Ion AmpliSeq Designer デザイン オーダー方法 (Ion AmpliSeq Designer の操作手順 ) 目次 Ion AmpliSeq 概要 3 Ion AmpliSeq テクノロジーとは 4 アカウント作成とログイン 8 Ion AmpliSeq デザ

1

Ion AmpliSeq Designer デザイン・オーダー方法

(Ion AmpliSeq Designerの操作手順)

2018.08

2



Ion AmpliSeq

™

_概要

₃



Ion AmpliSeq

™

_{テクノロジーとは}

₄



アカウント作成とログイン

8



Ion AmpliSeq

™

_{デザイン方法}

₁₁



Ready-to-Use Panels

12



On-Demand Panels

17



Made-to-Order Panels

27



Ion AmpliSeq

™

_{HD デザイン方法}

₄₁



Made-to-Order Panels

42



オーダー手順

53

目次

3

Ion AmpliSeq 概要



Ion AmpliSeq とは

 ベーシックアカウント作成



Ion AmpliSeq Designer への ログイン

Welcome to Ion AmpliSeq Designer

4

ターゲットリシーケンスとは

ゲノム （リファレンス配列）

 ターゲット領域

－ ゲノム全体ではなく、特定領域のみ

 手法

－

PCR増幅系

－ キャプチャ系

 利点

－ 必要な領域だけシーケンス可能

－ 低頻度変異の検出率が高まる

ゲノム上の特定部分にマッピング

5

Ion AmpliSeq テクノロジーとは

 1チューブあたり最大24,576 領域、トータル最大5 Mb  初期DNA量1 ng ～ 100 ng （FFPEサンプル対応）  ライブラリ作製は3.5 時間で完了  バーコードを用いて多検体処理（最大768）が可能  プライマー配列は消化され、インサート領域が解析される

マルチプレックス

PCRにより、1チュ

ーブで目的の領域を

複数同時増幅

6

Ion AmpliSeq DNAワークフロー

Equalizer kitによる ライブラリ濃度の均一化 qPCRによる ライブラリ定量 領域A 領域B 領域C ターゲット領域の増幅 (マルチプレックスPCR) プライマー配列の部分的な消化 アダプターの付加と精製 ライブラリの増幅 Bioanalyzer™_による ライブラリ定量

Ion OneTouch™_{2 / Ion Chef}™

によるテンプレート調製へ ライブラリ濃度の調製 (複数ライブラリを１つにまとめる*）

A

P1

マルチプレックスPCR プライマー配列の消化 アダプターの付加* ライブラリ ゲノムDNA

*複数ライブラリを1ランで読むためには

ライブラリにバーコードアダプタの付加が必要

7

Ion AmpliSeq Designer 概要



Thermo Fisher Scientific の

オンラインオーダーIDでログイン



ターゲット遺伝子名を入力

•

Gene Symbol や領域



ヒト( hg19, hg38 )、マウス＋牛、鶏、豚、羊、

トウモロコシ、米、大豆、トマト

•

リファレンスの新規登録が可能



48 時間以内にデザイン完了

•

ターゲットサイズ250kbp以内の場合

https://www.ampliseq.com

Ion AmpliSeq

™

Designer



カスタムパネルのデザインや設計済みパネルの情報を入手

8

ベーシックアカウント作成方法

必要事項を入力し、アカウントの登録を行います。 *は必須項目です。 AmpliSeq Designerでは、IDとパスワードが共通です。 ※登録メールアドレスがオンラインオーダーIDになります。

https://www.thermofisher.com/

へアクセスします

【ワンポイント！ 】

下記の操作で日本語表示が可能です。 ウェブページ右下より日本語をご選択ください 登録メールアドレスがアカウント名となります

クリック

9

Ion AmpliSeq Designer へのログイン

https://www.ampliseq.com へアクセス

①

Thermo Fisher Scientific の

アカウント名とPasswordを入力

② 『Sign In』 をクリック

【ワンポイント！】 クリックするとIon AmpliSeq Designerのより詳しい情報をご覧いただけます 初回ログイン時は利用規約に同意をします

10

Ion AmpliSeq Designer ホーム画面

これまでにカスタムデザインしたパネルの一覧



Ready-to-Use Panels

（詳細：p. 12～）

 がん免疫など複数の研究に対応  予め設計された既製のDNA（エクソーム など）および、RNA（発現解析）パネル 1キットに 8 もしくは 24反応のパッケージ



On-Demand Panels

（詳細：p. 17～）

 遺伝性の疾患別カテゴリーに分類されたカタログ から設計（Germline用、FFPEサンプル非対応）  実際にプライマー増幅確認のされた遺伝子リスト 1キットにつき 8 もしくは 24 反応のパッケージ



Made-to-Order Panels

（詳細：p. 29～）

 あらゆる既知生物種のゲノムに対応  専門家によるデザイン済みのコミュニティパネル DNAとRNAについて柔軟にカスタムデザイン 1回の合成で ~3,000反応



Ion AmpliSeq HD

Made-to-Oder Panels

（詳細：p. 41～）

 新しいライブラリ調製技術

Ion AmpliSeq™_{HD Library Kit対応}  カスタム可能な超高感度パネル  変異解析における 検出限界0.1%まで

11

Ion AmpliSeq デザイン方法



Ready-to-Use Panels



On-Demand Panels



Made-to-Order Panels

Welcome to Ion AmpliSeq Designer

12

13

Ready-to-Use Panels （カタログパネル）の詳細情報の確認方法

絞り

込

み機

能

『Download panel files』 パネル情報のダウンロード • ターゲット遺伝子・領域 • ターゲットBEDファイル（Plan Template） • プライマー情報 （p. 39、p. 51へ） 『Review panel 』 画面上でアンプリコン数やターゲット遺伝子、 カバー率などを確認できる （p. 37へ）

①ホーム画面の『Ready-to-Use Panels』のタブをクリックし、

『DNA』もしくは『RNA』のボタンをクリック

カタログパネルのリスト表示

DNA：変異解析用パネルへ

RNA：発現解析用パネルへ

②詳細情報を確認したいパネルの

『Review Panel』ボタンをクリック

『Copy Amplicons』 • パネルのアンプリコン情報確認 • パネルの編集（Made-to-Order Panel） （p. 65へ） ※ 日本国内ではReady-to-Use Panel のウェブオーダーは承っておりません お見積もりのご依頼は営業担当、もしくは代理店様にお問い合わせください。 14

各パネルの詳細

ターゲット遺伝子・ 領域のカバー率 半導体チップ１枚当たり のサンプル数を計算 パネルサイズ、 アンプリコン数 プール数、 必要サンプル量 UCSC デザインされたターゲット領域 ターゲット領域 ター ゲ ッ ト 遺伝子 ・ 領 域 染色体番号

