Ion Torrent
ターゲットリシーケンス
製品ガイド
目 次
3 Ion AmpliSeq
™テクノロジー
4 Ion
AmpliSeq
™カタログパネル
10 Ion AmpliSeq
™カスタムパネル
11 Ion AmpliSeq
™コミュニティーパネル
11 Ion AmpliSeq
™エクソームパネル
12 Ion AmpliSeq
™ライブラリーキット
12 Ion Library Equalizer
™キット
12 Ion Xpress
™Barcode
アダプターキット
13
カスタムプライマー設計
13 Ion AmpliSeq
™デザイナー利用方法
14 Ion AmpliSeq
™カスタム
/
コミュニティーパネル
オンラインオーダー方法
15
データ解析
15 Ion Reporter
™ソフトウェア利用方法
16 Ion TargetSeq
™テクノロジー
17
エクソンキャプチャー
18 TaqMan
®アッセイ
19 SNP
ジェノタイピングアッセイ
20 SNP
ジェノタイピング用試薬
22
変異解析
23
コピー数多型解析
Ion AmpliSeq
テクノロジー
概要
Ion AmpliSeq
™テクノロジーは、ターゲットになるゲノム領域にプライマーを設計し、
PCR
でマルチプレッ
クス増幅することにより、目的の
DNA
を濃縮する全く新しいターゲットエンリッチメント手法です。これまで
は難しいと考えられていたマルチプレックス
PCR
の障害を克服することにより、数百∼数千の
PCR
産物を同
時に回収し、イオントレントにより短時間でシーケンスすることを可能にしました。
PCR
によりターゲット領域
を増幅するため、わずか
10 ng
の初期
DNA
量があればシーケンスすることができ、臨床研究におけるホルマ
リン固定パラフィン包埋（
FFPE
）組織やトランスレーショナルリサーチにおける貴重なサンプルからも、確実
に、かつ低頻度な変異も高感度に検出することができます。
Ion AmpliSeq™ Designer
カスタムパネル
設計 ライブラリ作製
Ion AmpliSeq™ Library Kit Ion OneTouch™ システム Ion PGM™ シーケンサ Torrent サーバ
テンプレート調製 シーケンス データ解析
2.5
時間 Ion Reporter™ ソフトウェア アノテーション 付与 Ion AmpliSeq™ Custom Panels2~4
時間0.5
時間0.5
時間7
時間3.5
時間 遺伝子情報をオンラインで入力。 所要時間数分。 誰にでも始められるPCR
による次世代シーケンスのためのライブラリ作製主要ながんの変異を少量のDNAから高感度に検出
Ion AmpliSeq
™Cancer Hotspot Panel v2
がん遺伝子およびがん抑制遺伝子をターゲットに設計された207ヶ所の プライマーペアが、1チューブのプライマープールに収められ提供されま す。米国の国立がん研究所（NCI）などの協力を得て、がん遺伝子や腫瘍 プレッサー遺伝子など、50遺伝子、2,790ヶ所の変異を網羅的に探索する のに適しています。サンプル由来のわずか10ngのDNAをプライマープー ルの入ったチューブに入れ、必要試薬を加えてPCRにより増幅させるこ とで、イオントレントでシーケンスするためのPCR産物が得られます。Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0を利用することで、ライブラリを短時間作成
することができます。 • 10 ngのＤＮＡからスタート • 1チューブのマルチプレックスPCRによりターゲットを増幅 • Ion 314™ / 316™ / 318™ chip対応 • FFPEサンプル対応 がん関連遺伝子の網羅的変異解析
Ion AmpliSeq
™Comprehensive Cancer Panel
がん遺伝子およびがん抑制遺伝子をターゲットに設計された、約16,000ヶ 所のプライマーペアが、4チューブのプライマープールに収められ提供され ます。癌研究をリードする著名な研究者との共同研究や、種々の文献やデー タベース検索から得られる情報を取り入れることにより、頻繁に引用される 主要な遺伝子のエクソン領域を含んでいます。このパネルは、複数の遺伝 子ファミリーに渡って、コーディングDNA領域（CDS）およびスプライスバ リアントを同時に解析できるようデザインされています。代謝経路に基づい て遺伝子の選択を行うことにより、シグナルカスケード、アポトーシス遺伝子、 DNA修復遺伝子、転写調節因子、炎症反応遺伝子および成長因子遺伝子 に加え、癌ドライバー遺伝子およびドラッグターゲットにおける変異スペクト ルのプロファイリングを、1回のアッセイで行うことができます。広範囲なが ん遺伝子をターゲットとし、煩雑で手間の掛かるプライマーデザインおよび ターゲットの選択作業を代行することにより、研究のスピードを加速できま す。本製品には、Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2の50遺伝子
も網羅されています。 • 40ngのDNAからスタート • 4チューブのマルチプレックスPCRによりターゲットを増幅 • 4チューブのライブラリをミックスして1ランでシーケンス • Ion 318™チップ対応 • FFPEサンプル対応
Ion AmpliSeq
™
カタログパネル
ターゲット遺伝子リストKRAS BRAF EGFR TP53 PIK3CA CSF1R JAK2 NRAS PTPN11 ERBB2 SRC FGFR3 NPM1 CDKN2A RET HNF1A SMAD4 GNAS PDGFRA MPL ABL1 PTEN FLT3 STK11 SMARCB1 KIT MET NOTCH1 FGFR2 RB1 JAK3 VHL KDR SMO EZH2
HRAS AKT1 ALK MLH1 FBXW7 FRBB4 GNA11
ATM CDH1 IDH1 CTNNB1 APC FGFR1 GNAQ IDH2
■：TaqMan® Mutation Detection Kitが用意されています。 詳しくは22ページをご覧ください。
製品名 サイズ* 製品番号 価格
Ion AmpliSeq™Cancer Hotspot Panel v2 8反応 4475346 ¥24,000
Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0* 8反応 4475345 ¥96,000
Ion Xpress™Barcode Adaptors
1-16 Kit**
16BC×
10反応
4471250 ¥192,000
製品名 サイズ* 製品番号 価格
Ion AmpliSeq™Comprehensive
Cancer Panel
8反応 4477685 ¥96,000
Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0* 8反応 4475345 ¥96,000
Ion Xpress™Barcode Adaptors
1-16 Kit**
16BC×
10反応
4471250 ¥192,000
* Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0には、96反応（製品番号4480441）、384反応（製品番号4480442）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。
**Ion Xpress™ Barcode Adaptors 1-16 Kitには、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520） 81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。 製品概要 ターゲット遺伝子数 50遺伝子 アンプリコン長 111∼187 bp（平均154 bp） プール数 1本 初期DNA量 10 ng（10 ng x 1本） ワークフロー時間 10時間 カバレッジ均一性* >95% オンターゲット率** >90% 平均カバレッジ NA *平均カバレッジの20%以上のカバレッジで解読されているターゲット領域の割合 **1ランのシーケンスデータの内、ターゲット領域にマッピングされた配列 製品概要 ターゲット遺伝子数 409遺伝子 アンプリコン長 125∼175 bp（平均155 bp） プール数 4本 初期DNA量 40 ng（10 ng x 4本） ワークフロー時間 16時間 カバレッジ均一性* >90% オンターゲット率** >95% 平均カバレッジ数 NA *平均カバレッジの20%以上のカバレッジで解読されているターゲット領域の割合 **1ランのシーケンスデータの内、ターゲット領域にマッピングされた配列
遺伝性疾患の網羅的変異解析
Ion AmpliSeq
™Inherited Disease Panel
メンデル遺伝する一般的な遺伝性疾患をターゲットとする10,000ヶ所のプ ライマーペア以上、3プールのプライマーペアから構成されており、遺伝性 疾患の原因遺伝子の変異を網羅的に探索するのに適しています。 このパネルには、神経性疾患、心疾患、発育障害、代謝異常など、700種類 以上の独立した遺伝性疾患に関連する、328種類の遺伝子エクソンコード領 域を含みます。本製品のターゲット遺伝子は、遺伝性疾患を研究する臨床 分子遺伝学者らによって選定され、NIH Test Registryにリストアップされ た遺伝子にマッチするよう開発されており、極めて簡単な操作で、短時間で 結果を得ることができる、大変効率的なゲノム解析手法です。 • 30 ngのDNAからスタート • 3チューブのマルチプレックスPCRによりターゲットを増幅 • 3チューブのライブラリをミックスして1ランでシーケンス • Ion 316™ / 318™ chip対応 サンプルの識別が可能な配列情報を付加
Ion AmpliSeq
™Sample ID Panel
Ion AmpliSeq™ 疾患パネルおよびカスタムパネルを利用してターゲット領域 を増幅する際に、Ｉon AmpliSeq™ Sample ID Panelを1μL添加することで、サンプルに固有の配列情報（SNPジェノタイピング）を同時に取得すること により、確実で間違いのないサンプル
間の比較を行うことができます。
製品名 サイズ* 製品番号 価格
Ion AmpliSeq™ Sample ID Panel 96反応 4479790 ¥15,000
