PDBj (Protein Data Bank Japan)は大阪大学蛋白質研究
PDBのデータとその見方 探し方 PDBj講習会 金城玲 大阪大学蛋白質研究所
... ● PDBフォーマットは基本的なデータを目で確認するには適しているが、その他の用途には信頼 性の面で問題がある。プログラムで一貫して扱うのはほとんど不可能。 ● mmCIFは完全なデータが比較的目に易しい形で閲覧できるのが良い。パーザライブラリ(C++) は RCSBから用意されている。（あるいは lex/yacc などで自作する） ...
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PDB データの読み解き方 mmcif と PDBML 金城玲 大阪大学蛋白質研究所 PDBj講習会 1
... mmCIF の例（続き） loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _at[r] ...
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別添 5 研究開発課題別事後評価結果 1. 研究開発課題名蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化 (PDBj) 2. 代表研究者名中村春木 ( 大阪大学蛋白質研究所教授 ) 3. 代表研究者による成果開発概要 3-1. 研究目的欧米 日本を中心とする国際的な構造ゲノムプロジェクトの進展 成熟に
... ４－５．総合評価 研究開発計画以上の成果が見られ、ライフサイエンス分野の情報基盤整備に大きく貢献し た。 タンパク質立体構造のデータベース基盤を、厳密なデータ品質の管理のもとに構築する など、データベースの標準化に大きく貢献し、国際的な協調体制を確立した。また、有用 なツール群を開発し、さらにそれを用いて生物学的知識の発見を行ったことは計画以上の ...
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平成 26 年度研究開発実施報告書 ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム 研究代表者 [ 中村春木 ] [ 大阪大学蛋白質研究所 所長 / 教授 ] [ 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 ] 1
... NMR 研究者を支援した。BMRB データの全エントリーについて厳密にオントロジ ーに準拠した XML 化、RDF 化を行い、データの remediation についての自動化を実現し、NMR 創薬支援サーバの構築に応用した。また、NMR 制限情報の国際ワークショップに参加し、標準的フ ォーマット(NEF)の策定に協力した。 ...
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「蛋白質発現・相互作用解析技術開発」産業科学技術研究開発基本計画
... 近年、抗体はポストゲノム研究に重要であるとともに、創薬や診断等への応用が期待 されることから、幅広い産業利用が期待されるため、極めて重要なものとなっており、 世界的にも研究競争が激化している。しかし、産業上有用と考えられるタンパク質やそ の複合体を特異的に認識する抗体を創製する際、抗原の産生が困難なことや、抗体の創 製が免疫寛容等により困難であることが技術課題となっている。このため、こうした課 ...
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Ⅳ 基質結合に伴う溶液中での蛋白質の構造変化の研究
... 技術の開発を進め、一部のビームラインでユーザ利用を開始した。 Ⅱ 蛋白質結晶構造解析での新規解析手法の開発 Research and Development for Protein Crystallography 山本雅貴 Yamamoto, M. SPring-8 の超高輝度放射光は、タンパク質微小結晶からの構造解析やタンパク質の機能理解に向 ...
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第１部 蛋白質とは Protein Data Bank (PDB)とは
... ● 原野 陽子 (大阪大学蛋白質研究所・特任研究員) ● 九州大学生体防御医学研究所グループ ● 藤 博幸 (九州大学生体防御医学研究所・教授) (for ASH) ● 加藤和貴 (九州大学デジタルメディシンイニシャティブ・准教 ...
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Ⅳ 基質結合に伴う溶液中での蛋白質の構造変化の研究
... Ⅱ 蛋白質結晶構造解析での新規解析手法の開発 Research and Development for Protein Crystallography 山本雅貴 Yamamoto, M. SPring-8 の超高輝度放射光は、タンパク質微小結晶からの構造解析やタンパク質の機能理解に向け たサブアトミック分解能での精密構造解析を可能にした。しかし、超高輝度放射光による放射線損傷 ...
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第16回日本蛋白質科学会年会 プログラム・要旨集
... 年会では約900名の参加者を予定していますが、多くの研究者にとって、今こそ蛋白質に関する最新の研究情報を積極 的に取り入れていかなければならない時であると考えています。そのような研究者に情報交換の場を与えることは、本年 ...
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キャビネット 大阪大学大学院薬学研究科分子生物学分野 prof sakurai
... 2001 年 3 月 京都大学大学院薬学研究科博士後期課程修了（薬学博士） （薬品動態制御学分野；橋田充教授） 学位論文 「プラスミド DNA/ カチオン性リポソーム複合体の物理化学的性 質と遺伝子発現効率との関連に関する研究」 ...
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低酸度二等乳に関する研究--限外濾過性Ca, P及び蛋白質について---香川大学学術情報リポジトリ
... 243 弟11巻 通巻第29旨（1959） C異常牛 このホルスタイン種乳牛は親仔二代に貰って泌乳期中にアルコ←・ル陽性乳であった・この分娩後 1カ月の乳を前後列の乳房別に分けて45日のうち，各々4回試験した・乳番号の前列乳（1′・・■3），後列乳（’5【− 7）は試鹸初日から1週間毎に，終りの乳はそれから1カ月後に乳をとって分析したい Dアルコー[r] ...
