現在のムギ類ゲノム解析
シロアリ腸内共生微生物群の多様性とゲノム解析
... 2. シロアリ腸内微生物の多様性 シロアリは系統分類学的に，下等シロアリと高等シロ アリという二つの大きなグループに分けられる。前者は 温帯から熱帯に分布し，日本で普通に見られるヤマトシ ロアリ（Reticulitermes speratus）やイエシロアリ（Cop- totermes formosanus） を 含 む ミ ゾ ガ シ ラ シ ロ ア リ 科 ...
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微生物ゲノムの解読と機能解析
... Nathans の 3 名が，DNA の塩基配列特異的に切断する酵 素の発見という，その生物学的業績ではなく，DNA 解析 のツールの発見によってノーベル賞を受賞するという極め て特異な現象が，関心の大きさと意義を物語っている。同 時に，ACGT の 4 つの文字の並び（塩基配列）が持つ意 ...
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非アルコール性脂肪肝障害のゲノム・エピゲノム解析
... 1 の mRNA は肝臓で発現はみられるものの、発現量が非常に少ないため qPCR による定量 ができなかった。そのため、 PARVB に関しては PARVB variant 2 の mRNA だ けを測定した。 1st セットのサンプルで、PNPLA3、SAMM50、PARVB 遺伝子 それぞれの mRNA レベルを mild NAFLD と advanced NAFLD ...
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JAIST Repository: ゲノム情報解析技術革新と新市場創造に対する開発コンセプトの役割
... 急速な発展を遂げている業界では，次の間接競 合による開発までの期間が短く，そのマネジメン トの重要性は大きい。しかし，その間接競合によ る開発コンセプトの方向性は不明瞭であり，資源 を集中投資させるにはハイリスクである。また， C.M.Christensen[13]が指摘するように，組織が 価値を生み出すメカニズムそのものが，本質的に 変化を拒むという事実もある。このような間接競 ...
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抗真菌剤FR901469生産菌No. 11243株のゲノム解析と分子育種に関する研究
... 氏名 松井 真 学位の種類 博 士（ 生物工学 ） 学位記番号 博 甲 第 8174 号 学位授与年月日 平成 29年 3月 24日 学位授与の要件 学位規則第４条第１項該当 ...
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JAIST Repository: 代謝系遺伝子の分子系統樹比較によるゲノム構造解析
... これに対し、木村資生は多くのタンパク質の置換に関するデータを基に、 1968 年、分 子進化の中立説を提唱した。 [10] 中立説では、分子の突然変異に限り、３つの種類に分け て考えている。 自然淘汰説で述べた、有利な突然変異、不利な突然変異の２つと、生存に有利にも不利 にもならない中立な突然変異である。生存に不利な突然変異は自然淘汰説で述べられてい ...
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眼内液由来の微量なDNAをもちいた次世代シーケンサーによるヒトサイトメガロウイルス全ゲノム解析の試み
... 以上の結果から,UPECにとって鉄が欠乏すると I型線 毛の発現増大に伴い,膀胱上皮細胞への付着・侵入,マイク ロコロニー形成能が増大することが示された.尿路感染部 位において,宿主細胞との鉄獲得の競合や自然免疫因子の リポカリンなどによって,UPECが利用できる鉄が枯渇し がちである.そのため,UPECは感染部位において,積極的 ...
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第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
... l ムダ – RNAの持つ情報は極力失いたくない • とはいえ、Total RNA をそのままシーケンスするとほとんど(9割) がrRNA • 現行のシーケンサー能力やコストを考慮するとrRNA を効率的に除去する必要がある ...
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農業生物のゲノム情報解析研究
... Key words ：Soybean genome analysis, Cultivar Enrei, Phylogenetic tree, Anthocyanin and flavonoid biosynthesis, Silkworm genome database KAIKObase 1 はじめに 1865 年にメンデルが形質は遺伝することを，1913 年 にモーガンらが染色体上に遺伝子は存在することを， 1953 ...
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ゲノム遺伝子解析研究説明同意文書
... 例えば、ＥＧＦＲ遺伝子はさまざまな悪性腫瘍で過剰発現がみられ、ＥＧＦ Ｒを標的にした抗がん剤としては、ゲフィチニブ、エルロチニブやセツキシマ ブがあります。また、HER2 は正常細胞では、増殖、分化、移動、生存などの 細胞機能調節に関与していますが、何らかの理由で HER2 遺伝子に増幅や変異 が起こると下流のシグナル伝達経路が活性化し、がん遺伝子として働きます。 ...