製品名 サイズ* 製品番号 価格
Ion AmpliSeq™Inherited Disease
Panel
8反応 4477686 ¥72,000
Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0* 8反応 4475345 ¥96,000
Ion Xpress™Barcode Adaptors
1-16 Kit**
16BC×
10反応
4471250 ¥192,000
* Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0には、96反応（製品番号4480441）、384反応（製品番号 4480442）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。
**Ion Xpress™ Barcode Adaptors 1-16 Kitには、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520） 81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。 詳しくは12ページをご覧ください。 ターゲット遺伝子リスト 神経筋疾患 245疾患、87遺伝子 心疾患 159疾患、62遺伝子 発育障害 193疾患、75遺伝子 代謝異常 46疾患、28遺伝子 その他（遺伝性がんや視覚障害など） 210疾患、73遺伝子 製品概要 ターゲット遺伝子数 328遺伝子 アンプリコン長 125∼225 bp（平均197 bp） プール数 3本 初期DNA量 30ng（10 ng x 3本） ワークフロー時間 12時間 カバレッジ均一性* >85% オンターゲット率** >95% 平均カバレッジ数 NA *平均カバレッジの20%以上のカバレッジで解読されているターゲット領域の割合 **1ランのシーケンスデータの内、ターゲット領域にマッピングされた配列 • Ion AmpliSeq™各種パネルのPCR反応時に1μL添加 • サンプル固有のSNPジェノタイピングが可能 • 同一個体からの腫瘍組織間の比較や正常 / 腫瘍組織の比較を取り違 いなく実施
Ion AmpliSeq
™Comprehensive Cancer Panel
ターゲット遺伝子リストABL1 AURKA BMPR1A CDK4 CTNNB1 EPHB4 FANCD2 FZR1 ABL2 AURKB BRAF CDK6 CYLD EPHB6 FANCF G6PD ACVR2A AURKC BRD3 CDK8 CYP2C19 ERBB2 FANCG GATA1 ADAMTS20 AXL BRIP1 CDKN2A CYP2D6 ERBB3 FAS GATA2 AFF1 BAI3 BTK CDKN2B DAXX ERBB4 FBXW7 GATA3 AFF3 BAP1 BUB1B CDKN2C DCC ERCC1 FGFR1 GDNF AKAP9 BCL10 CARD11 CEBPA DDB2 ERCC2 FGFR2 GNA11 AKT1 BCL11A CASC5 CHEK1 DDIT3 ERCC3 FGFR3 GNAQ
AKT2 BCL11B CBL CHEK2 DDR2 ERCC4 FGFR4 GNAS
AKT3 BCL2 CCND1 CIC DEK ERCC5 FH GPR124
ALK BCL2L1 CCND2 CKS1B DICER1 ERG FLCN GRM8
APC BCL2L2 CCNE1 CMPK1 DNMT3A ESR1 FLI1 GUCY1A2 AR BCL3 CD79A COL1A1 DPYD ETS1 FLT1 HCAR1 ARID1A BCL6 CD79B CRBN DST ETV1 FLT3 HIF1A
ARID2 BCL9 CDC73 CREB1 EGFR ETV4 FLT4 HLF ARNT BCR CDH1 CREBBP EML4 EXT1 FN1 HNF1A
ASXL1 BIRC2 CDH11 CRKL EP300 EXT2 FOXL2 HOOK3 ATF1 BIRC3 CDH2 CRTC1 EP400 EZH2 FOXO1 HRAS
ATM BIRC5 CDH20 CSF1R EPHA3 FAM123B FOXO3 HSP90AA1 ATR BLM CDH5 CSMD3 EPHA7 FANCA FOXP1 HSP90AB1 ATRX BLNK CDK12 CTNNA1 EPHB1 FANCC FOXP4 ICK
IDH1 KRAS MLH1 NFKB2 PIK3C2B RARA SOCS1 TOP1
IDH2 LAMP1 MLL NIN PIK3CA RB1 SOX11 TP53
IGF1R LCK MLL2 NKX2-1 PIK3CB RECQL4 SOX2 TPR IGF2 LIFR MLL3 NLRP1 PIK3CD REL SRC TRIM24 IGF2R LPHN3 MLLT10 NOTCH1 PIK3CG RET SSX1 TRIM33 IKBKB POT1 MMP2 NOTCH2 PIK3R1 RHOH STK11 TRIP11 IKBKE LPP MN1 NOTCH4 PIK3R2 RNASEL STK36 TRRAP IKZF1 LRP1B MPL NPM1 PIM1 RNF2 SUFU TSC1
IL2 LTF MRE11A NRAS PKHD1 RNF213 SYK TSC2 IL21R LTK MSH2 NSD1 PLAG1 ROS1 SYNE1 TSHR IL6ST MAF MSH6 NTRK1 PLCG1 RPS6KA2 TAF1 UBR5 IL7R MAFB MTOR NTRK3 PLEKHG5 RRM1 TAF1L UGT1A1 ING4 MAGEA1 MTR NUMA1 PML RUNX1 TAL1 USP9X IRF4 MAGI1 MTRR NUP214 PMS1 RUNX1T1 TBX22 VHL
IRS2 MALT1 MUC1 NUP98 PMS2 SAMD9 TCF12 WAS ITGA10 MAML2 MUTYH PAK3 POU5F1 SBDS TCF3 WHSC1
ITGA9 MAP2K1 MYB PALB2 PPARG SDHA TCF7L1 WRN ITGB2 MAP2K2 MYC PARP1 PPP2R1A SDHB TCF7L2 WT1 ITGB3 MAP2K4 MYCL1 PAX3 PRDM1 SDHC TCL1A XPA JAK1 MAP3K7 MYCN PAX5 PRKAR1A SDHD TET1 XPC
JAK2 MAPK1 MYD88 PAX7 PRKDC SEPT9 TET2 XPO1
JAK3 MAPK8 MYH11 PAX8 PSIP1 SETD2 TFE3 XRCC2 JUN MARK1 MYH9 PBRM1 PTCH1 SF3B1 TGFBR2 ZNF384 KAT6A MARK4 NBN PBX1 PTEN SGK1 TGM7 ZNF521 KAT6B MBD1 NCOA1 PDE4DIP PTGS2 SH2D1A THBS1
KDM5C MCL1 NCOA2 PDGFB PTPN11 SMAD2 TIMP3 KDM6A MDM2 NCOA4 PDGFRA PTPRD SMAD4 TLR4
KDR MDM4 NF1 PDGFRB PTPRT SMARCA4 TLX1 KEAP1 MEN1 NF2 PER1 RAD50 SMARCB1 TNFAIP3
KIT MET NFE2L2 PGAP3 RAF1 SMO TNFRSF14 KLF6 MITF NFKB1 PHOX2B RALGDS SMUG1 TNK2
■：Ion AmpliSeq™
Ion AmpliSeq
™Inherited Disease Panel
ターゲット遺伝子リストSymbol Disease Symbol Disease
ABCA4 Retinitis Pigmentosa BMPR1A Juvenile Polyposis Syndrome
ABCC9 Dilated Cardiomyopathy 1O BTD Biotinidase Deficiency
ABCD1 X-Linked Adrenoleukodystrophy BTK Agammaglobulinemia, X-Linked, Type 1
ACADVL Very Long Chain Acyl-Coenzyme A Dehydrogenase Deficiency CA4 Retinitis Pigmentosa
ACTA2 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections CACNA1C Brugada Syndrome
ACTC1 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy CACNB2 Brugada Syndrome
ACTN2 Dilated Cardiomyopathy 1AA CALR3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy
ADA Severe Combined Immunodeficiency CAPN3 Limb-Girdle Muscular Dystrophy Type 2A - Calpainopathy
AIPL1 Leber Congenital Amaurosis CASQ2 Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia (CPVT)
AIRE Autoimmune Polyendocrine Syndrome CAV3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy
AKAP9 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant CCDC39 Primary Ciliary Dyskinesia
AKR1B1 Androgen Insensitivity Syndrome CCDC40 Primary Ciliary Dyskinesia
ALPL Hypophosphatasia CDH23 Usher Syndrome Type 1
AMT Glycine Encephalopathy CEP290 Leber Congenital Amaurosis
ANK2 Long/Short QT Syndrome, Autosomal Dominant CERKL Retinitis Pigmentosa
