MicroSeq
®
ID Analysis Software
Version 1.0
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Part Number 4345867 Rev. A 08/2003
目 次
まえがき
このガイドの使い方 . . . vii このマニュアルの目的 . . . vii 対象となるユーザ . . . vii 前提条件 . . . vii 表記法 . . . vii ユーザへの注意事項 . . . viii 詳細情報の入手方法 . . . viii 関連資料 . . . viii 連絡先 . . . viii サービスとサポートの入手方法 . . . ix第
1
章
ソフトウェアに関する基本情報
はじめに: このマニュアルを最大限に活用するために . . . 1-2 手順 1 . . . 1-2 手順 2 . . . 1-2 手順 3 . . . 1-2 MicroSeq ID Analysis ソフトウェアとは . . . 1-2 ユーザグループと権限 . . . 1-3 ユーザのワークフロー . . . 1-4 チュートリアルデータ . . . 1-5 ソフトウェアの構造 . . . 1-6 「Options」ウィンドウ . . . 1-6 「MicroSeqID Manager」ウィンドウ . . . 1-6 「Project」ウィンドウ . . . 1-6 ソフトウェアのツールバー . . . 1-7 全般のツールバー . . . 1-7 解析ツールバー . . . 1-8 表示ツールバー . . . 1-8 このマニュアルで使用している用語 . . . 1-9 ファイル命名規則 . . . 1-10 詳細情報 . . . 1-10 オンラインヘルプ . . . 1-10 状況依存ヘルプ . . . 1-10目 次
第
2
章
アドミニストレータ
:
ソフトウェアの設定
必要な条件とワークフローの確認 . . . 2-2 ユーザ権限 . . . 2-2 アドミニストレータのワークフロー . . . 2-2 ソフトウェアの登録 . . . 2-3 ライセンスと保証 . . . 2-3 ソフトウェアの登録 . . . 2-3 必要なハードウェアおよびソフトウェアの確認 . . . 2-4 必要なシステム . . . 2-4 ハードドライブパーティション . . . 2-5 ソフトウェアのインストール . . . 2-6 インストール準備 . . . 2-6 ソフトウェアのインストール . . . 2-6 ソフトウェアを初めて起動する . . . 2-7 全般的なオプションの設定 . . . 2-9 ユーザアカウントの設定 . . . 2-11 新規ユーザの作成 . . . 2-11 ユーザ情報の変更 . . . 2-12 ユーザアカウントのインポート/エクスポート . . . 2-12 認証（Authentication）と監査（Audit）の設定 . . . 2-13 認証の設定 . . . 2-13 オーディットトレールの設定 . . . 2-14 監査設定のインポート/エクスポート . . . 2-14第
3
章
サイエンティスト
:
解析情報の設定
必要な条件とワークフローの確認 . . . 3-2 ユーザ権限 . . . 3-2 ユーザアカウント . . . 3-2 サイエンティストのワークフロー . . . 3-2 ログイン . . . 3-2 カスタムライブラリの作成 . . . 3-3 Master Analysis Protocol の作成 . . . 3-7目 次
第
4
章
アナリスト
:
プロジェクトの設定
必要な条件とワークフローの確認 . . . 4-2 ユーザ権限 . . . 4-2 ユーザアカウント . . . 4-2 解析情報 . . . 4-2 アナリストのワークフロー . . . 4-2 ログイン . . . 4-2 Display Settings のカスタマイズ . . . 4-3 プロジェクトの作成 . . . 4-5 プロジェクト設定の選択 . . . 4-5 新規のスペシメンの作成とサンプルファイルのインポート . . . 4-7 プロジェクト設定のサマリの表示 . . . 4-9 プロジェクトデータの解析 . . . 4-10 解析オプション . . . 4-10 プロジェクトデータの完了と解析 . . . 4-11 結果の評価: Analysis QC レポート . . . 4-13 Analysis QC レポートの表示 . . . 4-13 Specimen Analysisセクションの解釈 . . . 4-14 Sample Analysisセクションの解釈 . . . 4-16 結果の評価: Library Search レポート . . . 4-17 Library Search レポートの表示 . . . 4-17 Hit Listセクションの解釈 . . . 4-18 Concise Alignmentセクションの解釈 . . . 4-18 Phylogenetic Treeセクションの解釈 . . . 4-19 解析されたプロジェクトのデータの編集 . . . 4-20 データを編集する場合 . . . 4-20 データの編集方法 . . . 4-20 コンセンサスシーケンスの編集 . . . 4-20 サンプルファイルの編集 . . . 4-22 プロジェクトの再解析と保存 . . . 4-22 レポートのエクスポートと印刷 . . . 4-23 レポートのカスタマイズ . . . 4-23 レポートのエクスポート . . . 4-24 レポートの印刷 . . . 4-25付録
A
Software Warranty Information
Computer Configuration . . . A-2 Limited Product Warranty . . . A-2 Limited Warranty . . . A-2 Warranty Period Effective Date . . . A-2 Warranty Claims . . . A-2 Warranty Exceptions . . . A-3 Warranty Limitations . . . A-3
まえがき
このガイドの使い方
このマニュアルの目的
Applied Biosystems の『MicroSeq® ID Analysis ソフトウェア v1.0 Getting Started Guide』は、インストール ガイドとチュートリアルで構成されています。次の内容について説明しています。 • アドミニストレータが MicroSeq® ID Analysis ソフトウェアを設定する際に参照できるイ ンストール手順。 • ユーザが MicroSeq ID Analysis ソフトウェアについて短時間で理解することのできる、タ スクの簡潔な操作手順。これらのタスクでは、ソフトウェアの CD-ROM に収録されている チュートリアル データを参照しています。
対象となるユーザ
このマニュアルは、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアを初めて使用するユーザを対象にして います。ユーザ グループには、アドミニストレータ、サイエンティスト、およびアナリスト の 3 種類があります（ユーザグループの詳細については、1-3ページを参照してください）。前提条件
このマニュアルは、読者が次の状態にあることを前提としています。 • Microsoft® Winows® オペレーティング システムの実践知識を備えていること • MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのオンライン ヘルプにアクセスできること表記法
このマニュアルでは、次の表記法を使用しています。 • 太字は、ユーザの行う操作を示します。たとえば、次のとおりです。 残りの各フィールドについて、0 を入力し、[Enter] キーを押します。 • ゴシック体は、変数や、初出または重要な語を示します。また、強調する場合にも使用し ます。たとえば、次のとおりです。 解析の前に、必ず新しいマトリックスを調整してください。 • 右三角カッコ (>) は、ドロップダウン メニューまたはショートカット メニューで連続して 選択するコマンドを区切って示しています。たとえば、次のとおりです。 「File」 > 「Open」 > 「Spot Set」を選択します。まえがき
ユーザへの注意事項
Applied Biosystems のユーザマニュアルには、2 種類の注意事項が記載されています。各注 意事項は、次のような特定のレベルの注意と対応が必要なことを示しています。 注： 製品を使用する上で役に立ちますが、必須ではない情報を記述しています。 重要！ 装置の適切な操作、ケミストリ キットの正しい使用法、化学物質の安全な使用法に関 する必要な情報を記述しています。 ユーザへの注意事項の例を次に示します。 注： カラムのサイズは、ラン タイムに影響します。 注： キャリブレーション機能は、Control Console でも使用できます。 重要！クライアントがデータベースに接続していることを確認するには、有効な Oracle ユー ザ ID とパスワードが必要です。 重要！ 1 枚の 96 ウェル マイクロタイター プレートに対して、それぞれ 1 つの Sample Entry スプレッドシートを作成する必要があります。詳細情報の入手方法
