分子動力学シミュレーションの手順
分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... 分子動力学シミュレーションの手順 1. 講義のページからnamd2.exeとtcl85t.dllを ダウンロードし、デスクトップに保存 2. 講義のページからala14.zipをダウンロードし、 デスクトップに保存 ...
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分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... 分子動力学シミュレーションの手順 1. 講義のページからnamd2.exeとtcl85t.dllを ダウンロードし、デスクトップに保存 2. 講義のページからala14.zipをダウンロードし、 デスクトップに保存 ...
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分子動力学シミュレーションによるOLCの摩擦メカニズム評価
... 置にあるものと考えられる [23] ．しかし，これまでの検討でこのルールに従って原子数 が 60n 2 で表されるフラーレンを作成した場合，緩和を行うと五員環の部分が外側に突 き出し，正二十面体形状になることがわかった [34] ．このようにフラーレンの形状は五 員環の位置によって決まるため，球殻形状を実現するためには五員環の数を増やす必 ...
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析出強化超合金中における界面転位網の形態変化および形成過程の離散転位動力学シミュレーション
... 代超合金の処女材における立方体析出構造を想定し，γ ′ 相の大きさを 0.50µm × 0.50µm × 0.50µm，γ チャンネルの幅を 0.05µm とした．model2 はクリープ変形下においてラ フト化が進行した γ ′ 相を想定し，0.79µm × 0.79µm × 0.45µm とした．両モデルの γ ′ 相の体積分率はほぼ同じで約 74% ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレンの押し込み挙動評価－押し込み速度・架橋点の効果
... ける微小領域での力学特性評価の必要性が増している [1] ．この微小領域における局所 的な力学特性の実験的評価法として，ナノインデンテーション試験が挙げられる．ナ ノインデンテーション試験は，局所の力学特性を容易に評価できるという利点があり， 高分子の分野でも数々の適用例がある．例えば，AFM（原子間力顕微鏡）を用いたナ ノインデンテーションでは，µN ...
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整合界面の構造安定性ならびにミスフィット転位に関する分子動力学的研究
... (2) 半経験的ポテンシャル (3) 非経験的手法 (第一原理計算) 経験的ポテンシャルは，量子力学の厳密な理論に基づいて決定されるのではなく，ポ テンシャルを微分可能な未定係数を含む簡単な関数形で仮定し，従来の実験的事実に 合致するようにその未定係数が決められる．半経験的ポテンシャルは，密度汎関数論 より導出される形で定義されるが，そのポテンシャルパラメータは平衡状態でのマク ...
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繰り返し変形を受けるポリブタジエンのヒステリシス発現メカニズム：分子動力学法による検討
... 本研究では，PB の繰り返し変形シミュレーションを行い，その内部メカニズムにつ いてより詳細に検討する．PE の解析では，二面角が１種類しかなく分子鎖構造変化の 考察が容易であったが，PB の場合は 3 種類の二面角が存在し，それぞれの立体配座の ...
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シリコンにおける非弾性変形開始時の局所力学状態に関する分子動力学的研究
... 力が急減した．引張ひずみ下の「瞬間的な」原子配置データから detB α ij ＜ 0 となった 「不安定」原子を調べると，応力急減直前のひずみ 0.410 で初めて結晶内に不安定原子 が現れ，そこを中心として不安定原子領域が拡大してループ状の欠陥が生成していた． また，x, y 方向を自由境界条件としたナノワイヤの引張シミュレーションでは，引張 ひずみ 0.389 ...
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分裂酵母のα-アクチニン Ain1 の生化学的、細胞生物学的、分子動力学的研究
... 本論文の第二部で著者は、Ain1 のアクチン繊維結合性について、分子動力学計算によるシミュレー ションを行った。まず著者は、第一部の R216E 点変異が、CH1 と CH2 の間の非共有結合を開裂すること で、Ain1 のアクチン繊維への親和性を高める可能性について検証した。著者は、野生型および ...
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第一原理分子動力学法による理想格子不安定解析
... 近年の計算機能力の飛躍的な向上を背景に，分子動力学法をはじめとする原子シミュ レーションによる変形破壊現象の解明が盛んに行われている (1) ．従来から行われてい る，原子間相互作用を簡略化したポテンシャル関数により表す古典的分子動力学法で は，すでに 10 ...
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Ni基超合金微細析出構造における転位の分子動力学解析
... した種々の大規模分子動力学シミュレーションを行った．まず，γ/γ ′ 界面における転 位発生機構を，特に格子状 γ ′ 相のエッジや頂点などの界面会合部に着目して，周囲に γ ′ 相が存在する状態で検討した．その結果，γ ′ 相頂点近傍の原子配置が乱れた部分を 起点としてループ状の部分転位が発生し，γ ...