APC APC-Associated Polyposis Conditions CFTR Cystic Fibrosis
APP Early-Onset Familial Alzheimer Disease CHAT Congenital Myasthenic Syndromes
APTX Ataxia with Oculomotor Apraxia Type 2 CHD7 Charge Syndrome
ARL6 Retinitis Pigmentosa CHEK2 Li-Fraumeni Syndrome
ARSA Arylsulfatase A Deficiency CHM Choroideremia
ASL Argininosuccinate Lyase Deficiency CHRNA1 Congenital Myasthenic Syndromes
ASPA Canavan CHRNB1 Congenital Myasthenic Syndromes
ATL1 Spastic Paraplegia-3A CHRND Congenital Myasthenic Syndromes
ATM Ataxia-Telangiectasia CHRNE Congenital Myasthenic Syndromes
ATP2A2 Darier Disease CLCN1 Myotonia Congenita
ATP7A Menkes/ATP7A-Related Copper Transport Disease CNGB1 Retinitis Pigmentosa
ATP7B Wilson Disease COL11A1 Stickler Syndrome, AD
ATXN1 Spinocerebellar Ataxia 1 COL11A2 Inherited Deafness
ATXN2 Spinocerebellar Ataxia 2 COL1A1 Osteogenesis Imperfecta
ATXN7 Spinocerebellar Ataxia 7 COL1A2 Osteogenesis Imperfecta
BAG3 Dilated Cardiomyopathy 1HH COL2A1 Stickler Syndrome, AD
BCKDHA Maple Syrup Urine Disease COL3A1 Ehlers-Danlos Syndrome
BCKDHB Maple Syrup Urine Disease COL4A1 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections
BEST1 Retinitis Pigmentosa COL4A5 Alport Syndrome
COL5A1 Ehlers-Danlos Syndrome, Classic Type FOXL2 Blepharophimosis-Ptosis-Epicanthus Inversus
COL5A2 Ehlers-Danlos Syndrome, Classic Type FRG1 Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy
COL7A1 Epidermolysis Bullosa Simplex FRMD7 FRMD7-Related Infantile Nystagmus
COL9A1 Stickler Syndrome FSCN2 Retinitis Pigmentosa
CRB1 Leber Congenital Amaurosis FXN Friedreich Ataxia
CRX Retinitis Pigmentosa GAA Pompe Disease -GSD II
CTDP1 Congenital Cataracts, Facial Dysmorphism, and Neuropathy GALT Galactosemia
CTNS Cystinosis GATA4 Atrial Septal Defect
CYP27A1 Cerebrotendinous Xanthomatosis GBA Gaucher Disease
DBT Maple Syrup Urine Disease GBE1 Glycogen Storage Disease Type VI
DCX Double Cortex Syndrome GCSH Glycine Encephalopathy
DES Dilated Cardiomyopathy GDF5 Brachydactyly
DHCR7 Smith-Lemli-Opitz Syndrome GJB2 Inherited Deafness, Top Genes
DKC1 Dyskeratosis Congenita GJB3 Inherited Deafness, Top Genes
DLD Maple Syrup Urine Disease GJB6 Inherited Deafness, Top Genes
DMD Duchenne/Becker Muscular Dystrophy GLA Fabry Disease
DNAH5 Primary Ciliary Dyskinesia GLDC Glycine Encephalopathy
DNAH9 Primary Ciliary Dyskinesia GNE Inclusion Body Myopathy 2
DNAH11 Primary Ciliary Dyskinesia GNPTAB Mucolipidosis II
DNAI1 Primary Ciliary Dyskinesia GPC3 Wilms Tumor, Classical
DNAI2 Primary Ciliary Dyskinesia GPD1L Brugada Syndrome
DNM2 Charcot-Marie-Tooth Disease Type 2B GPR143 Ocular Albinism, X-Linked
Symbol Disease Symbol Disease
DSC2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy HBA2 Alpha-Thalassemia - Southeast Asia
DSG2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy HBB Sickle Cell Disease Beta-Thalassemia
DSP Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy HCN4 Brugada Syndrome
DYSF Dysferlinopathy HEXA Hexosaminidase A Deficiency
ELN Supravalvular Aortic Stenosis HFE HFE-Associated Hereditary Hemochromatosis
EMD Emery-Dreifuss Muscular Dystrophy, X-Linked HIBCH Beta-Hydroxyisobutyryl CoA Deacylase Deficiency (HIBCH Deficiency)
ENG Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia HMBS Hydroxymethylbilane Synthase (HMBS) Deficiency
EXT1 Exostoses, Multiple, Type 1 HR Alopecia Universalis Congenita (ALUNC)
EYA1 Branchiootorenal Spectrum Disorders IDS Hunter Syndrome (MPSII)
EYS Retinitis Pigmentosa IDUA Hurler Syndrome (MPSI)
F8 Hemophilia A IKBKAP Familial Dysautonomia (HSAN III)
F9 Hemophilia B IL2RG X-Linked SCIDS
FANCA Fanconi Anemia IMPDH1 Leber Congenital Amaurosis
FANCC Fanconi Anemia ITGB4 Epidermolysis Bullosa Simplex
FANCF Fanconi Anemia JAG1 Alagille Syndrome
FANCG Fanconi Anemia JUP Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy
FBN1 Marfan Syndrome KCNE1 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant
FBXO7 Parkinson Disease KCNE2 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant
FGFR1 FGFR-Related Craniosynostosis Syndromes KCNE3 Brugada Syndrome
FGFR3 Hypochondroplasia KCNH2 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant
FMO3 Trimethylaminuria KCNJ2 Short QT Syndrome
KCNQ1 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant NPC2 Niemann-Pick Disease Type C2
KCNQ4 Inherited Deafness NR2E3 Retinitis Pigmentosa
KIAA0196 Spastic Paraplegia 8 NRAS Noonan Syndrome
KLHL7 Retinitis Pigmentosa NSD1 Sotos Syndrome
KRAS Noonan Syndrome NUDT19 Retinitis Pigmentosa
KRT5 Epidermolysis Bullosa Simplex OCA2 Oculocutaneous Albinism Type 2
KRT14 Epidermolysis Bullosa Simplex OCRL Lowe Syndrome
