EK 100118 PIPELINE 最近の更新履歴 DDBJ 2009年事業報告

Instrumentation data

Sequence + quality (fastq) base calling Contigs (Overlapping reads) Scaffolds (Supercontigs) + Annotation

DDBJ Read Archive

CON

Complete genome - Annotation

DDBJ Read Annotation Pipeline

MSS

通常 データ

WGS

メタデータ データ

DRA

Image data

次世代

シークエンサ

>Seq1

AGTCGGGTGG . . . . _{[email protected]}

http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/trace_sra-j.html

mass-ftp ディスク送付

Contig 情報ファイル + アノテーションファイル

配列+

アノテーションファイル

自動アノテーション結果

配列+

アノテーションファイル

mass-ftp 電子メール

大量登録システム

研究者による評価と編集

Reference Genome Mapping

バクテリアゲノム

アノテーションパイプライン

MiGAP

RNA-Seqパイプライン

+ Plant small RNA annotations + SNP annotation pipeline

他の有用 ツール

DDBJ Read Annotation Pipeline

は、

解析パイプラインで出来ること

WGS/CON

Basic Analysis

_Genome

Mapping

reads, metadata

High Level Analysis

INSD

DDBJ Read Archive

de novo

Assembly

Structural Annotation

Functional Annotation

map positions

metadata,

annotation

manual

curation

reads, metadata,

basic results

次世代シークエンサー配列の「基礎解析」と「高次解析」

基礎解析

高次解析

DDBJ

今年度

⑥結果を

FTP

サーバ経由で取得

①

DRA

から

Query

ファイルを選択

②

Mapping/Assembly

ツールを選択

③

QuerySet

の作成

④

Genome

データの選択

⑤実行

/

状態の確認

解析パイプラインの処理画面

解析パイプラインの特徴①

DDBJ

への解析結果の登録支援

※

解析ステータスの表示

※

結果を

FTP

サーバ経由で取得

※

DDBJ

の大量配列登録

解析パイプラインの特徴②

解析ツールの評価情報を提供

100Mb genome

（染色体数

6

）

query read#

= 42,066,233

6Mb genome

（染色体数

1

）

WEB

サーバ

管理ノード

100TB

ユーザ

解析パイプラインの特徴③

DDBJ

計算機利用により高速処理を実現

PC

クラスタ

(an200)

ad01

aw01

ad02

Queue

名

CPU

メモリ容量

解析時間

最大実行数

ad01

3.00GHz

2GB

24H

84

aw01

3.00GHz

2GB

168H

6

ad02

3.00GHz

8GB

24H

8

計算ノード

O.sativa

マッピングの例