■ 講習の進め方(90 分) ◆テーマから文献を探す - 日本語論文を探す: 医中誌Web 【例題 1】 - 英語論文を探す: PubMed 【例題 2】 ◆データベース検索結果をインポート、参考文献リストの作成 - RefWorks ◆自宅からデータベースや電子ジャーナルを利用する: SSL-VPN Gateway サービス ■ 配布資料 ・ 検索実習 問題&解説 ・ リーフレット「文献探しのヒント」①~④ ・ 医中誌Web(Ver.5)クイックガイド ・ EndNote Web、EndNote、RefWorks の主な相違点 ■ データベースの入口 【学内・学外 OK】 http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/index.html ※東京大学OPAC 画面上部の「データベース」からもリンク
「医学系文献検索 & RefWorks」検索実習 問題&解説
GACoS(ガコス) この資料に関するお問合せ:東京大学本部情報基盤課 [学術情報リテラシー担当] TEL: 03-5841-2649(内線:22649) メール: literacy@lib.u-tokyo.ac.jp例題1 iPS 細胞の創薬への応用 に関する国内の論文を探す。 ① 医中誌Web ログイン画面で、「ログイン」ボタンをクリック。 ② 検索語を入力し、検索ボタンをクリック。 *キーワード1つずつ検索するのがおすすめ。 ③ 検索結果が表示される。 *必要に応じて、履歴検索や、絞り込み検索が可能。 ④ 文献番号をクリックすると、詳細画面が表示される。
⑤ 本文を探すには「メディカルオンラインPDF」、「UT Article Link」等のアイコンをクリック。 ⑥ 画面右上の終了ボタンをクリックして終了。 ★POINT! 検索履歴に表示される「TH」や「AL」とは? /TH ⇒シソーラス用語(Thesaurus)を検索。主題による検索が可能。 /AL ⇒全項目を検索。 (例) ・「創薬/AL」 ⇒ タイトルや抄録などに、「創薬」という 単語(文字列)が含まれているものを検索。 ・「新薬開発/TH」 ⇒ シソーラス用語としての「新薬開発」という キーワードが付けられているものを検索。 ※医中誌Web では、自動マッピング機能により、入力語に対応する シソーラス用語があれば、自動的に入力語と合わせて検索される。 (下位のシソーラス語も含めて検索される。)
【1】日本語論文を探す ~ 医中誌 Web ~
医中誌Web http://login.jamas.or.jp/enter.html 【同時アクセス 12】 い②
-1
②
-2
←②-1 の検索結果 ←②-2 の検索結果③
-1 【履歴検索】
検索結果を組み合わせた 検索が可能 (AND/OR/NOT を選択) 【シソーラス用語とは】 論文の内容を表すキーワード。 専門スタッフがシソーラス(上位 語・下位語を整理した用語集)に 基づき、統制されたキーワードを 各論文に付与している。 これによって検索モレを防ぐこと や、探したい主題の論文を検索 できる。(p.9 参照)(前のページから続く) 【絞り込み画面】 例: 「抄録あり」、 「論文種類: 解説」、 「日本語」など選び、 「絞り込み実行」ボタン をクリック
⑤
文献管理ツールへデータを保存 【検索結果一覧】 印刷、ダウンロード、メール送信、 クリップボード(一時保存&まとめ印刷)④
【検索結果詳細】③
-2 【絞り込み検索】