L1CAM Spastic Paraplegia Type 1 - L1 Syndrome OTC Ornithine Transcarbamylase Deficiency
LAMB3 Epidermolysis Bullosa Simplex PABPN1 Oculopharyngeal Muscular Dystrophy
LAMP2 Dilated Cardiomyopathy PAFAH1B1 Lissencephaly 1
LDB3 Dilated Cardiomyopathy PAH Phenylketonuria (PKU)
LMNA Limb-Girdle Muscular Dystrophy, Type 1B PAX3 Waardenburg Syndrome, Type 1
LRAT Retinitis Pigmentosa PAX6 Aniridia
LRRK2 Parkinson Disease PCDH15 Usher Syndrome Type 1
MAPRE2 Retinitis Pigmentosa PEX1 Zellweger Syndrome
MAPT Parkinson-Dementia Syndrome PEX3 Peroxisome Biogenesis, Zellweger
MC1R Oculocutaneous Albinism Type 2 PEX5 Neonatal Adrenoleucodystrophy
MECP2 MECP2-Rett Syndrome PEX10 Peroxisome Biogenesis, Zellweger
MED12 Fryns Syndrome PEX13 Peroxisome Biogenesis, Zellweger
MEN1 Multiple Endocrine Neoplasia Type 1 PEX14 Peroxisome Biogenesis, Zellweger
MERTK Retinitis Pigmentosa PEX19 Peroxisome Biogenesis, Zellweger
MFN2 Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 2A PEX26 Peroxisome Biogenesis, Zellweger
MLH1 Turcot Syndrome PINK1 Parkinson Disease
MMAA Methylmalonic Acidemia PKD1 Polycystic Kidney Disease, Autosomal Dominant
MMAB Methylmalonic Acidemia PKD2 Polycystic Kidney Disease, Autosomal Recessive
MMACHC Methylmalonic Acidemia PKHD1 Polycystic Kidney Disease, Autosomal Recessive
MPZ Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 1B PKP2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy
MSH2 Turcot Syndrome PLEC Epidermolysis Bullosa Simplex
MTM1 X-Linked Myotubular Myopathy PLN Dilated Cardiomyopathy 1P
MUT Methylmalonic Acidemia PLOD1 Ehlers-Danlos Syndrome, Kyphoscoliotic Form
MYBPC3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PMM2 Congenital Disorder of Glycosylation Type 1a
MYH11 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections PMP22 Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 1A
MYH6 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy POLG Alpers Syndrome
MYH7 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PPT1 Ceroid Lipofuscinoses (Batten Disease)
Symbol Disease Symbol Disease
MYL3 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PRKAG2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy
MYLK Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PROM1 Retinitis Pigmentosa
MYO7A Usher Syndrome Type 1 PRPF8 Retinitis Pigmentosa
MYOZ2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy PRPF31 Retinitis Pigmentosa
NF1 Neurofibromatosis Type 1 PRPH2 Retinitis Pigmentosa
NF2 Neurofibromatosis Type 2 PSEN1 Early-Onset Familial Alzheimer Disease
NIPBL Cornelia de Lange Syndrome PSEN2 Early-Onset Familial Alzheimer Disease
NKX2-5 Tetralogy of Fallot PTCH1 Holoprosencephaly-7 & Basal Cell Nevus Syndrome
NPC1 Niemann-Pick Disease Type C1 PTPN11 Noonan Syndrome
RAF1 Noonan Syndrome SLC26A4 Pendred Syndrome/Syndromic Deafness
RAG1 Severe Combined Immunodeficiency SMAD3 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections
RAG2 Severe Combined Immunodeficiency SMAD4 Juvenile Polyposis Syndrome
RAI1 Smith-Magenis Syndrome SNCA Parkinson Disease
RAPSN Congenital Myasthenic Syndromes SNRNP200 Retinitis Pigmentosa
RB1 Retinoblastoma SNTA1 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant
RDH12 Leber Congenital Amaurosis SOD1 Amyotrophic Lateral Sclerosis (Lou Gehrig’s Disease)
RET Multiple Endocrine Neoplasia Type 2 SOS1 Noonan Syndrome
RHO Retinitis Pigmentosa SOX9 Campomelic Dysplasia
ROR2 Brachydactyly, Type B1 SPATA7 Retinitis Pigmentosa
RP9 Retinitis Pigmentosa SPG7 Spastic Paraplegia 7
RPE65 Leber Congenital Amaurosis STARD3 Cardiomyopathy (Dilated)
RPGR Retinitis Pigmentosa TAF1 X-Linked Dystonia-Parkinsonism
RPGRIP1 Leber Congenital Amaurosis TAZ Cardiomyopathy (Dilated)
RPL11 Diamond-Blackfan Anemia TBX5 Holt-Oram Syndrome
RPL35A Diamond-Blackfan Anemia TCOF1 Treacher Collins Syndrome
RPS6KA3 Coffin-Lowry Syndrome TGFBR1 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections
RPS7 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy TGFBR2 Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections
RPS10 Diamond-Blackfan Anemia TMEM43 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy
RPS19 Diamond-Blackfan Anemia TNNC1 Dilated Cardiomyopathy
RPS24 Diamond-Blackfan Anemia TNNI3 Dilated Cardiomyopathy
RPS26 Diamond-Blackfan Anemia TNNT1 Nemaline Myopathy
RS1 X-Linked Juvenile Retinoschisis TNNT2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy
RSPH4A Primary Ciliary Dyskinesia TNXB Ehlers-Danlos Syndrome, Hypermobility Type
RSPH9 Primary Ciliary Dyskinesia TOPORS Retinitis Pigmentosa
RYR1 Malignant Hyperthermia Susceptibility TP53 Li-Fraumeni Syndrome
