古細菌Thermoplasma volcaniumの全ゲノムDNAの塩基 配列の決定と情報科学的解析

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Kyushu University Institutional Repository

古細菌Thermoplasma volcaniumの全ゲノムDNAの塩基 配列の決定と情報科学的解析

川嶋, 剛

https://doi.org/10.11501/3180684

出版情報：Kyushu University, 2000, 博士（薬学）, 論文博士 バージョン：

権利関係：

3・7・3 未決定ゲノムDNA領域を埋めるコスミドクローンの選択

121個のλクローンのインサー卜DNAの塩基配列が決定した時点で、 27似

の コンティグとコンテイグをjf�成し ない7伽!のDNA断片が何られたこと は既 に示した。 これらのDNA断片の連結操作をくり返す過科で、11jJ .のクローン にも関わらず、 連結操作の度毎にクローンの並びが異なり、 クローンの111(1需が

一様に決定できない領域が存花することが|引かとなった。

図25に、 その具体例を示した。 コンティグ8 を形成する 入OP22の5' {JlIJは コンテイグ8Rを形成する人OCIO の3' 側と共通な配列を持つ(阿25， ケース

1 )。 一方、 λOP22の3' 側 はコンティグ8Rを形成する人OCI0の5' 側と共通 な配列を持つ(図2S、 ケース2)。 これらの境界には制限両手ぷS(/II3^'の認識配 列GATCが存在したことから 、 キメラクローンであることもII \ n変されたが、 [Ifd 末端に同じクローンと相向性を持つ配列が偶然にクローンイじされるrlJ能性は{lf いとも考えられた。

コンティグ8の 5' 末端に位置する λクローンとして人OOA8を得たので、 こ のλクローンのインサートDNAの塩基配列を決定し 、 λOOAHを含めた3 {I�Jの

λクローンで整列化を試みた(図25、 ケース3)0 3 クローンを同時に整列化さ せると、 凶25 のケース3に示したように整列化する。 これ は予惣された結果 と ー致した。 クローン内部に部分的に共通の配ダIjを持つ可能件を険証するため に、 整列の順序を入OOA8、 入OCI0、 λOP22でおこなった結沢、 λOCIOとλOOA8 にはやはり共通の配列が存在し(図25のケース4) 、 共通のl町ダIJからイミ ー致を 示す配列の境界には制限酵素SUlィ3AIの認識自己列GATCがιli�しなかった([χ1 25の 塩基配列)。

この結果から、 おそら く人クローン作成の過程で生じたキメラクローンが原 因で塩基配列が決定できないのではなく、 ケノム「のこの似j攻が他の領域と比

102

較して不安定であるため、 λ フyージを用いたク口-ニングシステムでは安定 したクローンが何られないことが原凶であり、 この領域の塩基配列を決定する ためには、 この領域に加えて周辺の安定な領域を含むクローンを、 人以外のク 口一ニンクシステムを用いてクローン化する必要があると考えた。

そこで、 千均4 0 k bp前後のインサ-卜 DNAのクローニングが可能なコスミ

ドベクターをmし1て作成したコスミドライブラ リーに対して、BAC クローン ßOE06のSP6プ口モーターによりイ午b文したRNAプローブと、 コンティグ8の ほぼ1.11央に町民するλ7B7_right.tcmpより作成したDNAプローブを用いて、96 {1Mのコスミトク[1-ンを同定化した肢に対するハイブリタイゼ-ションで陽性

ケIJーンをjE択した。BOE06のSP6フ口モーターにより作成したRNAプロー フをJiJし1たハイフリダイゼーシヨンの結果(凶2 6の])と、 λ7B7_right.tcmp より作成したDNAプローブを用いたハイブリタイゼーションの結果(図26 の 2)は、 ともに股上のF の7 の位置にあるコスミドクローン、 CF071が陽性クロ ーンであることを示していた。 この結果から、 CF071 クローンを選択し、 その

インサ-卜DNAの塩基配列を決定した。

CF0 71ク口一ンのDNAを制限酵素NOl 1で切断し、 パルスフィールドゲル電 気泳動システムにより泳動した結果が凶27-1である。 電気泳動の結果はCF071 のインサ-トDNAが、 35kbp前後であることを示した。 決定したCF071のイ ンサー卜DNAはお，040bpであった。