15

Ready-to-Use Panels 一覧

製品番号

パネル名

反応数

価格

特徴

4475346

A32914 Ion AmpliSeq™Cancer Hotspot Panel v2

Manual 8 Chef 32 ¥ 30,000 ¥684,000 50のがん関連遺伝子のホットスポットを対象と した変異解析用パネル（207アンプリコン） 4477685 Ion AmpliSeq™Comprehensive Cancer

Panel 8 ¥ 114,000

がん関連409遺伝子の全エクソンをカバーし、 包括的に解析可能なパネル

A38262 Ion AmpliSeq™_{Exome RDY Kit 1x8 8 ¥264,000 ヒトCCDS領域の97％以上をカバーし、} Germlineのエクソーム解析が可能なパネル 1x8は1プレートで8検体を調製し、4x2は4プレ ートで2検体ずつ調製（ライブラリキットを含む） A38264 Ion AmpliSeq™_{Exome RDY Kit 4x2 8 ¥286,000}

A25643 HID-Ion AmpliSeq™_{Identity Panel 96 ¥100,000} Y 染色体 34SNP、常染色体 90SNP を124 アンプリコンでタイピングするパネル

A25642 HID-Ion AmpliSeq™_{Ancestry Panel 96 ¥120,000} 常染色体165 マーカーを165 アンプリコンで タイピングするパネル

A26325 A26326 A26327

Ion AmpliSeq™_{Transcriptome Human} Gene Expression Research Panel

24 96 384 ¥ 285,000 ¥ 911,000 ¥ 2,732,000 ヒトの20,802に及ぶRefSeq転写産物につい て遺伝子単位で発現解析するパネル FFPE RNAに対応 rRNA除去、poly(A)セレクション不要 A31446 Ion AmpliSeq Transcriptome Human

Gene Expression Panel, Chef-Ready Kit Chef 32 ¥510,000 A36553

A36554 A36555

Ion AmpliSeq™_{Transcriptome Mouse} Gene Expression Panel

24 96 384 ¥ 285,000 ¥ 911,000 ¥ 2,732,000 マウスの23,930に及ぶRefSeq転写産物につ いて遺伝子単位で発現解析するパネル FFPE RNAに対応 rRNA除去、poly(A)セレクション不要 A36412 Ion AmpliSeq™Transcriptome Mouse

Gene Expression Panel, Chef-Ready Kit Chef 32 ¥510,000

※ その他、DNA型鑑定用パネル（A33114）やミトコンドリアDNA用パネル（A30938, A31443）があります 16

Oncomine シリーズ パネル一覧（参考）

※Oncomine™_{シリーズのウェブオーダーは承っておりません} お見積もりのご依頼は営業担当、もしくは代理店様にお問い合わせください 製品番号 パネル名 反応数 価格 特徴 A32840

A32841 Oncomine™BRCA Research Assay

Manual 24 Chef 32 ¥ 480,000 ¥ 640,000 ヒト乳がん卵巣がんに関与するBRCA1および BRCA2遺伝子の全てのエキソン領域をカバー A36940

A36941 Oncomine™Myeloid Research

Manual 24 Chef 32 ¥ 1,200,000 ¥ 1,536,000 ヒト骨髄性悪性腫瘍の関連遺伝子のSNV、挿入・欠 失、CNVおよび融合遺伝子の解析用パネル A37909 A37910

Oncomine™_{Tumor Mutation Load} Assay Manual 24 Chef 32 ¥ 960,000 ¥ 1,280,000 409のがん関連遺伝子のコード領域あたりの突然変 異の総数を調べ、I-O治療に応答する可能性を評価 A35864 Oncomine™Lung Cell-Free Total

Nucleic Acid Research Assay 8 ¥ 280,000

全血の血漿画分から肺がん由来のcfTNA（cfDNA およびcfRNA）から変異、CNV、融合遺伝子を検出 A35865 Oncomine™Breast cfDNA Research

Assay v2 8 ¥ 344,000

血漿画分由来cfDNAから乳がん由来のホットスポッ ト変異、CNV等を検出

A31182 Oncomine™_{Colon cfDNA Assay 8 ¥ 220,000} 血漿画分由来cfDNAから結腸がん由来のSNVおよ び短い挿入・欠失を検出

A37664 Oncomine™Pan-Cancer Cell-Free

Assay 8 ¥ 384,000

血漿画分由来cfTNAから52のがん関連遺伝子につ いて網羅的に遺伝子変異、融合遺伝子等を検出 A32881

A32928

Oncomine™_{Immune Response} Research Assay Manual 32 Chef 32 ¥1,280,000 約400種類の免疫応答関連遺伝子の網羅的発現解 析用アッセイ A35805

A35806 Oncomine™Comprehensive Assay v3

Manual 24

Chef 32 お問い合わせ

臨床がん研究に関連する161遺伝子をターゲットに、 SNV、挿入・欠失、CNVおよび融合遺伝子を検出 A28548 Oncomine™_{Focus Assay 48 お問い合わせ} 固形腫瘍に 関連する52遺伝子をターゲットに、SNV、

挿入・欠失、CNVおよび融合遺伝子を検出 A36485

A36486

Oncomine™_{Childhood Cancer} Research Assay Manual 24 Chef 32 ¥ 1,680,000 ¥ 2,240,000 白血病、脳腫瘍、多様な固形腫瘍群を含むすべての 形態の小児がんを対象とした最初のパネル A39072 A39359 A35386

Oncomine™_{TCR Beta-SR Assay, DNA} Oncomine™_{TCR Beta-SR Assay, RNA} Oncomine™_{TCR Beta-LR Assay}

24 ¥ 864,000 ¥ 864,000 ¥ 768,000 T細胞のレパートリーの多様性およびクローン性増殖 を正確に測定し、抗原特異的T細胞を特定

17

Ion AmpliSeq On-Demand Panels

18

Ion AmpliSeq On-Demand Panelsの価格

導入しやすい初期コストでパネルデザインの高い選択性を実現

 生殖細胞系列の遺伝子変異解析が可能（～275 bpのアンプリコンサイズ）

※FFPE由来および断片化したDNAサンプルは非対応

 コーディング領域の隣接部分まで余裕をもった設計（5 bp）



2プールで最大500遺伝子までのパネルを提供

 スパイクインパネルによって、ターゲット遺伝子の追加可能

※スパイクインパネルは246アンプリコン / 2pool （およそ10遺伝子）まで混合して使用できます

※Ion AmpliSeq™_{On-Demand Panel はIon AmpliSeq}™_{Library Kit 2.0(4475345) に非対応}

Ion AmpliSeq™_{Library Kit Plus（4488990）およびIon AmpliSeq}™_{Kit for Chef DL8（A29024）に対応}

1キット 反応数 ライブラリ作製 パネルの遺伝子数 1 ~ 50 51 ~ 300 301 ~ 500 24 マニュアル調製 A33093 ¥240,000 A33094 ¥312,000 A33097 ¥405,600