RYR2 Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy TPM1 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy
SALL4 Duane Syndrome - Autosomal Dominant TSC1 Tuberous Sclerosis Complex
SCN1B Brugada Syndrome TSC2 Tuberous Sclerosis Complex
SCN3B Brugada Syndrome TTPA Ataxia with Vitamin E Deficiency
SCN4B Long QT Syndrome, Autosomal Dominant TTR Familial Transthyretin Amyloidosis
SCN5A Brugada Syndrome TULP1 Retinitis Pigmentosa
SCN9A SCN9A-Related Inherited Erythromelalgia TWIST1 Saethre-Chotzen Syndrome
SEMA4A Retinitis Pigmentosa TXNDC3 Primary Ciliary Dyskinesia
SERPINA1 Alpha-1-Antitrypsin Deficiency TYR Oculocutaneous Albinism Type 1
SERPING1 Angioedema, Hereditary, Types I and II USH1C Usher Syndrome Type 1
SGCD Dilated Cardiomyopathy USH2A Usher Syndrome Type 2
SH3BP2 Cherubism VCL Familial Hypertrophic Cardiomyopathy
SIX1 Branchiootorenal Spectrum Disorders VHL von Hippel-Lindau Syndrome
SIX5 Branchiootorenal Spectrum Disorders WAS Wiskott-Aldrich Syndrome
SLC25A4 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy WRN Werner Syndrome
Ion AmpliSeq
™
カスタムパネル
製品概要 スモールパネル ラージパネル アンプリコン数（ターゲットサイズによる） 24∼96アンプリコン 97∼6,144アンプリコン アンプリコン長 100 or 200bpのいずれか選択 プール数（デザインによる） 1∼3本 サイズ プライマープール（チューブ） 750反応 3,000反応 プライマーペレット（384wellプレート） 1,500反応 6,000反応Ion AmpliSeq™ Designer
ライブラリ 作製
Ion AmpliSeq™
Library Kit Ion OneTouch™ システム
Ion PGM™ シーケンサ Torrent サーバ テンプレート 調製 シーケンシング データ解析
2~4
時間0.5
時間7
時間3.5
時間2.5
時間 Ion AmpliSeq™ Custom Panels 遺伝子情報をオンラインで入力。 所要時間数分。 カスタムパネルの デザイン 製品名 サイズ* 製品番号 価格Ion AmpliSeq™Custom Panel スモール：
750反応 ラージ： 3,000反応 お問い合わせ （1プライマー ペアあたり） ￥750
Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0* 8反応 4475345 ¥96,000
Ion Xpress™Barcode Adaptors
1-16 Kit**
16BC×
10反応
4471250 ¥192,000
* Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0には、96反応（製品番号4480441）、384反応（製品番号 4480442）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。
**Ion Xpress™ Barcode Adaptors 1-16 Kitには、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製 品番号4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520）、81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。詳しくは12ページ をご覧ください。 目的に合わせターゲット領域や遺伝子名から 自在にカスタムプライマープールを作製
Ion AmpliSeq
™Custom Panel
Ion AmpliSeq™カタログパネル（Cancer Hotsopt Panel v2、 Comprehensive Cancer Panel、Inherited Disease Panel）の一部遺 伝子を変更したい、もしくは新規カスタムパネルを作製したい場合、カスタ ムプライマーデザイン設計のための専用サイトIon AmpliSeq™ Designer
を利用することで自由にカスタムパネルを設計することができます。ターゲッ ト領域の設定やサイズ、選択する遺伝子等に応じて、設計されるアンプリコ ンの数が異なり、24∼96アンプリコンのスモールパネルと97∼6,144アンプ リコンまでのラージパネルのいずれかで設計されます。ターゲットの塩基配 列等に応じて、プライマープールの数は異なります。 • 最大6,144アンプリコン、10kb程度までの領域にプライマーを 自由に設計 • Ion AmpliSeq™カタログパネルやコミュニティパネルの カスタマイズにも対応 • 3-4週間程度でお届け 100% 98.7% 95.2% 96.7% 96.6% 93.7% デザイン1 デザイン2 デザイン3 デザイン4 デザイン5 デザイン6 34ホットスポット 8 kb 68 kb 116 kb 171 kb 249 kb 33アンプリコン 77アンプリコン 665アンプリコン 964アンプリコン 1,819アンプリコン 2,310アンプリコン
DNA1_Panel1 DNA2_Panel1 DNA3_Panel1 DNA4_Panel2 DNA5_Panel3 DNA6_Panel4
10x coverage 20x coverage 30x coverage 50x coverage
100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0%
Ion AmpliSeq
™
コミュニティーパネル
Ion AmpliSeq
™
エクソームパネル
臨床研究のニーズに合わせた用途別パネルIon AmpliSeq
™Community Panel
研究ニーズの高い領域のカスタムパネルから、研究者間で検証済のデザ インを公開。再現性の高いシーケンスを実施することができます。コミュ ニティーパネルのラインナップは今後さらに追加されていきます。 • 最先端の研究者の検証済パネルがすぐに利用可能 • 最適化された解析パイプラインを提供 • カスタマイズしてオリジナルパネルにも変更可能 • 1プール当たりDNA量10ng∼からスタート わずか6時間でエクソームシーケンスのためのライブラリが完成Ion AmpliSeq
™Exome Kit
マルチプレックスPCRにより、簡単で効率的なエクソームエンリチメント を可能にしました。60分以内のハンズオンタイムで、6時間以内に。Ion Proton™シーケンサにより、2サンプルを1ランで解読し、2日以内に必要 なエクソーム解析を実行することができます。 • Ion Proton™シーケンサに対応 • 12プールのマルチプレックスPCRによりエクソーム濃縮 • 60分以内のハンズオンタイム • 6時間でライブラリが完成 • DNA量50∼100ngからスタート 製品名 サイズ 製品番号 価格Ion AmpliSeq™ Colon and Lung
Cancer Panel
1 プール ×
750 反応
お問合せ ¥67,500
Ion AmpliSeq™ TP53 Panel 2 プール ×
750 反応
お問合せ ¥18,000
Ion AmpliSeq™ BRCA1 and BRCA2
Panel
3 プール ×
3000 反応
お問合せ ¥125,250
Ion AmpliSeq™ CFTR Panel 2 プール ×
3000 反応
お問合せ ¥76,500
Ion AmpliSeq™ Human Identity Panel 1 プール ×
3000 反応
お問合せ ¥90,000
* Ion AmpliSeq™ Library Kit およびIon PI™ Chip Kit v2（4pack）を含みます。
製品名 サイズ 製品番号 価格
Ion AmpliSeq™ Exome RDY Kit 4 × 2* 4 × 2エクソーム/
プレート+4チップ
4489061 ¥510,000
Ion AmpliSeq™ Exome RDY Kit 1
× 8* 1 × 8エクソーム/ プレート+4チップ 4489873 ¥490,000 製品概要 ターゲット領域 CCDS領域の97％以上 プライマープール数 ~294,000プライマーペア/12プライ マープール 初期DNA量 1サンプルあたり50∼100 ng エクソームエンリッチメントと ライブラリ作製 6時間以内の全行程と60分以内のハ ンズオンタイムで1∼8サンプルの処 理が可能 結果を得るまでの時間 2日（DNAサンプルから解析完了まで） マルチプレックス対応 Ion PI™チップ v2により1ラン1∼2サ ンプルのマルチプレックスに対応 0 5 10 15 20 25 30 35 40
I社 Rapid Exome Capture Kit*
Ion AmpliSeq™ Exome Kit
A社 Exome Kit**
Hands-off time Hands-on time
*I社 Rapid Capture Exome Data Sheet参照 **A社 Exome Data Sheet およびプロトコール参照
HOURS:
手間の掛かるライブラリー定量を3ステップに簡略化
Ion Library Equalizer