これによりλOP22の3 ' 側4，479bp が、 他の領域由来のDNA断片であるこ

とが明らかになった。 この|析j十はλOCI0 の'1' 末端に位置することが明かとな った。 また、 λ00A8は 5 ' 側5、860bp と3' 側9，109 bp のキメラクローンであ

ることが!万jらかになった。 この両断片はCF071に含まれた。(凶27-2)コスミ ドクローン CF071により、 コンティグ8の5' 末端とコンティグ0 0]の3' 末 端がすでに述結していることが明らかになった。 また、 CF071により他の領域

103

由来のDNA断片を除いた入OP22のヌ' 側、 すなわちコンチfゲ8の3' {HIJと コンティグ001の5' 末端の!日j3，l55bpが珂まることが明らかになった(1χ127- 2)。

したがって、 入クロ ーン121個、 BACクローン16刷、 PCR陀物ヌo州、 そ してコスミドクローンi個によって、 T. � 'o!ca niu111 の全ゲノムDNA出足配列 が決定した。 ゲノムサイズは1， 584、804bpであった(凶日)0 G/C 台;11はJ<).りη であった。 この値は既に報告されているT. �'()!cal1iUlll のG/C :;;.:1:: 3g仇(1 )と 非常に近い値であった。 ゲノムDNAの裏表両鎖のiit込円以リを決定した領域は 1，530，935bp で、 全ゲノムDNA の99.6lkであった。Id] -方向にのみ配列決定し た領域は53， 866bpで全ゲノムDNAの3.6lJéであった。

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コンテfゲ a番下の棒は連結の状態をあらわす。 格子i同一方向で2つ以上の クローンがw-悔している領域。 斜線と点;一本のλで決定された領域。 棒の右端に コンティゲの長さを示した。 単{立はbp。λOCI0とλOP22ではケースl、 ケース2の 2通りの系Ilみ什わせが竺じ、 OOA8が加わるとケース3、 ケース4の2通りの組み合わせ が生じた。tKA}基配石IJのl川角で11�んだ部分は、 配列の不一致の開始点がλライブラリーの ク口一ニンゲサイト、 Sau 3AIでないことを示す。

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左右_の数字_は分子量_{をあらわす}。 単位_はkbpo 左端_の矢印_のVはベ_{クタ ーの}バン_{ドをあらわす}。 _小 ヒ部_の数字_はク ローン番号、 _Mは分子量マー_{カ ーを}示_す。 泳動条件_は、 _{]% アガ}ロ_ース、 ₀._{5 xTBE、 14} o_c、 14時間、 _6V/ cm、 r_am_{p 2}秒ー₁₀秒_である。

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POA8 #1・#5860 、

図27-2、 コスミドクローン、 CF71を加えた連結。

一一一 で示したクローンは、 コンテイグ001の3'末端に位置していたクローン。

はコンティグ001の5 '末端に位置していたクローン。

コスミドクローン、 CF71によって、 コンティグ001の3 ' 末端とγ末端が連結し、 コンティグ8の位置が確定した。

コンティグ一番下の棒は連結の状態をあらわす。 黒線;正逆両方向で決定された領域。

格子i同一方向で2つ以上のクローンが重複している領域。 斜線と点; 1つのクローンで決定された領域。

棒の右端に長さを示した。 単位はbp。

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3・8 決定した全ゲノム塩基配列の確認

λライブラリー(1)にキメラクローンが存仕したため、 λクローン聞に辿結

の誤りがある可能性があった。 そこで、 決定した全ゲノムDNAのI包装配列を 確認することとした。

同19にPCRによって増幅した入ライブラリー(11) のインサ-卜DNAの芯 気泳動像を示した。 いくつかのケローンでは、 PCRによるj判中[13がみられなかっ た。 それらのクローンは破棄した。 増幅が見られたクローン、 672 {[8] (96穴プ レート7枚分)に関して、 シークエンス反応をおこない112制分の左右[lLí末端 の塩基配列を決定した。 得ちれたクローンの左右両末端の配列を、 T. \'olcωlIW!1

の全ゲノム塩基配列に対してアセンブルした。 表6は、 左右両末端のI話器配列 を決定した112個のλクローンと、 末端の塩基配列と相|司な配列のゲノムDNA

上での位置、 および左右末端のゲノム上の位置から予想さ れる入クローンのイ ンサ-卜DNAの長さを示した。

λクローンの予想されるインサー卜DNAの塩基数 の平均は、 14，084.9bpであ

った。 最も長いインサ-卜DNAを持つクローンはAl1. 5 で、 その予想される 長さ は22，543bp であった。 最も短いインサー卜DNAを持つクローンはD01.3