【シソーラス用語】 医中誌が作成する「医学用語シソーラ ス」に登録された用語。 【医中誌フリーキーワード】 上記シソーラスには登録され ていないが、索引上重要として別途管理されている語 *の付いた語は中心的な主題。(メジャー統制語) 【チェックタグ】 論文の「対象」を表す。 【注意】 「本文あり(無料)」で絞り込めるのは、医中 誌が把握している無料文献のみで、大学の 購読誌は対象にならない。 本文を入手するには、これで絞り込むので はなく、検索結果画面で UT Article Link 等をクリックすることをおすすめ。(⇒p.4) 検索結果一覧は、 「新しい順」⇒「収載誌発行順」 などに並べ替え可能。■補 足 <Pre 医中誌>データ シソーラス用語などがまだ付与されていない、新しいデータ。タイトル、著者名、収録誌の情報、一部について は抄録のみが表示。(最短で1ヶ月で掲載。正式なデータになるには4~6ヶ月程度要する。) ■補 足 【アイコンについて】 全文を入手するためには有料の場合もあるため、注意が必要。 ■補 足 【My 医中誌: 検索式の保存・メールアラート】 (HELP⇒「検索式の保存・メールアラート」参照) 東京大学OPAC へのリンク。東大に冊子体の雑誌が所蔵されているか検索可能。 東京大学UT Article Link ボタン。本文入手可能なアイコンが無ければこれをクリック。 電子ジャーナルへのリンクや、冊子体の所蔵等を確認可能。 参照:「文献探しのヒント② データベースの検索結果で本文へのリンクがなかったら?」 メディカルオンラインデータベースへのリンク。 ・「FAX」⇒FAX で全文を入手可能。FAX 送信申込画面に必要事項を入力し送信する
と、記入したFAX 番号に全文が届く。(自宅の FAX でも OK) ・「PDF」⇒全文入手可能。
国立情報学研究所(NII)の論文情報提供データベース CiNii Articles へのリンク。
「本文あり」⇒フルテキスト(PDF)を入手可能。雑誌によっては有料提供の場合もあり。 文献単位でPubMed とリンク。 一部の文献については、フルテキストの閲覧が可能な場合もあり。 文献単位でオンラインジャーナルへリンク。 東大で契約している電子ジャーナルの場合、無料で入手可能。 文献単位でオンラインジャーナルへリンク。 東大で契約している電子ジャーナルの場合、無料で入手可能。 医中誌Web のデータ更新(原則毎月 1 日、 16 日)の都度、登録した検索式による更新 データ分の検索結果がメールで届く。 「My 医中誌」のユーザ登録と ログインが必要。
AND 検索 OR 検索 NOT 検索
① 複数検索語の掛け合わせ
② 検索対象の限定(絞り込み条件)
・絞り込み条件・・・検索をする前にも、ヒトの年齢、動物の種類、出版年、論文の種類等の条件設定が可能。③ 検索項目を限定した検索
・検索語入力欄の「その他」プルダウンメニューで、特定の項目に限定して検索することが可能。 ・入力欄にタグをつけて検索することも可能。 項目 タグ 入力例 備考 著者名 /au 清野宏/au フリガナでの検索は キヨノヒロシ/au kiyonohiroshi/au 所属機関 /in 東京大学/in 第一著者のみ 論文 タイトル /ti エビデンス/ti 収載誌名 /jn 看護教育学研究/jn 看教研/jn 略称も可(プルダウンメニューでも可) 統制語 (シソーラス) /th 花粉症/th メジャー統制語は 花粉症/mth④ 完全一致検索
・[ ]を付けると完全一致検索。不要なものがヒットするのを防ぐ。 ★完全一致の指定ができる項目は、 著者名、収録誌名、所属機関名、特集名のみ。 例) [清野宏]/AU 著者名「清野宏」のみヒット。「清野宏美」等は除外される。 外科手術 not 内視鏡手術 胃癌 緩和ケア 胃癌 or 胃潰瘍【 医中誌 Web の効果的な検索のために 】
■ 自動的にではなく、自分でシソーラスを参照して検索に使う場合(シソーラス用語だけで検索する方法) 検索例 リラックス に関する論文を、シソーラス用語を使って探す。 ① メニューバーの「シソーラス参照」をクリック。キーワードを入力し参照ボタンをクリック。 ② 入力したことばから導き出された同義語と候補リストが表示される。 ③ 候補リストから適切なものを選んでクリック。 ④ そのシソーラス用語の副標目や上位語・下位語の階層構造が表示される。 ④ 階層構造を確認して、適宜「下位語も検索する」を選択し、「このキーワードで検索」をクリック。 ■番外篇:こんな機能も 参考文献リスト内の、掲載雑誌略称の正式な誌名を調べる。 ⇒シソーラス参照画面で「収載誌名」を選択して略称を入力し、「参照」をクリック。
