場合その言語名、PubMed番号が表示されます。また、タイトル前のアイコンにより、抄録付きか、 フリーのフルテキストへのリンクがあるかなどがわかります。例えば、 アイコンがあると、抄録付きであ ることがわかります。 図7: Summary形式4.3
Abstract
形式
(
図
8)
雑誌名、タイトル、使用言語、著者名、所属、抄録、出版形態、訂正記事、コメント、PubMed番号が表示 されます。 フルテキストへリンクのあるデータにはリンクアイコンが表示されます。京大専用入口から入ると、京大か らアクセス可能な電子ジャーナルのサイトへ直結する「京大ボタン」があらわれます。ただし、登録の仕組み 上、京大の契約状況を完璧に反映させることができません。 京大ボタンがなくても電子ジャーナルにアクセ ス可能の場合がありますので必ず医学図書館および附属図書館の電子ジャーナルリストで確認してください。 図8: Abstract形式4.4
Citation
形式
(
図
9)
雑誌名、タイトル、使用言語、著者名、所属、抄録、出版形態、訂正記事、コメント、MeSH、個人名、化学 物質名、助成金番号、PubMed番号が表示されます。 図9: Citation形式4.5
MEDLINE
形式
(
図
10)
フィールド名のタグ付きの全データが表示されます。5
PubMed Services
5.1
MeSH Database
MeSHとは、Medical Subject Headingsの略で「医学件名標目」のことです。検索したいテーマに適したキー
ワードを上手に選択するために、同義語などを1つの語句に統一した語です。例えば、肺ガンを表す英語は
図10: MEDLINE形式 しています。 図11: MeSH Database MeSH Database(図11)の検索語入力エリアに語句を入力し ¤ £ ¡ ¢ Goボタンをクリックします。MeSH用語に一 致する語句があれば該当する語句を、無ければ適切な用語に置き換えて表示します。
Health CareはMeSH用語ではなく、ここではDelivery of Health Careに置き換えられました(図12)。この
MeSH用語で検索するときは、 ¤ £ ¡ ¢ Search PubMedボタンをクリックします。 ここでMeSH用語をクリックすると、その詳細が表示されます(図13)。上位語・下位語を参照したり、 subheadingsを設定することができます。設定をしたら、 ¨ § ¥ ¦ Displayボタンの並びにある ¤ £ ¡ ¢ Send to ボタンをク リックし、Search Boxに検索式を入力します。検索実行は、 ¤ £ ¡ ¢ Search PubMedをクリックします。
図12: MeSH検索結果
図13: MeSH用語詳細
5.2
Subheadings=[sh] (
副標目
)
リスト
省略形 subheadings 日本語訳 省略形 subheadings 日本語訳
AB Abnormalities 奇形 LJ Legislation & Ju-risprudence
法律学 法制と法学
AD Administration & Dosage
薬物投与と投与量 MA Manpower 人的資源
AE Adverse Effects 有害作用 副作用 ME Metabolism 代謝
省略形 subheadings 日本語訳 省略形 subheadings 日本語訳
AA Analogs & Deriva-tives
類似体と誘導体 MI Microbiology 微生物学
AN Analysis 分析 MO Mortality 死亡率
AH Anatomy & Histology 解剖学と組織学 NU Nursing 看護
AI Antagonists & In-hibitors
拮抗物質と阻害物質 OG Organization &
Ad-ministration
組織と管理
BI Biosynthesis 生合成 PS Parasitology 寄生虫学
BL Blood 血液 PY Pathogenicity 病原性
BS Blood Supply 血液提供 血液循環 PA Pathology 病理学
CF Cerebrospinal Fluid 脳脊髄液 PK Pharmacokinetics 薬物動態学 薬物速度 論
CS Chemical Synthesis 化学合成 PD Pharmacology 薬理学
CI Chemically Induced 化学的誘発 PH Physiology 生理学
CH Chemistry 化学 PP Physiopathology 病態生理学
CL Classification 分類 PO Poisoning 中毒
CO Complications 合併症 PC Prevention & Control 予防と抑制
CN Congenital 先天性 PX Psychology 心理学
CT Contraindications 禁忌 RE Radiation Effects 放射線作用 放射線効 果
CY Cytology 細胞学 RA Radiography X線撮影
