蛋白質構造データバンクの
別添 5 研究開発課題別事後評価結果 1. 研究開発課題名蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化 (PDBj) 2. 代表研究者名中村春木 ( 大阪大学蛋白質研究所教授 ) 3. 代表研究者による成果開発概要 3-1. 研究目的欧米 日本を中心とする国際的な構造ゲノムプロジェクトの進展 成熟に
... して推進した。wwPDB のメンバーが毎年持ち周りで主催する wwPDBAC（国際諮問委員会） には、PDBj のメンバーおよび PDBj の諮問委員が参加したが、2006 年と 2009 年には PDBj が日本にて主催した。これらの諮問委員会では、現状の問題点と将来の施策が議論され、 データの remediation やフォーマット ...
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平成 26 年度研究開発実施報告書 ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム 研究代表者 [ 中村春木 ] [ 大阪大学蛋白質研究所 所長 / 教授 ] [ 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 ] 1
... B-3. 小林直宏、"データベースの積極的な活用が生み出す BioNMR の新しい使い方"、平成 26 年 度日本分光学会ＮＭＲ分光部会、東京、2014 年 9 月 11 日 〈国際〉 A-1. Haruki Nakamura, New Approach to Electrostatic Properties of Proteins and Protein-Protein ...
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「蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化」KO-MTG発表資料
... 【２】CSD以外の生物学的データ[ゲノム，発現，相互作用など]との統合につい てどのように対応するか これまでのプロジェクト（第二期）で，データ検証ファイル以外のセマンティッ ク・ウェブ化が完了しており，コミュニティーの大きな財産となっています．引き 続き，DBCLSと一緒に他の生物学データとの統合化を計り，より一層の統合 ...
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ロ構成要素の機能 目的遺伝子 発現調節領域 局在化シグナル 選抜マーカーその他の供与核酸の構成要素それぞれの機能 目的遺伝子及び選抜マーカーの発現により産生される蛋白質の機能及び当該蛋白質がアレルギー性 ( 食品としてのアレルギー性を除く ) を有することが明らかとなって
... ４ 遺伝子組換え生物等を不活化し又は拡散防止措置を執ってその使用等を継 続するための具体的な措置の内容 生物多様性影響を生ずるおそれがあると認められた場合、弊社は、モンサン ト・カンパニーの協力のもと、本スタック系統ワタが環境中に放出されないよ うに必要かつ適切な措置をとるとともに、環境中に放出された本スタック系統 ...
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dbProP 蛋白質多型データベース kenkyujohodb hyoka dbProP
... 多型の検索は多様な条件で実行できるので、特定の遺伝子産物・特定の疾病・特定の ゲノム領域など様々な検索要件をもつユーザに対応するデータベースとなっている。 また、多型推定のユーザ自身による妥当性評価用に、当該配列クラスタのアライメン ...
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「蛋白質発現・相互作用解析技術開発」産業科学技術研究開発基本計画
... 本研究開発は、遺伝子やタンパク質等の生体分子の機能・構造解析等を行うとともに、 それらの研究を強力に推進するためのバイオツールやバイオインフォマティックスの 開発、成果を高度に利用するためのデータベース整備や先端技術を応用した高度医療機 ...
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ポスト・ゲノム関連技術 蛋白質レベルでの解析とIT活用
... 特許へ のア ク セ スの問 題が出 てくるとみられる ことから 、2001 年１ 月に 、バイオテクノロジー分 野でパテントプールは 、よ り大きな 技術革新 、研 究 と 開発の 並行的な 進行、 特許の ボトルネック化 の回避 、より 迅速な製品開発 を通じ て、公 共／産 業 界 双 方の利益 か ら み て ”wi n- wi n si t ...
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桑島邦博 ( 教授 )(2007 年 1 月 1 日着任 ) A-1) 専門領域 : 蛋白質科学, 生物物理学, 生体分子科学 A-2) 研究課題 : a) モルテン グロビュール状態蛋白質化学療法剤複合体の抗腫瘍活性 b) DMSO 停止水素 / 重水素交換二次元 NMR 法の改良 c) GroE
... 研究活動の課題と展望 蛋白質のフォールディング問題は物理化学としても興味深いが，生命科学や医学とも深い関わりを持っている。特に，フォー ルディング中間体であるモルテン・グロビュール状態のa ラクトアルブミンが脂肪酸（オレイン酸）と複合体を形成すると抗腫 瘍活性を発現するのは興味深い現象である。昨年の研究から， ...
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アミド基を有するルテニウムトリスビピリジン錯体の光化学的性質とアニオン結合能：光機能性人工蛋白質を目指して
... に対し、DNA のような二重ラセンを含む多重ラセン分子・超分子や高分子の合成例は、ヘ リケートや芳香族アミドオリゴマーを除くと極めて少ない。一方、自然界には DNA 以外 にもコラーゲンやグラミシジン等のポリペプチド、シゾフィランやザンサンの多糖がそれ ぞれ三重および二重ラセン構造をとり、多重ラセンは珍しくない。本講演では、塩橋形成 ...