関連資料
次の関連資料を利用することができます。• MicroSeq® ID Analysis ソフトウェア v1.0 オンライン ヘルプ - MicroSeq ID Analysis ソフ
トウェアについて説明しています。また、一般的なタスクの実行手順が記載されています。
オンラインヘルプは、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアに含まれています。ソフトウェ
アのインストール後、実行中に [F1] キーを押すか、「Help」 > 「Contents & Index」を選
択してください。
• MicroSeq® ID Analysis ソフトウェア v1.0 Quick Reference Card - アナリストは、MicroSeq
ID Analysis ソフトウェアでプロジェクトを設定するために必要なタスクの簡潔な説明を参 照することができます。
『Quick Reference Card』のポータブルドキュメントフォーマット（PDF）版は、ソフト ウェアの CD-ROM に収録されています。 注： その他の資料については、ix ページの「サービスとサポートの入手方法」の「サービス とサポートの入手方法」を参照してください
連絡先
Applied Biosystems では、弊社のユーザ マニュアルをより使いやすいものにするため、お客様 からのご意見、ご要望をお待ちしております。次の電子メールアドレス宛にお送りください。 jptechsupport@appliedbiosystems.comサービスとサポートの入手方法
サービスとサポートの入手方法
すべての地域における最新サービスおよびサポート情報を入手するには、 http://www.appliedbiosystems.co.jp にアクセスし、「カスタマーサポート」のリンクをク リックしてください。 「カスタマーサポート」ページでは、次のことが可能です。 • PDF 文書をダウンロードする • 顧客トレーニングに関する情報を入手する • ソフトウェアアップデートおよびパッチをダウンロードする さらに、「カスタマーサポート」ページには、世界各地の Applied Biosystems テクニカルサー ビスおよびサポート機関の連絡先電話番号やファックス番号も掲載されています。1
ソフトウェアに関する基本情報
この章では、次の項目について説明します。 はじめに: このマニュアルを最大限に活用するために. . . 1-2 MicroSeq ID Analysis ソフトウェアとは. . . 1-2 ユーザ グループと権限 . . . 1-3 ユーザのワークフロー. . . 1-4 チュートリアル データ . . . 1-5 ソフトウェアの構造. . . 1-6 ソフトウェアのツールバー . . . 1-7 このマニュアルで使用している用語. . . 1-9 ファイル命名規則 . . . 1-10 詳細情報. . . . 1-10第1章 ソフトウェアに関する基本情報
はじめに
:
このマニュアルを最大限に活用するために
Applied Biosystems の『MicroSeq® ID Analysis ソフトウェア v1.0 Getting Started Guide』は、
インストール ガイドとチュートリアルで構成されています。次の内容について説明していま す。
• Administrator（アドミニストレータ） が MicroSeq® ID Analysis ソフトウェアを設定する 際に参照できるインストール手順。
• ユーザが MicroSeq ID Analysis ソフトウェアについて短時間で理解することのできる、タ
スクの簡潔な操作手順。これらのタスクでは、ソフトウェアの CD-ROM に収録されている
チュートリアル データを参照しています。
この『Getting Started Guide』を最大限に活用するため、次の手順で作業を進めることをお勧 めします。
手順
1
この「ソフトウェアに関する基本情報」の章を読みます。手順
2
各自が属するユーザ グループを決定します。1-3 ページの「ユーザ グループと権限」を参照 してください。手順
3
各自のユーザ グループに該当するチュートリアルのタスクを実行します。1-4ページの「ユー ザのワークフロー」を参照してください。MicroSeq ID Analysis
ソフトウェアとは
MicroSeq® ID Analysis ソフトウェア v1.0 は、バクテリアおよび真菌の微生物検出を行うた めのツールです。このソフトウェアは、MicroSeq®ケミストリ キットおよびキャピラリベー スの ABI PRISM® ジェネティック アナライザで作成したデータを解析します。 MicroSeq ID Analysis ソフトウェアが実行する処理は、次のとおりです。 1. 未知の分離株データのシーケンスを、ライブラリに保存されている既知のバクテリアま たは真菌のシーケンスと比較します。 2. 未知の分離株に最も一致する最終的な生物種の同定リストを作成します。 3. 未知の分離株がライブラリ シーケンスとどの程度一致しているかを反映した類似度を報 告します。ユーザグループと権限
ユーザ
グループと権限
このソフトウェアには、アドミニストレータ、サイエンティスト、およびアナリストの 3 つの ユーザ グループが定義されています。各ユーザ グループが持つ権限は、次の表のとおりです。 ユーザグループ 権限 アドミニストレータ • ソフトウェアのインストールと起動 • デフォルトの設定 • ユーザの設定 • 監査（Audit）の設定 • サイエンティストが持つすべての権限 • アナリストが持つすべての権限 サイエンティスト • ライブラリの作成 • Analysis Protocol の作成 • アナリストが持つすべての権限 アナリスト • プロジェクトの作成 • プロジェクトの解析 • 結果の評価 • 解析されたプロジェクトのデータの編集 • レポートのエクスポートと印刷第1章 ソフトウェアに関する基本情報
ユーザのワークフロー
次に示すワークフローは、この『Getting Started Guide』で説明するタスクの概要です。これ
らのタスクでは、ソフトウェアの CD-ROM に収録されているチュートリアル データ（1-5 ページを参照してください）を参照しています。 重要！それぞれのタスクは、指定のユーザ グループが、記載されている順に実行してくださ い。アドミニストレータおよびサイエンティストは、アナリストがプロジェクトを設定する前 に、それぞれのタスクを実行する必要があります。 サイエンティスト: リファレンスデータの設定 ライブラリの作成 Analysis Protocol の作成 プロジェクトの作成 アナリスト: プロジェクトの設定 プロジェクトの解析 結果の評価 解析されたプロジェクトのデータの編集 レポートのエクスポートと印刷 ソフトウェアのインストールと起動 第 2 章を参照 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定 デフォルトの設定 ユーザの設定 監査の設定 第 3 章を参照 第 4 章を参照
チュートリアルデータ
チュートリアル
データ
この『Getting Started Guide』に記載されたタスクを実行するときは、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアの CD-ROM に収録されているチュートリアル データを使用します。チュートリ アルデータは、インストールドライブの次の場所に存在します。 ドライブ名\AppliedBiosystems\MicroSeqID\Tutorial Data\Bacterial500Samples 表 1-1 に、用意されている 2 種類のファイルとフォルダ名、および固有のファイル名と拡張子 を示します。 注： チュートリアル データは、POP-6™ ポリマーと 50 cm キャピラリアレイをセットアップ した ABI PRISM® 3100 ジェネティック アナライザで、スタンダード ラン（SR）プロトコー ルを使用して泳動したものです。 また、未知の分離株は、BigDye® Terinator v1.1 ケミストリでシーケンスされました。 表1-1 このマニュアルで参照するチュートリアルデータ ファイルの種類 フォルダ名 ファイル名と拡張子 ライブラリ Bacterial500CustomLibrary 500KitCustomLibrary.fsta サンプルファイル 500EColi MicroSeq041703_C03_H_5F_05.ab1 MicroSeq041703_D03_H_535R_07.ab1
