次世代シーケンサーによる遺伝子解析
次世代シーケンサーを用いた乳腺上皮細胞におけるTGF-βシグナルの解析
... [課程-2] 審査の結果の要旨 氏名 荒瀬 麻友 本研究は、乳腺上皮細胞および乳がん細胞における TGF-βの組織・細胞特異的な転 写 制 御 機 構 を 解 明 す る こ と を 目 的 と し 、 同 シ グ ナ ル に よ る ア ポ ト ー シ ス ・ Epithelial-Mesenchymal Transition (上皮-間葉移行; EMT) 解析のモデル細胞を用い、 1. TGF-β 誘 導 性 ...
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報告されている 1 POI の原因遺伝子の検索はサンプルサイズ数や人 種等の違いもあり 頻度等を正確に検討することは難しいが 次世 代シーケンサー検査により 今後解析が進むことが期待される POI の原因遺伝子のうち 特に卵子特異的蛋白である BMP15 に関する検討が多くなされている Bonnet
... 9 Aramaki S, Hayashi K, Kurimoto K, Ohta H, Yabuta Y, Iwanari H, Mochizuki Y, Hamakubo T, Kato Y, Shirahige K, Saitou M: A mesodermal factor, T, specifies mouse germ cell fate by dire[r] ...
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第11回RCGMフロンティアシンポジウム「次世代に向けたゲノム医学の展開～エピゲノム解析から幹細胞・遺伝子治療へ～」
... 14:10 14:50 座長：仲地 豊、平崎 正孝 1. 堀江 公仁子 遺伝子情報制御部門 （ポスター P36） 2. 池田 和博 遺伝子情報制御部門 （ポスター P03） 3. 宮崎 利明 遺伝子情報制御部門 （ポスター P42） 4. 柴 祥子 遺伝子情報制御部門 （ポスター P20） ...
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Partek 社の NGS データ解析ソリューションは次世代シーケンサーから出力されたファイルを読み込んで 参 照ゲノム配列へのアラインメント データの品質管理 統計解析 ゲノム統合解析 生物学的解釈 各種グラフ やゲノムビューアーでの表示など NGS のデータ解析をすべてサポートします ファイルの
... クラスターマシンやクラウドサービスでスケーラブルな解析パワー 解析速度はサーバーに搭載された CPU コアの数やメモリー容量などに依存します。クラスターマシンに 対応しているので、タスクを各ノードに振り分けることで処理を高速化できます。アマゾンウェブサービス のようなクラウドサービスに対応しているので、解析するデータ量に応じてサーバーのリソースを増減させ ...
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計画研究 年度 ゲノムマッピングと候補遺伝子による日本人２型糖尿病原因遺伝子 の同定とその機能解析 門脇 孝1) 原 一雄1) 山内 敏正1) 窪田 直人1) 戸辺 一之１) 1) 東京大学 医学部附属病院糖尿病 代謝内科学 研究の目的と進め方 (1)全ゲノム解析と候補遺伝子アプロ
... 染色体３番の領域 3q26-q28β染色体３番の3q26-28の領 域には、先に我々が作製したインスリン感受性モデル動 物PPARγヘテロ欠損マウスのDNAチップ解析によりイ ンスリン感受性物質であることが示唆されたアディポネ クチン遺伝子が存在した。更に本領域はフランス白人、 アメリカ白人における罹患同胞対法による全ゲノム解析 によって２型糖尿病・メタボリックシンドロームとの連 ...
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遺伝子比較解析による珪藻類特異的なSET ドメインタンパク質ファミリーの同定
... の光照射条件下で培養を行った． RNA 抽出および RNA シーケンス解析 藻体のトータル RNA の抽出は，acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction（AGPC）法に 基づく TRI Reagent（Molecular Research Center）を用 いて行った．対数増殖期の藻体を 9,000 g，10 分，4 ˚C で ...
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... 2：３つの技術 非バイアス遺伝子増幅、次世代シーケンサー、バイオインフォマ ティクスの３つの技術から成り立ちます。非バイアス遺伝子増幅 では、1セットのプライマーで全TCR遺伝子を増幅するAdaptor- ligation PCR法を採用しています。本法ではMultiplex PCR法の ような多数のプライマー間で生じるバイアスが原理的に発生せ ...
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遺伝子解析による移植されたゲンジボタルの移植元判別法
... が見出されている。さらに，東日本グル ープは２つのサブグループ，西日本グル ープは３つのサブグループ，南九州グル ープは２つのサブグループに分かれ，サ ブグループを含めると８つの遺伝的グル ープに分かれることが見出されている （図１）。昨年度，本研究大会でこれら の８つの遺伝的グループは，地理的に独 立した場所に分布することを明らかにし ている。また， Suzuki et al. (2002) はミトコンドリア内のチトクロームオキ ...
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悪性脳腫瘍の新たなバイオマーカー及び分子標的の探索とそれらの臨床応用に向けた多施設共同研究による遺伝子解析
... 脳腫瘍 大変 篤 あ 病気 あ わ う 生 い 不明 近 次世代 ンサ いう革新的 術 全 遺伝子 網羅的 調 可能 方法 使 様々 い 新 い 療法 開 い 研究 脳腫瘍 患者 血液 髄液 病理標 凍結組織 用い 脳腫瘍 遺伝子や ...
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次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析
... 解析サンプル：腫瘍細胞（1サンプル） 日本人がん患者の腫瘍サンプルを、Illumina社の最新のシークエンサーMiniSeqと、同社の TruSight Cancer panelを用いて、がん関連遺伝子のターゲットシークエンスを行った。得ら れたFASTQファイルは、同社BaseSpaceプラットフォームのIsaac Enrichment v2.1.0ア ...