96 マニュアル調製 _¥960,000A33099 _¥1,248,000A33100 _¥1,622,400A33101

8 Ion Chef自動調製 _¥96,000A33095 _¥120,000A33096 _¥156,000A33098

32 Ion Chef自動調製 A33102 ¥384,000

A33103 ¥480,000

A33104 ¥624,000

19

遺伝性疾患ごとに特化したパネルの作成が可能

家系における遺伝性疾患(メンデル遺伝) パーキンソン病など遺伝的原因が複雑な疾患 de novo突然変異の解析 （家族歴はないが、子孫に疾患が現れる） 家族計画（保因者/ 新生児アッセイ） 20

On-Demand Panel のデザインをスタート

疾患のカテゴリーから

ターゲット遺伝子を選択

遺伝子名を入力して

ターゲット遺伝子を選択

これまでにデザインしたパネルの一覧

※Ion AmpliSeq Designerのログインは p.9 を参照

→p.21へ

21

On-Demand Panel デザイン方法

（疾患名からターゲット遺伝子を選択）

パネルのターゲットと する疾患名を選択☑ デザインの名前（半角英数20文字以内）を 入力し、『Proceed』をクリックして次に進む

※ 疾患カテゴリーからの絞り込みでは、最大

800種までターゲット遺伝子を選択可能

次の画面において、

500遺伝子

（15,000アンプリコン）

以下に絞り込んでオーダーします

22

ターゲット遺伝子のパネルへの追加と削除

TP53 Gene Symbol を入力（表示された候補を選択）し、 「Add Target」をクリックして追加

※ 任意に追加した遺伝子は枠の左下に緑の丸が付く

●

※

On-Demand に登録のない遺伝子は赤枠で表示

□

（任意追加で遺伝子の登録がない場合は左下に赤丸

●

）

※ 選択から除外した遺伝子はグレーで表示

■

パネルから除外したい遺伝子は右上 のチェックを外す（グレーアウトする） On-Demandに登録のない遺伝子群

23

Spike-In Panel のデザイン

※

On-Demand のカタログにない遺伝子については Spike-in Panel としてデザインし、

パネルに混合して使用します

（例：

On-Demand 150 µL

+

Spike-In 6 µL

ユーザーガイド参照）

①必要な遺伝子名にチェックを入れる リストに目的の遺伝子がない場合は検索して追加 （遺伝子名を入力したCSV Fileのアップロードも可能）

Spike-In Panel

• 1-pool あたり最大123 アンプリコン

• 2-pool で提供（246アンプリコン：～10 遺伝子）

• Made-to-Order Panelとして設計されるため、

On-Demand Panelとは別にオーダーします

ユーザーガイド： https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0017003_IonAmpliSeqLibaryKitPlus_UG.pdf https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0013432_Ion_AmpliSeq_Library_Prep_on_Ion_Chef_UG.pdf ② 「Create」をクリックし、次の画面で「Submit」を押して デザインを開始: p.36へ （オーダー手順はp.53参照） アッセイIDは、On-Demandと同一番号（SpikeIn_To_IAD123456） 24

On-Demand Panel のオーダー

ターゲット遺伝子のリストをダウンロード 上の遺伝子リストで選択されている遺伝子（オレンジ枠）につ いてアンプリコンの設計位置と予測されるカバレッジ等を表示 パネルのコピーを作製する場合

③ オーダー画面へ

（p. 59 ～参照） Tableタブで遺伝子やデザインの情報一覧を表示 ② 注文するパネルタイプの選択 • Chef自動調製用 / マニュアル調製用 • 反応数 • ライブラリキットはウェブオーダー不可 ① クリック ☑チェックを外す ☑チェックを外す オンデマンドパネル情報のダウンロード • ターゲット遺伝子 • ターゲットBEDファイル • プライマー情報 ※ オーダー後にダウンロード可能 ※Spike-In Panelの情報は含まれません

25

オンデマンドパネルのダウンロードファイル（

_.zip）

•

On-Demand Panel のダウンロードファイルはデザイン時に入手できません

•

オーダー後に、IADxxxxxx_1000.zip をOn-Demand Panel 画面からダウンロードできます

•

IADxxxxxx_1000.zip には、Spike-In Panel の情報が含まれません

•

Spike-In Panel を 『Create』 ボタンで作成後、別途、ダウンロード可能になります

•

Spike-In Panel のアッセイIDは、SpikeIn_To_IADxxxxxx

•

Made-to-Order Panel 画面で 『Download Results』 をクリックし、ダウンロードします

•

ダウンロードファイル名はOn-Demand Panel と異なる番号のファイル名になります

（IADzzzzzz_182.zip）

•

Made-to-Order Panel 画面で得たダウンロードファイルがPlan Templateになります

•

IADzzzzzz_182.zipには、Spike-In Panel を含んだOn-Demand Panel の情報が含まれます

•

IADzzzzzz_182_amplicon_insert_size_histogram.png を開き、275 bp以上のアンプリコンの有無を

確認します （

275 bp未満は550 Flow、275 bp以上を含む場合は650 Flowでシーケンシングラン）

26

参考動画

「

Learn more」というボタンが各所にあります。リンク先はYouTubeの動画になっており、

操作の方法やポイントをご案内しておりますのでご参照ください。

27

Ion AmpliSeq と Ion AmpliSeq HD の違い

28

•

単一のコンフィギュレーション

• Made-to-Order

•

超高感度

-

≧0.1% 検出限界

1

•

微量サンプル -

1 ng ～

•

アプリケーションの感度を重視

• リキッドバイオプシー研究 • がん研究（主に体細胞変異） • 感染症研究2 • 遺伝子発現定量2 • 遺伝性疾患2

•

複数のコンフィギュレーション

• Made-to-Order, On-Demand, Ready-to-Use

•

高感度 - ≧5% 検出限界

1

•

微量サンプル -

1 ng ～

•

アプリケーションの柔軟性を重視

• がん研究 • 遺伝性疾患研究 • 遺伝子発現解析 • 感染症研究/ 微生物研究 • ヒト個人識別、アグリバイオ等

高感度

と

超

高感度

なマルチプレックス低頻度変異検出技術

1_{with minimum of 20nginput cfDNA}

2_{Available through Ion AmpliSeq Custom Services (White Glove)}

Ion AmpliSeq technology

柔軟性を必要とするアカデミック、トランスレーシ ョナルおよびクリニカル研究のためのNGS基盤技術

カスタマイズが必要なトランスレーショナルおよび クリニカル研究のための新しい超高感度ソリューション

29

Ion AmpliSeq Made-to-Order Panels

30

•

カスタムオリゴパネル（プライマープール）の反応数と価格の例

•

アンプリコン数 ×

750 円

Ion AmpliSeq カスタムオリゴパネルの反応数と価格

アンプリコン数 反応数（ライブラリ数*5） プライマープール価格 384ウェルプレート 価格*2 マニュアルライブラリ調製*3 _{Ion Chef}™_{による自動ライブラリ調製}*4 マイクロチューブ (1.5mL × 20本) 追加オプション 384ウェルプレート*2 マイクロチューブ (2-pool) マイクロチューブ (1-pool) アンプリコン × 750円 アンプリコン × 80円