™Kit
ライブラリーを専用のプライマーで増幅後、磁気ビーズで吸着、精製する ことで、一定濃度のライブラリーを簡単な3ステップの工程で調製できる キットです。リアルタイムPCRや電気泳動等によるライブラリー定量の 工程を省力化することができます。 •磁気ビーズによる一定量のライブラリー吸着、溶出により、ライブ ラリー定量を大幅に簡略化•Ion Torrent™の各種DNAライブラリー（Ion AmpliSeq™ Library
Kit 2.0、Ion Plus Fragment Library Kit、Ion Xpress™ Plus
Fragment Library Kit）に対応
Ion Library
Equalizer
™
キット
Ion AmpliSeq
™
ライブラリーキット
Ion Xpress
™
Barcode
アダプターキット
最大96サンプルまでの同時ランに対応
Ion Xpress
™Barcode
Adaptor Kit
Ion Torrent™ のためのDNAライブラリーのアダプターに、シーケンスす ることで識別可能な17塩基の配列を挿入。96種類の配列パターンを提供 し、1ラン最大96サンプルのマルチプレックスを可能にします。1ランで多 くのサンプルを同時にシーケンスすることで、サンプルあたりのランコス トを抑えることができます。 • 1ラン最大96サンプルまでのマルチプレックスに対応 Ion AmpliSeq™ 各種パネルのためのライブラリ作製キットIon AmpliSeq
™Library Kit 2.0
Ion AmpliSeq™ 各種パネルを利用してターゲット領域を増幅するための 酵素およびその後のアダプターをライゲーションするための必要な試薬 が含まれています。AmpliSeq™テクノロジーによるライブラリ作製を簡 単に行うことができます。 • Ion AmpliSeq™各種パネルの1プールあたり1反応を使用 • Ion AmpliSeq™各種パネルのライブラリ作製に対応 • 96ＬＶおよび384LVは、96ウェルプレートフォーマットにより、 多サンプル処理のためのオートメーションにも対応 製品名 サイズ 製品番号 価格Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 8反応 4475345 ¥96,000
Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0 – 96LV 96反応 4480441 ¥912,000
Ion AmpliSeq™Library Kit 2.0 – 384LV 384反応 4480442 ¥2,304,000
製品名 サイズ 製品番号 価格
Ion Xpress™ Barcode Adapters 1-16 Kit 16BC×
10 ライブラリー
4471250 ¥192,000
Ion Xpress™ Barcode Adapters 17-32 Kit 16BC×
10 ライブラリー
4474009 ¥192,000
Ion Xpress™ Barcode Adapters 33-48 Kit 16BC×
10 ライブラリー
4474518 ¥192,000
Ion Xpress™ Barcode Adapters 49-64 Kit 16BC×
10 ライブラリー
4474519 ¥192,000
Ion Xpress™ Barcode Adapters 65-80 Kit 16BC×
10 ライブラリー
4474520 ¥192,000
Ion Xpress™ Barcode Adapters 81-96 Kit 16BC×
10 ライブラリー 4474521
¥192,000
製品名 サイズ 製品番号 価格
Ion AmpliSeq
™
デザイナー利用方法
Ion AmpliSeq™
Custom Panelのための専用デザインサイト
Ion AmpliSeq
™Designer
Life Technologiesのオンラインオーダーに登録したIDとパスワードを 利用して、カスタムプローブを自由に設計することができます。
デザインは保存することができ、合成が必要なものだけ、必要な時にオー ダーすることができます。
利用方法
①
Ion AmpliSeq
™Designer
（www.ampliseq.com
）にアクセス「
Sign in
」をクリック②
Life Technologies ID
・パスワードを入力 「Sign in
」をクリック③新規デザインの作成
「
Start a new design
」をクリック④プロジェクト名を入力 「
Save
」をクリック ⑤デザインの入力 デザイン方法（およびデザインタイプ）を 選択し、遺伝子を入力 ⑥デザイン提出 「Submit targets
」をクリック ⑦見積価格の確認 「Request Quote
」をクリックカスタムプライマー設計
Ion AmpliSeq
™
カスタム
/
コミュニティーパネル
オンラインオーダー方法
Ion AmpliSeq
™カスタムパネルなどの製品については、オンラインオーダーシステムを採用しています。
このシステムのご利用には、事前登録が必要となります。
一度ご登録いただければ、次回以降
Life Technologies
のユーザー
ID
とパスワードだけで簡単にご注文いただけます。
オンラインオーダー製品
• Ion AmpliSeq
™カスタムパネル
• Ion AmpliSeq
™コミュニティパネル
〈ご登録方法〉
新規ユーザーアカウントのご登録に関する詳細は、以下のウェブサイトをご参照ください。
www.ampliseq.com
からページ中央「
Sign in
」をクリック
ご登録に関してご不明な点がありましたら弊社ヘルプデスクまでお問い合わせください。
メール：
JPOrderAdminCS
＠
appliedbiosystems.com
電 話：
03-6832-6980
（音声ガイダンス ①のあと インビトロジェンカスタムプライマーの②を選んでください。）ご登録からご注文までの流れ
AmpliSeq
™Designer
にアクセス
「
Register new account
」をクリック
Life Technologies
のオンラインオーダー
新規登録フォームに必要事項を入力
Life Technologies
のオンラインオーダー
ID
とパスワードで
ログインしてデザイン、オンラインオーダー可能に
Ion Reporter
™
ソフトウェア利用方法
Ion Torrent™
のデータ解析をサポートするクラウドアプリケーション
Ion Reporter
™Software
1∼3サンプルまでの比較変異解析や豊富なアノテーション、CNV解析、 16Sメタゲノム解析まで対応したIon Torrent™のデータ解析のためのク
ラウドアプリケーションです。コマンドラインによる操作不要で、グラフィ カルな操作画面で必要なデータ解析を実行できます。
利用方法
①
Ion Reporter
™Software
（
https://ionreporter.iontorrent.com
）にアクセスし、ID
・パスワードを入力。「Sign in
」をクリック ②設定を開始 「Launch analysis
」をクリック ⑥ファイル名を指定して 「Launch Analysis
」をクリック ⑦解析完了済ファイルを選択 ⑧解析結果の確認 ③ワークフローを選択して 「Next
」をクリック ④サンプルを選択して 「Next
」をクリック⑤プラグインを選択して 「
Next
」をクリックデータ解析
Ion TargetSeq
テクノロジー
概要
ターゲットキャプチャーは、特定のゲノム領域を相補的な
DNA
プローブで濃縮し、次世代シーケンサのス
ループットを効率的に利用して、低コストでシーケンスするための手法です。
DNA
ライブラリーを作成した
後、
DNA
ライブラリーとハイブリダイゼーションにより、ライブラリー
-
プローブ複合体を形成し、アビジン
-
ビ
オチン反応により、ターゲット領域を含む
DNA
ライブラリーを回収します。
1
反応で最大
4
サンプルのマルチ
プレックスが可能で、
１サンプルあたり
125 ng
程度の
DNA
ライブラリーがあればシーケンスすることができ
ます。
エクソーム解析のための次世代シーケンスワークフロー ライブラリ作製Ion TargetSeq™ エクソームキット Ion Proton™ シーケンサ
テンプレート調製 シーケンス データ解析
Ion Proton
™System
Exome workflow
Proton™ Torrentサーバ および Ion Reporter™ ソフトウェア Ion Chef™ システム もしくは Ion OneTouch™ 2.0 Duoシステムエクソンキャプチャー
Ion Torrent™
のワークフローに最適化された高密度プローブ設計
Ion TargetSeq
™Human Exome Kit
Ion TargetSeq™ Human Exome Kitは、Ion Torrent™のライブラリサ
イズに適した設計による高密度DNAプローブにより、RNAプローブ方式 よりも低コストなエクソームシーケンスを実現します。エクソームターゲッ ト39.5Mbに及ぶ範囲に対応するよう設計され、CCDsのコード領域の 99.4％以上のキャプチャーが可能です。各ターゲット領域に対して4個以 上のプローブをタイリングするよう高密度なプローブ設計により、ハイブ リダイゼーションを確実に行います。 • 1反応で最大4サンプルのマルチプレックスキャプチャーが可能 • 1サンプルあたり125 ngのDNAライブラリー • 1反応あたり>200万のプローブでキャプチャー カスタムプローブ設計も可能
Ion TargetSeq
™Custom Enrichment Kit
Ion TargetSeq™ Custom Enrichment Kitは、ターゲット領域を100kb
∼10Mbの範囲で自由にキャプチャープローブを設計することができるカ スタムサービスです。ヒト以外の生物種にも対応できます。Ion Torrent™ のライブラリサイズに適した設計による高密度DNAプローブにより、 RNAプローブ方式よりも低コストなエクソームシーケンスを実現します。 • 1反応で最大4サンプルのマルチプレックスキャプチャーが可能 • 1サンプルあたり125ngのDNAライブラリー • 8-12週間でお届け 製品概要 ターゲット領域 エクソーム 39.5Mb領域 3’UTR ncRNA プローブ長 60∼115 bp（平均76bp） プローブ密度 >200万/反応 製品概要 ターゲット領域 100kb∼10Mb プローブ長 60∼115bp（平均76bp） プローブ密度 8∼12週間 製品名 サイズ 製品番号 価格
