生物系研究室における遺伝情報解析のための
九州大学学術情報リポジトリ Kyushu University Institutional Repository 筑後川下流域におけるクリーク再整備に関する考察 木佐貫, 順子九州大学農学部生物資源環境学科生物資源生産科学コース生産環境情報学研究室
... １.２ 研究背景と目的 筑後川下流域は筑後平野の中心に位置し，農業が盛んな地域である．しかし近年，宅地化など の開発が進むにつれ自然破壊・環境汚染などによる野生生物等の生息・生態系が変化するなどの 自然環境問題が深刻となっており，公共事業等における環境保全に対する要望が強まっている． ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(28)
... Cooke の学名が与えられた． Ciferri（1954）は培養性状，生態および分生子形態に基づいて本菌を基準種とする 1 属 1 種の Fulvia 属を創設し，本菌の学名を Fulvia fulva （Cooke） Ciferri とした．von Arx（1983）はこれ を Mycovellosiella 属に転属し，Mycovellosiella fulva （Cooke） Arx ...
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イネWx座における遺伝的組換え頻度簡易計測法の画像解析による簡便化
... 要旨 : 作物の育種とは遺伝的組換えにより創出された多様な遺伝子組合せを持つ個体から有益な個体を選抜する ことであるため，組換え頻度の理解は育種にとって重要な課題である．本研究では，イネ Wx 座をモデルとし，大 規模な分離集団の代わりに花粉を用いた組換え頻度計測法を画像解析によって更に簡便にし，この方法を用いて ...
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多重性調整に関する現在の実践 シンポジウム・セミナー 東京大学大学院医学系研究科 生物統計情報学講座
... • 当局とも事前に相談し合意しておく（さもないと申請時に困る） 2017/11/29 臨床試験における検定の多重性～ガイダンス・ガイドラインと実際～ 25 製薬協より「臨床試験における多重性の諸問題に関する最近の展開と今後の課題について －非統計解析担当者のための解説書－」（仮題）を公開予定． ...
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九州大学学術情報リポジトリ Kyushu University Institutional Repository サルボウガイ (Scapharca kagoshimensis) の呼吸代謝に及ぼす低酸素の影響 本田, 匡人九州大学大学院農学研究院水産生物環境学研究室 九州大学大学院農学研究院生物機
... 低酸素暴露したサルボウガイでは，リンゴ酸＋ピル ビン酸，フマル酸の濃度は有意に減少し，プロピオン 酸濃度は有意に増加した．中村（1998）はヤマトシジ ミを 20℃で低酸素に暴露すると，暴露 4 日目までは乳 酸濃度が減少し，その後増加することを報告している． サルボウガイの乳酸濃度は，低酸素暴露による有意な 低下は認められず，嫌気呼吸時における代謝系の種差 ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(37)
... DDBJ/EMBL/GenBank のデータベースに掲載されている（アクセションは表 1, 2 参照）．塩基配列データ は形態による同定結果を確認するため NCBI のウェブサイトにある“Standard Nucleotide BLAST”を利用 して類似度（相同性）検索を行う．それぞれの BLASTN 検索において 99-100% ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(23)
... 9．おわりに 明らかに宿主特異性を示す病原性系統と腐生性の系統が認められる P. tabacinum について（米山ら， 2006；佐藤ら，2007） ，現在，その宿主特異性や病原性の調査を順次進めているが，その過程で未報告の宿主 由来菌株が得られており（表 1） ，今後も様々な植物に特異的な病原性を示す系統が見出される可能性がある． ...
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成果 本研究の解析で着目したのは 25 の遺伝性疾患とそれらの 57 の原因遺伝子で これらは ACMG が推奨する 偶発的 二次的所見としての遺伝情報の結果の返却を推奨する遺伝子のセットのうち常染色体上のものに相当し 大部分が遺伝性腫瘍や遺伝性循環器疾患の原因遺伝子です 本研究では 当機構で作成し
... 遺伝性腫瘍や家族性高コレステロール血症など、5 つの疾患に着目して、一塩基 変異のデータを目視して、文献調査を通した精査を行いました。その中の一つの家 族性高コレステロール血症では、原因遺伝子である LDLR, APOB, PCSK9 で検出 された一塩基変異を精査し、これら 3 つの遺伝子において、既に報告されている疾 ...
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ポリヒドロキシアルカン酸生合成遺伝子の解析と共重合ポリエステル合成細菌の分子育種に関する研究
... 61-3 のポリヒドロキシアルカン酸顆粒結合タンパク質遺伝子のクローニン グと顆粒結合タンパク質の局在性 GAP は、PHA 顆粒の安定性に関わるだけでなく、PHA 生合成遺伝子の転写調節に関与しているもの や PHA 重合酵素の活性を高めるものも知られており、GAP ...
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2016 年 2 月 8 日情報 システム研究機構シンポジウム 生命科学とオープンデータ 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 科学技術振興機構 (JST) バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 情報 システム研究機構 (ROIS) 国立遺伝学研究所 (NIG) DDBJ センター
... – Phenotypeデータの統一フォーマットの開発（オントロジー）やゲノ ムデータとのリンク付け方法の確立を目的としている。 2. Data Working Group – データ形式、クラウド環境における安全な保管、ゲノム情報を共 ...