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相同性配列検索ツール：GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析
... 必要とされるシーケンシングデータが大きい – どのような細菌がどのくらい存在するか解析 – どのような遺伝子がどのくらい存在するか解析 • シーケンサの性能向上によって可能になった ...
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メタゲノム解析(2017NGSハンズオン講習会-2017年8月31日)
... • MEGAHIT (Li et al. 2015) – Contig作成の方法はIDBA-UDと類似しているが、de Bruijn graphの表 現方法が簡素化されているため ( http://alexbowe.com/succinct- debruijn-graphs/ ) 、高速で省メモリ。また、coverageが小さいk-merの ...
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ポスト・ゲノム関連技術−蛋白質レベルでの解析とIT活用−（13年度更新）
... 品 の 研 究 開 発 、 生 産 、 マ ー ケ テ ィ ン グ を 一 貫 化 し た ハ イ テ ク ノ ロ ジ ー 企 業 で あ る 。 上 海 交 通 大 学 、 上 海 大 衆 交 通 （ グ ル ー プ ） 股 份 有 限 公 司 、 上 海 茸 北 工 貿 実 業 総 公 司 、 上 海 新 路 達 商 業 （ グ ル ー プ ） 有 限 公 司 、 上 海 国 際 株 式 会 社 な ど 9 社 に よ ...
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病原菌のゲノム解析から菌株の多様性をみる：病原性大腸菌を例として
... （2） 同一菌種内（特に重要菌種）での，分離由来・遺伝系統・血清型・病原型等が異なる多数の菌 株のゲノム比較 （3） 常在細菌叢などの細菌集団全体を対象としたゲノム解析（メタゲノム解析）の 3 点に要約でき ...
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Rでゲノム・トランスクリプトーム解析
... ①writeXStringSet関数を使えば、②fastaオブジェクト の中身を指定したファイルに書きだすことができる。 ①のXStringSetのXは、何でもよいみたいな意味。② fastaがDNAStringsSetという形式で格納されているこ と、アミノ酸配列(Amino Acids)を格納する形式として AAStringSetという形式が存在することから、それらを ...
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ゲノム配列解析ツール giv の開発
... Key words ： genome sequence, bioinformatics, next generation sequencer, FASTA format, CUI 1 はじめに 生物の遺伝情報は DNA 分子を構成する４種類の塩基 （ATGC）の並び順により保持されている．1970 年代に Sanger 法が開発され、ゲノムと呼ばれるそれぞれの生 ...
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ゲノム情報解析基礎
... Tips：table関数 ①hogeの中身は②subcellular_location列の情報か らなる。③table関数は、ベクトル中の要素ごとの出 現回数を返す。「NGSデータ中の特定のリードの出 現回数」や、「アノテーションファイル中の染色体ご との遺伝子数」など、様々な局面で利用可能 ...
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次世代シークエンサーを用いたゲノム解析のためのゲノムDNAの調製
... 生物工学科・三戸太郎助教の研究室では，次世代 シークエンサー（主に HiSeq）を利用してフタホシ コオロギ（ゲノムサイズ：約 1.7Gb）の全ゲノム配 列の解析を進めている。これまでに数百塩基から千 塩基程度のサイズのライブラリを作製し，解析を行 ってきた。しかしアセンブリの結果，コンティグ／ ...
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BIG IDEAS 2019 次世代型 DNA 配列解析 次世代型 DNA 配列解析は ゲノム革命の原動力となっています DNA 配列解析コストは劇的に低下しています 2003 年以降 生化学や演算能力の進歩のおかげで ヒトゲノムの全配列解析にかかるコストは約 30 億ドルから 1,000 ドル未満
... 8 ヘルスケアセクターのリスク ヘルスケアセクターは、政府規制や医療保険制度、医療費の国庫償還の制限、医薬品およびサービス費用の増減、製品責任賠償請求などの影響を受ける可能性がありま す。ヘルスケア企業の多くは、以下の可能性を含んでいます。(i) ...
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Partek 社の NGS データ解析ソリューションは次世代シーケンサーから出力されたファイルを読み込んで 参 照ゲノム配列へのアラインメント データの品質管理 統計解析 ゲノム統合解析 生物学的解釈 各種グラフ やゲノムビューアーでの表示など NGS のデータ解析をすべてサポートします ファイルの
... ➢ データを選択するとデータの種類に対応した解析メニューを表示 FASTQ ファイル、BAM ファイル、遺伝子ごとのリード数、変異のコール、転写因子結合部位のピークな ど選択したデータの種類に応じた解析メニューが表示されます。解析メニューを選択すると、プルダウンメ ...
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