第1章 ソフトウェアに関する基本情報
ソフトウェアの構造
この『Getting Started Guide』に記載されたタスクを実行するために、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのメイン ウィンドウから次の 3 つのウィンドウにアクセスします。 • 「MicroSeqID Manager」ウィンドウ • 「Options」ウィンドウ • 「Project」ウィンドウ
「
Options
」ウィンドウ
「Options」ウィンドウでは、次の情報の作成や編集を行います。 • 次の設定を含む全般的なデフォルト – 解析後のレポートの表示 – 解析後のレポートのエクスポート – レポートの自動エクスポート先のディレクトリの指定 • ユーザアカウント • 認証（Authentication）とオーディットトレール「
MicroSeqID Manager
」
ウィンドウ
「MicroSeqID Manager」ウィンドウでは、プロジェクトで解析を実行するために必要となる情 報の入力と管理を行います。 • プロジェクトの編集、削除、インポート、およびエクスポート 「Options」ウィンドウ Analysis QC レポート Report Manager 「Project」ウィンドウ MicroSeq ID Analysis ソフトウェア: メインウィンドウ プロジェクトデータ の表示 エクスポート、印刷結果の表示、 編集とプロジェクトへの適用 設定の作成と編集 Library Search レポート Audit Trail レポート サンプル Analysis Protocol Sample Manager 全般的なデフォルト ユーザ アカウント 認証と オーディット トレール MicroSeqID Manager 解析情報の管理 プロジェクト ライブラリ Master Analysis Protocol Project ビュー Specimen ビュー Sample ビュー 「Options」ウィンドウにアク セスするには、「Tools」 > 「Options」をクリックしま す。ソフトウェアのツールバー
ソフトウェアのツールバー
MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのツールバーには、頻繁に使用するソフトウェア機能のボ タンが表示されます。各ボタンの名前、説明、およびキーボード ショートカットについては、 以降の図（1-7∼ 1-8ページ）を参照してください。全般のツールバー
全般のツールバーには、プロジェクトの作成に使用する一般的なプロセシングツールが表示さ れます。 New Project [Ctrl] + [N] 新規プロジェクトを 作成します。 Print [Ctrl] + [P] Import Samples To Project [Ctrl] + [M] Find Again [F3] 選択した シーケンスを 再検索します。 Delete 選択した オブジェクトを 削除します。 Open Project [Ctrl] + [O] プロジェクトを選択して 開くためのウィンドウを 開きます。 MicroSeqID Manager 「MicroSeqID Manager」 ウィンドウを開きます。 New Specimen 新規のスペシメンを開きます。 Find [Ctrl] + [F] 選択した文字列/IUB コードをシーケンス内 で検索します。 Undo Base Change [Ctrl] + [Z] Save Project [Ctrl] + [S] 修正したプロジェクトを 保存します。第1章 ソフトウェアに関する基本情報
解析ツールバー
解析ツールバーには、作成したプロジェクトを解析するためのツールが表示されます。表示ツールバー
表示ツールバーには、作成したプロジェクトの表示オプションが表示されます。 Analyze Samples [Ctrl] + [R] Sample Manager 「Sample Manager」 ウィンドウを開きます。 Report Manager [Ctrl] + [1] 「Report Manager」 ウィンドウを開きます。 Analysis Settings [Ctrl] + [B] サンプルファイルを選択した場合、 Analysis Protocol の設定が表示されます。 プロジェクトを選択した場合、 プロジェクトの Analysis Settings が 表示されます。 MyScience Applied Biosystems MyScience の Web ページを開きます。 Display Settings [Ctrl] + [Y] プロジェクトの「Display Settings」 ウィンドウを開きます。 Show/Hide Electropherogram Specimen Assembly ビューで使用します。 Full View of Electropherogram [Ctrl] + []] Inverse View エレクトロフェログラム の Inverse ビューを 表示します。 View Aligned EP Zoom Out [Ctrl] + [-] Show/Hide sample QV [Ctrl] + [K]このマニュアルで使用している用語
このマニュアルで使用している用語
用語 定義 % マッチ 未知の分離株がトップライブラリシーケンス（トップマッチ）とどの 程度一致しているかを示します。 (一致する塩基の数/アライメントの長さ）×100 ここで、 • 一致する塩基の数 = コンセンサスシーケンスとライブラリ検索 ヒットとの対でのアライメントで、一致している塩基の数 • アライメントの長さ = 先頭と末尾のギャップを除いた、対でのアラ イメントの長さ Analysis Protocol ベースコーリングとデータ解析のためのパラメータを指定します。 Clear Range ベースコーリングが行われ、コンセンサスシーケンスの作成対象となるシーケンスの領域。Clear Range は、Analysis Protocol の設定に 従って決定されます。 開始および終了デリミッタ スペシメン名を作成するため使用する、サンプルまたはサンプルファ イル名の部分を定義するプロジェクト設定パラメータ。スペシメン名に は、開始デリミッタと終了デリミッタの間にある文字が使用されます。 たとえば、サンプルファイル名が MSID_A03_C_781F.ab1 の場合、 開始デリミッタとして _（アンダースコア）、終了デリミッタとして _（アンダースコア）を指定すると、作成されるスペシメン名は A03 に なります。 キット このソフトウェアでサポートされている MicroSeq ケミストリキット には、次のものがあります。
• MicroSeq® 50016S rDNA Bacterial Identification Kit
• MicroSeq® Ful Gene 16S rDNA Bacterial Identification Kit
• MicroSeq® D2 DNA Fungal Identification Kit
コンセンサス Quality Values （コンセンサス QV）
コンセンサスコーリングアルゴリズムによる塩基ごとの推定精度
コンセンサスシーケンス MicroSeq ID Analysis ソフトウェアがスペシメン内で Clear Range とフィルタのスレッシュホールドを満たすすべてのサンプルシーケン スからアセンブルされるシーケンス。コンセンサスシーケンスは、シー ケンスのライブラリと比較され、最も一致するマッチが作成されます。 サンプル Quality Values （サンプル QV） Basecaller による塩基ごとの推定精度 サンプルファイル シーケンサによって作成されたデータファイル。 MicroSeq ID Analysis ソフトウェアがコンセンサスシーケンスを作 成するためにアセンブルする、一連のデータファイルに含まれます。 アライメントされた コンセンサスシーケンス ライブラリシーケンスとの対でのアライメントを行った後のコンセン サスシーケンス。ギャップが含まれる場合があります。 スペシメン バクテリアまたは真菌による単一の未知の分離株から得られたサンプ ルデータ（サンプルファイル）が収容される容器。 スペシメンスコア コンセンサス QV の平均。
第1章 ソフトウェアに関する基本情報
ファイル命名規則
次の文字は、ユーザ名またはファイル名で使用できません。 • スペース • \ / : * ? “ < > | • 発音区別文字。発音区別文字は、英語以外の一部のアルファベットで使用されます。たと えば、フランス語には、Ç（C セディーユ）という発音区別文字があります。 ユーザ名またはファイル名にスペースまたは前述のいずれかの文字を使用すると、エラー メッセージが表示されます。続行するには、使用できない文字を削除する必要があります。詳細情報
オンライン
ヘルプ