Ion TargetSeq™ Human Exome Kit 4反応 4477742 ¥144,000
Ion TargetSeq™ Human Exome Kit 12反応 4477743 ¥336,000
Ion TargetSeq™ Human Exome Kit 48反応 4477744 ¥1,152,000
製品名 サイズ 製品番号 価格
Ion TargetSeq™ Custom Enrichment
Kit （100-500 kb）
96反応 A14230 ¥2,304,000
Ion TargetSeq™ Custom Enrichment
Kit （0.5-2 Mb）
96反応 A14229 ¥3,264,000
Ion TargetSeq™ Custom Enrichment
Kit （2-10 M）
96反応 A14228 ¥4,608,000
Ion TargetSeq™ Multi Blocker Kit （2-10 M） 12反応 4477113 ¥48,000 39.5 Mb >99.4%の完全CCDs >97% のCOSMIC V56バリアント （<100 bp） 1,472の miRNA, tRNA, snoRNA, lncRNA 44,100個の予測された miRNA結合サイト エクソン 3' UTR ノンコーディングRNA プローブ長： 60∼115 bp、平均75 プローブ数： 2.1 x106 DNAベイト トータル： 52.7 Mb （プローブ総塩基数）； 46.2 Mb（ターゲット塩基数） Ion TargetSeq™
Human Exome Kitのプローブデザイン
エク ソ ー ム 配 列 カ バ レ ッ ジ （％） カ バ ー さ れた エ ク ソ ー ム 配列数 カバレッジ 100 300,000 250,000 200,000 150,000 100,000 50,000 0 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 Ion TargetSeq™
Human Exome Kitによるエクソーム配列のカバレッジ
赤：カバレッジが低い方から高い方へ並べた際のエクソーム配列に対するカバー率（左目盛） 青：エクソーム配列数（右目盛） ご注文までの流れ ④カスタムプローブの デザイン ⑥カスタムプローブの 合成 Life Technologies US 本社 お客様 注文番号(PO#) を発行 納期 8~12週間 web 経由 注文 ライフ テクノロジーズ ジャパン ①お客様情報 の登録 ②オーダー ⑤デザイン確定 ③リクエスト フォームを 作成 ⑦カスタム プローブ 納品 代理店 代理店 注文番号(PO#)、リクエスト フォーム、Coordinates file A デザインファイル B 再デザインの依頼 C A B C Yes No ライフ テクノロジーズ ジャパン
TaqMan
アッセイ
検出原理
TaqMan® アッセイを用いたSNP解析では、異なる蛍光色素で標識され
たアレル特異的な2種類のTaqMan®プローブとその領域を増幅するよう
にデザインされたプライマーを作成します。
TaqMan® プローブの5'末 端はレポーター の 蛍 光 色 素（VIC® dyeや
FAM™ dye ）で標識され、3'末端にはクエンチャー（Q）が結合しています。 レポーターの蛍光色素はクエンチャーが近接する状態では検出されませ んが、PCRにおいてDNAポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性により ™ ® TaqMan® アッセイを用いたSNP解析の原理 タイピング例 Allele1用のTaqMan®
プローブが機能した場合VIC®の蛍光、Allele2用のTaqMan® プローブが機能した場合FAM™
の蛍光が検 出されます。横軸にVIC®の蛍光強度、縦軸にFAM™
の蛍光強度の相対値をとると、それぞれAllele1のホモ郡、Allele2のホモ群、
Allele1、2のヘテロ群というように空間的に分かれてプロットされます。
プローブが分解されることで検出され、検出される蛍光の種類によりア レルを識別することができます。VIC® dye、またはFAM™ dyeのみが検
出されればそれぞれのホモ接合型、両方が検出されればヘテロ接合型と いうことになります。
TaqMan® SNP Genotyping Assay
の増幅領域は、通常100塩基程 度であるため、断片化したDNAに対する適用性が高いという特徴があ ります。
SNP
ジェノタイピングアッセイ
TaqMan
®Drug Metabolism Genotyping Assays
薬物代謝酵素および薬物輸送タンパク質をコードする約220遺伝子の多 型を対象としたタイピング用試薬です。2,000以上のアッセイの中から、 任意のアッセイをお選びいただけます。
製品名 サイズ 製品番号 価格
TaqMan® Drug Metabolism Genotyping
Assays 150反応 750反応 4362691 ¥59,600 *上段25µL、下段5µL反応系として計算
Human
製品名 サイズ* 製品番号 価格 TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Small scale 300反応 1,500反応 4351379 ¥53,000 TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Medium scale 1,000反応 5,000反応 4351376 ¥96,000 TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Large scale 2,400反応 12,000反応 4351374 ¥185,900 *上段25µL、下段5µL反応系として計算non-Human
製品名 サイズ* 製品番号 価格 TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Small scale 300反応 1,500反応 4351384 ¥53,000 TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Medium scale 1,000反応 5,000反応 4351382 ¥96,000 TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Large scale 2,400反応 12,000反応 4351380 ¥185,900 *上段25µL、下段5µL反応系として計算TaqMan
®Pre-Designed SNP Genotyping Assays
TaqMan® SNP Genotyping Assaysは、SNPタイピング用のプローブとプライマーのセットです。高い再現性をもち、簡便な手法によりSNP をタイピングすることができます。450万種類を超えるヒトのアッセイと 約1万種類のマウスのアッセイの中から、遺伝子名やSNP ID等より簡単 に目的のアッセイを検索することができます。 ヒトSNPジェノタイピングアッセイラインナップ アミノ酸置換に関わる機能cSNP：約7万種類 頻度解析がなされているマーカーSNP：約16万種類 国際ハップマッププロジェクト解析済みSNP：約350万種類 薬物代謝およびトランスポーター遺伝子の機能SNP：約2600種類
Human
製品名 サイズ* 製品番号 価格Custom TaqMan® SNP Genotyping
Assays, S-scale, Human
300反応
1,500反応
4331349 ¥58,600
Custom TaqMan® SNP Genotyping
Assays, M-scale, Human
1,000反応
5,000反応
4332072 ¥111,100
Custom TaqMan® SNP Genotyping
Assays, L-scale, Human
2,400反応 12,000反応 4332073 ¥222,200 *上段25µL、下段5µL反応系として計算
non-Human
製品名 サイズ* 製品番号 価格Custom TaqMan® SNP Genotyping
Assays, S-scale, non-Human
300反応
1,500反応
4332077 ¥58,600
Custom TaqMan® SNP Genotyping
Assays, M-scale, non-Human
1,000反応
5,000反応
4332075 ¥111,100
Custom TaqMan® SNP Genotyping
Assays, L-scale, non-Human
2,400反応
12,000反応
4332076 ¥222,200
*上段25µL、下段5µL反応系として計算
Custom TaqMan
®SNP Genotyping Assays
Custom TaqMan® SNP Genotyping Assaysは、いかなる生物種の
SNPにも対応可能なカスタムメイドのSNPタイピング試薬です。目的の SNP近傍配列から最適なSNPタイピング試薬をデザイン・合成いたしま す。SNPの他にも、挿入欠失（6塩基まで）や複数塩基の置換（MNP） にも対応可能です。ヒトSNPの場合にはゲノムサンプルを用いた機能テ ストを行います。
SNP
ジェノタイピング用試薬
SNPタイピングのゴールドスタンダード
TaqMan
®Genotyping Master Mix
TaqMan® Genotyping Master Mixは、リアルタイムPCRを利用したジェ
ノタイピング専用のマスターミックスです。GCやAT含量の高いテンプレー トにおいても高いパフォーマンスが得られます。またTaqMan® Universal Master Mixのプロトコールをそのまま使用することができます。 高い再現性とタイトなクラスタリング GCやAT含量の高いターゲットに対する高いパフォーマンス 試薬分注後、72時間室温で安定
TaqMan® Genotyping Master Mix
製品名 サイズ* 製品番号 価格
TaqMan® Genotyping Master Mix,
1mL
80反応
400反応
4371353 ¥14,000