で、 その予想される長さ は8，525bpであった。 λクローンのインサートDNAの 左右両末端の塩基配列をT. volcanium のケノムDNA J�にアッセンフルした 結果得られたインサ-卜DNAの塩基数と、 電気泳動の結�から見積もったイ ンサ-卜DNAの塩基数には栂端な差はなかった。 それゆえ、 これらの112伺 のλクローンのインサ-卜DNAの左右両末端の塩基配列におおわれた領域の ゲノムDNAの塩基配列には、 間違いがないと判断した。

コスミドクローンのインサ-卜DNAの左右両末端の出基配列決定は、 192倒 (96穴プレート2枚分)を用いた。そのうち20例のクローンのインサートDNA

の左右両末端の配ダIjが得られた。 閃29には左右両末端の塩基配列を決定した コスミドクローンを、 制限静素NOL Iで切断し、 ベクターとインサ-トDNA を切り離した後、 パルスフィールドゲル電気泳動をおこなった結果を示した。

表7には凶29の電気泳動像から測定したコスミドクローンのインサ-トDNA の長さと、 コスミドクローンのインサ-トDNAのT3プロモータ-側の頃基配 列と、 T7フロモーター側の塩基配列を、 工 νolcωzlum の全ゲノム塩基配列に 対してアセンフルした結果得られた、 両塩基配列聞の塩基数を示した。 パルス フィールドゲル電気泳動の結果から推定したコスミドクローンのインサ-ト DNAの塩基数と、 左右両末端の塩基配列を工 νolcanium のゲノムDNA上に アッセンブルした結果得られたインサ-卜DNA の塩基数には極端な差はなか った (表7)。 それゆえ、 これらの20個のコスミドクローンのインサ-トDNA

でおおわれた領域のゲノムDNA塩基配列には間違いがないと判断した。

図30-1と2には、 PCR産物のアガロースゲル電気泳動像、 およびそれらを 制限醇素で切断した結果得られた DNA 断片の電気泳動像を示した。 表8には PCR産物を切断した時に用いた制限酵素 と、 予想されるそれぞれの断片の分子 日を心した。 閃30-1と2の結果から、 PCR産物を制限酵素で切断すると、 全 て予知された分子量のDNA断片が得られた。 それゆえ、 これらの 7個の6 PCR 作物でおおわれた領域のゲノムDNA塩基配列には間違いがないと判断した。

これらの結果をあわせて、 全ゲノム上に時計表示で示したものが図31であ

る。 人ケローン、 コスミドクローンと PCR産物を合わせると全ゲノムをおおう ことになる。 この結果から、 決定した工\'o/caniul11 の全ゲノム塩基配列には、

おおきな欠尖、 伸入、 またクローン聞のつなぎ間違い等の、 誤りはないと判断 した。

際DNAデータベース(DDBJ/EMBL/GenBank)の、Iエントリーの配列はおOkbp 以下にする、 という規定に従い、 全ゲノムの出基配列を6断J十に切って笠録し た。 登録番号はAP000991-000996 である。

こうして決定し、 確認したT. \'()/ ca Il ÎllInの全ゲノム塩基配列は、 日本DNAデ ータパンク(DDBJ) に、 DDBJ大量登録システムにより登録した。 その際、 国

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G03 3 1.579.039 1.560.56ヌ 18.476

G03.5 767.06ヌ 751.416 15.627

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決定したT.νolcaniumの全ゲノムDNA塩基配列の確認のために用いたコスミドクローン。

平均長: 38，410.1塩基対

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All 1.227.659 1.189宝148 38.511 38.000