この『Getting Started Guide』に記載された情報およびタスクの詳細については、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのオンライン ヘルプを参照してください。MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのオンライン ヘルプは、ソフトウェアの CD-ROM に収 録されています。MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのインストール後、実行中に [F1] キー を押すか、「Help」 > 「Contents & Index」を選択してください。
状況依存ヘルプ
GPS Explorer™ ソフトウェアのオンライン ヘルプでは、ソフトウェアの概要や一般的なタス クの操作手順を参照できるほか、ほとんどのウィンドウから状況依存ヘルプを利用することが できます。 MicroSeq ID Analysis ソフトウェアの状況依存ヘルプを利用するには をクリックし、表示中のウィンドウまたはダイアログ ボックスに関する情報を表示します。 注： は、すべてのウィンドウおよびダイアログ ボックスに存在するわけではありません。 プロジェクト 関連するスペシメンを収容するための容器。MicroSeq ID Analysis ソ フトウェアによるすべての解析は、プロジェクトで行います。 未知の分離株 シングルコロニーまたは純粋培養から分離されたバクテリアまたは真 菌の DNA。 用語 定義2
アドミニストレータ
:
ソフトウェアの設定
この章では、アドミニストレータが MicroSeq®ID Analysis ソフトウェアで実行するタスクに ついて説明します。また、ソフトウェアのインストール手順について説明し、続いてデフォル ト、ユーザ アカウント、および認証（Authentication）と監査（Audit）を設定する簡潔な チュートリアルを掲載します。 この章では、次の項目について説明します。 必要な条件とワークフローの確認. . . 2-2 ソフトウェアの登録. . . 2-3 必要なハードウェアおよびソフトウェアの確認. . . 2-4 ソフトウェアのインストール . . . 2-6 ソフトウェアを初めて起動する. . . 2-7 全般的なオプションの設定 . . . 2-9 認証（Authentication）と監査（Audit）の設定. . . 2-13第2章 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定
必要な条件とワークフローの確認
ユーザ権限
重要！この章で説明するタスクを実行するには、アドミニストレータ権限が必要です。 アドミニストレータは、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのインストール後、このソフト ウェアを最初に使用する必要があります。アドミニストレータは、ソフトウェアをアナリス ト、サイエンティスト、または他のアドミニストレータ ユーザ用に設定することができます。アドミニストレータの
ワークフロー
次に示すワークフローは、この『Getting Started Guide』で説明するアドミニストレータのタ スクの概要です。 重要！各タスクは、記載されている順に実行してください。 ソフトウェアのインストールと起動（2-3∼ 2-8ページ） デフォルトの設定（2-9ページ） ユーザの設定（2-11ページ） 監査の設定（2-13ページ） アドミニストレータ: ソフトウェアの設定
ソフトウェアの登録
ソフトウェアの登録
ライセンスと保証
作業を開始する前に、付録A「Software Warranty Information」をお読みください。付録A では、MicroSeq® ID Analysis ソフトウェアに関する権利と責務について説明しています。ソフ トウェアをインストールするには、インストールプロセスでソフトウェアライセンス契約の 条項に同意する必要があります。
ソフトウェアの登録
ご使用の MicroSeq ID Analysis ソフトウェアを登録するには、登録カード（ソフトウェアパッ ケージに同梱されています）に記入し、Applied Biosystems までご返送ください。 ソフトウェアを登録すると、Applied Biosystems から、ソフトウェア アップデートの通知や、 MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのオーナーに固有の最新情報をすべて受信できるように なります。 重要！ 製品の登録番号は登録カードに記載されています。登録カードをご返送いただく前に、 次の欄に登録番号を控えておいてください。 登録番号:第2章 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定
必要なハードウェアおよびソフトウェアの確認
必要なシステム
MicroSeq ID Analysis ソフトウェア実行する装置または解析コンピュータは、次の表 2-1 に要 約されたシステムに必要な最小条件を満たしている必要があります。 注： 一般には、システムのメモリ、画面サイズ、処理能力が高いほど、ソフトウェアのパ フォーマンスが向上します。 表2-1 必要なシステム システムコンポーネント 最小条件CPU 733 MHz 以上の Intel Pentium® III または IV プロセッサ
注： このソフトウェアは、デュアルプロセッサまたは Intel Xeon®
チップセット搭載のコンピュータでは動作しません。 CD-ROM ドライブ 装備されていること
オペレーティングシステム • Microsoft® Winows® 2000 OS Service Pack 2 または Service
Pack 3
• Microsoft® Winows XP® OS Service Pack 1
RAM 256 MB 以上 512 MB を推奨 ディスク空き領域 2 GB データの保存に必要な空き容量は主に、作成、保存するデータの量に よって決まります。 一般に、多数の MicroSeq ID Analysis ソフトウェアプロジェクト ファイルは解析コンピュータに保存します。 MicroSeq ID Analysis ソフトウェアは、プログラムのインストール 先と同じ領域にデータファイルを保存するため、プロジェクトやプ ロジェクトファイルを保存するための領域が十分あるパーティショ ンにソフトウェアをインストールしてください。 モニタ 17 インチ以上のモニタを推奨 解像度 1024×76 以上のモニタを推奨 プリンタ HP® 4500、8100、990cxi、または Epson® 980 プリンタを推奨
必要なハードウェアおよびソフトウェアの確認
ハード
ドライブ
パーティション
インストーラは、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアファイルを次の場所にインストールし ます。 ドライブ名:\Applied Biosystems\MicroSeqID重要！ Applied Biosystems では、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアを、オペレーティング
システムが通常インストールされる C ドライブ以外のドライブにインストールすることを強 くお勧めします。ドライブの空き容量が <10% になると、メモリに関連した様々な問題が発生 する可能性があります。また、ドライブの空き容量が <200 MB（∼ 10%）になると、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアや他のアプリケーションの動作が不安定になることがあります。こ のような不安定な動作は、ドライブ C または D のフラグメント化が進行している場合にも発 生します。 ドライブ名は、次の条件によって決まります。 表2-2 ドライブ名の条件 コンピュータの状態 インストーラが選択するドライブ ジェネティックアナライザに接続されていない • D（デフォルト） または • C（D ドライブを使用できない場合） Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzer に
接続された Data Collection ソフトウェアが存在する E
第2章 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定
ソフトウェアのインストール
インストール準備
インストールの準備をするには 1. システムが最低限必要な条件を満たしていることを確認します（2-4ページの「必要な ハードウェアおよびソフトウェアの確認」を参照してください）。 2. MicroSeq ID Analysis ソフトウェアを収容する 2 GB 以上のディスク空き領域、および プロジェクトとサンプルファイルをすべて保存するための十分な領域があることを確認 します。ソフトウェアの