①
③
②
④
対応するシ ソー ラス用語へ誘導 階層(ツリー構造) の表示 思いつくことばを入力 「リラックス」のシソーラス用語が 「リラクゼーション」であることが わかる。ちょっと上級編【シソーラス用語による検索】
例題2 iPS 細胞(人工多能性幹細胞、iPS cell)についての英語論文を探す。
① 検索画面で検索語を入力。(必要に応じて、論理演算子(AND/OR/NOT)を半角大文字で入力。)
② Search ボタンをクリック。
③ 検索結果一覧が表示される。(Display Settings で表示形式を「Abstract」などに変更可能。) ④ 必要に応じ、Filters で絞り込み条件を設定。
⑤ 論文名をクリックすると詳細画面が開く。
⑥ 本文を見るには、Full Text ボタンまたは「UT Article Link」ボタンをクリック。
【2】英語論文を探す ~ PubMed ~
③
①
表示形式の変更④
②
Filters(絞り込み) 全解除 クリックすると、レビュー論文 (総説)だけに絞り込み 精度の高いフレーズ検索の場合は ” ”(ダブルクォーテーション)が必要。 ほとんどの場合は無くても自動的にフレーズ検索。 (※検索式の確認が必要。⇒次ページ参照) PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijputmlib【東大専用入口】 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez Pips cell
選択したデータの保存・メール送信など ・File:データのダウンロード ・Citation manager:文献管理ツールへ保存 ・Clipboard: 一時保存 (ブラウザの印刷機能でまとめ印刷) ・E-Mail: メール送信 Filters の項目 画面表示を加除 Filters で条件設定が可能。 (例) Humans、Review、English検索した後、どのような検索式が実行されたかをSearch Details で確認。 必要なら修正して再検索。
■検索式の確認
⑥
入力した検索語(cabg)だけで検索 されている。このようにMesh 用語を自動 的に検索しない場合もあるので注意。 【参考: CABG(冠動脈バイパス術、coronary artery bypass graft)と入力して検索した場合】⑤
データベース側で付与した MeSH 用語 (シソーラス用語) 入力した語だけでなく、 対応するシソーラス用語でも 自動的に検索。MeSH=Medical Subject Headings
米国国立医学図書館作成のシソーラス(用語集)。
MeSH Terms(シソーラス用語)
MeSH に基づいて付与された、論文の内容を表す キーワード。 自動マッピング機能により、適切なものがあれば、 入力した検索語だけでなく、関連するMeSH Terms でも 自動的に検索してくれる。肉腫?
癌腫?
癌 ?
悪性腫瘍?
シソーラス用語をマスターしよう
論文の内容を表すキーワード。専門スタッフがシソーラス(上位語・下位語を整理した用語集)に 基づいて、統制されたキーワードを各論文に付与している。 これによって検索漏れを防ぐことや、探したい主題の論文に絞り込むことができる。 例えば、ガンに関する論文を探したい 思いついたことばだけで検索すると そのことばが論文のタイトルや抄録等 に無ければ、ヒットしない。 検索モレが生じる・・ ■補 足 【My NCBI: 検索式の保存・メールアラート】シソーラス用語(統制語)
◆上位語:腫瘍
(広義)
◆
◆下位語:乳癌
(狭義):子宮癌
:肺癌
:皮膚癌
癌
肉腫 ツリー構造 データベース提供側で各論文に シソーラス用語を付与 ↓ 検索モレの防止、多様な検索が可能に 悪性腫瘍 ひとつの概念に対して表現が 複数ある場合、表現を統一精度の高い検索が
できる!