12～48

*1

750

*1

1,500

400

200

¥36,000

¥3,840

96

750

*1

_1,500

₄₀₀

₂₀₀

_¥72,000

_¥7,680

192

3,000

6,000

1,600

800

¥144,000

¥15,360

384

3,000

6,000

1,600

800

¥288,000

¥30,720

768

3,000

6,000

1,600

800

¥576,000

¥62,880

1,536

3,000

6,000

1,600

800

¥1,152000

¥122,880

3,072

3,000

6,000

1,600

800

¥2,304,000

¥245,760

6,144

3,000

6,000

1,600

800

¥4,608,000

¥491,520

12,288

3,000

6,000

1,600

800

¥9,216,000

¥983,040

*1 12～48アンプリコンは一律¥36,000（96アンプリコンまではマイクロチューブ5本で提供） *2 個別のプライマーセットの分注された384ウェルプレートを追加した場合。追加費用が発生。

*3 Ion AmpliSeq™_{Library Kit Plusを使用し、2Xプライマープールを10 µL添加して、1プールのパネルからライブラリを調製した場合。}

*4 Ion AmpliSeq™_{Kit for Chef DL8を使用し、2Xプライマープールを150 µL添加して、8ライブラリを同時調製した場合（2プール時。1プールの場合はパネルが2倍量必要）}

*5 Ion AmpliSeq™_{Custom RNA Panel の場合、12～1,200アンプリコンまで対応。}

31

1 Ion AmpliSeq Designerのウェブサイト（https://www.ampliseq.com）を開く

3

『Genes, Regions or Amplicons 』 をクリックし、デザインをスタート （ p. 32 へ ）

デザインするパネルを選択

• 画面左側の Ion AmpliSeq の『Made-to-Order Panels』タブをクリック

Made-to-Order Panels デザインスタート

4

Thermo Fisher Scientific のアカウントとパスワードを入力し、 Sign In

2 遺伝子名、特定の領域、 Amplicon IDでデザイン 専門分野の研究者らに よるデザイン済みパネル 3 4 対応生物種 ゲノム情報 カスタムリファ レンスの登録 32

DNA Gene designs (multi-pool):

DNA Hotspot designs (single-pool):

RNA Gene Expression designs (single-pool):

RNA Gene Fusion designs (multi-pool):

対応するゲノムの分類 ヒト・マウス ： hg19, hg38, mm10 UCSCの遺伝子アノテーションや dbSNP、COSMIC の情報あり 動物、植物 ： 基本的な機能を確認済 一部、dbSNPやEnsembl情報あり リファレンス座標を用いて設計 Custom ： 独自リファレンス FASTAファイルをアップロード リファレンス座標を用いて設計 5 新規デザインのアプリケーション（DNA / RNA ）とゲノムのリファレンス配列を選択 * アッセイデザイン名は、デザイン開始 時に固有の名称を入力（20文字以内）

デザインの開始

① デザインの名前を入力

*

④ 「

Next: Add Targets」をクリック

Gene A Gene B

② アプリケーションを選択

Gene A Gene B

33

ターゲット遺伝子

_{/ 領域の指定}

■ 『

Add Gene / Region 』 ⇒ 遺伝子名や領域でターゲットを追加する

Gene（CDS Only）：Gene Symbolを入力し、『

Add target

』でターゲットを追加していく

Gene（CDS + UTR）： Gene（CDS Only）と同様

Region：領域を指定する場合は、その領域の名前、染色体、ローカスを入力し、

『

Add target

』 でターゲットを追加する

■ 『

Add Amplicon by ID 』 ⇒ アンプリコンIDを入力してターゲットを追加する

■ 『

Upload File 』 ⇒ ターゲット ファイルをアップロードしてターゲットを追加する

※ デザイン済みのパネルにあるアンプリコンを追加したい場合 は、Download Resultsボタンで得られたZIPファイルの 384WellPlateDataSheet.csv や primerDataSheet.csv の Amplicon_ID を指定して追加が可能

ex) 「CHP2_HRAS_2」 などを入力

※ ターゲットBEDファイルやターゲット遺伝子 / 領域、アンプリコンIDを指定したCSVファイルがある場合は、 それを用いてターゲットのアップロードが可能

詳細は、Upload File 画面の 『Input Specifications 』 を確認

34 選択したデザイン名 Status ⑤ アンプリコンサイズを選択 ④ エキソンパディングの指定 ① 「Add Gene/Region」を選択 ②Geneを選択した場合は、遺伝子名(Gene Symbol名)を 直接入力

ターゲット遺伝子

/ 領域の指定①

6 ターゲット遺伝子/ 領域の指定 (遺伝子名(Gene Symbol名) もしくはRegionを指定)

※⑤ “DNA Type”によるアンプリコンサイズ Standard DNA : 125～275 bp / 375 bp FFPE DNA : 125～175 bp

cell free DNA : 125～140 bp

③Regionを選択した場合は、「Chrom」 (例: 1番染色体 → 1) および「Start」「End」を入力

35

ターゲット遺伝子

_{/ 領域の指定②}

6’ ターゲット遺伝子/ 領域の指定 (CSV File、BED Fileをアップロードする場合)

③ デスクトップなどからファイルを選択 (Gene List (CSV) file / BED file) ② ファイルタイプを選択 ④ ファイルをアップロード ① 「Upload File」を選択 ④ エキソンパディングの指定 Status ⑤ アンプリコンサイズを選択 ※⑤ “DNA Type”によるアンプリコンサイズ Standard DNA : 125～275 bp / 375 bp FFPE DNA : 125～175 bp

cell free DNA : 125～140 bp

36 7 デザインの依頼(Submit Targets) ① デザインを確認後、 Submit targets をクリック ②Confirm Submit が表示 されたら「OK」 をクリック (同時に2つの設計を実施可能) ③ デザインが完了すると、登録したメールアドレスに確認メールが届きます。 (デザイン時間は、2～48時間です。時間はターゲットサイズによって異なります。)

デザインの依頼

(Submit Targets)

37

8 デザイン結果の確認（Home 画面でMy Designs⇒Made-to-Order⇒Results Ready をクリック ⇒ 該当のDesign名をクリックし表示）

選択したデザインの結果 ＊ ＊見積もり価格はデザインされたアンプリコン数×750円で算出できます（最低価格36,000円） DNAのタイプに応じ、サイズの異なる4種のデザイン

デザイン結果の確認

画面をスクロールすると詳細が確認可能（次ページ） 体細胞変異の検出は、175 bpまでのAmplicon Range推奨 375 bpのデザインは、400 bp 対応試薬の使用に限定 38 9 デザイン結果の確認 Status デザイン結果はUCSC サイトにリンクされており、 UCSC Genome Browserで閲覧が可能

各デザイン結果のUCSC アイコンをクリック

UCSC Genome Browserが表示されます ターゲット領域 デザインされた領域 デザインできな かった領域 拡大ボタンを押すと 塩基単位で確認できます デザインされたターゲット領域 ターゲット領域