インストール
MicroSeq ID Analysis ソフトウェアをインストールするには1. MicroSeq® ID Ａnalysis ソフトウェア v1.0 の CD をコンピュータの CD-ROM ドライブ
に挿入します。
2. インストーラが自動的に起動しない場合は、CD-ROM ドライブをブラウズして
setup.exe をダブルクリックします。
3. 指示に従ってソフトウェアをインストールします。
ソフトウェアを初めて起動する
ソフトウェアを初めて起動する
MicroSeq ID Analysis ソフトウェアには、ユーザログインプロセスが組み込まれています。 ユーザ名でログインした場合、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアで各ユーザが各プロジェク ト対して行った作業の経過をたどることができます。 ソフトウェアを最初に起動したとき、登録ダイアログ ボックスが表示され、アドミニストレー タ（Admin）アカウントが自動的に作成されます。 ソフトウェアを初めて起動するには 1. デスクトップ上の MicroSeq ID Analysis のショートカットをダブルクリックします。2. 「MicroSeq ID Analysis Registration」ダイアログ ボックスで、テキスト フィールドに
すべての情報を入力します。「User Name」と「Password」の長さは 6 ∼ 15 文字にする
必要があります。 最初に作成されたユーザには、アドミニストレータ権限が自動的に割り当てられます。 3. ソフトウェアに同梱の登録カードに記載された登録コードを入力します。 4. 「OK」をクリックします。 プログラムが読み込まれている間、スプラッシュ画面が表示され、その後「Login」ダイ アログ ボックスが開きます。 5. ユーザ名とパスワードを再度入力します。
第2章 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定
6. 「OK」をクリックします。
全般的なオプションの設定
全般的なオプションの設定
全般的なオプションを設定して、次の動作を定義します。 • 解析後のレポートの表示 • 解析後のレポートのエクスポート • レポートの自動エクスポート先のディレクトリの指定 注： ディレクトリを指定しない場合、デフォルトディレクトリとして C:\ が開きます。 全般的なオプションを設定するには1. MicroSeq ID Analysis のメインウィンドウで、「Tools」 > 「Options」を選択し、「Options」 ダイアログ ボックスを開きます。
2. 「General」タブを選択します。
3. 必要に応じて、「Display Reports after Analysis」チェック ボックスを選択します。
4. 必要に応じて、「Export Reports after Analysis」チェック ボックスを選択し、「Format」
第2章 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定
5. 必要に応じて、次の手順に従って「Default Path for Import/Export」として使用するディ
レクトリ パスを設定します。
a.「Browse」をクリックし、「Import/Export Default Directory Location」ブラウザを開 きます。
b. 目的のディレクトリをブラウズします。
c.「Set Directory」をクリックします。
ユーザアカウントの設定
ユーザ
アカウントの設定
MicroSeq ID Analysis はプロジェクトと設定をユーザごとに追跡するため、Applied
Biosystems では、コンピュータ上で MicroSeq ID Analysis ソフトウェアを使用する個人ごと
にユーザアカウントを作成することをお勧めします。「Users」タブを使用すると、これらの
ユーザのユーザ名およびアクセス権限をエクスポートできます。
新規ユーザの作成
新規ユーザを作成するには1. MicroSeq ID Analysis のメインウィンドウで、「Tools」 > 「Options」を選択し、「Options」 ダイアログ ボックスを開きます。
2. 「Users」タブを選択します。
3. 「New」をクリックし、「User Management」ダイアログボックスを開きます。
4. 「User Name」、「First Name」、「Last Name」、および「Password」に適切な情報を入力し
ます。
注：「User Name」には英数字のみを入力してください。このフィールドでは、Microsoft®
Windows® ファイル システムに準拠している文字のみを使用する必要があります。1-10
ページの「ファイル命名規則」を参照してください。
5. 「User Group」ドロップダウン リストからユーザ グループ（Administrator、Scientist、
第2章 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定 6. 「OK」をクリックします。新規ユーザが「Users」タブのリストに表示されます。 7. 「OK」をクリックして「Options」ダイアログ ボックスを閉じます。 新規ユーザによるログインは、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアをいったん終了して再起動 した後に可能になります。
ユーザ情報の変更
ユーザの情報を変更するには1. MicroSeq ID Analysis のメイン ウィンドウで、「Tools」 > 「Options」を選択し、「Options」 ダイアログ ボックスを開きます。 2. 「Users」タブを選択します。 3. 適切な名前をダブルクリックするか、ハイライトして「Open」をクリックし、「User Management」ダイアログボックスを開きます。 4. 必要に応じて、ユーザ情報を変更または修正します。 注： データベースからユーザを削除することはできません。ユーザ アカウントを使用で きないようにするには、「Inactive」チェックボックスを選択します。 注： 特定のアカウントにログインしようとしたユーザが間違ったパスワードを 3 回入力 すると、このアカウントはロックされます。アカウントのロックを解除するには、 「Unlock」ボタンをクリックします。 5. 「OK」をクリックします。「Users」タブのユーザ情報が更新されます。 6. 「OK」をクリックして「Options」ダイアログ ボックスを閉じます。
ユーザ
アカウントの
ユーザ アカウントをコンピュータ間でインポートまたはエクスポートすることができます。認証（Authentication）と監査（Audit）の設定
認証（
Authentication
）と監査（
Audit
）の設定
MicroSeq ID Analysis ソフトウェアには、電子記録要件に関する 21 CFR Part 11 を遵守した 認証および監査機能が備わっています。
• 認証により、ユーザ情報の一貫性を確保することができます。
• 監査は、ユーザによるコンセンサス シーケンスの編集を追跡します。
認証の設定
認証を設定するには1. MicroSeq ID Analysis のメインウィンドウで、「Tools」 > 「Options」を選択し、「Options」 ダイアログ ボックスを開きます。
2. 「Authentication & Audit」タブを選択します。
注： 次に示す設定は、認証および監査のデフォルトです。
3. 次のように「Authentication Settings」セクションの各フィールドを完成させます。
フィールド 説明
Lockout user after invalid login attempts
ユーザが不正なパスワードまたはユーザ名を、このフィールドで指定 された回数入力すると、ソフトウェアからロックアウトされます。 数を入力して変更するか、デフォルト設定のままにします。 Within minutes ユーザがこのフィールドに指定された時間内に最大回数のログイン を試行すると、ソフトウェアからロックアウトされます。 数を入力して変更するか、デフォルト設定のままにします。 Maintain lockout for
minutes ユーザがソフトウェアからロックアウトされた後、再ログインできる ようになるまでに必要な経過分数を指定します。 数を入力して変更するか、デフォルト設定のままにします。 Automatic timeout after minutes このフィールドに指定された分数が経過すると、自動的にタイムアウ トになります。 数を入力して変更するか、デフォルト設定のままにします。
第2章 アドミニストレータ: ソフトウェアの設定
4. 次の「オーディットトレールの設定」に進みます。
オーディット
トレール
