分子シミュレーションの簡単な歴史
JPUG 仕組み分科会 補足資料 補足資料 :PostgreSQL の WAL と PITR 1. PostgreSQL の簡単な紹介 "PostgreSQL" はオープンソースのデータベースシステム 1.1. 歴史 PostgreSQL の起
... backup_label の情報に”STOP WAL LOCATION”と”STOP TIME”の 2 項目のみ追加されたことが わかる。 ここで、WAL ログのセグメントが切り替わったかどうか確認するため、最後にデータを書き込んだ WAL ログの位 置を求める pg_current_xlog_location()関数と、次に書き込む WAL ...
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学習内容援学校教科等 支総合的な 1 水の問題 学習の時間 水の確保が困難な国や地域があることを知り 自分たちの生活と比較し て考える 1 ルワンダの歴史について ルワンダの国についての基本情報とジェノサイドの歴史について簡単に 触れる 1 アフリカは国名ではない ~ルワンダを通して~ (70 分
... ・本単元では、アフリカの問題点を多く取り上げたために、アフリカに対する暗いイメージ大 きくなってしまった。ルワンダだけではなく、アフリカの様々な国の魅力をもっと時間をか けて伝えるべきであった。 ・ルワンダの学習でねらいの二つ目にあげた「情報をより正しく得るための方法を考える」に ...
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シックハウスの基礎知識 シックハウスの歴史 -- まずはじめに シックハウス問題の簡単な歴史を紹介したいと思います 話は1970 年代のアメリカまでさかのぼります この頃のアメリカはオイルショックの真っ只中 この影響から 省エネルギーの必要性が叫ばれ ビルの換気量を大幅に減らすようになっ
... もちろん日本も、欧米で巻き起こった問題をただ黙って眺めていたわけではありません。食器棚 家具などから健康障害を引き起こす可能性のある化学物質（ホルムアルデヒド）が大量に放散さ れていたことを受け、業界内で自主規制がかけられます。 また、 １９８０年にはＪＡＳ（日本農林規格）において、合板から出るホルムアルデヒドを減らすた ...
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サブ課題Cの目標 大規模な宇宙論的構造形成シミュレーションの共分散解析による広域銀 河サーベイの統計解析 (吉田 石山) ブラックホール降着円盤の一般相対論的輻射磁気流体シミュレーション及 びグローバルシミュレーション 松元 大須賀 大規模なプラズマ粒子シミュレーションによる磁気再結合と高エネルギー
... MHDシミュレーションでは、電気抵抗モデルを手で与える必要がある。 PICシミュレーション：最小スケールの制約からマクロなMHDスケールまで計算が困難 Vlasov シミュレーションで、MHDスケールでのエネルギー解放の素過程を解く high ...
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分子動力学法による非晶・結晶PP/PEとグラファイト層界面のせん断シミュレーション
... 4 シミュレーション結果および考察 図 4.1∼図 4.3 に 1D パターンでのグラファイト壁に生じた x 方向の力の時間変化 を示す．図の上部には圧着過程からせん断過程に移行した直後に生じた反力をせん 断強度として評価した点のスナップショットを示している．図 ...にグラファイト壁 ...
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Simulink 環境における小規模マイクログリッドのシミュレーション第 2 報 - フェーザー法による 24 時間のシミュレーション - 三田宇洋, テクニカルコンサルティング部, MathWorks Japan 1. 導入文献 [1] では 実用的な時間でシミュレーションを行う小規模のマイクログ
... スタンス)、L(インダクタンス)、C(キャパシタンス) の素子間での相互作用から得られる微分方程式 (状 態空間モデル) をすべて解く必要はない。代わりに、電圧と電流の複素表現を使った簡単な代数方程式系 を解くだけでよい。これを、フェーザー法と呼ぶ。フェーザー法では電圧と電流を複素表現で計算する。 ある周波数における一定の周期性 (正弦波、余弦波) ...
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細胞環境下の生命システムを再現した1分子粒度シミュレーション
... 3. 分子混雑が酵素の処理能力を高める 多重リン酸化反応はシグナル伝達系において頻繁に観察 される一般的な反応である．多重リン酸化反応によって二 値的な応答が説明できることからシステム生物学における 基本的な「素子」の一つとなってきた．我々はまず，この 単純な二重リン酸・脱リン酸化反応系をeGFRD法を用い ...
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シミュレーションによる「自然科学における階層と全体」に関する新たな学術分野の開拓（1ページ）
... 5-4 シミュレーションによる「自然科学における階層と全体」に関する 新たな学術分野の開拓（自然科学研究機構） 本プロジェクトでは，分子スケールから固体物質や生体分子にわたる物性や機能発現の解析に加え，分子の集団運 ...