デザイン結果の確認

39 10 デザイン結果の確認 デザイン結果をエクセルで確認することも可能 • coverage_details.csv • 384WellPlateDataSheet.csv Zipファイルとしてダウンロードされます ターゲット領域を指定するbed ファイル トレントブラウザで対応するリファレンスに 登録し、解析時に使用します 【Zipファイルに含まれるデータ】 ①Download results をクリック

デザイン結果の確認

半導体チップ１枚当たりのサンプル数を計算 ②Download Now をクリック アンプリコンID （プライマー配列非公開） ターゲットエクソンのカバー率など ターゲットエクソンのアンプリコン数 40

•

IADｘｘｘｘｘｘ_ｘｘｘ_results.zip

•

IADxxxxxx_xxx_384WellPlateDataSheet.csv

• 個別プライマーペアのプレートを注文する場合の384ウェルプレート内の配置

• （Amplicon Name, Gene Symbol, Genome Version, Insert Region）

•

IADxxxxxx_xxx_coverage_summary.csv

• アンプリコン数や、カバー率などの遺伝子（領域）別デザイン結果の概要

•

IADxxxxxx_xxx_coverage_details.csv

• アンプリコン数や、カバー率などのエクソン（領域）別デザイン結果の詳細

•

IADxxxxxx_xxx_Designed.bed

• デザイン結果：解析に利用*

• （Amplicon Name, Insert Region, 遺伝子名, プール番号）

•

IADxxxxxx_xxx_Missed.bed

• デザインできなかった位置情報

•

IADxxxxxx_xxx_Submitted.bed

• デザイン依頼情報

•

plan.json

• Torrent Browserを用いてzipファイルでPlan Templateをアップロードする際に必要

• Zipファイルをアップロードした場合、Designed.bedはサーバーに自動登録される

ダウンロードファイル（

.zip） ~ AmpliSeq Designer v7.0.3 ~

Solution IDの

下

3桁

の例

（IADxxxxxx_

xxx

）

Amplicon RangeやSolution Type

• _

152

: 125 ~ 140 bp

セルフリーDNAサンプルから >5%の体細胞変異を検出

• _

167

: 125 ~ 175 bp

分解したホルマリン固定パラフィ ン包埋切片由来DNAサンプル から>5%の体細胞変異を検出

• _

182

: 125 ~ 275 bp

高純度DNAサンプルから 生殖細胞系列変異を検出 （Spike-In Panel を含んだ On-Demand Panel はこちら）

• _

1000

:

On-Demand Panel （Spike-In Panel を含まない）

• _

197

: 125 ~ 375 bp

高純度DNAサンプルから 生殖細胞系列変異を検出 （400bp対応試薬の使用必須）

41

Ion AmpliSeq HD Made-to-Order Panels

42

•

カスタムオリゴパネル（プライマープール）の反応数と価格の例

•

オリゴ数 × （

3,300 ～ 2,700 円 ） ※ アンプリコンはFWDとREVの2本のオリゴでペア

Ion AmpliSeq HD カスタムオリゴパネルの反応数と価格

アンプリコン数 （オリゴ数） 反応数（ライブラリ数*1_{） １オリゴあたりの価格} 1 pool または、2 pool *2 _{マイクロチューブ（各6本） 384ウェルプレート}*5

12 ~ 96 （24 ~ 192）

3,000 反応

*3

_3,300円

_3,300円

97 ~ 384 （193 ~ 768）

3,000 反応

*3

_3,000円

_3,000円

385 ~ 1,000 （769 ~ 2,000）

*4

3,000 反応

*3

2,700円

2,700円

※

500 amplicon / pool で 2 pool まで （最大 1000 amplicon）

*1 マニュアル調製のみ対応。Chef自動ライブラリ調製は未対応。AmpliSeq HD専用ライブラリキット（A37694）とデュアルバーコードキット（A37695）が必要

*2 1 poolでは2種のプライマープールを提供（Pool1 FWD, Pool1 REV）、2 poolでは4種のプライマープールを提供（Pool1 FWD, Pool1 REV, Pool2 FWD, Pool2 REV） *3 1プライマープールあたり、マイクロチューブ6本で提供。各500反応。（1 pool では、計12本。2 pool では、計24本） *4 1プライマープールあたり、最大500アンプリコン（1 pool では500アンプリコンまで。2 pool では1000アンプリコンまで対応。融合遺伝子は1000オリゴまで） *5 個別のプライマーセットが分注された384ウェルプレートのみとマイクロチューブのプライマープールのみのいずれかを選択可能 アンプリコン数 （オリゴ数）の例 パネル価格 １アンプリコンの価格 384ウェルプレート*5

50 （100）

330,000円

6,600円

6,600円

200 （400）

1,200,000円

6,000円

6,000円

800 （1,600）

*2 pool

_4,320,000円

_5,400円

_5,400円

43

1 Ion AmpliSeq Designerのウェブサイト（https://www.ampliseq.com）を開く

3

『Genes, Regions or Amplicons 』 をクリックし、デザインをスタート （ p. 44 へ ）

デザインするパネルを選択

• 画面左側の Ion AmpliSeq の『Made-to-Order Panels』タブをクリック

Ion AmpliSeq HD Made-to-Order Panels デザインスタート

4

Thermo Fisher Scientific のアカウントとパスワードを入力し、 Sign In

2 遺伝子名、特定の領域、 Amplicon IDでデザイン 3 4 44

DNA Gene designs (multi-pool):

DNA Hotspot designs (single-pool):

RNA Gene Fusion designs (multi-pool):

hg19 UCSCの遺伝子アノテーションや dbSNP、COSMIC の情報あり 5 新規デザインのアプリケーション（DNA / RNA ）とゲノムのリファレンス配列を選択 * アッセイデザイン名は、デザイン開始 時に固有の名称を入力（20文字以内）

デザインの開始

① デザインの名前を入力

*

④ 「

Next: Add Targets」をクリック

② アプリケーションを選択

Gene A Gene B

45

ターゲット遺伝子

_{/ 領域の指定}

■ 『

Add Gene / Region 』 ⇒ 遺伝子名や領域でターゲットを追加する

Gene（CDS Only）：Gene Symbolを入力し、『

Add target

』でターゲットを追加していく

Gene（CDS + UTR）： Gene（CDS Only）と同様

Region：領域を指定する場合は、その領域の名前、染色体、ローカスを入力し、

『

Add target

』 でターゲットを追加する

■ 『

Add Amplicon by ID 』 ⇒ アンプリコンIDを入力してターゲットを追加する

■ 『

Upload File 』 ⇒ ターゲット ファイルをアップロードしてターゲットを追加する

※ デザイン済みのパネルにあるアンプリコンを追加したい場合 は、Download Resultsボタンで得られたZIPファイルの 384WellPlateDataSheet.csv や primerDataSheet.csv の Amplicon_ID を指定して追加が可能

ex) 「CHP2_HRAS_2」 などを入力

※ ターゲットBEDファイルやターゲット遺伝子 / 領域、アンプリコンIDを指定したCSVファイルがある場合は、 それを用いてターゲットのアップロードが可能

詳細は、Upload File 画面の 『Input Specifications 』 を確認

46 選択したデザイン名 Status ⑤ アンプリコンサイズを選択 ④ エキソンパディングの指定 ②Geneを選択した場合は、遺伝子名(Gene Symbol名)を 直接入力