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様式 20 先端研究助成基金助成金 ( 最先端 次世代研究開発支援プログラム ) 実績報告書 本様式の内容は一般に公表されます 研究課題名 研究機関 部局 職名 氏名 水から水素発生するラン藻モデル細胞創成に必要な光合成レドックス代謝ネットワークの完全理解 大阪大学 蛋白質研究所 教授 栗栖源嗣 1
... J.Mol.Biol. ）。常温性ラン藻 L. boryana 由来の GOGAT を大量に調整する実験系が確立されており， 常法により Fd＋GOGAT 複合体の結晶化スクリーニングを行った。窒素同化酵素である GOGAT に関しては，研究を効率的に進める工夫として，精製の最終ステップに Fd カラムを用いたアフィニ ティー精製を導入した。CNBr で活性化したアガロースゲルに大量調整した Fd ...
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ポスト・ゲノム関連技術 蛋白質レベルでの解析とIT活用
... ー分野ではこれまで、パテントプールの例 は報告されていないが、米 国 特 許 商 標 庁 では、 バイオテクノロジーの 発明の 増加に際 して、 特許へ のア ク セ スの問 題が出 てくるとみられる ことから 、2001 年１ 月に 、バイオテクノロジー分 野でパテントプールは 、よ り大きな 技術革新 、研 究 と 開発の 並行的な 進行、 特許の ボトルネック化 の回避 、より ...
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大阪大学皮膚科年報2010
... 17) 種村 篤 : 厚労省の白斑・白皮症研究班における研究結果の概略およびエキシマランプ治療の推奨度に ついて．第 6 回中国皮膚科学会 ランチョンセミナー，中国（2010.11.20-22） ［国内学会］ 1) Hanafusa T, Azukizawa H, Katayama I : Immature B cell-like circulatinglymphoid cells express ...
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社会とともに進めるゲノム医学研究 国際ワークショップ開催報告 吉澤剛 ( 大阪大学大学院医学系研究科准教授 医の倫理と公共政策学 ) 大阪大学大学院医学系研究科 医の倫理と公共政策学分野では 2015 年 1 月 23 日 ( 金 ) にグランフロント大阪 ナレッジキャピタルにて 社会とともに進める
... 荻島創一氏 今日の話の前半は、がんやアルツハイマー病、糖尿病などのありふれた疾患（ common disease）につ いて、後半は稀少性疾患について話をしたい。現在、東北大学に在籍して、東北メディカル・メガバン ク機構でコホートに取り組んでいる。高齢化率は 2055 年に 40.5%となり、医療費が莫大になり財政が ...
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様式 19 別紙 1 課題番号 LS078 先端研究助成基金助成金 ( 最先端 次世代研究開発支援プログラム ) 実施状況報告書 ( 平成 25 年度 ) 本様式の内容は一般に公表されます 研究課題名研究機関 部局 職名氏名 流産リスク管理に向けた配偶子異数体形成過程の基礎的研究 大阪大学 蛋白質研
... 6. 東出望花, 篠原美紀, 減数第一前期における構造特異的エンドヌクレアーゼ Slx4 の新 規機能解析, 第 22 回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ, 2013.11.20-22, 仙台・秋保 温泉 ＜研究会・ポスター発表＞ 7. 林原加代子, 篠原美紀, 出芽酵母減数分裂進行における Zip3 の機能解析, 第 22 回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ, 2013.11.20-22, ...
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トーゴーの日シンポジウム 2016 東大弥生講堂, 5 October 2016 生命科学におけるデータサイエンスの課題と PDB 中村春木 大阪大学蛋白質研究所
... PDB エントリーのversion管理 現行の問題点 • 座標更新時には、同一の実験データに由来するものでもPDB IDが変更される → 論文中で使われる PDB ID と実際に公開されるPDBIDとが一致しない ...
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平成 17 年度事業報告書 自平成 17 年 4 月 1 日 至平成 18 年 3 月 31 日 I. 事業の状況 1. 助成部 ( 一般会計 ) に関する事項蛋白質に関する研究の助成及び奨励について 従来どおり下記のごとく助成を行いました (1) 一般研究に対する助成大阪大学蛋白質研究所における各
... 続けています。また、研究者が利用しやすい検索機構の開発も行っています。 データベース利用に関する研究協力について 平成１５年度をもって終了しました文部科学省知的基盤研究「生体内ペプチド のデータベース作成 の研究 」については、その成 果であるペプチドームデータベ ースの維持 、ならびにその公 開に引き続き協力 しています。ペプチドームデータ ベースに対 ...
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大阪大学０６２３
... フリーアクセスの基本は守りつつ、限りある医療資源を効率的に活用するという医療提供体制改革に即した観点から は、医療機関間の適切な役割分担を図るため、「緩やかなゲートキーパー機能」の導入は必要 ○ 大病院の外来は紹介患者を中心とし、一般的な外来受診は「かかりつけ医」に相談することを基本とするシステムの 普及、定着は必須 ...
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宇宙環境利用蛋白質結晶生成応用利用実証プロジェクトのご案内
... 打上げはロシアの無人宇宙船「プログレス補給船」を利用します。２∼３か月の宇宙滞在後、同じく 有人宇宙船「ソユーズ宇宙船」で帰還します。 実験装置はこれまでの経緯から、欧州宇宙機関（ESA）とスペイン・グラナダ大学が開発した結晶化 容器 Granada Crystallization Box（GCB）を使用します。結晶化方法は標準的にはその後 JAXA/JSUP にて開発した ...
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