TaqMan® Genotyping Master Mix,
10mL
800反応
4,000反応
4371355 ¥115,000
TaqMan® Genotyping Master Mix,
10mL × 2
1,600反応
8,000反応
4381656 ¥220,000
TaqMan® Genotyping Master Mix,
50mL
4,000反応
20,000反応
4371357 ¥500,000
TaqMan® Genotyping Master Mix,
50mL × 2
8,000反応
40,000反応
4381657 ¥970,000
TaqMan® Genotyping Master Mix プロトコール
1冊 4371131 無償
TaqMan® Genotyping Master Mix クイックリファレンスカード
1冊 4371130 無償
*上段25µL、下段5µL反応系として計算
TaqMan® Genotyping Master Mixを用いたGC-rich領域における一貫性と信頼
性の高いジェノタイピング
TaqMan®
Genotyping Master Mixを 使 用した94サ ンプ ル（gDNA）で の 実 験 例。
TaqMan® SNP Assay ：C__12050942_10を 用 い て、PCRはGeneAmp® PCR System 9700で、プレートリードは7900HTリアルタイムPCRシステムを使用しました。 ターゲットはGC-richであるCatjespin D遺伝子のrs12214（dbSNP）です。 Fastモードでの高速SNPタイピングには
TaqMan
®GTXpress
™Master Mix
TaqMan® GTXpress™ Master MixはFast PCR対応のSNPジェノタ
イピング専用マスターミックスです｡ SNP解析に至適化された TaqMan®マスターミックスです｡ PCR反応が50分以内でも、データの信頼性はスタンダードPCRと同等 最大50サイクルまで再増幅可能 室温での温度安定性が向上 “Tracking Dye”の採用により、マスターミックス溶液が青色なので確 実に分注可能 スタンダードモードにも対応可能 システム別PCR反応条件
TaqMan® GTXpress™ Master Mix
製品名 サイズ* 製品番号 価格
TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 1mL 80反応
200反応
400反応
4403311 ¥14,000
TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 10mL 800反応
2,000反応
4,000反応
4401892 ¥115,000
TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 50mL 4,000反応
10,000反応
20,000反応
4401890 ¥500,000
TaqMan® GTXpress™ Master Mix, 100mL （2 × 50mL） 8,000反応 20,000反応 40,000反応 4401857 ¥970,000 *PCR反応容量 上段 96ウェル（Standard Block,0.2µL）：25µL 中断 96ウェル（Fast Block,0.1µL）：10µL 下段 384ウェル：5µL
サンプルからSNPタイピングまでをワークフロー化
TaqMan
®Sample-to-SNP
™Kit
TaqMan® Sample-to-SNP™ Kitは、サンプルからのゲノムDNA抽
出、TaqMan®アッセイを用いたSNPジェノタイピング解析までを、1
つの製品で行えるキットです。キットはゲノムDNA抽出試薬と、Fast PCR対応のジェノタイピング専用マスターミックスである“TaqMan®
GTXpress™ Master Mix”で構成されています。このキットを使うと、サ
ンプルからのゲノムDNA抽出に5分、PCR反応は50分以内で終了する ので、サンプルからSNPジェノタイピング解析までが1時間以内で完了し ます。
全 血 / FTAカード塗 布 血 液 / 細 胞 / 組 織 / Buccal swab / Rat・ Mouse tail / Leaf punch / 種子 / FFPE組織切片など、あらゆるサ ンプルに対応
ゲノムDNA抽出は室温または95℃で3分インキュベートするだけで、 DNA定量不要で規定量をPCR反応するだけの簡単操作
Fast PCR対応のTaqMan® GTXpress™ Master Mixを採用して
いるので、ジェノタイピングPCR反応を50分以内に短縮可能
A. Buccal swab, B. Mouse tail, C. Corn leaf, D. FFPE 組織切片
TaqMan®
Sample-to-SNP™
KitのSNP ジェノタイピング例
製品名 サイズ 製品番号 価格
TaqMan® Sample-to-SNP™ Kit
5mL sample prep, 1mL PCR
DNA調製： 100反応
PCR反応： 80反応
4403313 ¥34,000
TaqMan® Sample-to-SNP™ Kit
20mL sample prep, 10mL PCR
DNA調製： 400反応
PCR反応： 800反応
4403083 ¥180,000
TaqMan® Sample-to-SNP™ Kit
20mL sample prep, 50mL PCR
DNA調製： 400反応
PCR反応：4,000反応
4403087 ¥550,000
TaqMan® Sample-to-SNP™ Kit
200mL sample prep, 10mL PCR DNA調製：4,000反応 PCR反応： 800反応 4403081 ¥560,000 * PCR反応容量：25µL TaqMan® Sample-to-SNP™ Kitのワークフロー 詳細は、www.lifetechnologies.com/taqmanのSNP解析用試薬/ キットをご覧ください。
変異解析
わずかな変異も検出
TaqMan
®Mutation Detection Assays
TaqMan® Mutation Detection Assays は、Competitive Allele-Specific
TaqMan® PCR （castPCR）テクノロジーをベースにデザインされてい ます。アレル特異性の高いMGBブロッカーオリゴにより、ターゲット外の 非特異的な反応を抑制することに成功し、わずかな変異でも検出が可能 になりました。 • 高感度検出 0.1から1％までの変異アレルを検出可能 • 高い特異性 ワイルドタイプを抑制し、特異的に変異を検出可能 • 幅広いダイナミックレンジ 対数７ケタにおよぶ広範囲な検出が可能 • 迅速でシンプルなワークフロー シンプルで使い易く、約3時間で結果を入手 • 1アッセイ毎に購入可能 必要な遺伝子・変異のみ購入可能
TaqMan® Mutation Detection Assayのタイプ
アッセイの タイプ 説明 模式図 Mutant Allele Assay ǩ 特定の変異型アレルを検出し ます。 （EGFR_exlqdels_mu*は19種 類の変異を検出） ǩ アレル特異的プライマーが変異 型アレルを検出します。 ǩ MGBブロッカーオリゴスクレオチ ドが野生型アレルを抑えます。 ASP = 対立遺伝子特異的プライマー ASB = 対立遺伝子特異的ブロッカー（MGB） LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブ LSP = 遺伝子特異的プライマー Wild type Allele Assay ǩ 野生型アレルを検出します。 ǩ アレル特異的プライマーが野生 型アレルを検出します。 ǩ MGBブロッカーオリゴヌクレオチ ドが変異型アレルを抑えます。 ASP = 対立遺伝子特異的プライマー ASB = 対立遺伝子特異的ブロッカー（MGB） LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブ LSP = 遺伝子特異的プライマー Gene Reference Assay ǩ 変異を含む遺伝子を検出します。 ǩ 遺伝子特異的なプライマーペア で遺伝子内の変異のない領域を 増幅します。 FP = フォワードプライマー RP = リバースプライマー LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブ MGB: マイナーグルーブバインダー ASB: アレル特異的ブロッカー（MGB） FP: フォワードプライマー RP: リバースプライマー ASP: アレル特異的プライマー LST: 遺伝子座特異TaqMan®プローブ LSP: 遺伝子座特異的プライマー 変異があるかどうかを見たい （定性） 変異がどれくらいあるのかを 見たい（定量） EGFR exon19の い ず れか の deletion変異があるかどうかを 見たい（定性） 見たい遺伝子のReference Assayと、 見たい変異の数のMutant Assay
見たい変異のWild type Assayと
Mutant Assay
EGFR のReference Assay と、
EGFR のExon19 Deletion Assay
アッセイ組み合わせ
Mutation Detector
ソフトウェア（無償）TaqMan® Mutation Detection Assayで得られたデータを専用のソフ
トウェアを用いて解析します。
製品名 サイズ* 製品番号 価格
TaqMan® Mutation Detection Assays （46遺伝子778アッセイから選択）** 150µL 75反応 4465804 ¥80,800
TaqMan® EGFR Exon 19 Deletions Assay 1遺伝子（EGFR）19変異のパッケージ（1）** 150µL 75反応 4465805 ¥80,800
TaqMan® Mutation Detection Reference Assays 46遺伝子から選択 ** 150µL 75反応 4465807 ¥50,000
TaqMan® Mutation Detection IPC Reagent Kit 1 kit 500反応 4467538 ¥28,300
*20µLの反応系として計算 **ウェブオーダー
遺伝子数、アッセイ数は2012年11月現在の情報です。随時リストは更新されておりますので、