ターゲット遺伝子

/ 領域の指定①

6 ターゲット遺伝子/ 領域の指定 (遺伝子名(Gene Symbol名) もしくはRegionを指定)

① 「Add Gene/Region」を選択

③Regionを選択した場合は、「Chrom」 (例: 1番染色体 → 1) および「Start」「End」を入力

※⑤ “DNA Type”によるアンプリコンサイズ FFPE DNA : 125～175 bp cell free DNA : 75～100 bp

47

ターゲット遺伝子

_{/ 領域の指定②}

6’ ターゲット遺伝子/ 領域の指定 (CSV File、BED Fileをアップロードする場合) ② ファイルタイプを選択 ④ ファイルをアップロード ① 「Upload File」を選択 Status ※⑤ “DNA Type”によるアンプリコンサイズ FFPE DNA : 125～175 bp cell free DNA : 75～100 bp

⑤ アンプリコンサイズを選択 ④ エキソンパディングの指定

③ デスクトップなどからファイルを選択 (Gene List (CSV) file / BED file)

48 7 デザインの依頼(Submit Targets) ③ デザインが完了すると、登録したメールアドレスに確認メールが届きます。 (デザイン時間は、2～48時間です。時間はターゲットサイズによって異なります。)

デザインの依頼

(Submit Targets)

②Confirm Submit が表示 されたら「OK」 をクリック (同時に2つの設計を実施可能) ① デザインを確認後、 Submit targets をクリック

49 8 選択したデザインの結果 ＊ ＊見積もり価格はデザインされたアンプリコン数×6,000円で算出できます（97～384アンプリコンの場合） DNAのタイプに応じ、サイズの異なる2種のデザイン

デザイン結果の確認

• 画面をスクロールすると詳細が確認可能（次ページ） • いずれも体細胞変異の検出に最適な Amplicon Range • セルフリーDNAは分解が顕著なため、75 ~ 100 bp 推奨 • カバー率が低くなることに注意

デザイン結果の確認（Home 画面でMy Designs⇒AmpliSeq HD⇒Results Ready をクリック ⇒ 該当のDesign名をクリックし表示）

50

9 デザイン結果の確認 デザイン結果はUCSC サイトにリンクされており、 UCSC Genome Browserで閲覧が可能

各デザイン結果のUCSC アイコンをクリック

UCSC Genome Browserが表示されます ターゲット領域 デザインされた領域 デザインできな かった領域 拡大ボタンを押すと 塩基単位で確認できます

デザイン結果の確認

ターゲット領域 デザインされたターゲット領域

51 10 デザイン結果の確認 デザイン結果をエクセルで確認することも可能 • coverage_details.csv • 384WellPlateDataSheet.csv Zipファイルとしてダウンロードされます 【Zipファイルに含まれるデータ】 ①Download results をクリック

デザイン結果の確認

半導体チップ１枚当たりのサンプル数を計算 ②Download Now をクリック ターゲットエクソンのカバー率など ターゲットエクソンのアンプリコン数 アンプリコンID （プライマー配列非公開） ターゲット領域を指定するbed ファイル トレントブラウザで対応するリファレンスに 登録し、解析時に使用します 52

•

IAHｘｘｘｘｘｘ_ｘｘｘ_results.zip

•

IAHxxxxxx_xxx_384WellPlateDataSheet.csv

• 個別プライマーペアのプレートを注文する場合の384ウェルプレート内の配置

• （Amplicon Name F / R, Gene Symbol, Genome Version, Insert Region）

•

IAHxxxxxx_xxx_coverage_summary.csv

• アンプリコン数や、カバー率などの遺伝子（領域）別デザイン結果の概要

•

IAHxxxxxx_xxx_coverage_details.csv

• アンプリコン数や、カバー率などのエクソン（領域）別デザイン結果の詳細

•

IAHxxxxxx_xxx_Designed.bed

• デザイン結果：解析に利用*

• （Amplicon Name, Insert Region, 遺伝子名, プール番号）

•

IAHxxxxxx_xxx_hotspot.bed

• デザイン領域内のCOSMIC ID などのホットスポット位置情報：解析に利用*

•

IAHxxxxxx_xxx_Missed.bed

• デザインできなかった位置情報

•

IAHxxxxxx_xxx_Submitted.bed

• デザイン依頼情報

•

plan.json

• Torrent Browserを用いてzipファイルでPlan Templateをアップロードする際に必要

• Zipファイルをアップロードした場合、Designed.bedはサーバーに自動登録される

ダウンロードファイル（

.zip） ~ AmpliSeq Designer v7.0.3 ~

Solution IDの

下

3桁

の例

（IAHxxxxxx_

xxx

）

Amplicon RangeやSolution Type

• _

1009

: 75 ~ 100 bp

セルフリーDNAサンプルから >0.1%の体細胞変異を検出

• _

167

: 125 ~ 175 bp

分解したホルマリン固定パラフィン 包埋切片由来DNAサンプルから >0.1%の体細胞変異を検出 • AmpliSeq HDでは、20ng DNA から>0.1%の体細胞変異を検出 （200bp試薬で対応可能）

53

オーダー方法

 オーダー方法

Welcome to Ion AmpliSeq Designer

54

Ion AmpliSeq カスタムオリゴの製品概要

Ion AmpliSeq

™

_{Custom Oligos （Ion AmpliSeq}

™

_{Made‐to‐Order Panels）}

カスタムオリゴの製造 サーモ フィッシャー サイエンティフィック （国内） 所要日数 プライマーデザイン ‐ 48時間(ターゲットサイズによる)  納期目安 約 30日 プライマー価格 プライマーペア(アンプリコン数) × 750円 提供形態 _{12～96 アンプリコン} マイクロチューブ ×5本 （2プールでは計10本） 2Xのプライマープールを提供 97～24,576 アンプリコン マイクロチューブ ×20本 （2プールでは計40本） 2Xのプライマープールを提供 12～1,200 アンプリコン

(Ion AmpliSeq™_{RNA用 Panel)} マイクロチューブ ×3本 （2プールでは計6本） 5Xのプライマープールを提供

Exon1 Exon2 Primer Pool 1 Primer Pool 2  増幅領域が重なるプライマーペアは、別のチューブ(プール)で提供 1チューブ(プール)で、12～24,576アンプリコンを増幅 プール数について マイクロチューブ マイクロチューブにプール したオリゴを提供 (写真は3プールの場合) 384ウェルプレート（オプション） 384ウェルプレートでプライマーペア毎(Fwd.と Rev.)に別々のウェルに濃縮したオリゴを提供 提供形態について  プールしたプライマーチューブと個々のプライマペアを各ウェルに分けた プレートを提供 プール数はターゲットサイズによって異なります(2 ～ 4プール)

