ゲノム情報科学-観測技術の進展を支えるインフォマティクス-
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(2) DNA PIR. cDNA. ORF. SWISS-PROT. PDB ORF -1. cDNA. DNA. cDNA Open Reading Frame ORF DNA. ORF. DNA 1. DDBJ: DNA Data Bank of Japan. Web. http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.. html. GIB. CASP4 2. CAFASP2 11. 49. NEDO. Escherichia coli K12 W3110. ORF_Name_Search 4,863. ORF. thrA. ORF. 生物ゲノムの遺伝子産物（タンパク質） の機能推定について. product ORF. DDBJ. 1 3. ORF ORF. 4. 38,000. PIR www-nbrf.georgetown.edu/pir. http://. SWISS- PROT. http://kr.expasy.org/sprot 2001 SWISS-PROT. 10. PIR. 23. 10. -1 ORF. DNA. Protein Data Bank: PDB. 43巻1号 情報処理 2002年1月. −2−. http://www.rcsb.org/pdb.
(3) ホモロジー（%）＝. 同一残基数. ×100・・・・・式（1） 同一残基数＋置換残基数＋（挿入残基数か欠損残基数の小さい方）. TIWA----VSGDSVQN HIDK ADVLLLGP :|:| ::|:::|| |||:|||| IIEA FPET LAGEKGQN----ADVVLLGP -2 licB. B. ORF. ORF PDB. 14,000 3 licB. ORF. FASTA. PSI-BLAST. LIBRA FASTA. 1. PSI-BLAST LIBRA FASTA -2. A. B. |. 12 A. PSI-. BLAST. licB. : 50%. 8. 4. B. -. 4. -2. 2. B 1IIB. ferase. ILE35. PDB ID. phosphotrans-3. PRO58. ORF ORF. IPSJ Magazine Vol.43 No.1 Jan. 2002. −3−.
(4) （a）主鎖原子のみ表示した場合 (N-Ca-C=0) の繰り返しでタンパク質の 骨格が形成される．. （b）側鎖原子を含めて表示した場合 ILE35−PRO40，GLU41−ASN50． ALA51−PRO58の3領域で色分けした．. （c）2次構造を模式的に表示した場合 中央のαヘリックスを挟んでシートが ある．. -3 1IIB. licB IIEA. -2. 2. TIWA. VSGDSVQN. LAGEKGQN FPET. 1. 4 HIDK. ORF. 4. ORF ASN50. ORF. ALA51 30% e-value. e-value 1IIB FPET. -3 4. ILE35- PRO40 GLU41 -ASN50. HIDK. タンパク質のホモロジー モデリング法について. GLU41- ASN50 ALA51 -PRO58 2. 2 1IIB FAMS3. Full Automatic Modeling System,. http://physchem.pharm.kitasato-u.ac.jp Model4. 43巻1号 情報処理 2002年1月. −4−. CPHmodels5. SAM-T986. Swiss-. MODELLER7.
(5) FAMS. FAMS 1. 1 4. 2 30%. ORF. FAMSBASE a. ORF. ORF 3. ORF. 3. DDBJ/EMBL/GenBank. ORF. 4,289. 4,100. ORF. FASTA. PSI-BLAST. b ORF 30%. FASTA. e-value < 0.001 30. FASTA. PSI-BLAST 30. c. ORF 3. 7 3D-. 2. FAMS. 1D. LIBRA -3. ORF 1 .. IPSJ Magazine Vol.43 No.1 Jan. 2002. −5−.
(6) 大腸菌 100∼90％ 90∼70％ 70∼50％ 50∼30％ 30％∼(FASTA) (PSI-BLAST). モデル 件数 236 15 62 328 315 299. 標準化スコア 平均値 標準偏差 0.418 0.115 0.375 0.204 0.313 0.217 0.275 0.163 0.171 0.157 0.178 0.164. -1. 枯草菌 100∼90％ 90∼70％ 70∼50％ 50∼30％ 30％∼(FASTA) (PSI-BLAST). モデル 件数 27 33 90 385 288 291. 標準化スコア 平均値 標準偏差 0.391 0.120 0.367 0.167 0.386 0.098 0.302 0.128 0.191 0.116 0.195 0.131. LIBRA. d -1. タンパク質モデリングの 評価会議について. ORF. 1/3. 30 CASP. Critical Assessment of Techniques. for Protein Structure Prediction 1994 CASP4 tory J. Moult. 2. 1. 2000. Lawrence Livermore National LaboraK. Fidelis. A. Zemla. Sanger. Maryland T. Hubbard. 77 30 PSI-BLAST CASP4 0.3 25 e. FAMSBASE. 58% PSI- BLAST PDB FAMS. FA M S B A S E http://famsbase.bio.nagoya-u.ac.jp/famsbase Synechocystis. 12 search. 3,167. ORF. 43巻1号 情報処理 2002年1月. −6−. 43.
(7) 1 2 rmsd (Å). 3 CASP4 2. 3. CASP. CASP. http://PredictionCenter.llnl.gov. Web. 18 16 14 12 10 8 6 4 2 0. PRO-. -4 FAMS. 8. TEINS. 1位モデル FAMSモデル. 1. rmsd. 1 rms. rms. C. 51.4. rms 0.3. GDT. 1 FAMS. rmsd rmsd. 10. Grobal Distance Test: n. n=1,2,4,8 1. GDT. 2. 20. 6 rmsd. CASP4 CASP4. -4. CASP FAMS 1 FAMS. FAMS 11 6. CASP5. 2. FAMS -4. FAMS. 1. X. 1. , , : 28 , pp.222-225 (2000). , , : 1 , , p.66 (2001). Ogata, K. and Umeyama, H.: An Automatic Homology Modeling Method Consisting of Database Searches and Simulated Annealing, J. Mol. Graphics Mod. 18, pp.258-272 (2000). Peitsch, MC.: Biochem. Soc. Trans. 24, pp.74-279 (1996). Lund, O., Frimand, K., Gorodkin, J., Bohr, H., Bohr, J., Hansen, J. and Brunak,S.: Protein Engineering, 10, pp.1241-1248 (1997). Park, J., Karplus, K., Barrett, C., Hughey, R., Haussler, D., Hubbard, T. and Chothia, C.: JMB 284 (4), pp.1201-1210 (1998). Sali, A., Potterton, L., Yuan, F., van Vlijmen, H. and Karplus, M.: Proteins, 23, pp.318-326 (1995). Proteins 23 5 , 1995; Suppl 1, 1997; Suppl 3, 1999. 13 11 14 ,. rmsd. 2 3. 20. 4 5. rmsd. 6 7 8. IPSJ Magazine Vol.43 No.1 Jan. 2002. −7−.
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