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質問
Q1 ホモロジー検 索 におけるスコア値 (Score) と同 一 性 (Identities) の関 係 は？ Q2 アライメント情 報 に表 示 されるハイフン (-)，プラス (+)，コロン (：) などの意 味 を知りたい． Q3 BLAST ホモロジー検 索 の結 果 で，自 分 が作 成 した配 列 質 問 式 に含 めていない XXX や NNN が表 示 されることがあります．なぜですか? (低 分 子 領 域 とは?)Q4 tBLASTn, tBLASTx, BLASTx を 実 行* す る と ， 結 果 の ア ラ イ メ ン ト 情 報 に Frame 1, Frame 2 などが表 示 されます．この Frame の意 味 は?
ま た ， 一 つ の 回 答 に 一 つ の Frame し か な い 場 合 と Frame 1, Frame 3 な ど 複 数 の Frame が表 示 される場 合 があります．これはなぜですか?
* tBLASTn は REGISTRY フ ァ イ ル (BLAST), DGENE/PCTGEN/USGENE フ ァ イ ル (BLAST, GETSIM) で利 用 可 能 ．
tBLASTx と BLASTx は REGISTRY ファイル (BLAST) のみで利 用 可 能 ．
Q5 ホモロジー検 索 でホモロジー検 索 で曖 昧 コードを使 用 した場 合 と使 用 しなかった場 合 のス コア値 は同じですか? 例 えば，DGENE ファイルの曖 昧 コード R は A または G を意 味 しますが，コード R で 検 索 した時 の結 果 は，(コード A の結 果 OR コード G の結 果 ) と同 じになりますか Q6 基 となる配 列 (質 問 式 A) と，その一 部 のコードを切 り取 った配 列 (質 問 式 B) の部 分 配 列 検 索 の結 果 は，下 記 の関 係 が成 立します． 質 問 式 A の回 答 件 数 ≦ 質 問 式 B の回 答 件 数 同じ関 係 が，ホモロジー検 索 の結 果 でも成 立 しますか? Q7 環 状 の核 酸 ・タンパク質 を検 索 する方 法 は？
参 考
下 記 サ イ ト に は ， 上 記 以 外 の DGENE/PCTGEN/USGENE フ ァ イ ル の BLAST お よ び GETSIM ホモロジー検 索 に関 する多 くの質 問 が記 載されています (英 語 資 料 )． ぜひご覧 ください． http://www.stn-international.com/fileadmin/be_user/STN/pdf/search_materials/Bioseq uence_Searching/dgenefaq.pdf2 Q1 ホモロジー検 索 におけるスコア値 (Score) と同 一 性 (Identities) の関 係 は？ A1 ホモロジー検 索 では，質 問 式 配 列 と回 答 配 列 が一 致 した局 所 領 域 について類 似 性 を，スコア 値 および同 一 性 パーセントで表しています． スコア値 (Score) ・ 配 列 質 問 式 および結 果 のコードの一 致 ，不 一 致 ，類 似 性 により，点 数 が決 まっており，そ の点 数 を加 算していくことでスコア値 が算 出 されます． - BLAST : 核 酸 Query: 67 ggagacgtagattcggagg ← 質 問 式 ||||||||||||||||a|| Sbjct: 44 ggagacgtagattcggcgg ← 回 答 - BLAST : タンパク質 選 択 した置 換 行 列 により，コードの点 数 が異 なります． 下 記 は，デフォールト BLOSUM 62 におけるマトリックスチャートです． Query: 22 KPIKLVELINIHV ← 質 問 式 Sbjct: 565 KPIK+VELGKIHV Sbjct: 565 KPIKIVELGKIHV ← 回 答 ・ 以 上 より，一 致 しているコード，ファミリーで一 致 しているコードが多 いほど，高 いスコア値 に なります． デフォールト設 定 の場 合 コードが一 致 : 1 点 コードが不 一 致 : -3 点 K-K で一 致 : 5 点 L+I でファミリー一 致 : 2 点 I G で不 一 致 : -4 点
