第4章 アナリスト: プロジェクトの設定
6. 「Phylogenetic Tree」セクションのデータを確認します。4-19ページの「Phylogenetic
Tree セクションの解釈」を参照してください。
7. 4-20ページの「解析されたプロジェクトのデータの編集」に進みます。
Hit List
セクションの 解釈レポートの「Hit List」セクションには、各スペシメンについて次の項目が表示されます。
• Specimen - スペシメンの名前。
• Library - 可能性のあるマッチの検索対象となったライブラリの名前。
• Sequence Name - ライブラリ内で、コンセンサスシーケンスとの一致の可能性が検出され
たシーケンス。
• % Match - 未知の分離株が、トップライブラリシーケンス（Top Match）とどの程度一致
しているかを示します。4-15ページの「% マッチ」を参照してください。
• # of Bases Searched - 検索された塩基の数（Clear Range）。
• Total Mismatches - コンセンサスシーケンス内で、ライブラリシーケンスと一致しなかっ
た塩基の数。
Concise Alignment
セクションの解釈レポートの「Concise Alignment」セクションには、% マッチが <100 の各スペシメンについ て次の情報が表示されます。
• 各ミスマッチが存在する位置。表示される位置番号は、MicroSeq ID Analysis ソフトウェ アでコンセンサスシーケンスの塩基に割り当てられた内部インデックス番号です。位置 0 は、コンセンサスシーケンス内の最初の塩基です。
• コンセンサスシーケンスのその位置で読み取られた塩基。
• ライブラリシーケンスのその位置に存在する塩基。
たとえば、次に示す「Concise Alignment」セクションでは、スペシメン Unknown_3 がライ ブラリシーケンス「Brevibacterium casei」に一致しています。いくつかの位置（49、?、50 など）にミスマッチが存在します。コンセンサスシーケンスのこれらの位置で読み取られた 塩基は、C、-、C などです。また、ライブラリシーケンスのこれらの位置に存在する塩基は、
T、G、G などです。
注：? は、アライメントされたコンセンサスシーケンスにギャップが存在することを示します。
結果の評価: Library Search レポート
Phylogenetic Tree
セクションの解釈レポートの「Phylogenetic Tree」セクションには、「Hit List」セクションの各スペシメンにつ いて次の項目が表示されます。
• Specimen - スペシメンの名前。
• N.Join % - 未知の分離株が、最も一致しているライブラリマッチとどの程度関連性がある
かを示す割合。この割合は、未知の分離株とライブラリとで異なる塩基の割合に基づいて 計算されます。割合が小さいほど、関連性が高いことを示します。
• 系統樹ダイヤグラム - 属または種を表すノードとブランチで構成されるグラフ。MicroSeq ID Analysis ソフトウェアで使用される Neighbor Joining Tree は、16S rRNA 遺伝子のシー ケンスに基づく生物の進化の変遷を表します。
たとえば、次に示す系統樹では、スペシメン Unknown_1 は最も一致するライブラリマッチ と同じ種ですが、血清型、生物型、菌株などが異なる可能性があります。
第4章 アナリスト: プロジェクトの設定