A12 461.030 419.051 41.979 39.000

B2 491.096 450.720 40.376 40.000

B6 355.286 322.503 32.783 34.000

B8 326.274 289，003 37.271 36.000

B10 1.357.861 1.320.178 37.683 36.000

B12 1.451.715 1，407.667 44.048 41.000

C2 146.585 109_t5_3;3 37.052 40.000

C3 1.030.680 990.929 39.751 38.000

C9 1.228.032 1.186.789 41.243 40.000

D1 350.264 315.132 35，132 36.000

D9 1，46Q1_650 1.429.087 37，.5_6J 38.000

D10 1.008.594 970.499 38.095 38.000

EI0 1.434.312 1.399.393 34，919 34.000

F8 1，004，944 966.421 38.523 38.000

H2 315.046 278.566 36.480 34.000

H7 1030.516 991.803 38.713 36.000

H9 998，082 954，946 43，136 40.000

115

表7、

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図31、 決定した塩基配列の確からしさの確認。

緑はλクローンのインサートDNAの両末端から確認した領域、

茶色はコスミドクローンの両末端から確認された領域、 紫色は PCR産物により確認された領域を示す。

119

3.9 ゲノム上の同一遺伝子座のDNA塩基配列決定の重複度

ゲノム塩基配列決定 の戦略には、 大きく分けて、ゲノムを直接サフクローン サイズに断片化して、配列決定していくホールゲノムショットガン法( 1段階 法)と、 数lOkbpのゲノムDNA断片をクローン化し、その クローン の塩基配 列を決定した後、 並べてゆく整列化 クローン法(2段階法) の2つがあるo T

volcanium のゲノムDNAの塩基配列決定には後者のノ出去を月]いた。 2つの方

法において、 それぞれとのような長所と短所があるのか、 2つの力法の効率を 比較するため 、 ここで選択した 2 段階法のそれぞれの段階で得られた結果につ いて考察し、 1段階法と比較した。

はじめの 段階ではゲノムDNAを 断片化し、 入 、 BAC、 そしてコスミドのク 口一二ングシステムを 用いてクローン化した。 λクローンのインサ-トDNA の平均塩基長は15，576bpであった。 BACクローンのインサ-トDNAの手均培l

基長は 2 2，640pであった。 コスミドクローンは 1 クローンのみ決定した。 その イン サ-卜DNAの塩基長はお，040bpであった。 未決定ゲノムDNA領域をI可1 めるためにPCR産物も用いた。PCR産物の平均塩基長は 7，499bpであった。 名 DNA断片の長さの分布を図32に示した。λEMBL3ベクターは、9kbpから 23kbp

のDNA断片をクローン化できる。 図32 で入クローンのインサートDNAの長 さに9kbp以下のDNA断片が存在するのは、 全てキメラ クローンにIj 1来するも のである。

これらのクローンは、 さらに短い DNAI析H-に超百j皮切断して、M13 7アー ジベクターにサブクロ一二ンクし、Ml3サフクローンライフラリーを作成した。

DNAの塩基配列は、 これら M13 のサフクローンのインサ-卜DNAの ものを 決定した。DNAの塩基配列を決定したM13サフクローンの本数は、 34，217本 であった。 1回のDNAの塩基配列決定反応で読み取った出基数をあらわすヒス

120

トゲラムを|ヌ1 33にぶした。 ii;も本数の多かった読み取り塩基数は、675 から 700bpで、 10.3り日本で庇った(30.4(;{; )。 読み取り出基数の平均長は604bp であ った。 総I読みINりI品込数は20，530ユOObpであった。DNA塩基配列決定の平均重

惚j立は13であっ た。

これまで、 l1rùN何C ijlJ決定のlf{f支度、r、は全ゲノムを決定した際 の平均値とし て花火Jれている(たとえは参考丈献33)。 本研究の場合は平均亘複度は13で あった。 しかし、 この数仰は、ゲノムDNAの全て の領域の塩基配列を、 約13

1111 決定したということを怠昧しているわけではない。 また、 特定 の場所の塩基

配列を{I1J 11ミも決定し、それ以外の場所を 1固から2凶しか決定していないとい うことでもない。 、r-í�J重被度からはこのような情報を得ることが出来ない。 理 札!的には、11}頼するに足る亘復度で全ゲノム DNAの塩基配列が決定され、 重 彼度の分布にひずみが少ないという場合である。 ここで、全ゲノムDNAの 塩 基数をしbp、 1回 の塩基配列決定反応で、決定可能な塩基数をm塩基とすると、

もし、 1 II�]の塩基配列の決定反応で 決定可能な塩基数mが、 全ゲノムDNAの 出札数LとliiJじならば、言い換えると、Lとmの比が1ならば、 l回の塩基配