3 同 一 性 パーセント (Identitties) ・ 局 所 領 域 において塩 基 やアミノ酸 コードが一 致 している割 合を示 します． Identities = 29/30 (96%) Query: 16 caggttccctggtgcaggcagcgctgactc 45 |||||||||||||C|||||||||||||||| Subject: 65 caggttccctggtccaggcagcgctgactc 94 スコア値 (Score) と同 一 性 パーセント (Identities)の関 係 例 ) 質 問 式 の配 列 長 が 200 である場 合 (200 コードが完 全 に一 致 した時 のスコア値 を 400 と仮 定 し，100 コードが一 致した時 のスコア 値 を 300 と仮 定します．) 1. 質 問 式 の配 列 と完 全 に同 じ配 列 (配 列 長 200) のレコード 2. 全 配 列 長 が 400 で，質 問 式 の配 列 を完 全 に含 むレコード 3. 全 配 列 長 が 400 で，質 問 式 の一 部 の配 列 と完 全 に一 致 する配 列 を有 するレコード 4. 全 配 列 長 が 150 で，質 問 式 の一 部 の配 列 と完 全 に一 致 する配 列 を有 するレコード ・ 1. と 2. は回 答 の配 列 長 に関 わらず，局 所 領 域 で一 致 したコードの数 が同 じなので，スコア値 が同じです．(最 大 スコア値 ) ・ 3. と 4. は同 一 性 パーセント (局 所 領 域 においてコードが一 致 している割 合 ) が 100% と高 い ですが，1., 2. に比 べて一 致したコードが半 分 のため，スコア値が低 くなります． 局 所 領 域 の配 列 長 : 30 一 致 しているコード数 : 29 ⇒ 同 一 性 パーセント : 29/30 (96%) 質 問 式 回 答 200 200 200 コードが完 全 に一 致 する スコア値 は 400 同 一 性 パーセント : 100% (200/200) 質 問 式 回 答 200 400 200 コードが完 全 に一 致 する スコア値 は 400 同 一 性 パーセント : 100% (200/200) 1 1 1 1 100 300 質 問 式 回 答 200 400 100 コードが一 致 する スコア値 は 300 同 一 性 パーセント : 100% (100/100) 1 1 151 250 51 150 質 問 式 回 答 200 150 100 コードが一 致 する スコア値 は 300 同 一 性 パーセント : 100% (100/100) 1 1 31 51 150 130
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Q2 アライメント情 報 に表 示 されるハイフン (-)，プラス (+)，コロン (：) などの意 味 を知りたい．
A2 アライメント情 報 に表 示 される記 号 は，核 酸 ，タンパク質 および BLAST，GETSIM ホモロジー 検 索 で異 なります．
・ 核 酸 – REGISTRY BLAST および DGENE/PCTGEN/USGENE ファイルの BLAST Query: 67 ggagacgtagattcggaggcggccaggcggcg ← 質 問 式 ||||||||||||||||C||||||CA||||||| Sbjct: 44 ggagacgtagattcggcggcggc—ggcggcg ← 回答 ・ 核 酸 – DGENE/PCTGEN/USGENE ファイルの GETSIM 29 na overlap starting at 546 aggagugguaggucuuagccagcuguaau ← 質 問 式 ::T:T.CA.:TT.AC.:::::::.GU::. agtattcatatttactagccagct--aat ← 回 答
・ タンパク質 – REGISTRY BLAST および DGENE/PCTGEN/USGENE ファイルの BLAST Query: 22 QVGKGSVSPNAALVAEKISARSGAE QVQ+NS+HR+AALVAEKISARSKL+ Sbjct: 565 QVQQNSLHRDAAL---RSKLQ ・ タンパク質 – DGENE/PCTGEN/USGENE ファイルの GETSIM 31 aa overlap starting at 569 qlkkflkialetparicp_inysllasllpk ::.::::.:..::.r.n:s:.l:s:.:l.:: qlrkflklaiktpvwlnpsitlsslgs_fpk ギャップ (GAP) は質 問 式 または回 答 の配 列 に挿 入 されることがあり，ギャップが挿 入 されると， スコア値 は下 がります． | : 一 致 空 欄 : 不 一 致 - : ギャップ (GAP) ： : 一 致 空 欄 : 不 一 致 ． : U と T の一 致 - : ギャップ (GAP) コード : 一 致 空 欄 : 不 一 致 + : アミノ酸 ファミリーの一 致 - : ギャップ (GAP) ： : 一 致 空 欄 : 不 一 致 ． : アミノ酸 ファミリーの一 致 - : ギャップ (GAP)
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Q3 BLAST ホ モ ロ ジ ー 検 索 の 結 果 で ， 自 分 が 作 成 し た 配 列 質 問 式 に 含 め て い な い XXX や NNN が表 示 されることがあります．なぜですか?
A3 REGISTRY BLAST で ， Low Complete Filtering に チ ェ ッ ク が 付 い た 情 報 で 検 索 ， ま た は DGENE/PCTGEN/USGENE ファイルの BLAST で，デフォールト (オプションで -F F を付 与 しない) 検 索 すると，配 列 質 問 式 の低 複 雑 度 領 域* にマスクフィルタリングが行 われます． フィルタリングが行 われるのは，質 問 式 に対 してのみで，データベースの配 列 には行 われません． フィルタプログラムにより見 つけられた配 列 質 問 式 の低 複 雑 度 領 域 は，塩 基 配 列 の場 合 は N， アミノ酸 配 列 の場 合 は X の文 字 で置 き換えられます． 例 ) アミノ酸 の配 列 質 問 式 NLDDNKNTGIFIISARGGIEGLQQKLWTGISIAIAQAAAALEGLRIAATLQGDNQ Query: NLDDNKNTGIFIISARGGIEGLQQKLWTGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXTLQGDNQ NLDDNKNTGIFIISARGGIEGLQQKLWTGISIAIAQAAAALEGLRIAATLQGDNQ Subject: NLDDNKNTGIFIISARGGIEGLQQKLWTGISIAIAQAAAALEGLRIAATLQGDNQ * 低 複 雑 領 域 とは，ホモポリマー領 域 ，短 周 期 リピート，特 定 残 基 への偏 りなど，偏 った組 成 を持った配 列 領 域 のことです．(例 : proline-rich 領 域 ，poly A tails など)
一 般 に，低 複 雑 度 領 域 は構 造 的 な偏 りが反 映 され，BLAST プログラムでは非 常 に高 いス コアがつく傾 向 があります．このような配 列 は，統 計 的 には有 意 (スコアが高 い) であっても 生 物 学 的 には類 似 度 は高 くないということになります．そのため，フィルタリングを行 うことに より，このような低 複 雑 度 領 域 に対 する一 致 など，有 意 でない一 致 を結 果 から除 くことがで きます．
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Q4-1 tBLASTn, tBLASTx, BLASTx を実 行* すると，結 果 のアライメント情 報 に Frame 1, Frame 2 などが表 示 されます．この Frame の意 味 は?
A4-1 3 つの核 酸 が 1 つのアミノ酸に翻 訳 されます．
tBLASTn, ではデータベース中 の核 酸 配 列 を，tBLASTx, BLASTx では質 問 式 中 の核 酸 配 列 をアミノ酸 配 列 に翻 訳 する際 に，3 つの核 酸 をどこから括 り始 めるかにより翻 訳 されるアミノ酸 にバリエーションが生じます． この際 の読み枠 を Frame (フレーム，読 み枠 ) と呼 びます． Frame (フレーム，読 み枠 ) ・ Frame をずらせば，一 本 の核 酸 配 列 から三 本 のアミノ酸 配 列 を作 成 できます また核 酸 には相 補 鎖 もあるので，相 補 鎖 からも，三 本 のアミノ酸 配 列 が作 成 されます． よって，合 計 6 通 りのアミノ酸 配 列 が作 成され，検 索 に利 用されます． G T C A A T C A G C A C C T T T G T G G T C A G T T A G T C G T G G A A A C A C C A (相 補 鎖 )
・ Universal Genetic Code Table (遺 伝 子 コード表 ) : 核 酸 をアミノ酸 に翻 訳 する際 に使 用 される表
5’ 3’ Frame 1 Frame 2 Frame 3 アミノ酸 配 列 に翻 訳 すると， Frame 1 の場 合 VNQHLCG Frame 2 の場 合 SISTFV Frame 3 の場 合 QSAPLW 5’ 3’ 1: 表 中 の T は T または U を表 現 しています
7 例 ) 下 記 のアミノ酸 配 列 を REGISTRY ファイルの tBLASTn で検 索 する． TVDQHLCGSHLVEALYSVWVHEAKGLPRAAAGAPGVRAELWLDGALLARTAPRAGPG QLFWAERFHFEALPPARRLSLRLRGLGPGSAVLGRVALALEELDAPRAPAAGLERWF - ヒットしたホモロジー検 索 の回 答 例 RN 903919-84-6 Length = 351 Score = 35.0 Expect = 7.1 Identities = 15/17 (88%) Positives = 16/17 (94%) Frame = +3 Query: 2 VDQHLCGSHLVEALYSV 18 V+QHLCGSHLVEALYSV Subject: 93 VNQHLCGSHLVEALYLV 143 ・ 対 応 する RN 903919-84-6 の全 配 列 長 を REGISTRY ファイルで表 示 (SQD 表 示 形 式 ) RN 903919-84-6 REGISTRY FS NUCLEIC ACID SEQUENCE SQL 351
NA 65 a 93 c 100 g 93 t
PATENT ANNOTATIONS (PNTE): Sequence |Patent Source |Reference =========+============== Not Given|IN190003 |unclaimed PAGE |7 S E Q 1 a a t t c a t g g g c c t a t g g a t c c g t c t a c t g c c t c t g a t c g c g c t g c t g a t c 5 1 c t c t g g g g a c c g g a t c c a g c t g c g g c c g a a t t c c g g a t g t t t g t c a a t c a 1 0 1 g c a c c t t t g t g g t t c t c a c c t g g t g g a g g c t c t g t a c c t g g t g t g t g g g g 1 5 1 a a c g t g g t t t c t t c t a c a c a c c c a a g a c c c g t c g t g a a g c t g a a g a c c t t 2 0 1 c a a g t g g g t c a a g t t g a a c t t g g t g g g g g t c c t g g t g c g g g t t c t c t t c a 2 5 1 a c c t t t g g c t c t c g a g g g a t c a c t t c a a a a g c g t g g c a t t g t g g a g c a g t 3 0 1 g c t g c a c c a g c a t c t g c t c c c t c t a c c a a c t g g a g a a c t a c t g c a a c t g a 3 5 1 g
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Q4-2 また，一 つの回 答 に一 つの Frame しかない場 合 と Frame 1, Frame 3 など複 数 の Frame が 表 示 される場 合 があります．これはなぜですか?
A4-2 Frame が一 つしか表 示 されない回 答 は，それ以 外 の Frame とは類 似 性 が無 いことを意 味 し ています． 複 数 の Frame で類 似 性 が生 じた場 合 は，その類 似 性 のあるヒットした Frame がすべて表 示 されます． ここから核 酸 配 列 の 翻 訳 を 開 始 したので，Frame = +3 Frame 3 から核 酸 のアミノ酸 への翻 訳 を開 始 すると，塩 基 コード 93 番 目 から 143 番 目 で翻 訳 されたアミノ酸 (VNQHLCGSHLVEALYLV) が質 問 式 のアミノ酸 配 列 と類 似 していた
8 Q5 ホモロジー検 索 で曖 昧 コードを使 用 した場 合と使 用 しなかった場 合 のスコア値 は同じですか? 例 えば，DGENE ファイルの曖 昧 コード R は A または G を意 味 しますが，コード R で検 索 した時の結 果 は，(コード A の結 果 OR コード G の結 果 ) と同 じになりますか? A5 いいえ，スコア値は異 なります． コード R で検 索 した結 果 は，(コード A の結 果 OR コード G の結 果 ) の結 果とは異 なります． 理 由 : 使 用 するコードにより，スコア値 を算 出 するための点 数 が異 なるためです． ・ GETSIM の核 酸 検 索 のマトリックス - 質 問 式 中 のコード R が回 答 のコード A または G でヒットした時 は 2 点 - 質 問 式 中 のコード A が回 答 のコード A でヒットした時 は 5 点 - 質 問 式 中 のコード G が回 答 のコード G でヒットした時 は 5 点 点 数 が異 なればスコア値 にも影 響 します
9 Q6 基 となる配 列 (質 問 式 A) と，その一 部 のコードを切 り取 った配 列 (質 問 式 B) の部 分 配 列 検 索 の結 果 は下 記 のようになりますが，同じ関 係 がホモロジー検 索 の結 果 でも成 立 しますか? 質 問 式 A の回 答 件 数 ≦ 質 問 式 B の回 答 件 数 A6 いいえ，成 立しません． 部 分 配 列 検 索 の結 果 は，質 問 式 の配 列 を含 むすべての配 列 が得 られますが，ホモロジー検 索 では，質 問 式 の配 列 と局 所 領 域 において類 似 した配 列 が得 られます．そのため，通 常 は配 列 長 の長 い質 問 式 A の回 答 件 数 の方 が，質 問 式 B の回 答 件 数 より多 くなります． (検 証 ) 下 記 の 2 つのアミノ酸 配 列 を REGISTRY ファイルで検 索 する． ・ 質 問 式 A (配 列 長 250)
KYCLNWRHQS VKLFARSLDR LFGLDHAFSW IHVRLTNSTM YVADPFNPPD SDACTNLDDN KNTGIFIISA RGGIEGLQQK LWTGISIAIA QAAAALEGLR IAATLQGDNQ VLAITKEFMT PVPEDVIHEQ LSEAMSRYKR TFTYLNYLMG HQLKDKETIQ SSDFFVYSKR IFFNGSILSQ CLKNFSKLTT NATTLAENTV AGCSDISSCI ARCVENGLPK DAAYIQNIIM TRLQLLLDHY YSMHGGINSE
・ 質 問 式 B (配 列 長 50) : 質 問 式 A の一 部 (上 記 の網 掛 け部 分 ) の配 列
