理化学研究所 生化学システム研究室
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
... RNA シーケンスをする目的 l RNAを研究することで分かること – RNA-seq は細胞・組織の”今”の状態を知る l ライブラリー作製・シーケンスは解明のための通過点（一手段） ...
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GPU チュートリアル :OpenACC 篇 Himeno benchmark を例題として 高エネルギー加速器研究機構 (KEK) 松古栄夫 (Hideo Matsufuru) 1 December 2018 HPC-Phys 理化学研究所 共通コードプロジェクト
... Introduction to GPU computing GPU システムの一般的構成 – ノード ホスト (CPU) デバイス (GPU) グローバルメモリ 共有メモリ (local store) デバイスコア O(10k)/device Streaming Multiprocessor (NVIDIA) 共有メモリを共有 PCIe or NVLink (ここが[r] ...
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生化学研究の半世紀
... 生化学 第 88 巻第 6 号，p. 683（2016） 生化学研究の半世紀 川嵜 祐* 私が生化学に初めて接したのは大学3回生（1962 年）での鈴木友二先生の生化学講義でした．先生の 迫力のある講義には多くの学生が魅了されました が，私もその一人でした．その後，大学院に進学 し，生化学会の重鎮である山科郁男先生に師事し， ...
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報道発表資料 2004 年 9 月 6 日 独立行政法人理化学研究所 記憶形成における神経回路の形態変化の観察に成功 - クラゲの蛍光蛋白で神経細胞のつなぎ目を色づけ - 独立行政法人理化学研究所 ( 野依良治理事長 ) マサチューセッツ工科大学 (Charles M. Vest 総長 ) は記憶形
... そこで本研究ではシナプス可塑性に伴うアクチンの動態を二光子レーザー走査 顕微鏡 ※ 2 ならびに蛍光エネルギー共鳴移動法 ※ 3 という技術を用い解析する事を試 みました。二光子レーザー走査顕微鏡は非常に短いパルス幅のレーザーを使う事に より、従来の共焦点顕微鏡では観察することができない脳の深部にある細かい構造 を検出する事ができます。さらに、分子生物学的な手法を用いて目的の蛋白質をク ...
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国際共同研究グループ 理化学研究所統合生命医科学研究センター ゲノムシーケンス解析研究チーム チームリーダー 中川英刀 ( なかがわひでわき ) 研究員 藤田征志 ( ふじたまさし ) 研究員 ( 研究当時 ) クリストファー ウォーデル (Christopher Wardell) 北海道大学大学院
... 要旨 理化学研究所（理研）統合生命医科学研究センターゲノムシーケンス解析研究 チームの中川英刀チームリーダー、藤田征志研究員と北海道大学大学院医学研 究院消化器外科学教室 II の中村透助教、平野聡教授らの国際共同研究グループ ※ は、日本とイタリアの胆道がんの大規模ゲノムシークエンス解析を行い、多数の ...
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GROMACS-Viewer 利用者マニュアル 平成 26 年 3 月 独立行政法人理化学研究所 HPCI 計算生命科学推進プログラム
... 15.. 表示モデルの変更 原子単位で表示モデルや色を変更できます。まず対象とする原子を選択し、選択された原 子に対して表示モデルや色を変更します。これらは jV が提供しているコマンドラインイン ターフェースによって行います。 [File]-[Option]-[Command Line]メニューを選択するとコ マンドラインウィンドウが表示され、コマンドを使用できるよ[r] ...
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報道発表資料 2000 年 2 月 17 日 独立行政法人理化学研究所 北海道大学 新しい結晶成長プロセスによる 低欠陥 高品質の GaN 結晶薄膜基板作製に成功 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は 北海道大学との共同研究により 従来よりも低欠陥 高品質の窒化ガリウム (GaN) 結晶薄膜基板
... 4. 研究成果の意義 低結晶欠陥（転位）GaN 基板は、短波長発光素子、特にレーザー寿命を飛躍的 に改善する方法として待ち望まれたものです。短波長レーザーは、光ディスクの記 録密度の向上、微細加工装置の小型化・高精度化など様々な工業分野において有望 視されています。低欠陥・高品質の基板を低コスト、かつ生産性良く供給すること は、短波長レーザーの開発を大いに進歩させることにつながります。 ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... PWscf フロー図（旧バージョン v5.4.0） Start read_input Stop qmmm run_pwscf stop_run init_run electrons forces stress punch mp_global iosys setup check_stop 計算のセットアップを行う。 電子状態を self-[r] ...