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分子動力学法によるカーボンナノコイルの構造・力学特性評価
... うな形で生じていた．引張初期のばね定数はいずれも 10 −3 程度のオーダーであった． 第 5 章では，第 4 章の引張の後に負荷ひずみ増分を反転させて元の周期長さまで戻 す繰り返し変形シミュレーションを行った．いずれも，負荷反転時に慣性により大き な応力振動を生じるが，負荷過程における弾性変形領域まで除荷すると応力-ストレッ ...
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インデンテーションから切断に至る刃先の現象：分子動力学による検討
... 4.1 シミュレーション条件 Fig. 4.1 にシミュレーションモデルを示す．ツールとワークは Fe ツール―Fe ワー ク，Fe ツール―Al ワークの 2 通りを対象とする．ツールの結晶方位と z 方向の厚さ は前章と同じである．ツールは前章の三角形の tip30 とし，輪郭の厚さはカットオ フの ...
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分子動力学によるMg-Zw-Y合金のLPSO構造の安定性ならびにキンク発生メカニズムの検討
... 田中克志先生へも屋代先生と同様に最大限の感謝を致します．研究が行き詰った時 に幾度となく有益なアドバイスを頂き，幅広く，かつ深い知識を持ちながらも，いつ も気楽にふらっと話しかけに来て下さった先生には何度救われたか分かりません． また，机を並べて未知の「シミュレーション」という壁に共に向かったシミュレー ション班（富平を含む）の 3 ...
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学会, 研究集会 9 月 1 日 -3 日 Workshop on Numerical Modeling of Earthquake Source Dynamics 加瀬祐子 関口春子 スロバキア ブラチスラバ郊外で開かれた, 震源 の動力学のシミュレーションに関するワーク ショップに参加した. 数
... 理 学 連 合 （ IUGG）津波小委員会と太平洋津波警報関係機関連 絡会議 （ ITSU）との共催で，9 月 25-27 日にニュージー ランドのウェリントンで開催された． ITSU は津波 警報を出す政府機関の連絡会議で， 2 年に 1 度開催 され，日本からは気象庁の地震津波監視課長が出席 する．この会議の前に，研究者と津波警報・防災担 ...
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バルク系およびO/Wエマルション系におけるリノール酸メチルとα-リノレン酸メチルの酸化動力学
... （論文内容の要旨） 脂質は食品の主要な成分であるが，その酸化は含油食品の品質が劣化する要因の一つ である．脂質を含有する食品の品質劣化を合理的に抑制するには，脂質の酸化過程に及 ぼす多くの因子の影響に関する知見が必要である．定性的には，バルク系では液深を大 きくすると比表面積が小さくなるため，脂質が酸化され難く，水中油滴型（ ...
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インテル® MAX® 10 ADC を使用したシミュレーション手順 【ADC control core only 編】
... このデザインは、 ADC control core only モードで構築されています。 この資料で紹介するシミュレーションは、A/D 変換の機能を回路的に検証するものではありません。しかし、 シミュレーション・ツールが、アナログデータを A/D コンバーター （以降、ADC） の分解能を考慮した理論値とし ...
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細胞環境下の生命システムを再現した1分子粒度シミュレーション
... 3. 分子混雑が酵素の処理能力を高める 多重リン酸化反応はシグナル伝達系において頻繁に観察 される一般的な反応である．多重リン酸化反応によって二 値的な応答が説明できることからシステム生物学における 基本的な「素子」の一つとなってきた．我々はまず，この 単純な二重リン酸・脱リン酸化反応系をeGFRD法を用い て計算し，さまざまな細胞内環境を再現した条件下で応答 を調べた 1） ...
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計算科学技術特論 A 古典分子動力学計算法の高速化 2019 年 7 月 4 日名古屋大学大学院工学研究科附属計算科学連携教育研究センター吉井範行
... • M. P. Allen, D. J. Tildesley，“ Computer Simulation of Liquids," Oxford Science, Oxford（１９８７）． • J. P. Hansen, I. R. McDonald, “Theory of Simple Liquids," Academic Press, London（１９８６）． • 岡崎 進, 吉井 範行, ...
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連載講座 : 高生産並列言語を使いこなす (5) 分子動力学シミュレーション 田浦健次朗 東京大学大学院情報理工学系研究科, 情報基盤センター 目次 1 問題の定義 17 2 逐次プログラム 分子 ( 粒子 ) セル 系の状態 ステップ 18
... 7 まとめ 分子動力学法の初歩である Lenard Jones ポテンシャルを用いたシミュレーションを, OpenMP, Cilk, TBB を用いて並列化し, その評価結果について述べた. 三重ループを, OpenMP では parallel for プラグマで, Cilk は直交再帰分割を spawn 構文で, TBB は parallel reduce, ...
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