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生命科学にかかわるデータの実態（１）

目次 生命科学系の研究分野において主にゲノムデータ解析用の プラットフォームとして使われている Galaxy について オンデマンドクラウド機能を活用して解析環境を提供する 事例をご紹介します 1. データ解析プラットフォーム Galaxy とは 2. Galaxy によるNGSデータ解析について

目次 生命科学系の研究分野において主にゲノムデータ解析用の プラットフォームとして使われている Galaxy について オンデマンドクラウド機能を活用して解析環境を提供する 事例をご紹介します 1. データ解析プラットフォーム Galaxy とは 2. Galaxy によるNGSデータ解析について

... ▪ データ解析者（利用者）とツール開発者（実装者）は必ずしも 同じではない ⇒ 利用者がツールの挙動を完全に把握しているとは限らない ▪ 昨今は、ツールの「コンテナ化」が解決の一助となっている ...

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宗教にかかわる教育の研究.indb

宗教にかかわる教育の研究.indb

... 人物に代表される表現的個人主義とに 17 分けることができ、現代のアメリカ社会では産業 社会の公共的生活に適合的な功利的個人主義と郊外の私的生活環境で要請される表現的個 人主義との間に一層の亀裂が深まってきていると述べる 18 。20世紀に入って立ち現れてき ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... b). サレン錯体は，合成の容易さやその物性の多様性から光学材料，磁性材料，不斉酸化触媒など広く利用されている。 我々は，サレン錯体を用いて生体内の金属酵素や J acobsen 触媒と呼ばれる不斉エポキシ化触媒の反応活性種や反応 機構の研究を行ってきた。今回我々は，マンガン３価およびニッケル２価サレン錯体の一電子酸化生成物の研究を ...

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上原記念生命科学財団研究報告集, 34 (2020) 上原記念生命科学財団研究報告集, 34(2020) 132. 翻訳停滞解消を阻害する薬剤の探索と作用機序の解明 栗田大輔 弘前大学農学生命科学部分子生命科学科 Key words: リボソーム, 翻訳,YaeJ, 抗生物質, リボソームレスキュー

上原記念生命科学財団研究報告集, 34 (2020) 上原記念生命科学財団研究報告集, 34(2020) 132. 翻訳停滞解消を阻害する薬剤の探索と作用機序の解明 栗田大輔 弘前大学農学生命科学部分子生命科学科 Key words: リボソーム, 翻訳,YaeJ, 抗生物質, リボソームレスキュー

... に結合し、アミノアシル tRNA 結合後のリボソームの状態を安定化することにより、コドンの誤読を引き起こす［3］。 注意すべき点は、どちらも翻訳のミスリーディングを起こす薬剤であるが、その作用メカニズムが異なることである。 2012 年に報告された高度好熱菌リボソームと大腸菌 YaeJ 複合体の結晶構造によると、YaeJ ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... -Bs の光解離に伴って生成する反応中間体では，10. ns 〜 100. µs の時間領 域において ν(Fe–His)（ヘム鉄と軸配位子であるヒスチジン間の伸縮振動モード）の位置は変化しなかった。これに 対して，酸素結合型 HemA T -Bs においては，酸素の光解離後に観測される ν(Fe–His) ...

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2018年度 実験補遺（ＰＤＦ) 基礎生命科学実験・生命科学実験（東京大学 教養学部）お知らせ一覧

2018年度 実験補遺（ＰＤＦ) 基礎生命科学実験・生命科学実験（東京大学 教養学部）お知らせ一覧

... 階 生命科学実験室前ホワイトボードに実習開始日 に掲示するので、早めに来て確認しておくこと。なお、入学式（4 月 12 日）と五月祭準備日（5 月 18 日）には授業を行わない。H30 年度は S1 タームの 5 月 1 日 2 日 28 日 29 日 30 日、S2 ターム の 7 月 18 日～24 ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... b) 不斉マンガンサレン錯体（J acobsen 触媒）は，極めて有用性の高い錯体である。しかし，J acobsen 触媒がどのような 活性種を生成し，どのように不斉選択性を発現しているかは未解明の問題である。とりわけ，J acobsen 触媒がほとん ど平面的な構造であるにもかかわらずなぜ高い不斉選択性を示すのかは，多くの研究者が注目している点である。 ...

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21世紀の生命科学におけるRNA研究のインパクト

21世紀の生命科学におけるRNA研究のインパクト

... １　はじめに 東京都臨床医学総合研究所（現東京都医学総合研究所）にて、当時ゲノムが 同定されて間もない C 型肝炎ウイルスの研究プロジェクトが開始されるとい うので、故野本明男先生から手紙を頂いたのを機会に、米国 NIH（米国国立 衛生研究所）の留学生活をきりあげ 1992 年の秋に帰国した。C 型肝炎ウイル ...

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単細胞生物の構造と細胞小器官の機能ーゾウリムシの観察 基礎生命科学実験・生命科学実験（東京大学 教養学部）実験概要

単細胞生物の構造と細胞小器官の機能ーゾウリムシの観察 基礎生命科学実験・生命科学実験（東京大学 教養学部）実験概要

... ・塩化ニッケル処理したゾウリムシはチューブの底に沈むため、 タッピングして全体に分散させてから使用する。 ・ 実験は各個人で行い、１人で一連の測定結果をまとめること。 ⑥で得られる結果を表とグラフにまとめる。指定のPCに データを入力し、これまでの分の集計結果を確認する。 ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... ス残基が提示される。私たちは，糖鎖分析を通じてこのマンノース切除における一連のマンノシダーゼの役割分担 の解明に貢献するとともに，立体構造未完成の糖タンパク質の糖鎖末端にグルコース残基を転移する酵素（U G G T ） ...

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トーゴーの日シンポジウム 2016 東大弥生講堂, 5 October 2016 生命科学におけるデータサイエンスの課題と PDB 中村春木 大阪大学蛋白質研究所

トーゴーの日シンポジウム 2016 東大弥生講堂, 5 October 2016 生命科学におけるデータサイエンスの課題と PDB 中村春木 大阪大学蛋白質研究所

... – メタデータの記載が面倒であり情報を引き出しにくい • 新規フォーマットでもできるだけ互換性を保つ • 新規フォーマットから PDBフォーマットへの変換サービスを公開 ...

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final_生命科学データ保存GL_ver

final_生命科学データ保存GL_ver

... 4） ダウンロードデータ等外部から取得した電子データの取扱い 論文や学位等、研究成果発表内容の再現や反証可能性の証明に必要なダウンロードデータの 保存に関しても、当該論文等の発表後 10 年間保存する。また、後日の利用/参照が可能となる ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... aqueous-switching，heterogeneous-switching の試みも十分 な成果と蓄積を得て，現時点では高度な立体選択機能を合わせ持った触媒の開発に至り ， さ らには数段階の炭素−炭素結 合形成を経る多段階有機合成の全工程・全操作を有機溶剤を全く用いずに実現しつつある。その過程で従来の有機合成 ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... c). 小分子をプローブとした金属酵素の活性中心の構造と機能の相関 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 酸化反応に関わる金属酵素の機能制御機構を解明するため，高酸化反応中間体のモデル錯体を合成し，電子構造と 反応性の関わりを研究した。オキソ鉄４価ポルフィリンπ ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... と に して， HA ML E T 中のモルテン ・ グロ ビュー ル状態の構造に関する知見を得たい。また， ア ミ ロイ ドな どのナノ繊維は疾病との関わ り が強い。このナノ繊維をモデル化し た OspA 蛋白質のフ ォ ールディ ング解析を詳細に行う こ と によ り ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... IMS の科学的研究成果や評判を大幅に増 強できるかもしれない。日本人博士研究員が不足しているなら，他の国々，特に，他のアジア諸国に目を向け，有能 な博士研究員を募集することが重要である。I M S がより多くの博士研究員を採用すれば，それは個々の研究プログラ ...

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生命・錯体分子科学研究領域

生命・錯体分子科学研究領域

... d) 大腸菌シャペロニンの機能発現の分子機 A -3) 研究活動の概要と主な成果 a) a ラクトアルブミンとリゾチームは互いにアミノ酸配列の類似した相同蛋白質であり，それらのフォールディング 反応が類似しているか否かを実験的に明らかにすることは，蛋白質のフォールディング問題を考える上で重要であ ...

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DNAと形質発現－大腸菌の生育とPCR法による遺伝子の増幅 基礎生命科学実験・生命科学実験（東京大学 教養学部）実験概要

DNAと形質発現－大腸菌の生育とPCR法による遺伝子の増幅 基礎生命科学実験・生命科学実験（東京大学 教養学部）実験概要

... ラップに班名を記載したのち、教卓上のタッパーの 中へ入れる。（一週間保存、次回に使用） ◇ 1.5 ％アガロースゲルの作製（ 2 班でゲルを 2 枚作製） B PCR 法によるテトラサイクリン ...

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計算機生命科学の基礎II_

計算機生命科学の基礎II_

... • よく使われたプラットフォームのため、比較対象が多いのは利点。 • 1つの薬剤につき、濃度の異なる複数のデータがある。 • 薬剤は、1300種類。 • 使用されている細胞は限定的（HL60, MCF7, PC3, SKMEL5, ssMCF7）。 • 後述の TCGA ...

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蒲郡情報ネットワークセンター･生命の海科学館年報

蒲郡情報ネットワークセンター･生命の海科学館年報

... ○キャプテンカード★リニューアル 【日程】11 月 3 日（金･祝）より刷新 【内容】リピーター確保のため、ミュージアム・シアターのゲーム「生命の 海への旅立ち」でキャプテンを務めた来館者にプレゼントするキャプテ ンカード 5 種類、及びキャプテンカードを 5 種類集めると獲得できる顔 写真入りのマスターカード 3 ...

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