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宇宙環境利用蛋白質結晶生成応用利用実証プロジェクトのご案内
... が重要です。DTT の添加等による安定化をお願いします。ただしこれまでの実験で、調製後直ちにバッ チ法や蒸気拡散法での実験を開始すれば変性することなく結晶が生成するような試料は、例えば沈殿化 剤を含まない（あるいは塩強度の低い）状態では不安定だが若干量の沈殿化剤（もしくは塩等）で安定 ...
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蛋白質科学会アーカイブ ストップト・フロー法を用いた速度論測定
... でいる場合もある。例えば、蛋白質のフォールディング反応の場合、不感時間内に中間体 の蓄積が起こるものもある。この様な場合、反応曲線をゼロ時刻外挿することにより、中 間体の特徴づけを行うことができるが、そのためには反応開始時刻が正確に定義されてい ることが必須の条件になる。従って、反応速度論を測定する際には、不感時間の評価は極 ...
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Microsoft Word - 蛋白質源としての魚粉の代替原料と利用法の提言
... S（ソリュブル）をフィードバックしていない。表に示した新しい高蛋白 質 DDG は、C･H･O から成るバイオエタノールの収量向上を目的とした製造工程の中で、結 果的に副産物の DDG は N を含む蛋白質が多くなる。開発間もないので何通りかの製造方 ...
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第16回日本蛋白質科学会年会 プログラム・要旨集
... しかし、生体内の化学的反応は主として蛋白質によって担われており、塩基配列データだけでは生物 の生理的機能を理解することはできません。 ゲノムにコードされている蛋白質の立体構造や機能物性、蛋白質どうし、ある ...
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ポスト・ゲノム関連技術−蛋白質レベルでの解析とIT活用−（13年度更新）
... つ の バ イ オ チ ッ プ 国 家 研 究 開 発 基 地 の ひ と つ 。 清 華 ホ ー ル デ ィ ン グ ス 等 4 社 に よ り 共 同 出 資 。 会 社 の 資 本 金 は ...そ の 他 、 国 家 科 技 部 に よ り 、 5 年 間 2 億 元 の 研 究 費 を 投 入 。 セ ン タ ー の 研 究 開 発 方 向 ： ...
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~ 50nm の直径を持ち 分子量約 ダルト ンのプラス鎮の 1 本鎖 RNA と 3 種の構造蛋白を含 む エンベロープ糖蛋白は M 蛋白とともにエン ベロープを構成する カプシド (C) 蛋白は粒子内部 に存在する ウイルスの感染性は乾燥や熱 (72, 10 秒 )
... Kato の 3 標準型 に加え Kuroki および Kawasaki 型を用いることが 推奨されている。急性期血清で IgM 抗体が有意に 上昇しているか、ペア血清で 4 倍以上の抗体価の上 昇した時に陽性と判定する。ワイル・フェリックス反 応では誤陰性（OXK 陰性）となることがあるので注 意を要する。病原体診断では末梢血液からバフィー コート分画を分離し、リケッチア DNA を ...
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PDB データの読み解き方 mmcif と PDBML 金城玲 大阪大学蛋白質研究所 PDBj講習会 1
... PDBML の基本構造 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> <PDBx: datablock datablockName="1GOF" xmlns:PDBx="http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v40.xsd" ...
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バイオ分野のラマン分光法 自由度の高い測定 非破壊 非接触 非染色 ( プローブ不要 ) 細胞 組織 豊富な情報 化学組成の情報 分子レベルの詳しい構造情報 ( 二次構造 官能基単位 ) Length Y (µm) 蛋白質 製薬 高い空間分解能
... 倒立型ラマン顕微鏡 XploRA-INV 生細胞 レーザ走査 レーザ 検出器 DuoScan 倒立顕微鏡 ラマン分光器 XploRA-INV... All rights reserved.[r] ...
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PDBのデータとその見方 探し方 PDBj講習会 金城玲 大阪大学蛋白質研究所
... ● タグとアノテーションの組が複数ある場合には「 loop_」構文で繰り返しを 指定する。 ● タグの意味は mmCIF dictionary(STAR形式)で定義されている。 ● 色々な種類のデータは「カテゴリー」によって分類・整理されている。 ...
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生体内に存在する蛋白質の中には、20種類の基本アミノ酸だけでは機能の発現ができない蛋白質が存在する
... SelB の C 末端側のフラグメント(SelB-M)と、特徴的な二次構造を持つ mRNA である SECIS-RNA の複合体構造解析を行った。SelB-M は DNA 結合モチーフとして 名高い winged helix モチーフを持つ蛋白質であるが、SECIS との結合はこれまでに知 ...
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Ⅳ 基質結合に伴う溶液中での蛋白質の構造変化の研究
... (JASRI) ・大端 通 (JASRI) ・松下智裕 (JASRI) ・古川 行人 (JASRI) ・後藤俊治 (JASRI) ・ 北村英男（理研）・山本雅貴：マイクロビームを用いたタンパク質結晶構造解析の現状，平成 22 年度日本結晶学会年会および総会 60 周年記念年会、 （吹田） 2010 Ⅰ -14 長谷川和也 (JASRI) ・上野 剛（理研） ・引間孝明（理研） ・村上博則（理研） ・古川行人 ...
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