の設定
オーディット トレールを設定するには
1. 「Authentication & Audit」タブの「Audit Trail」セクションで、次のいずれかのオプショ
ンを選択します。
– Audit Trail On - ユーザがプロジェクトに対して変更を行った場合、変更理由を選択する
ためのダイアログ ボックスを表示します。ソフトウェアは、変更内容、変更したユーザ、
変更日時をオーディットトレールに記録します。
– Silent Audit Trail On- ユーザがプロジェクトに対して変更を行った場合、ダイアログ ボックスを表示しません。ただし、この場合も、変更内容、変更したユーザ、変更日時
がオーディットトレールに記録されます。
2. 「New」をクリックし、Audit Reason Editor を開きます。
3. 「Reason」フィールドに変更理由を入力します。この『Getting Started Guide』では、Base
Change と入力します。
4. 「Description」フィールドに、この理由を使用する状況の説明を入力します。
5. 「OK」をクリックします。新規の理由が「Options」ダイアログボックスの「Audit Reason」
セクションに表示されます。
6. 「OK」をクリックし、認証と監査の設定を保存します。
監査設定のインポート
Authentication & Audit の設定をコンピュータ間でインポートまたはエクスポートすることがChange password every days ユーザが新規パスワードの入力を要求されるようになるまでの日数 を指定します。 数を入力して変更するか、デフォルト設定のままにします。 フィールド 説明
3
サイエンティスト
:
解析情報の設定
この章では、サイエンティストが MicroSeq®ID Analysis ソフトウェアで実行するタスクにつ
いて説明します。また、カスタム ライブラリおよび Master Analysis Protocol を作成する簡潔 なチュートリアルを掲載します。
この章では、次の項目について説明します。
必要な条件とワークフローの確認. . . 3-2 ログイン. . . 3-2 カスタム ライブラリの作成. . . 3-3 Master Analysis Protocol の作成. . . 3-7
第3章 サイエンティスト: 解析情報の設定
必要な条件とワークフローの確認
ユーザ権限
重要！この章で説明するタスクを実行するには、アドミニストレータまたはサイエンティス ト権限が必要です。アドミニストレータおよびサイエンティストは、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアの解析情
報（すなわち、ライブラリや Analysis Protocol）を設定できますが、この『Getting Started Guide』を最大限に活用するため、この章に記載されたタスクはサイエンティストが実行して ください。
ユーザ
アカウント
ソフトウェアに初めてログインするには、アドミニストレータにユーザ アカウントを作成し てもらう必要があります（第 2 章）。サイエンティストの
ワークフロー
次に示すワークフローは、この『Getting Started Guide』で説明するサイエンティストのタス クの概要です。 重要！各タスクは、記載されている順に実行してください。
ログイン
ユーザアカウントが作成されたら、ソフトウェアにログインします。 ソフトウェアにログインするには 1. デスクトップ上のショートカット をダブルクリックし、MicroSeq ID Analysis ソフ トウェアを起動します。 「Log In」ダイアログ ボックスが開いて、最後に使用したユーザの名前が表示されます。 ライブラリの作成（3-3ページ） Analysis Protocol の作成（3-7ページ） サイエンティスト: リファレンスデータの設定カスタムライブラリの作成
カスタム
ライブラリの作成
プロジェクトの解析中、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアは、最も一致しているマッチのリ ストを作成するためにコンセンサス シーケンスをライブラリ シーケンスと比較します。 ライブラリとして Applied Biosystems のカスタムまたは専用のライブラリを使用すること も、独自のカスタム ライブラリを作成することもできます。このセクションでは、独自のカ スタム ライブラリを作成する手順について説明します。 カスタム ライブラリを作成するには1. MicroSeq ID Analysis のメイン ウィンドウで、「MicroSeqID Manager」ウィンドウを開 きます。「Tools」 > 「MicroSeqID Manager」を選択するか、 （MicroSeqID Manager） をクリックします。
2. 「Libraries」タブを選択します。
第3章 サイエンティスト: 解析情報の設定
4. 次のように「General」タブに情報を入力します。
a.「Name」フィールドに「AB_Bacterial500CustomLibrary」と入力します（スペース
は使用できません。アンダースコア文字を使用してください）。 b.「Kit」ドロップダウン リストから「Bacterial500Kit」を選択します。 c.「Comments」フィールドに「Custom library for the Getting Started Guide
(Bacterial 500 Kit) 」と入力します。
5. 「Entries」タブを選択し、「Import」をクリックして「Import Library Sequence Entries」 ブラウザを開きます。
カスタムライブラリの作成
6. 次の手順に従ってライブラリファイルをインポートします。
a.「Files of type」フィールドで、「FASTA format (*.fsta)」が選択されていることを確 認します。 b. インストール ドライブで次の場所をブラウズします。 ドライブ名\AppliedBiosystems\MicroSeqID\Tutorial Data\Bacterial500Samples\ Bacterial500CustomLibrary 注： 独自のカスタムライブラリを作成するときは、任意の場所から情報をインポート することができます。 c.「500KitCustomLibrary.fsta」を選択します。 d.「Import」をクリックします。 7. 「OK」をクリックしてインポートを承認します。
8. AB_Bacterial500CustomLibrary 内のシーケンスが Library Editor の「Entries」タブに表 示されます。
注： ライブラリ ファイルのインポート後、任意のシーケンス エントリをダブルクリック
すると、Library Sequence Entry ビューワが開き、シーケンス全体を表示することができ
第3章 サイエンティスト: 解析情報の設定
9. 「OK」をクリックして新規ライブラリを保存し、Library Editor を閉じます。新規ライブ
Master Analysis Protocol の作成
Master Analysis Protocol
の作成
Master Analysis Protocol は、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアの次の動作を定義する設定 の集合です。
• 単一の塩基およびミックス ベースの読み取り
• Clear Range から除外するクオリティの低いデータの特定
• コンセンサス シーケンスの作成に使用するデータのフィルタリング
Master Analysis Protocol を作成するには、次の設定を指定する必要があります。 • Basecallingの設定
• Mixed Basesの設定 • Clear Range の設定 • Filterの設定
この『Getting Started Guide』では、各タスクで記載された指定を使用して
GSG_AnalysisProtocol を作成します。GSG_AnalysisProtocol は、アナリストが第4 章でプ ロジェクトを設定するときに選択します。独自の Master Analysis Protocol を作成するときは、 別の指定を選択することができます。
MicroSeqID Manager
の使用
重要！ Master Analysis Protocol を作成するには、MicroSeqID Manager から Analysis
Protocol Editor にアクセスする必要があります。これにより、このプロトコールを他のプロ
ジェクトで選択できるようになります。Master Analysis Protocol は、再解析するプロジェク トには適用されません。
新規の
Master
Analysis Protocol
を
開く
新規の Master Analysis Protocol を開くには