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資料 1-0 研究計画書 遺伝性消化管腫瘍症候群 ( ポリポーシス及び関連癌を含む ) における原因遺伝子の同定と新たな原因候補遺伝子の探索 次世代シークエンシング技術を利用して - Ver /12/15 次世代シークエンシング技術を用いた遺伝子解析による 遺伝性消化管腫瘍症候群の
... 2) 既知原因遺伝子の生殖細胞系列変異を認めないが，家族集積性を示す大腸・ 胃癌あるいは関連癌・ポリポーシスの新たな原因遺伝子の探索を，次世代シ ークエンス技術を利用して行い，新たな確定診断への道を開く． そのため，本研究では家族性大腸・胃癌ならびに関連癌・ポリポーシスにつ ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(23)
... ��������� の �������������������������������（�������������，1996）に本病に酷似した病徴写真を見出 した．これを突破口として文献を探ったところ，この病原菌は当時新属に移されたばかりの �������������� ��������� であることが明らかになった．その後，カボチャばかりではなくラナンキュラス株枯病を起こす ...������������ ...
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日本のイネコアコレクションにおける胚乳澱粉の鎖長分布の多様性と澱粉生合成関連遺伝子の発現解析
... 東条由花・寺石政義・齊藤大樹・奥本 裕 京都大学大学院農学研究科（〒 606-8502 京都市左京区北白川追分町） 要旨：米の澱粉は直鎖状のアミロースと分枝構造をもつアミロペクチンの 2 種類のグルコース重合体によって構 成されている . 澱粉の物理化学的特性は , アミロース含量だけでなくアミロペクチンの鎖長分布や構造に影響を受 ...
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博士学位論文：研究組織のサイエンス・コミュニケーション： 政府系研究機関情報系研究部門の事例研究
... は、NSF の新旧２つのプログラム、科学の課外教育を展開する"Informal Science Education (ISE)" プ ロ グ ラ ム と 、 新 た に 開 発 さ れ た "Public Understanding of Research (PUR)" プログラムの違いを比較した政策展望論 文 "Public ...
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応用生命化学科 2019 年度研究室活動報告 1 応用細胞生物学研究室 2 応用微生物学研究室 3 食品微生物工学研究室 4 森林生物化学研究室 5 生物制御化学研究室 6 生命資源化学研究室
... 褐色腐朽菌キチリメンタケをスギ木粉を炭素源として培養し，木材分解関連酵素遺伝子 の経時的な発現量変化を RNA-seq により解析した.得られた遺伝子発現情報から，木材細胞 壁分解関連酵素のうち，特に加水分解酵素群において，経時的な遺伝子発現増加が見られ ...かった.本実験で発見された推定新規アイソフォームにおける，既知トランスクリプトから ...
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本日の道筋 1. 生命体を構成する細胞 2. 遺伝情報の継承 3. 遺伝情報からタンパク質へ 4. 生体内での情報の流れ 5. ゲノムと遺伝子産物の解明と技術 6. 遺伝子多型 遺伝病 関連解析 7. トランスクリプトーム解析 ヒト遺伝子アノテーションデータベース 生化学 発生学 2
... 自己紹介と研究歴 九州大学大学院 理学研究科 生物学専攻 エイズウイルス (HIV ）の表面タンパク質の分子進化機構 総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻 （国立遺伝学研究所） ...
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長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データの活用するシステムづく
... ・13種類のマッピング・アセンブルソフト対応 DDBJパイプライン 基礎解析部 http://p.ddbj.nig.ac.jp BLAT 高速シーケンサー登場以前からあるアライメントツール。 発現データはイントロンを想定したギャップを考慮。 MAQ 高速シーケンサー登場初期にショートリードに対応。 リード長が長くなるに従い開発はBWAに引き継がれる。 ...
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3-3.共同利用・共同研究拠点の中間評価結果（拠点別）＜医学・生物学系（医学系）＞
... 【取組内容・期待される効果】 世界屈指の解析装置を用いたプロテオミクス解析、メタボロミクス解析並び にゲノミクス解析、個体解析を共同利用に供することにより、ゲノムから個体 までの情報を統合した網羅的酵素・タンパク質の機能解析を推進する。さらに、 ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(30)
... Desm. の異名とされる A. phaseolorum Sacc. に よる輪紋病もオクラ，キュウリ，ナスで報告されている．また，ウリ科作物のつる枯病菌 ...Sacc. の有性世代である．それらの主な病徴は茎や葉など地上部の褐色病斑で，毒素生 成が推測される（図 16） ．葉では円形に病斑が拡がる場合が多い．一方，レタス株枯病等，茎等の地際部が侵 ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(27)
... 2. 基本的特性とその評価方法 1）細胞質和合性 （1）菌糸体和合性 紫紋羽病菌では，栄養菌糸間における菌糸体和合性（ mycelial compatibility）が認められる．異なる菌株 を培地上で対峙培養した際，菌叢間が着色し，あるいは菌糸が存在しない領域が生じ，その結果， barrage zone と呼ばれる境界線（帯線）が形成される．帯線は 2 菌糸間における菌糸融合反応によるもので，一時的 ...
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