癌腫 シソーラス用語: 癌 論 文 指定した頻度で、登録した検索式に よる更新データ分の検索結果がメ ールで届く。 「My NCBI」のユーザ登録とログインが必要。 「Sign in to NCBI」AND 検索 OR 検索 NOT 検索
① 複数検索語の掛け合わせ
【参 考】
スペースでもAND 検索になるが、例えば egg allergy と入力するとフレーズとして認識されて検索される。
論理演算をしたい場合は、egg AND allergy と入力すると、指示が明確になる。
② 絞り込み
・Filters 機能を活用して条件を指定。文献タイプ、言語、動物/人間、性別、収録誌の種類、年齢等による 限定が可能。③ 検索項目を限定した検索
・特定の項目を対象に検索する場合は、タグをつけて検索。 ★タグ検索では自動マッピング機能は働かない。 項目名 タグ 入力例 備考著者 [au] miyazono k[au]
smith re[au](ミドルネームあり) smith r@[au](smith r だけをヒット)
miyazono kohei[au] 2002 年以降ならフルネームでも検索可
所属機関 [ad] university of tokyo[ad] 第一著者のみ 論文
タイトル [ti] stomach cancer[ti]
収録誌名 [ta] british medical journal[ta] The は入れない
bmj[ta] 略称形も可
出版年 [dp] 2011[dp] 2008:2011[dp] 2008/09:2011/03[dp]
出版タイプ [pt] review[pt]
MeSH [mh] stomach neoplasms[mh]
④
Advanced Search
・タグを知らなくても、プルダウンメニューで検索項目を限定して検索することが可能。 ・検索履歴の掛け合わせ検索が可能です。 例) #1 AND #2
⑤ 前方一致検索
・複数形のような語尾変化などに対応。★自動マッピング機能は働かない。
例) bacter* ⇒bacteria 、bacterium など bacter で始まるものを検索
*もっと詳しく知りたい方は、医学図書館作成のマニュアル「PubMed の使い方」を参照。 ⇒医学図書館ホームページ掲載
http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/
surgery NOT endoscopic surgery stomach cancer AND nutrition stomach cancer OR stomach ulcer stomach cancer OR stomach ulcer
【 PubMed の効果的な検索のために 】
PubMed の場合、検索用の演算子(and, or, not など)は 半角大文字で入力
① トップ画面において、「Search」のプルダウンメニューで検索対象を「MeSH」に選択。 (またはMore Resources で MeSH Database をクリック。)
② 検索語を入力し、Search ボタンをクリック。 ③ 検索結果のMeSH 用語一覧に適切なものがあれば選択して検索。
□
1~□
5 : MeSH用語をクリックすると、上・下位語、関連語やSubheading(副標目)等が表示 されるので、適宜組み合わせをして検索することも可能。 対応するMeSH 用語へ誘導 選択したMeSH 用語の Subheadings(副標目)や ツリー構造の表示画面へ 組合せると、多様な検索が可能。○
①
○
②
○
③
Subheadings を複数選択する場合の検索方法 □1 MeSH 用語をクリック □2Subheadings を選択□3 画面右上の Add to search builder で、
Subheadings をどのように組合わせるか選択 □4 2 と 3 を繰り替えす(画面上部に検索式が表示 される、必要なら修正可) □5 Search PubMed ボタンをクリック
□
3□
4□
5 MeSH 用語の上位語・下位語表示 選択したMeSH 用語 (例.Stomach Neoplasms) を 中 心 主 題 と す る 文 献 を PubMed で検索 選択したMeSH 用語 (例.Stomach Neoplasms) でPubMed を検索 チェックを付けなければ 下位語も自動的に検索ちょっと上級編【 MeSH 検索:シソーラス用語による検索 】