1. MicroSeq ID Analysis のメイン ウィンドウで、「MicroSeqID Manager」ウィンドウを開 きます。「Tools」 > 「MicroSeqID Manager」を選択するか、 （MicroSeqID Manager） をクリックします。
2. 「Analysis Protocols」タブを選択します。
3. 「New」をクリックして Analysis Protocol Editor を開き、「General」タブを選択します。
4. 「Name」フィールドに「GSG_AnalysisProtocol」と入力します（スペースは使用でき
第3章 サイエンティスト: 解析情報の設定
5. 「Comments」フィールドに「New master analysis protocol for the Getting Started Guide」と入力します。
6. 次の「ベースコーリングの設定の指定」に進みます。
重要！ Analysis Protocol Editor のすべてのタブが完成するまで「OK」をクリックしな
いでください。
ベースコーリングの
設定の指定
「Basecalling」タブに表示される設定は、サンプルの取り込み時に適用されたラン条件に従っ てソフトウェアがシーケンスの塩基を検出する方法を定義します。 ベースコーリングの設定を指定するには1. Analysis Protocol Editor で、「Basecalling」タブを選択します。
2. 「Basecalling」セクションで、次のように情報を入力します。
a.「Basecaller」ドロップダウン リストから「Basecaller-3100POP6SR.bcp」を選択 します。
b.「DyeSet/Primer」ドロップダウン リストから「DT3100POP6{BD}v2.mob」を選択 します。
Master Analysis Protocol の作成
4. 「Basecalling」タブが次のように完成されていることを確認します。
5. 次の「ミックス ベースの 設定の指定」に進みます。
重要！ Analysis Protocol Editor のすべてのタブが完成するまで「OK」をクリックしな いでください。
ミックス
ベースの
設定の指定
ミックス ベースの検出では、2 番目のピークの高さがメイン ピークの高さの特定の割合を超 えている場合のみ、個々のシーケンスの位置が考慮されます。この割合は、サンプルの種類、 反応キットと精製方法、および期待または容認される割合に応じて設定します。 ミックス ベースの設定を指定するには1. Analysis Protocol Editor で、「Mixed Bases」タブを選択します。
2. 国際規格 IUB コードに従ってヘテロピークの塩基を読み出すため、「Use Mixed Base
Identification」チェックボックスを選択します。 3. 2 番目のピークのスレッシュホールドのデフォルト値である 25% を使用します。 4. 「Mixed Bases」タブが次のように完成されていることを確認します。 「Basecalling」タブの 「Processed Data」および 「Quality Threshold」セク ションは、KB Basecaller を 選択した場合のみ使用可能に なります。
第3章 サイエンティスト: 解析情報の設定
5. 3-10ページの「Clear Range の設定の指定」に進みます。
重要！ Analysis Protocol Editor のすべてのタブが完成するまで「OK」をクリックしな
いでください。
Clear Range
の
設定の指定
Clear Range には、最もクオリティが高いシーケンス部分、すなわちエラーやあいまい性が最 も少なく、ベースコールの信頼度が高く Spacing が適切な領域を指定することができます。 Clear Range を設定するときに、コンセンサスシーケンスに対応するデータのみを含めたり、 5′ または 3′ 領域外にあるデータを除外することもできます。 Clear Range を指定するには1. Analysis Protocol Editor で、「Clear Range」タブを選択します。
2. 「Use quality values」を選択します。
3. Clear Range の基準として、デフォルトの基準である「fewer than 4 bases out of 20 with QVs less than 20」（20 塩基のうち、QV が 20 より小さい塩基が 4 塩基未満）を 選択します。.
注：MicroSeq ID Analysis ソフトウェアは、塩基ごとの Quality Values （QV）を作成
するため、ある一定のレベルを超える QV を持つ塩基が指定された数だけ存在するシー ケンスの領域を選択することができます。QV が 20 = ベースコールのエラー確率が 1% であることを示します。 4. 「Clear Range」タブが次のように完成されていることを確認します。 独自の Analysis Protocol を 作成するときは、複数の Clear Range メソッドを適 用することができます。各メ ソッドは順に適用され、最も 小さい Clear Range が作成 されます。
Master Analysis Protocol の作成
フィルタリングの設定
の指定
フィルタリングの設定は、スペシメンアセンブリからサンプルシーケンスを排除する基準を 指定します。ここで設定する最小および最大の基準を満たさないシーケンスはアセンブルされ ませんが、これらのシーケンスを表示して Analysis Settings を修正し、プロジェクトから再 解析することができます。 フィルタの設定を指定するには1. Analysis Protocol Editor で、「Filter」タブを選択します。
2. 次の表に示すフィルタのデフォルト設定を使用します。
3. 「Filter」タブが次のように完成されていることを確認します。
4. 「OK」をクリックし、新規 Analysis Protocol を保存して Analysis Protocol Editor を閉じ ます。GSG_AnalysisProtocol が「MicroSeqID Manager」ウィンドウの「Analysis Protocols」タブに表示されます。 デフォルト設定 説明 Maximum Mixed Bases (%) = 20.0 サンプルシーケンスの Clear Range 内に存在するミックスベースの合 計最大割合。サンプルの Clear Range に含まれるミックスベースが指 定された割合を超えている場合、解析のフィルタリング手順が失敗し、 Analysis QC レポートに報告されます。 Maximum Ns (%) = 10.0 サンプルシーケンスの Clear Range 内に存在する N（曖昧塩基数）の 合計最大割合。サンプルの Clear Range に含まれる N が指定された割 合を超えている場合、解析のフィルタリング手順が失敗し、Analysis QC レポートに報告されます。 Minimum Clear Length (bp) = 50 サンプルシーケンスの Clear Range に必要な塩基の最小数。サンプル の Clear Range に含まれる塩基が指定された数に満たない場合、解析の フィルタリング手順が失敗し、Analysis QC レポートに報告されます。 Minimum Sample Score = 20 必要な最小サンプルスコア（Clear Range 内のすべてのサンプル QV の 平均）。1 ∼ 50 の数値を指定できます。サンプルの Clear Range が指 定されたスコアより低い場合、解析のフィルタリング手順が失敗し、 Analysis QC レポートに報告されます。
4
アナリスト
:
プロジェクトの設定
この章では、アナリストが MicroSeq®ID Analysis ソフトウェアで実行するタスクについて説 明します。また、プロジェクトを設定する簡潔なチュートリアルを掲載します。 この章では、次の項目について説明します。 必要な条件とワークフローの確認. . . 4-2 ログイン. . . 4-2 Display Settings のカスタマイズ. . . 4-3 プロジェクトの作成. . . 4-5 プロジェクト データの解析. . . 4-10 結果の評価: Analysis QC レポート . . . 4-13 結果の評価: Library Search レポート. . . 4-17 解析されたプロジェクトのデータの編集 . . . 4-20 レポートのエクスポートと印刷. . . 4-23第4章 アナリスト: プロジェクトの設定
必要な条件とワークフローの確認
ユーザ権限
この章で説明するタスクは、アドミニストレータ、サイエンティスト、アナリストのどの権限 でも実行できます。どのユーザ グループも MicroSeq ID Analysis ソフトウェアでプロジェクトを設定できます が、この『Getting Started Guide』を最大限に活用するため、この章に記載されたタスクはア ナリストが実行してください。