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- 目次 - はじめに 1 Ⅰ 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の概要 2 Ⅱ 中間評価の概要 4 Ⅲ 中間評価の結果 1. 事業運営主体 理化学研究所 茅幸二 7 2. 各チームおよび個別研究課題の評価 A 分子スケール研究開発チーム 理化学研究所 木寺詔紀 10 A1 長時
... 個別研究課題名 ： [D4] タンパク質ネットワーク 代表機関名・代表研究者名 ： 東京工業大学・秋山 泰 １． 計算（機）科学からの評価 評点３．８ 生命科学で重要なタンパク質間相互作用をネットワークする為に計算アルゴリズムを開発して大規模並列計算 を可能とするソフトウェア「MEGADOCK」を開発した。蛋白質形状相補性および静電相互作用に基づき高速にドッ ...
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抗体 抗がん剤複合体におけるリンカーテクノロジー 抗体デリバリー - 基礎から臨床まで - 独立行政法人 * 理化学研究所細胞制御化学研究室 * 眞鍋史乃 Linker Technology in Antibody-Drug Conjugates for Cancer Treatment Linke
... 1 . はじめに ドラッグ・デリバリー・システムにおいて、近 年、抗体－抗がん剤複合体が注目を集めている。抗 体－抗がん剤複合体は、悪性腫瘍や炎症部位などに おいて、目的の組織や細胞表面タンパク質に対する モノクローナル抗体に抗がん剤を結合させることに より、薬剤を病変部位に選択的に到達させ、放出さ せることができる。複合体は、抗体の持つ高い特異 的結合性に加え、EPR 効果 1） により、がん組織に集 ...
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トランスクリフ トーム トモク ラフィーを用いた 遺伝子発現に基づく全脳地図作成 理化学研究所光量子工学研究領域客員研究員於保祐子
... 理研戦略的研究展開事業（理事長ファンド）の 助成を受けた研究に、基づいています。 この研究の一部は、国際ニューロインフォマティクス統合機構（INCF) デジタル脳図譜プログラム ワクスホルム空間 (Waxholm Space)作業部会 ...
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PRESS RELEASE 2015 年 9 月 24 日理化学研究所東京大学 電気で生きる微生物を初めて特定 微生物が持つ微小電力の利用戦略 要旨理化学研究所環境資源科学研究センター生体機能触媒研究チームの中村龍平チームリーダー 石居拓己研修生 ( 研究当時 ) 東京大学大学院工学系研究科の橋本和
... 共同研究チームはまず、通常の A.ferrooxidans の培養で用いる 2 価の鉄イオン を培地とせず、固体の電極を電子源として用いた電気化学反応容器の中で細胞 の培養を行いました。すると、細胞を電気化学反応容器に添加した直後に微弱な 電流の生成が観測され、時間の経過と共にマイナスの電流が増大しました（図 ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... ● システムソフトウェア コンピュータにどういう動作をさせるか、その動作をどういう順番で行わ せるかの指示書（命令の列、プログラム） を作ること。指示書（プログラ ム）は計算機が理解できる言葉（プログラミング言語）で作られる。 AICSの研究者は、FORTRAN、C、Python等のプログラミング言語を ...
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2008 年度光学赤外線天文連絡会シンポジウム 地上大型望遠鏡計画 :2020 年のための決心 TMT で拓かれる クェーサー吸収線研究の新時代 三澤透 ( 理化学研究所 ) & Team JQAL
... 微細構造定数 α ≡ 2 π e / 2 hc 地上実験室系 ∆ α / α = ( − 1 . 6 ± 2 . 3 ) × 10 − 17 (year -1 ) クェーサー吸収線（共鳴吸収線）を用いて、遠方宇宙での変動の有無の確認が可能。 at z < 1, radio/mm spectra: HI-21cm, molecular transitions at z < 4, optical/NIR ...