KYCLNWRHQS VKLFARSLDR LFGLDHAFSW IHVRLTNSTM YVADPFNPPD (検 索 ) 質 問 式 部 分 配 列 検 索 の結 果 (件 数 ) BLAST ホモロジー検 索 の結 果 (件 数 ) A 1 800 B 3 452 BLAST ホモロジー検 索 の結 果 で，質 問 式 A のみで得 られた回 答 例 ① CAS 登 録 番 号 821688-36-2 質 問 式 A 質 問 式 A の 4 ～ 219 番 目 の コ ー ド と 821688-36-2 の 605 ～ 829 番 目 のコードが類 似 していました． 質 問 式 B で考 えた場 合 質 問 式 B の 4～42 番 目 のコードに対 して，821688-36-2 の 605～ 647 番 目 のコードが対 応 しています (上 記 の枠 内 )．しかしこの 2 つの コード間 では一 致 しているコードが少 なく，さらに GAP も入 っています ので，類 似 性 は非 常 に低 いと考 えられます．そのため，質 問 式 B の回 答 に 821688-36-2 が含 まれていなかったと思 われます．
10 ② CAS 登 録 番 号 1375769-78-0 質 問 式 A の 112 ～195 番 目 のコード と 1375769-78-0 の 259 ～339 番 目 のコードが類 似 していました． つまり，質 問 式 A の 1～50 番 目 のコード (= 質 問 式 B) に対 しては， 1375769-78-0 のコードは類 似 性 がありませんでした．
11 Q7 環 状 の核 酸 ・タンパク質 を検 索 する方 法 は？ A7 REGISTRY ファイル ・ 完 全 な環 状 であれば，特 別 な登 録 処 理 がされており，いずれの位 置 から始 めても検 索 出 来 るようになっています． ・ NTE フィールドに環 化 (CYCLIC) と収 録されます．
検 索 式 : => S コード/SQEP AND CYCLIC/NTE
DGENE/PCTGEN/USGENE ファイル
・ ある位 置 で切 断 され，鎖 状 で登 録されているため，開 始 位 置 を考 慮 する必 要 があります．
・ 環 化 の場 合 は，FEAT フィールドや標 題 ・抄 録 中 に CYCLIC のキーワードが収 録 されてい る場 合が多 いので，必 要 に応じて環 化 のキーワード/FEAT で検 索 します．
検 索 式 : => RUN GETSEQ コード/SQEP AND CYCL?/FEAT (または CYCL?)
<検 索 例 : 下 記 の環 状 ペプチドを調 査 する>
REGISTRY ファイル
・ 上 記 の環 状 ペプチドは完 全 な環 状 なので，GDYKR/SQEP, DYKRG/SQEP, YKRGD/SQEP, KRGDY/SQEP RGDYK/SQEP,の何 れの検 索 式 でもヒットします． => FILE REGISTRY L1 326 S GDYKR/SQEP ← G か ら 始 め る L2 54121 S CYCLIC/NTE ← 環 化 で 限 定 す る た め の キ ー ワ ー ド L3 319 S L1 AND L2 (検 証 ) 1 個 ずつコードをずらして検 索 します． L4 321 S DYKRG/SQEP ← D か ら 始 め る L5 319 S L4 AND L2 ← 環 化 さ れ て い る レ コ ー ド に 限 定 L6 324 S YKRGD/SQEP ← Y か ら 始 め ま す L7 319 S L6 AND L2 L8 322 S KRGDY/SQEP ← K か ら 始 め ま す L9 319 S L8 AND L2 L10 322 S RGDYK/SQEP ← G か ら 始 め ま す L11 319 S L10 AND L2 L12 319 S L3 OR L5 OR L7 OR L9 OR L11 ← 何 れ の 場 合 も 結 果 は 同 じ で す Arg (R) Gly (G) Asp (D) Tyr (Y) Lys (K)
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=> D L3 SQIDE 1 ← L3 の 1 件 目 を SQIDE 表 示 形 式 で 表 示
L3 ANSWER 1 OF 319 REGISTRY COPYRIGHT 2012 ACS on STN RN 1380037-49-9 REGISTRY
CN Cyclo[L-arginylglycyl-L-α-aspartyl-D-tyrosyl-N6-(1-oxooctadecyl)-L- lysyl] (CA INDEX NAME)
FS PROTEIN SEQUENCE; STEREOSEARCH SQL 5
NTE cyclic
modified (modifications unspecified)
--- type --- location --- description
--- modification Lys-5 - undetermined modification ---
SEQ 1 RGDYK =====
HITS AT: 1, 2-5 **RELATED SEQUENCES AVAILABLE WITH SEQLINK**
MF C45 H75 N9 O9 SR CA
LC STN Files: CA, CAPLUS, TOXCENTER DT.CA CAplus document type: Patent
RL.P Roles from patents: PREP (Preparation); PROC (Process)
Absolute stereochemistry.
