Microsoft PowerPoint - Ion Reporter?ソフトウェアを用いた変異解析4.6.pptx

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1

Ion Reporter

™

ソフトウェアデモンストレーション

Ion AmpliSeq

™

_{Comprehensive Cancer Panelを用いた}

がん部および非がん部の体細胞変異比較解析

Ion Torrent システムを用いた実験例

• Ion AmpliSeq

™

_{Comprehensive Cancer Panelを2サンプル実施}

サンプル1

 ランレポート  ランレポート

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3

研究目的

• がん部と非がん部の体細胞変異を比較

• Variant Callerでは、サンプルごとの検出変異のみを表示 • Hg19をリファレンスに検出がん部(Tumor) 非がん部(Normal) Sample_1 1300 9 Sample_2 2000 15 サンプル1

 Variant Caller プラグインレポート  Variant Caller プラグインレポート

サンプル2

1,300箇所

2,000箇所

• がん部と非がん部で異なる変異のみを表示

Ion Reporterソフトウェアを用いた比較解析

非がん部共通

1,300箇所

Ion Reporter™ で違いを検出

がん部特異的

700箇所

全2,000箇所

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5

Ion Reporterソフトウェアによる変異の絞り込み

• がん部に特異的な変異の中から意義のある変異を抽出

非がん部

Ion Reporter™ で絞り込み

がん部

解析の流れ

• ワークフロー

データ

転送

解析

絞り込み

レポート

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7

事前準備

• 各種設定

データ

転送

解析

絞り込み

レポート

Torrent Server Ion Reporterのサーバー ExcelやPDFファイル

ラン設定 • サンプル名 • がん部・非がん部転送設定 • 転送用プラグイン • アカウント情報解析設定 • サンプル選択 • がん部・非がん部比較絞り込み設定 • アミノ酸配列 • 既知・未知レポート作成 • 結果確認 • ExcelをPDFに変換アカウント作成 • ID • パスワード

Ion Reporterアクセス画面

①登録アドレス

②登録パスワード

③ログイン

ログインのワンポイント解析条件 • サンプル選択 • がん部・非がん部比較

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9 ① サンプル読込：転送済みランデータ ② 解析条件：カスタマイズ用 ③ データ解析：閲覧や絞り込み

ホーム画面

① ③ ②

サンプルファイルの注意点

• 比較解析にはBAMファイルが必要

• がん部と非がん部の比較 • VCFファイルではアノテーション機能に限定 • 解析不能

• サンプル画面でのデータインポートはVCFのみ

• BAMファイルはインポートできない • データ転送プラグイン必須

• 手動でのデータ転送プラグイン使用時に注意

• Ion Reporter Uploader

• BAMファイルを忘れずに ① サンプル読込：転送済みランデータサンプルファイルのワンポイント • BAM: 塩基配列、位置、QV • VCF: 変異情報のみ

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11

サンプル画面

サンプル画面のワンポイント • データの転送が完了しているか確認できる ① サンプル読込：転送済みランデータ VCFファイルの手動インポート 11 目的のサンプル： CCPのNormalとTumor

解析へ

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13

解析を始める： Launch Analysis

• 解析条件を選択

• Ion AmpliSeq™

• Comprehensive Cancer Panel

• Tumor - Normal

• サンプルファイルを選択

• Tumor • Normal

• 設定の確認

• 解析スタート ③ データ解析：閲覧や絞り込み解析条件のワンポイント • すでに最適化されている • 目的に合うものを選択

解析画面

解析画面のワンポイント • 解析が始まるとリストに追加 • 未解析では何も表示されない

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15 解析の始め方 • まずはLaunch Analysisをクリックし、Manualを選択 15 解析の進め方 • Workflowから順に選択 • 解析条件

(9)

17 解析条件の探し方 • 目的に応じて絞り込み • AmpliSeq, Tumor-Normal 17 解析条件を見つけたら • 目的のWorkflowをハイライト • Summaryに条件の概要

Overview

へ

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27

解析 : Overview Analysis

• 解析状況

• 準備～実行～完了⇒結果確認

• 解析段階

• 解析～検証～レポート作成解析状況 • Pending 100GBまで無償

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29 解析状況 • Running • 実行中ステータス更新 29 解析完了 • Successful • リンク生成（解析名の色が青）自動解析はこの段階まで自動実行

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31 結果検証へ • 解析名クリック⇒変異リストへ • 周辺クリック⇒詳細表示 31

解析から検証作業へ

• サンプル比較（解析）

• がん部と非がん部でジェノタイプの異なる個所をリストアップ

• 様々なフィルター条件で変異を絞り込み（検証）

• アミノ酸配列、新規・既知 • Filter Chains

• ローカスのポジションをクリックし、リードの確認（検証）

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33 解析結果 • がん部に特異的な変異を検出 • タブで表示内容を変更可能

解析結果

33 サマリー • ローカス、ジェノタイプなど • テーブルは右にスクロール

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35 機能 • アミノ酸配列の変化 • タンパク構造への影響 35 集団 • dbSNPのアクセション番号 • マイナーアリル頻度 1000人ゲノム European Global African

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37 分類 • データベースの遺伝子関連情報 • がん、生物学的プロセスなど 37 薬理 • 薬剤応答性 • 遺伝子型と表現型の関係