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糖尿病の薬で皮膚の難病を発症するリスク因子を発見 プレスリリース（研究成果）2017 | 理化学研究所
... 【研究成果】 DPP-4 阻害薬の服用による水疱性類天疱瘡 30 例では，紅斑が少ない「非炎症型」が 21 例（70%）と 大半を占めていました。「非炎症型」水疱性類天疱瘡の発症時に服用していた DPP-4 阻害薬の内訳は， ビルダグリプチン 7 件，アログリプチン 4 件，テネリグリプチン 4 件，リナグリプチン 4 件，アナグリ プチン 1 件，シタグリプチン 1 件でした。 ...
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戦略的創造研究推進事業 CREST 研究領域 生物の発生 分化 再生 研究課題 Geneticdissection による神経回路網形成機構の解析 研究終了報告書 研究期間平成 12 年 11 月 ~ 平成 17 年 10 月 研究代表者 : 岡本仁 ( 独立行政法人理化学研究所脳科学総合 研究セン
... このような振る舞いが比較的単純なことから、後脳運動神経細胞は、神経細胞の分化、移動、標的 認識の機構を調べる上で、最も単純なモデルシステムとなる。 後脳の構造は脊椎動物の進化を通じて高度に保存されている。我々は、このことを利用し、脊椎動 物の中でも最も単純な神経系を持ち、胚が透明で、胚操作や遺伝学的解析を容易に行えるゼブラ フィッシュを用いて、それぞれの後脳運動神経細胞が、分化し移動し軸索伸展する過程の各ステッ ...
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表出系としての行動異常の統合的研究 ( 研究代表 : 内匠透 ) の支援を受けて行われました 注 1)Chandana et.al. J. Dev. Neurosci (2005) 共同研究グループ理化学研究所脳科学総合研究センター精神生物学研究チームシニアチームリーダー 内匠透 ( たくみとおる
... 4 図 1 コピー数多型の染色体領域と 15 番染色体重複モデルマウス A：青・赤・緑の色棒の横の長さは、ヒト染色体領域における重複および欠失の報告数（患者数ではなく論 文の数）を表している。15 番染色体の一部の領域（15q11-13 領域）に、重複異常が集中して見つかっ ている。米国のシモン財団が開設している自閉症研究サイト SFARI（https://gene.sfari.org/autdb/ ...
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理化学研究所統合生命医科学研究センターにおいては 免疫システムの基礎的 総合的な研究を実施し 花粉症等のアレルギー疾患の原因究明と治療法の開発を目指している 平成 4 年度からアレルギー疾患について臨床研究事業を推進している ( 厚生労働科学研究費補助金 ( 難治性疾患等克服研究事業 ( 免疫アレル
... Ⅳ ○花粉症がある人へ ①花粉症状を強くしないよう、花粉をからだや家の中に入れないようにしましょ う。 ②医療機関への受診状況を把握し、適切な受診を勧めたり、その後のフォローアッ プを行いましょう。 ③花粉情報に注意し、飛散の多い日の外出や洗濯物を外に干したりすることはさ けるように指導しましょう。 ④花粉のばく露からの予防用具（メガネ・マスク・帽子）などを効果的に使え[r] ...
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医薬品開発における薬物トランスポーター研究の重要性 杉山雄一理化学研究所イノベーション推進センター杉山特別研究室 薬物動態におけるトランスポーターの役割 1) 生体内では多様な輸送担体 ( トランスポーター ;TP) が生体に必要な物質を積極的に取り込み 異物を積極的に排泄する機能を担っている TP
... ２） 代謝酵素、トランスポーター（ＴＰ）の関わる複雑な薬物動態 を示すセリバスタチンが市場から撤退した（横紋筋誘拐）。 最近、この結果をretrospectiveに解析する研究が出始めて いる（相互作用、遺伝子多型） ...
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報道発表資料 2001 年 12 月 29 日 独立行政法人理化学研究所 生きた細胞を詳細に観察できる新しい蛍光タンパク質を開発 - とらえられなかった細胞内現象を可視化 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は 生きた細胞内における現象を詳細に観察することができる新しい蛍光タンパク質の開発に成
... 理化学研究所（小林俊一理事長）は、生きた細胞内における現象を詳細に観察する ことができる新しい蛍光タンパク質の開発に成功しました。理研脳科学総合研究セン ター（伊藤正男所長）細胞機能探索技術開発チームの宮脇敦史チームリーダー、永井 健治研究員（現・科学技術振興事業団さきがけ研究 21 ...
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