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連載講座 : 高生産並列言語を使いこなす (5) 分子動力学シミュレーション 田浦健次朗 東京大学大学院情報理工学系研究科, 情報基盤センター 目次 1 問題の定義 17 2 逐次プログラム 分子 ( 粒子 ) セル 系の状態 ステップ 18
... 7 まとめ 分子動力学法の初歩である Lenard Jones ポテンシャルを用いたシミュレーションを, OpenMP, Cilk, TBB を用いて並列化し, その評価結果について述べた. 三重ループを, OpenMP では parallel for プラグマで, Cilk は直交再帰分割を spawn 構文で, TBB は parallel reduce, parallel for を用いて ...
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工学的な設計のための流れと熱の数値シミュレーション
... ては解の信頼性は乏しい．この意味で固体と流体 の境界をメッシュで捕らえる必要があり，従来か らこのように行われてきた．この方向の代表的な 例として有限要素法で解析する場合をあげたので ある．この方法でやることを推奨する．しかしな がら，実際の工業製品では非常に細かい部品やケ ーブル類など，計算メッシュで表現することが非 ...
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分子シミュレーションの応用
... HN NH d 位にプロトン化 e 位にプロトン化 d , e 位にプロトン化 • His側鎖のpK a は中性付近であるため２つの窒素原 子とも水素原子が結合した状態も十分にとりうる • His周りの水素結合ネットワークからプロトン化状態 ...
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マトリックスモデルを用いたシミュレーションスタディー : 長期的な語彙知識変化の検証
... 10%、S1 のままで ある確率が 90%であることを表している。この移行行列を TPM（Transitional Probability Matrix）9119 と表記する。表 3 に示されているように、残る 2 種類 のものに関しては、S1 の行には何も変化をつけず、S0 の行のみ ...0.05 の変化を加 え、その影響を調べた。表 3 ...
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分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... ペプチドの生成（２） 4. Add Peptide Sequenceウインドウで主鎖の 二面角を指定し「OK」（ここでは α helix構造 を作るのでデフォルトのままで良い） 5. メイン画面に生成されたペプチド ...
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カーボンナノコイルの機械的特性に関する分子動力学シミュレーション
... armchair，zigzag の原子応力をコイルの 内側，外側それぞれで平均したものを示す．黒線は先に示した全体での平均応力で ある．赤線は内側を，青線は外側の平均応力を示す．armchair では引張初期はリン グの内側が高応力でありコイルの内側が外力を担っている．停滞時は内側の応力が ...
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分子動力学シミュレーションによるOLCの摩擦メカニズム評価
... ンのように中空ではなく，径の大きさに対して凹凸のサイズが小さかったことで，図 5.14(d) で他のモデルのようなゆらぎ波形を描かなかったものと推測される．摩擦シ ミュレーション中の変形の様子を図 5.16∼図 5.19 に示す．それぞれの図の上段は対象 全体を z ...
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分子シミュレーションの応用
... ３．阻害剤構造データの取得（２） • 以下の通り名前の変更とエネルギー最小化を行う 1. Hierarchy Windowで「Molecule 1」を左クリックした後 右クリックして「Attributes of Molecule 1」を選択 ...
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シミュレーションの簡単な例 GUI 無しのシミュレーションを作る GUI を作る パラメタを設定するデモンストレーションをする 2 オブジェクト指向プログラミング特論
... オブジェクト指向プログラミング特論 2 シミュレーションの簡単な例 GUI無しのシミュレーションを作る GUIを作る パラメタを設定する デモンストレーションをする.. オブジェクト指向プログラミング特論 3 簡単な二次元酔歩 Walkerは二次元面内で４方向に等確率で移動 メソッド moveで移動し、新しい位置を返す Simulationクラス 多数の Walkerを[r] ...
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モデルポテンシャルによるビクスバイト型酸化物と転位芯の分子動力学シミュレーション
... 3 らせん転位と酸化物の相互作用 3.1 シミュレーション条件 図 3.1 に模式的に示すように，x, y, z 軸をそれぞれ [111], [¯ 110], [¯ 1¯ 12] とする座標系で， 中央すべり面に bixbyte 型酸化物を有し，セル端面から y 方向に 1/10 の位置に転位を 導入した薄板状周期セルを用いて解析を行った．転位線方向の x 軸方向には周期境界 ...
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分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... 平衡化における体積の変化 • 水を配置する際、少数の水 分子を小さな系で平衡化し たモデルタンパク質の周囲 にあてはめているが、タン パク質の原子と衝突する水 分子は機械的に取り除い ているため、配置した水分 子とタンパク質の間に隙間 ができる ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレン/グラファイト界面の剥離シミュレーション
... 明らかに垂直に配置した系の方がすべて最大引力は低下している．図 4.9 に最大引 力の変化を，先の平行配置の結果と比較して示す．flat，2π，6π までは平行配置と 同様に表面凹凸が小さくなると強度が低下しているが，10π では flat と同程度の強 度に戻っている．これは，垂直配置したグラファイト壁では，表面凹凸の間隔が狭 くなると flat ...
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