ダIJ決定J>i_)IL�で全ゲノム DNA の出基配列は重複度1で決定される。 塩基配列決

定)\()IL;をn 1[1]くり返せ ば、 弔禄!変はnとなり、 平均重複度と各塩基の塩基配列 決定の'I�[.惚!立は -放する。 しかしながら、 実際には、Lに対するm の比、L/m

は、 がJ 3000 である。 本石川'jzのI易f午、L/mは 1.584、804/600二264l.3 であった。

これはJljI ，�i!状態から大きくかけ離れており、 名塩基 の軍復度の分布にひずみが 't:_じることとなるの

T \'o!C{[l1illl7l のゲノム出県内政IJ決定の重後度を25 bpごとに計算し、 時計表

I J-;であらわすと1'%] 34のようになる。 赤で示した圭禄度が、 緑で示した平均量 惚!立と '3�しておらず、ゲノムDNAの領域ごとに異なっていることが分かる。

'H惚皮の分布のひずみにり-える要素を検討するため、 平均重複度を本研究の値

121

である13と、その半分の6に同定し、L/mの比を変化させていったときに、 主 復度の分布がどのように変化するかをシュミレーシヨンした。

図35-aにその結果を示した。 重夜度を6に同定した時も、13に同定した時 もL/mの比が1であれば場所に依存した亘後度の増減はなくなる。 し/mが2か ら3と増加するにしたがって、 重複!支の分布は広がり、 そ の徒L/mを 3、333ま で変化させても重複度の分布に大きな変イじは児られなかった。

1段階法で古細菌や真正細悶の全ゲノムDNA塩基配ダIJを決定する場f?、L/m は3，000-4，000となり、 部位特異的な:重複度の分布が増加することは避けられな い。 また、2 段階法を採用した本研究の場合、 はじめの段附で作成するゲノム ライブラリーのクローン のインサ-トDNAの塩基数をL2 とすると、L2 /mは 30から 40となり、 これも2から3という値を大きく仁川っており、 rY!)1け、1W 的な重複度の増減が生じることとなる。 今後、 塩基配列決定装百;の性能が[(1] L し、1回の塩基配列の決定反応で決定可能な塩基数が増加すれば、L/m の比は

減少し、 部位特異的な重復度 の分散も減少することが予想、される。

2段階法で 全ゲノムDNAの塩基配列を決定する場合 のもう1つの問題は、 は じめの段階で作成した入、 BAC、コスミドクローン のインサ-卜 DNAをアツ センブルしてコンティグを形成する際に、 隣同土のクローンと重複した部分が 生じることである。 はじめの段階で作成したクローンを 2段階1 �のサフクロー ンのDNA塩基配列を用いて重複度mで決定したとすると、 l 段階[ Jのクロー ンが隣のクローンと重なった部分は重複度2m となる。 それゆえ主政!支は中央 値を2つ持つような、 パイモータルな分布を示した(凶3 5-bのよ線2)。

本研究では、l段階自のクローンのインサ-卜DNAの嵐基長の、ド均は14.9kbp であり、 各クローンのインサ-トDNAの平均36.8�か隣のクローンと重なっ ていた。 1段階目のλクローン のインサー卜DNAの塩基配列は平均重複度 8て 決定された(図35-bの太線1)。 しかしながら、 全ゲノムDNAの出基配列は、

122

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DNAの塩基配列を決定したλ、 BAC、 PCR産物の塩基長をあらわすヒストグラム。

横軸に階級、 縦軸に、 その階級に含まれる個数を示した。

lはλクローンのインサ-トDNAの塩基数、 階級の幅は500bpo 2はBACクローンのインサ-トDNAの塩基数、

階級の幅はlkbpo 3はPCR産物の塩基数、 階級の幅は500bpo

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実話

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図34、 T.volcωllumのゲノムDNA塩基配列決定の重複度の分布。

全ゲノム塩基配列を決定した際の塩基配列の重複度を25bp毎に平均し、

そのプロット を赤いラインで結んだ。 「司J�\円と左上にある数字は、 それぞれ重復度をあらわす。

緑の線は、 平均重複度13をあらわす。

126

rロ図

12ユ

a b

Eiv 内J 35 N(×100 00 bases)