55

Ion AmpliSeq HD および On-Demand Panel の製品概要

Ion AmpliSeq

™

_{HD Made‐to‐Order Panels}

カスタムオリゴの製造 サーモ フィッシャー サイエンティフィック （海外） 所要日数 プライマーデザイン ‐ 48時間(ターゲットサイズによる)  納期目安 約 30日 カスタムオリゴの数 1オリゴあたりの価格 （2オリゴで1アンプリコン） 提供形態 ： マイクロチューブ×6本 または 個別の384ウェルプレート （3,000 反応） 1 poolでは1,000  オリゴまで (500アンプリコン) 24 ～ 192 オリゴ 3,300円 • 1プールではフォワード用とリバース用で計12本 • 2プールではフォワード用2種とリバース用2種で 計24本 • プライマープールは10X濃度で提供 193 ～ 768 オリゴ 3,000円 769 ～ 2,000 オリゴ 2,700円

Ion AmpliSeq

™

_{On‐Demand Panels および Spike‐In Panels}

カスタムオリゴの製造 サーモ フィッシャー サイエンティフィック （On‐Demand : 海外, Spike‐In : 国内） 所要日数 プライマーデザイン ‐ 48時間(ターゲットサイズによる)  納期目安 約 30日 パネルのサイズと価格 マニュアルライブラリ調製用 Ion Chef自動ライブラリ調製用 パネル濃度 24反応 96反応 8反応 32反応 On‐Demand Panels _{1 ～ 50 遺伝子} 240,000円 960,000円 96,000円 384,000円 2X 51 ～ 300 遺伝子 312,000円 1,248,000円 120,000円 480,000円 301 ～ 500 遺伝子 405,600円 1,622,400円 156,000円 624,000円 Spike‐In Panels 12～123アンプリコン 2プールでは246まで アンプリコン数×750円 （チューブのみの提供） ※ Made‐to‐Order Panel として個別にオーダー 50X 56 *1 当社のホームページからオンラインオーダーIDを取得します。必須項目を入力し登録してください(初回のみ)。

*2 デザインを依頼(Submit Targets)後、2～48時間でデザインが完了します。デザイン完了時には、e-mail（アカウント登録に使用したアドレス）でお客様にご連絡いたします。 *3 デザイン結果をご確認頂けます。見積価格はターゲット領域のサイズ(デザインされたアンプリコン数)×750円（AmpliSeq HDは除く）で算出できます。

*4 オーダーが5,000プライマーペア以上の場合は、Request Quoteとなり、後日お見積もりをお出しいたします。 *5 カスタムオリゴは、お客様に直接発送、もしくは代理店様に発送いたします。

*6 Ion AmpliSeq Designerサイトで「Order」後、カスタムオリゴの納期はおよそ30日~(営業日)です。

オーダーフロー概要

Yes

オリゴを合成

当社

代理店*5

Thermo Fisher Scientific*1

オンラインオーダーIDを取得 ターゲット遺伝子/領域を指定 (遺伝子名を入力 または BED fileを添付) カスタムオリゴをオーダー「Add to cart 」*4 デザイン の確定 No 納期 : 約 30 ～営業日 *6

Ion AmpliSeq Designerで お客様のオリゴをデザイン

お客様のアクション 当社

(Ion AmpliSeq Designer)

デザインを依頼 「Submit Targets」

納品

デザインの編集 デザイン結果の提示*3 2 ～ 48 時間 *2 http://www.thermofisher.com

Ion AmpliSeq Designer

Thermo Fisher Scientific アカウントで、 Ion AmpliSeq Designerにログイン

TEST

Thermo Fisher Scientific*1

57

①Add to Cart をクリック

11 カスタムオリゴのオーダー

③Add to Cart on ThermoFisher.com をクリック

② フォーマットを選択（p. 58 参照） • プライマープールのチューブのみ • 個別プライマーペアの384ウェルプレート

カスタムオリゴのオーダー

5,000プライマーペア以上をオーダーされる場合は、jpprimerorder@invitrogen.comまでお問い合わせください。 その際、デザインID（IADxxxxxx_xxx）やお客様情報をお知らせください。 ☑ パネル以外のライブラリキットなどはウェブオーダーできません ←パネルのみチェック 58 ① いずれか選択 12 フォーマットの選択 ②OKをクリック プライマープールのみ プール＋384ウェルプレート* *別途追加費用が発生

カスタムオリゴのオーダー

384 ウェルプレートのみ * *プライマープールと同一価格 Ion AmpliSeq の場合 Ion AmpliSeq HD の場合

59 13 カート内の商品の選択 ① デザインしたパネルにチェック ☑ ② 「注文手続きを始める」 をクリック

カスタムオリゴのオーダー

60 14 チェックアウト ○○○○○ ①代理店及び出荷先情報が正しいことを確認 ② 『オプション設定に進む』をクリック ③ チェックをいれて注文番号(.ドット)を入力 『. 』 ④ 『確認を続行』をクリック

カスタムオリゴのオーダー

61 15 チェックアウト ② 標準販売条件へのご同意にチェック ☑を入れ、 『注文する』 をクリック * 製造開始後のキャンセルはできませんので ご注意ください。 ①ご注文内容が正しいことを確認 ○ ○ ○ ○ ○ ○○○○○大学# 123456 ○○○○○大学# . ③ 注文完了（製造開始*）

カスタムオリゴのオーダー

62

memo

63

その他 デザイン

64

カバー領域の拡大

(increase coverage)

② 算出された結果を選択 カバー領域は拡大するが、オフターゲット領域が増える可能性がある

①increase coverage をクリック Primer設計条件を緩めて再計算

96.85 % から 97.99 % に増加

65

アンプリコンのコピー

① 「Copy Amplicons」をクリック コピー対象:  パネル全体  遺伝子名、領域名 選んだ列 選んでいない列

デザインの編集

~ デザイン済みの Made-to-Order Panel および Community Panel から ~

• Amplicons.csv Amplicon ID ② アンプリコンのコピー  新しいデザインにコピー  作成中のデザインに追加 Amplicon IDをExcelで確認することが可能 66