**PROPERTY DATA AVAILABLE IN THE 'PROP' FORMAT**
1 REFERENCES IN FILE CA (1907 TO DATE) 1 REFERENCES IN FILE CAPLUS (1907 TO DATE)
質 問 式 GDYKR/SQEP と SEQ フィールドの 並 びは 異 な って いますが，完 全 な環 化 の場 合 は，開 始 位 置 に関 わらずヒットし ます． HITS AT フィールドでヒット位 置 が表 示 されます 参 考 : 一 部 が環 状 化 された配 列 REGISTYR ファイルでは，一 部 が環 状 化 された配 列 については，特 別 な登 録 処 理 がされていないため， 開 始 位 置 を考 慮 する必 要 があります
13 DGENE ファイル
・ REGISTRY ファイルと異 なり，環 状 の配 列 はある位 置 で切 断 された鎖 状 の形 式 で登 録 されて いるため，開 始 位 置 を 1 個 ずつずらして検 索するしかありません．
=> FILE DGENE
=> RUN GETSEQ GDYKR/SQEP ← G か ら 始 め ま す L1 0 GDYKR/SQEP
=> RUN GETSEQ DYKRG/SQEP ← D か ら 始 め ま す L2 2 DYKRG/SQEP
=> RUN GETSEQ YKRGD/SQEP ← Y か ら 始 め ま す L3 1 YKRGD/SQEP
=> RUN GETSEQ KRGDY/SQEP ← K か ら 始 め ま す L4 1 KRGDY/SQEP
=> RUN GETSEQ RGDYK/SQEP ← R か ら 始 め ま す L5 64 RGDYK/SQEP => S CYCL?/FEAT L6 26800 CYCL?/FEAT => S L2 AND L6 L7 0 L2 AND L6 => S L3 AND L6 L8 0 L3 AND L6 => S L4 AND L6 L9 0 L4 AND L6 => S L5 AND L6 L10 38 L5 AND L6
=> D L10 SQIDE 1 ← RGDYK/SQEP で ヒ ッ ト し た 回 答 を SQIDE 表 示 形 式 で 表 示
L10 ANSWER 1 OF 38 DGENE COPYRIGHT 2012 THOMSON REUTERS on STN AN AZV31409 peptide DGENE
AA 0 A; 1 R; 0 N; 1 D; 0 B; 0 C; 0 Q; 0 E; 0 Z; 1 G; 0 H; 0 I; 0 L; 1 K; 0 M; 0 F; 0 P; 0 S; 0 T; 0 W; 1 Y; 0 V; 0 Others SQL 5 SEQ 1 rgdyk ===== HITS AT: 1-5 FEATURE TABLE: Key |Location|Qualifier| =============+========+=========+========================== Modified-site|1 |note |"This residue is condensed | | |onto residue 5 to form a | | |cyclic peptide" Modified-site|5 |note |"This residue is condensed | | |onto residue 1 to form a | | |cyclic peptide" 特 徴 表 (FEAT) に環 化 のキーワードが収 録 されて いるレコードに限 定 します （特 徴 表 でヒットしない場 合 は，標 題 ・抄 録 中 に環 化 があるレコードまで広 げます ((CYCL?) で検 索 ）) 1 位 と 5 位 の アミ ノ酸 が 結 合 し，環 を形 成 しています 完 全 な環 状 配 列 の調 査 は，DGENE ファイルよ りも REGISTRY ファイルの検 索 方 法 が 簡 単 です