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39 体細胞 • アレルのカバレッジ • アレルの割合 39 QC • クオリティチェック • 信頼度

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41

絞り込み方法

• フィルター機能を利用

• Filter Chains フィルターのポイント • 目的に応じて作成 • アミノ酸配列、分類などクリックして新規作成絞り込まれた変異条件に合わない変異精査して除いた変異絞り込み設定 • アミノ酸配列 • 既知・未知

フィルター条件作成

作成例① • アミノ酸配列の変化を伴う変異 • ミスセンス、ナンセンス ① ② ③ ③ ④ ⑤

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43

絞り込み例①

変異数 • 674から156個に絞り込まれた • さらに絞り込み条件編集全てアミノ酸配列が変化する変異 43

フィルター条件編集

作成例② • 癌種の分類(COSMIC) • 腺腫(Adenocarcinoma) ① ② ③

(23)

45

絞り込み例②

癌種の分類 • 156から11個に絞り込まれた • 過去に報告済み（新規含まず）右スクロールで詳細情報確認 45

腺腫に関連する遺伝子情報

データベース • 遺伝子の表現型情報 • 遺伝子の機能情報

(24)

47

COSMIC (Catalogue of somatic mutations in cancer)

ハイパーリンク

• 実際に観察された体細胞変異

• ALK：3182G>T

http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/mutation/overview?id=1407666 47

OMIM

®

_{(Online Mendelian Inheritance in Man}

®

₎

ハイパーリンク

• 変異による疾患に関する情報

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49

Gene Ontology

ハイパーリンク • 生物学的プロセス • ALKはアポトーシス制御関連 http://amigo.geneontology.org/amigo/term/GO:0042981 49

変異の詳細情報

個別ウィンドウ • 全アノテーション情報を閲覧 • 各種データベースへのリンククリック

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51

IGVを開く

起動 • Locusをクリック • Java™_{を事前にインストール} ① ② ③ 51

IGV: Integrative Genomics Viewer

検証 • 塩基配列の確認 • がん部・非がん部を直接比較遺伝子名で検索可能エリアを囲んで拡大右クリックをして Show all bases

(27)

53

着目したい変異

マーキング • 精査した変異をチェック • 意義のある変異を見失わない ① Deleterious（悪性） 53 ②

精査

取捨選択 • 重要な変異はフラグを立てる • 不要な候補はリストから削除 ① Benign（良性） ②

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55

絞り込み結果

最終候補（例） • 5つに絞られた重要な変異 • 6つの除外された候補 55

データダウンロード

出力 • 絞り込まれたリストをExcel化 • 全項目も可レポート作成 • 結果確認 • ExcelをPDFに変換

(29)

57

絞り込み条件確定

検証作業完了 • レポート作成段階へ • 以降はフィルタ条件変更不可 ① ②

レポート作成

形式 • リストから変異を選択 • アノテーションから情報を選択 ③ ② ④ ①選択

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59

レポート公開

解析完了 • 最終確認 • ロック後はフィルタ条件固定 Ion 318™_Chip ×2枚で13GByte 59

レポート PDF化

ダウンロード ① ③ ② ④

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61

解析結果の共有

メール配信 • ダウンロードリンク（VCFなど） • データの閲覧（ID所有者のみ） ① ③ ④ ② メールアドレス入力 61

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Ion Reporter

ソフトウェア デモンストレーション

Ion AmpliSeq

Comprehensive Cancer Panelを用いた

がん部および非がん部の体細胞変異比較解析

Ion Torrent システムを用いた実験例

•

Ion AmpliSeq

Comprehensive Cancer Panelを2サンプル実施

研究目的

•

がん部と非がん部の体細胞変異を比較

1,300箇所

2,000箇所

•

がん部と非がん部で異なる変異のみを表示

Ion Reporterソフトウェアを用いた比較解析

非がん部共通

1,300箇所

がん部特異的

700箇所

全2,000箇所

Ion Reporterソフトウェアによる変異の絞り込み

•

がん部に特異的な変異の中から意義のある変異を抽出

非がん部

がん部

解析の流れ

•

ワークフロー

データ

解析

レポート

事前準備

•

各種設定

データ

解析

レポート

Ion Reporterアクセス画面

①登録アドレス

②登録パスワード

③ログイン

ホーム画面

サンプルファイルの注意点

•

比較解析にはBAMファイルが必要

•

サンプル画面でのデータインポートはVCFのみ

•

手動でのデータ転送プラグイン使用時に注意

サンプル画面

解析へ

解析を始める： Launch Analysis

•

解析条件を選択

•

サンプルファイルを選択

•

設定の確認

解析画面

次へ

次へ

Overview

へ

解析 : Overview Analysis

•

解析状況

•

解析段階

解析から検証作業へ

•

サンプル比較（解析）

•

様々なフィルター条件で変異を絞り込み（検証）

•

ローカスのポジションをクリックし、リードの確認（検証）

解析結果

絞り込み方法

ソフトウェアデモンストレーション

_{Comprehensive Cancer Panelを用いた}

_{Comprehensive Cancer Panelを2サンプル実施}

_{(Online Mendelian Inheritance in Man}

₎