DF Deficiency 欠乏 RI Radionuclide Imag-ing 放射線核種イメージ ング DI Diagnosis 診断 RT Radiotherapy 放射線療法 DU Diagnostic Use 診断的応用 診断への 利用 RH Rehabilitation リハビリテーション
DH Diet Therapy 食事療法 SC Secondary 二次性 続発性
DE Drug Effects 薬物作用 薬物の影響 SE Secretion 分泌
DT Drug Therapy 薬物療法 ST Standards 標準
EC Economics 経済学 SN Statistics & Numeri-cal Data
統計と数値データ
ED Education 教育 SD Supply & Distribution 供給と分配
EM Embryology 発生学 SU Surgery 外科学
EN Enzymology 酵素学 TU Therapeutic Use 治療的応用 治療への 利用
EP Epidemiology 疫学 TH Therapy 治療
EH Ethnology 民族学 TO Toxicity 毒性
ET Etiology 病因 TM Transmission 伝播
GE Genetics 遺伝学 TR Transplantation 移植
GD Growth & Develop-ment 成長と発育 TD Trends 傾向 HI History 歴史 US Ultrasonography 超音波検査 超音波画 像 IM Immunology 免疫学 UL Ultrastructure 超微細構造 IN Injuries 損傷 UR Urine 尿 IR Innervation 神経支配 UT Utilization 機器 施設 計画 サー ビス 医療従事者の使 用状況
省略形 subheadings 日本語訳 省略形 subheadings 日本語訳
IS Instrumentation 機器 VE Veterinary 獣医学
IP Isolation & Purifica-tion 分離と精製 VI Virology ウイルス学 Subheadingの検索には省略形が使用できます。 Translations: bl[sh] ”blood”[Subheading] Translations: mt[sh] ”methods”[Subheading]
5.3
Journals Database (
図
14)
雑誌名のフルタイトル、略誌名、ISSNを調べる場合に使用します。画面左のPubMed Servicesメニューか
ら”Journals Database”をクリックします。入力する際は誌名語句の一部でも良いですが、* (アスタリスク)を 付けるようにします。
例）new eng jour med → No items found (見つかりません)
図14: Journals Database
検索結果は、図15のようになります。
図14で”journals with links to full-text web sitesis”をクリックするとJournal LinkOut Providersの画面にな り、PubMedにフルテキストがリンクしている雑誌名や出版社名(journal provider)のリストを見ることができ ます。2003年10月2日現在、4,081タイトルの雑誌が登録されています。但し、すべてがFreeアクセスでは なく契約なり所定の手続きが必要になります。
5.4
Single Citation Matcher (
図
16)
雑誌の巻号やページ数から、特定の論文を探すことができます。雑誌名、発行年月日、巻、号、論文の最初 のページ、著者が検索項目になります。
図15: Journals Database検索結果
図16: Citation Matcher for Single Articles
参考文献
[1] 阿部信一,奥出麻里共著『図解PubMedの使い方:インターネットで医学文献を探す』第2版,日本医学図
書館協会, 2003
[2] ’PubMed Tutorial’ (http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html)
[3] 東京慈恵会医科大学医学情報センター図書館「PubMed利用ガイド基本編」
[4] 東京慈恵会医科大学医学情報センター図書館「PubMed利用ガイド応用編」 (http://www.jikei.ac.jp/micer/pubmed2.pdf) [5] 香川医科大学附属図書館「PubMed講習会テキスト」 (http://www.kms.ac.jp/˜libin/kensaku/pubmed/manual/sld001.htm) [6] 中条卓「PubMed徹底活用講座」(http://www.asahi-net.or.jp/medical/search/pubmed0.html) [7] 森實敏夫「PubMedの検索用語句「MeSH用語」の使い方」 (http://www.medical-tribune.co.jp/BENRI/newmesh/newmesh.htm)