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ダイズさび病抵抗性遺伝子 Rpp の準同質遺伝子系統を用いたダイズ宿主抵抗性の解析
... エネルギー及び環境情報のセンシング、代謝、酸化、シグナル伝達、転写関連、防御の7つのカテゴリーに 類別できた。このうち、防御クラス遺伝子と類別された遺伝子のほとんどが、ダイズのファイトアレキシン であるグリセオリンの生合成を先導するフェニルプロパノイド経路とイソフラボノイド経路に関連してい ることが分かった。この解析結果より、著者は、Rpp3を介した抵抗性にはグリセオリン合成が深く係わって ...
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トマト相関ネットワーク内のSlHSP70-1、SlIAA9およびSlDELLAにおける相関関係に着目した遺伝子間共発現解析によるSlHSP70-1の機能解析
... 論 文 の 要 旨 トマトは世界中で栽培されている付加価値の高い野菜類の一つである。肥料投与量や栽培環境の最適化を 行っても、生育促進や果実収量増加の向上には限界があるため、植物ホルモンの投与が併用されることが多 い。数ある植物ホルモンの中で、オーキシンおよびジベレリンがトマト栽培の現場において主に利用されて おり、オーキシンおよびジベレリンを介した応答性遺伝子の制御には SlIAA9 および SlDELLA ...
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遺伝子発現の転写後調節におけるPbp1の機能解析
... ・ Yeast two-hybrid screening Two-hybrid screening の方法および使用したゲノム DNA ライブラリーは既に確 立された方法に従った(Tadauchi et al., 2004; James et al., 1996)。pGBD-PBP1 とゲ ノムライブラリーを PJ69-4A に導入し、1mM 3-aminotriazole を含んだ SC –leucine –tryptophan ...
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次世代シーケンサーによる小児急性脳炎・脳症の原因ウイルスの新規診断法の臨床応用 研究活動 | 研究／産学官連携
... 小児急性脳炎 脳症患者 脳脊髄液 2 例 コ ッ ウイルス A重 型 1 例 ムンプスウイルス 遺伝子配列 検出さ 原因ウイルス 考え 一 方 血清 1 例 植物 ウイルス あ トウ ラ 微斑ウイルス 配列 検出 さ こ ヒト 病気 起こ 考え い いウイルス 急性脳炎 ...
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NEBNext Direct Target Enrichment Technology 次世代シーケンサー用遺伝子パネル be INSPIRED drive DISCOVERY stay GENUINE
... Bases > 25% Mean Coverage (%) NEBNext Direct は他の濃縮方法よりもターゲット領域を均一にカバー NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel （ NEB #E7000 ）と各社がん遺伝子パネルを用いて調製したライブラリーを Illumina MiSeq でシーケンスしたところ、他社パネルと比較して NEBNext Direct パネルがより高い ...
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次世代遺伝子解析装置を用いた難病研究の連携
... 次世代シーケンサーを用いた遺伝子検査では，膨大な数のVUS (variant of unknown significance) が検出され，その解釈（病原性変異であるのかどうか）が最大の課題になる． • 次世代シーケンサーで同定された288,025個のバリエーションのうち、156,622個 ...
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資料 1-0 研究計画書 遺伝性消化管腫瘍症候群 ( ポリポーシス及び関連癌を含む ) における原因遺伝子の同定と新たな原因候補遺伝子の探索 次世代シークエンシング技術を利用して - Ver /12/15 次世代シークエンシング技術を用いた遺伝子解析による 遺伝性消化管腫瘍症候群の
... 本研究の対象である家族性が強く疑われる症例は，散発性の腫瘍に較べ発症 時年齢が若く，その中には一部若年で発症する症例も含まれる．このような症 例は異時多発癌を発症する可能性が高く，今後の適切なサーベイランスを行う ためにも遺伝子検査にて確定診断を行うことが強く望まれる．また，発端者が 見つかった場合あるいは新たな原因遺伝子の探索時に，若年の近親者が対象と なる場合が考えられる． ...
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遺伝子解析法による微生物同定法
... – 次世代シーケンサーにより、3日でdraft sequenceが得られ、さらに2 次世代シ ケンサ により、3日でdraft sequenceが得られ、さらに2 日後には、first assemblyが完了。 – これらの配列情報を解析した結果、原因菌は新規のO104:H4変異 株で Stx2遺伝子を持つファ ジの感染により毒素産生性を獲得し 株で、 ...
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肺癌の進展に関連した遺伝子の統合的解析
... 近年 EGFR 阻害剤が一部の症例で著効を示すこと、EGFR 阻害剤の効果と EGFR 変異 に強い相関があることが明らかとなり注目を集めている。本邦では EGFR の変異は肺腺癌 の 30-50％にみられ、女性、非喫煙者の腺癌に多い。一方古典的癌遺伝子の KRAS 変異は、 本邦の腺癌の 5-15％に認められ、EGFR 変異とは相互排他的 mutually exclusive な関係 にある。組織形態と発現形質の面では、 ...
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疾患関連遺伝子の long-range PCR Nextera解析2.pptx
... Nextera DNA Sample Preparation Kit によるライブラリ調整 Nextera transposome と アダプターのテンプレート DNAへの結合 断⽚片化とアダプターの結合 (Tagmentation) PCR によるIndexと アダプター配列列の追加 90分 最⼤大96サンプル のマルチプレックス PCR産物10 [r] ...
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