ユーザ
アカウント
ソフトウェアに初めてログインするには、アドミニストレータにユーザアカウントを作成し てもらう必要があります（第 2 章）。解析情報
この『Getting Started Guide』のプロジェクトを設定するには、サイエンティストが第 3 章に記載されたタスクを実行し、Master Analysis Protocol（GSG_AnalysisProtocol、3-7ページ）
を作成する必要があります。
アナリストの
ワークフロー
次に示すワークフローは、この『Getting Started Guide』で説明する解析タスクの概要です。 重要！ 各タスクは、記載されている順に実行してください。
ログイン
ユーザ アカウントが作成されたら、ソフトウェアにログインします。 ソフトウェアにログインするには 1. デスクトップ上のショートカット をダブルクリックし、MicroSeq ID Analysis ソフ トウェアを起動します。 「Log In」ダイアログ ボックスが開いて、最後に使用したユーザの名前が表示されます。 プロジェクトの作成（4-5ページ） アナリスト: プロジェクトの設定 プロジェクトの解析（4-10ページ） 結果の評価（4-13および 4-17ページ） 解析されたプロジェクトのデータの編集（4-20ページ） レポートのエクスポートと印刷（4-23ページ）Display Settings のカスタマイズ
Display Settings
のカスタマイズ
Display Settings は、解析の終了後に最初にプロジェクトを開いたときの、プロジェクトの視 覚的な表示方法を制御します。各ユーザは、各自の Display Settings をカスタマイズすること ができます。 Display Settings をカスタマイズするには1. MicroSeq ID Analysis のメインウィンドウで、「Analysis」 > 「Display Settings」を選 択し、「Display Settings」ウィンドウを開きます。
2. 「General」タブを選択します。
3. 「Display Settings For User」フィールドに自動的にユーザ名が表示されます。このフィー
ルドを編集することはできません。設定は各ユーザ名で保存され、そのユーザがログイ ンするたびに適用されます。
4. 「Comments」フィールドに My display settings と入力します。
第4章 アナリスト: プロジェクトの設定
6. 「Electropherogram」タブを選択し、スケーリングと軸を希望どおりに選択します。
7. 「Views」タブを選択し、General ビュー、Sample ビュー、および Specimen ビューを希 望どおりに選択します。
8. 「Save」をクリックし、Display Settings を保存して「Display Settings」ダイアログ ボッ
クスを閉じます。
次回、解析されたプロジェクトを開くときには、新規の Display Settings で表示されま す。Display Settings は、いつでも変更できます。
プロジェクトの作成
プロジェクトの作成
プロジェクトを作成するには、次の作業が必要です。 • プロジェクト設定を選択します。 • 新規のスペシメンを作成し、サンプルファイルをインポートします。 • プロジェクト設定の概要を表示します。プロジェクト設定の
選択
プロジェクト設定を選択するには1. MicroSeq ID Analysis のメイン ウィンドウで、「File」 > 「New Project」を選択します。 New Project ウィザードが開き、「Select Project Settings」ダイアログボックスが表示さ れます。
2. 「Project Name」フィールドに 500KitProject と入力します。
3. 「Matches to Display」フィールドで 5 を選択します。
注：「Matches to Display」は、Library Search Results Project ビューに表示されるライ ブラリ マッチの数を示します。独自のプロジェクトを作成するときは、表示されるマッ
チ数を 3 ∼ 20 の範囲で指定できます。
4. 「Kit」フィールドで、「Bacterial500Kit」を選択します。
注：「Kit」は、プロジェクトのサンプルデータの作成に使用する MicroSeq ケミストリ
キットを示します。Bacterial500Kit は、MicroSeq®500 16S rDNA Bacterial Identification
Kit です。
5. 「Analysis Protocol」フィールドで、「GSG_AnalysisProtocol」を選択します。 注：GSG_AnalysisProtocol は、サイエンティストが第 3 章で作成した Analysis Protocol です。
第4章 アナリスト: プロジェクトの設定
6. 「Libraries Available」フィールドで、「Bacterial500Lib」を選択します。
注： このリストには、選択したキット（前述の手順4）を指定しているライブラリのみ
が表示されます。
注： 独自のプロジェクトを作成するときは、Applied Biosystems のライブラリと独自の
カスタムライブラリを同時に検索することができます。ただし、最大限のパフォーマン
スを得るため、Applied Biosystems では、まず Applied Biosystems のライブラリを検索
することをお勧めします。
7. 「Select Project Settings」タブが次のように完成されていることを確認します。
プロジェクトの作成
新規のスペシメンの
作成とサンプル
ファイル
のインポート
MicroSeq ID Analysis ソフトウェアでは、スペシメンは、バクテリアまたは真菌による単一の 未知の分離株から得られたサンプル データ（サンプル ファイル）が収容される容器を示しま す。 プロジェクトを作成するための次の手順は、新規のスペシメンを作成し、このスペシメンにサ ンプル ファイルをインポートすることです。サンプル ファイルのインポートは、個別に行う ことも、サンプルフォルダ単位で行うこともできます。 スペシメンにインポートされたサンプルファイルは、.ab1 ファイル形式になります。この時点では、アセンブルされていません。この『Getting Started Guide』では、次の 2 つのサンプ
ルファイルを使用します。 • MicroSeq041703_C03_H_5F_05.ab1 • MicroSeq041703_D03_H_535R_07.ab1 スペシメンの名前付けオプション スペシメン名は、次の方法で割り当てることができます。 • 「New Specimen」をクリックして手動で • 希望の開始および終了デリミッタを入力し、サンプル名またはサンプル ファイル名からス ペシメン名を抽出して自動的に
この『Getting Started Guide』では、4-8 ページの手順に従って手動でスペシメン名を割り当
てます。名前の自動割り当ての詳細については、MicroSeq ID Analysis ソフトウェアのオンラ
イン ヘルプを参照してください。オンライン ヘルプにアクセスするには、[F1] キーを押すか、
「Help」 > 「Contents & Index」を選択します。「Index」タブを選択して new project と入 力し、「New Project - Create Specimens Dialog Box」を選択します。
スペシメン名を自動的に割り当てます。 スペシメン名を手動で割り当てます。
第4章 アナリスト: プロジェクトの設定
スペシメンの作成とサンプルファイルのインポート
スペシメンを作成してサンプルファイルをインポートするには
1. New Project ウィザードの「Select Project Settings」ダイアログ ボックスで、「Next」を クリックします。「Create Specimens」ダイアログ ボックスが表示されます。 2. 「New Specimen」をクリックします。新規のスペシメン（Specimen1）が「Samples to Add」セクションに追加されます。 注： デフォルトのスペシメン名（Specimen1）は、プロジェクトの作成後に「Project Navigator」ペインでのみ変更できます。この手順は、プロジェクトの解析後に実行しま す。4-11ページの手順2を参照してください。 3. 「Files」タブで、500Ecoli サンプルフォルダをブラウズして選択します。 ドライブ名\AppliedBiosystems\MicroSeqID\Tutorial Data\Bacterial500Samples\ 500EColi