10 10

30

0

0 2 4 6 8 1012141618202224 262830

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30

25 25

20 20

15 15

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5 5

0

32 0 2 4 6 8 10 121416182022 24 262830

「

図35、 l段階法と2段階法が重複度に与える影響に関するシュミレーシヨン。

a、 全ゲノムDNAの塩基配列が決定された段階での平均重複度を13と6に固定した条件で、 1回の塩基配列決定反応 で決定可能な塩基数(m)と、 決定すべき対象の塩基数配列(L)との比を、 1から2、 3、 5、 10、 50、 100、

そして3，333まで変化させた時の平均重複度の分布をプロットしたもの。 図巾のl、 2、 3，333はそれぞれ、

L/mがl、 2、 3，333のものに対応したプロット。

b、 2段階法のシュミレーシヨンとして、 l段階目で作成した整列化クローンのインサートDNAの平均長を14.9k旬、

1回のシークエンス反応で決定可能な塩基数を600塩基に固定し、 隣接する整列化クローンと重なりあった部分 を10%から100%まで10%ずつ変化させたときの平均重複度の分布をプロットした。 図中1の太線は、 T. volcanillm

ゲノムの塩基配列を決定した際のλクローンの決定に要した重複度の分布の実測値、 2の太線は、 T. volcanillmの全 ゲノムの塩基配列を決定した際の重複度の分布の実jRlj値をあらわす。 横軸:重複度、 縦軸:塩基数。

3・10 DNA塩基配列のアッセンプルの難易度

実際に全ゲノムDNAの塩基配列を決定する際に、 1段階j去を適用しようとす ると予想外の一事態が起こりうる。1段階法のために作成したDNA断片が、 十分

な毛彼度で全く任意に得られる可能性は低い。 超音波によりゲノムDNAを切 断すると、 特定の指基の組み合わせの部位で切断が起る傾向がある(大福、 未 発友)。 さらに、 対象生物のゲノム DNA の塩基配列が、 1段階法の適用を阻む ような構造を持つ1-1]能性もある。 例えば、[AIl][TJl] [G"] [CIl]や(ATGC) n のよう な配列でnが400，000であった場合、 ゲノム サイズは2Mtヲpとなり、 とちらも G/C含量は50%で、 G/C含量を調べた限りでは、 このゲノムDNAの塩基配列 を決定することは難しい計画には思えないが、1段階法でこのゲノムDNAの塩 基配列を決定することは不可能である。 もちろんこれらは極端な例であるが、

実際には、 l同の塩基配列決定反応で決定可能な塩基数mをこえる長さの反復 配ダIJがゲノムDNA上にいくつも存在した場合、 1段階法で得られた反復配列 DNAの塩基配列がゲノム上のとの位置に存在する反復配列に由来するのかを区 別してアッセンブルすることはできなし1。 しかしながら、2段階法を適用し、

以復配列の長さがクローンのインサ-トDNAの長さL2より短い場合には、 こ の問題は[n]避で、きる。

このようなゲノムDNA仁の構造を見つけるために、T. volcanium のゲノム DNAの出品配列を、 対象配列と参照配列の両方に用いたドットマトリックスを

作成しゲノム DNA上に同ー塩基配列がとの程度存在するか調べた。 比較のた めに全ゲノムDNAの塩基配列が報告されている4程の古細菌、 4種の真正細菌 と2 t'h �flの人[配ダIJに対して同様に解析した。 ここで解析したゲノムは1.50- 2.18Mbpであり、 ゲノムサイズはほぼ等しい。 また人工配列はどちらもT.

\ '01ω111U111とfr.!]じ1.58M切とした。 結果が図36である。 当然、 対象配列と参照

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配列が全く等しいことから、 対角線上に一致のシグナルがdめられた。 比較す るDNA塩基配列が完全に一致することを佐認した後、これらのj益基配列は毛 要でないので削除した。 対角線上にあらわれた塩基配列を削除した後も、 ゲノ ムDNAよの他の領域に相向性を示す塩基配列が残った(f文J 36のb)。 それらの

塩基配列は、 ノイズを除いた後にも見られた。 この結果を他の占細問、 宍正副II 菌、 人工塩基配列の結果と共に示したのが表9である。 ここに心した数偵は、

ゲノム上にある基準を満たす相同な領域がいくつ存在するかを示しており、 l 段階法を適用したときに得られるDNA 断片のアッセンブルの附難さを矢nる指

標となる。 ここで比較したゲノム の中では、 T νolcα11lW71 のゲノム は相IwJ配 列がもっとも少なく、 1段階法にもっとも適したゲノムDNAを持つということ が明かとなった。

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