□
1□
2■番外篇
: こんな機能も
【参考】 CSLS search(PubMed に専門用語の日本語表示やクラスタリング機能等を搭載した検索システム) ⇒http://www.csls.c.u-tokyo.ac.jp/csls/index.html (東京大学教養学部附属教養教育高度化機構生命科学高度化部門が提供) 臨床医学分野の文献を、目的の テーマで短時間に検索するのに 便利です。 < アクセス > TOP⇒PubMed Tools ⇒Clinical Queries 雑誌の略称名から正式名称を 調べることができます。 < アクセス > TOP⇒More Resources⇒Journals in NCBI Databases
例) 雑誌の略称名 「Mol Cancer Res」の 正式名称を調べる
①
②
③
①
②
③
論文情報(雑誌名、巻号等) から特定の論文をピンポイント で探せます。 < アクセス > TOP⇒PubMed Tools⇒Single Citation Matcher
例) J Allergy Clin Immunol 123(1) p.3 – 11 に掲載された論文を探す 選択した雑誌名で PubMed を検索 臨床研究カテゴリー ・therapy(治療) ・diagnosis(診断) ・etiology(病因) ・prognosis(予後) ・clinical prediction guides
■ユーザー登録
①RefWorks にアクセス。
②「新規アカウントを申し込む」をクリック。
■学外からの利用の流れ:
①SSL-VPN Gateway サービス (GACoS) ⇒ SSL-VPN Gateway サービスに ECCS アカウントでサインイン
その他のサービス ⇒ RefWorks ログイン ⇒ 利用 ⇒ ログアウト ⇒ サインアウト ②グループコードで利用 (GACoS) ⇒ リモートアクセスにグループコードでログイン⇒ RefWorks ログイン⇒ 利用⇒ ログアウト
■使い方で困ったら: FAQ 「RefWorks を使うには?」を参照 (RefWorks ログイン画面にリンクあり) ⇒http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/faq/refw.html ユーザー登録、学内・外からの利用方法、マニュアル等、必要な情報を掲載 ■問い合わせ: 東京大学附属図書館ASK サービス https://opac.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/ask/ ① メニューバー下の「フォルダの作成」ボタンをクリック。 ② 「新しいフォルダ名」の欄に、フォルダ名を入力。 ③ 作成ボタンをクリック。 ★作成したフォルダは、タブを「フォルダの整理および共有」に切り替えると一覧できる。
【フォルダを作る】
①
②
③
【ユーザ登録・学内
/学外アクセス方法】
フォルダ名の変更や削除 はここから (フォルダ名を右クリック、 または のアイコンを クリックすると表示) 作成したフォルダ名RefWorks
この画面が出たら、 グループコードを入力 (使う機能によりグループコードを求められます。) ※推奨、ただし不定期に変更されます。 サブフォルダの作成は ここから ※フォルダ名は 半角英数で入力RefWorks を使うには
※ここに載っていない情報は ⇒GACoS [FAQ] ページ参照① 医中誌Web 検索結果で、RefWorks に取り込みたいデータの左端にチェックをつける。 ② 「RefWorks」のアイコンをクリック。 (医中誌Web 利用後は右上の「終了」をクリック) ………..………. ③ RefWorks 画面で、「インポートが完了しました」のメッセージが表示される。 以降の操作はp.15「レコードをフォルダに移す」を参照
【医中誌
Web 画面】
【データベース検索結果をダイレクトにインポート】
―医中誌 Web の場合
③
【
RefWorks 画面】
①
②
① レコードの左端にチェックを付ける。 ② 「追加先」のアイコンをクリックして、どのフォルダに移すかを選択し、クリック。 ★複数のフォルダに入れた場合、1つのフォルダで削除すると、すべてのフォルダから削除される。 ⇒「削除」アイコンではなく、「フォルダから除去する」アイコンをクリックすればOK。 ★フォルダに入れたレコードを見るには、画面右の「フォルダ」一覧⇒見たいフォルダ名をクリック。 【補 足】■各データベースからのインポート方法を知りたい ⇒「RefWorks を使うには?」のページ参照 (RefWorks ログイン画面にリンクあり) ⇒http://www.sunmedia.co.jp/e-port/refworks/cat38/refworks_2/ ■取り込んだレコードのバックアップをとる ⇒メニューバー「レコード」→「エクスポート」をクリック ⇒エクスポート画面で対象とフォーマットを選択し、「エクスポート」ボタンをクリック ■RefWorks から電子ジャーナルの論文本文を見るには ⇒取り込んだレコードの「ビュー」 で詳細画面を開き、URL をクリック (または、UT Article Link ボタンをクリック) ■取り込んだレコードを編集したい ⇒レコードの「編集する」 をクリック(複数レコードの一括編集は「グローバル編集」 クリック) ⇒レコードの編集画面で適宜修正・追記等を行い、「保存する」をクリック ■手入力で新規レコードを追加したい ⇒メニューバー下の「レコードの作成」ボタンをクリック ⇒新規作成画面で「出力フォーマット」、「Reference Type(資料タイプ)」(学術論文、新聞記事、 書籍等)から適切なものを選択すると、その資料タイプに沿った項目となるので、
【レコードをフォルダに移す】
①
②
文献管理のコツ! 取り込んだレコードはその都度 こまめにフォルダに移しましょう! 「削除」はこちら① PubMed 検索結果画面で、RefWorks に取り込みたいデータの左端にチェックをつける。 ② 「Send to」のプルダウンメニューで「Citation manager」を選択。
③ 「Create File」ボタンをクリック。 ④ 「保存」をクリック。(これがRefWorks に取り込むファイルとなる。) ………. ⑤ RefWorks 画面で、「レコード」⇒「インポート」を選択。 ⑥ 「テキストファイルから」→「インポートフィルター/データソース」で「NLM PubMed」を選択。 (「データベース」は「PubMed」が自動選択される)。 ⑦ 「テキストファイルを選択」の参照をクリックし、取り込むファイルを指定。 ⑧ インポート先フォルダで既に作成したフォルダの中から任意のフォルダ名を指定して「インポート」をクリック。 ⑨ 「インポートが完了しました」のメッセージが表示される。
【データベース検索結果をテキストファイルからインポート】-
PubMed の場合
②
⑤
【
RefWorks 画面】
⑥
⑦
⑧
⑨
③
①
【
PubMed 画面】
【補 足】 RefWorks 画面上部 メニューバーの「検索」⇒「外部 データベース」⇒「PubMed」で ダイレクトにインポートすることも 可能。 レコード ファイルの保存先がどこになって いるか、確認しておくこと。④
① メニューバー下の「参考文献の作成」ボタンをクリック。 ② 出力フォーマットは、投稿する雑誌で指定されている、文献リストの書式を選択。 使う書式は「出力フォーマット管理ツール」で確認、通常使う「お気に入り」に加除できる。 ③ 「レコード一覧から作成」下からファイルタイプで「HTML」などを選択。 ④ 「エクスポートの対象」は、参考文献リストにしたい文献のフォルダを選択。 ⑤ 「参考文献の作成」をクリック。 ⑥ 別画面が開き、指定した書式での文献リストが表示される。(コピーして原稿に貼り付けるなどして活用。) ① 論文原稿をWord ファイルで用意する。 ② 画面右のフォルダ一覧⇒参考文献リストにしたい文献のフォルダを選択。 ③ 引用したいレコードの右側にある「引用する」アイコン をクリック。「引用ビュアー」画面が開く。 ④ 引用ビュアーの「選択」ボタンをクリック。 ⑤ 反転するので、コピーしてWord ファイルに貼り付け、Word ファイルを保存する。⇒原稿ファイル ⑥ 引用ビュアーの「参考文献」ボタンをクリック。 ⑦ 出力フォーマットは、投稿する雑誌で指定されている文献リストの書式を選択。 ⑧ 「原稿ファイルから作成」をクリックし、フォーマット化するファイルは、「参照」で⑤のWord ファイルを指定。 ⑨ 「参考文献の作成」(上の図⑤)をクリック。 ⑩ 別のWord ファイルが開き、指定した書式での文献リスト付きで表示される。⇒完成ファイル (この完成ファイルは、原稿ファイルとは別に、「名前をつけて保存」で保存すること。)