作成中のデザインに

Amplicon IDを登録

選択したデザイン名 ② 既存のデザインの Amplicon IDを入力 ③ 「Add amplicon」をクリック

① 「Add Amplicon by ID」を選択

追加されたアンプリコンの詳細情報確認

④ デザインを確認後、 Submit targets をクリック

デザイン結果の確認へ

67

Custom Referenceを利用してデザインを実施する場合①

•

Reference Genomes 画面

•

Public Genomes：

•

Ion AmpliSeq Designer 7.0.3で登録済みゲノム配列

•

Custom References：

•

アカウント所有者が登録した配列

68

Custom Referenceを利用してデザインを実施する場合②

~リファレンスのダウンロード~

https://genome.ucsc.edu/

※ リファレンスは必ずしもUCSCゲノムブラウザから取得する必要はありません



独自のリファレンス

•

リファレンスファイル

(FASTA)の追加と削除

•

2.0GBまでのファイルサイズ

( シロイヌナズナ、ショウジョウバエ、カイコ、フグ、ゼブラフィッシュ、アフリカツメガエルは対応、ウサギ、コムギなど、 哺乳類、植物の多くは要相談)

•

暗号化されたパスワード、安全なクラウド環境

ネットバンキングサイトと同等

69

Custom Referenceを利用してデザインを実施する場合③

~リファレンスの登録~

※始めにp. 9 を参考にIon AmpliSeq Designerにログインをします

Ion AmpliSeq の

Made-to-Order Panels タブ

から

『My References』 ボタン

をクリック

『Add reference』をクリック

『Select File』をクリックして

リファレンスfastaやBED File

をアップロードし、『Save』ボタ

ンでリファレンスを保存

リファレンスの名称 リファレンスの略称 70

Custom Referenceを利用してデザインを実施する場合④

~デザインスタート~

新規にパネルをデザインする場合

『

Genes, Regions or Amplicons』

をクリックしてデザインスタート

『

Custom Reference』をクリックして

登録したカスタムリファレンスを選択

⇒その後の操作は

p. 35 ～参照

71

Torrent Suiteへ領域ファイルの登録

Upload

①

②

③

②，③のいずれか 【推奨】 Plan Template の編集 Template Name 右端の 歯車マークより Edit を選択し、 各種設定を最適化 (Kits や Plugins など)

•

Torrent Suite v5.10へのPlan Template登録

①

Torrent Browser画面 ＞ Plan タブ ＞ Templates

 右上のAmpliSeq.comボタンからデザインの種類を選択

②

Torrent Server が外部ネットワークに接続されている場合

 Configure Account

をクリックし、Accounts画面で『Connection to AmpliSeq』 の

を押す

 AmpliSeq.com の Username/Email と Password を入力し、

 表示されたデザインリストから該当するパネルを選択し、

③

Torrent Server が外部ネットワークに接続されていない場合

 Manual Upload の Select File をクリックし、ダウンロードした Resultsファイル（.zip）を選択

 機種が表示されている場合は半導体チップの種類を選択し、

73

•

Ready-to-Use Panelsの例

•

Made-to-Order Panelsの例（マニュアルライブラリ調製）

•

Made-to-Order Panelsの例（Ion Chef

™

_{自動ライブラリ調製）}

ライブラリ調製時に必要な物品リストの例①

製品番号 キット 価格 反応数

4475346 Ion AmpliSeq™_{Cancer Hotspot Panel v2 ¥30,000 8反応}

4488990 Ion AmpliSeq™_{Library Kit Plus ¥221,000 24反応}

4471250 Ion Xpress™_{Barcode Adaptors 1-16 *}1 _{¥226,000 160反応}

4468802 Ion Library TaqMan®_{Quantitation Kit *}2 _{¥88,200 250反応}

製品番号 キット 価格 反応数

web order Ion AmpliSeq™_{Made-to-Order Panel (200 amplicon) ¥150,000 3000反応}

4488990 Ion AmpliSeq™_{Library Kit Plus ¥221,000 24反応}

4471250 Ion Xpress™_{Barcode Adaptors 1-16 *}1 _{¥226,000 160反応}

4468802 Ion Library TaqMan®_{Quantitation Kit *}2 _{¥88,200 250反応}

製品番号 キット 価格 反応数

web order Ion AmpliSeq™_{Made-to-Order Panel (200 amplicon) ¥150,000 1600反応}

A29024 Ion AmpliSeq™_{Kit for Chef DL8 *}3 _{¥446,200 32反応}

4468802 Ion Library TaqMan®_{Quantitation Kit *}2 _{¥88,200 250反応}

*1 Ion Xpressは96種のバーコードがある。4倍希釈するため、最大640反応となる。IonCodeを代用可能（希釈混合作業不要） *2 n=2で使用。ライブラリ以外に検量線とネガコンを反応 *3 IonCodeバーコードアダプター付属のため、別途バーコードキットの購入は不要 ※ カスタムパネル以外のライブラリ調製キットのウェブオーダーは承っておりません お見積もりのご依頼は営業担当、もしくは代理店様にお問い合わせください ※ 詳細な必要物品に関しては、各ユーザーガイドをご確認ください（MAN0017003, MAN0013432） 74

•

On-Demand Panels + Spike-In Panels の例（マニュアルライブラリ調製）

•

On-Demand Panels + Spike-In Panels の例（Ion Chef

™

_{自動ライブラリ調製）}

•

AmpliSeq HD Panels の例（マニュアルライブラリ調製のみ）

ライブラリ調製時に必要な物品リストの例②

製品番号 キット 価格 反応数

A29319 MagMAX™_{cfDNA Isolation Kit (25反応：plasma 4mL使用時) ¥80,000 25反応}

web order Ion AmpliSeq™HD Made-to-Order Panel (100 amplicons) ¥600,000 3000反応 A37694 Ion AmpliSeq™_{HD Library Kit ¥480,000 24反応}

A37695 Ion AmpliSeq™_{HD Dual Barcode Kit 1-24 ¥28,800 24反応}

4468802 Ion Library TaqMan®_{Quantitation Kit *}2 _{¥88,200 250反応}

製品番号 キット 価格 反応数

A33093 Ion AmpliSeq™_{On-Demand Panel (1-50遺伝子) ¥240,000 24反応}

web order Spike-in Panel (100Amplicon) ¥75,000 120反応 4488990 Ion AmpliSeq™_{Library Kit Plus ¥221,000 24反応}

4471250 Ion Xpress™_{Barcode Adaptors 1-16 *}1 _{¥226,000 160反応}

4468802 Ion Library TaqMan®_{Quantitation Kit *}2 _{¥88,200 250反応}

製品番号 キット 価格 反応数

A33095 Ion AmpliSeq™_{On-Demand Panel (1-50遺伝子) ¥96,000 8反応}

web order Spike-in Panel (100Amplicon) ¥75,000 64反応 A29024 Ion AmpliSeq™_{Kit for Chef DL8 *}3 _{¥446,200 32反応}

4468802 Ion Library TaqMan®_{Quantitation Kit *}2 _{¥88,200 250反応}

※ カスタムパネル以外のライブラリ調製キットのウェブオーダーは承っておりません お見積もりのご依頼は営業担当、もしくは代理店様にお問い合わせください

75

Technical Support

Tel:   0120‐477‐392

jptech@thermofisher.com

営業時間：午前9時から午後5時30分まで

The Chip is the Machine™

ご不明な点がございましたら

弊社テクニカルサポートまで

お問い合わせください

76

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. © 2018 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved.