学校法人 早稲田大学
理工学術院 准教授[本務]
先進理工学部 電気・情報生命工学科 バイオインフォマティクス研究室 主宰 先進理工学研究科 電気・情報生命専攻 バイオインフォマティクス研究室 主宰 構造生物・創薬研究所 研究所員
早稲田バイオサイエンスシンガポール研究所 研究所員 ヒューマンパフォーマンス研究所 研究所員
産総研・早大 生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ
(CBBD-OIL)
配列解析アルゴリズム班 班長 （産総研 招聘研究員）
特定国立研究開発法人 産業技術総合研究所
人工知能研究センター（AIRC） 客員研究員
学校法人 日本医科大学
大学院 医学研究科 医療管理学講座 客員教授
連絡先
住所 〒 169-8555 新宿区大久保 3-4-1 55 号館 N 棟 6 階 610B 室 先進理工学部 電気・情報生命工学科 浜田道昭研究室（バイオインフォマティクス研究室）
TEL/FAX 03-5286-3130 （直通） Email [email protected]
Web (研究室) http://www.f.waseda.jp/mhamada/
Web (個人) https://sites.google.com/site/michiakihamada/
学歴
2000年 3 月，東北大学 理学部 数学科 卒業. 学士（理学）取得．
2002年 3 月，東北大学 大学院 理学研究科 数学専攻 修士課程 修了．修士（理学）取得．
2009年 3 月，東京工業大学 大学院 総合理工学研究科 知能システム科学専攻 博士後期課程 (社会人博士課 程) 修了．博士（理学）取得．
職歴
2002年 4 月–2004 年 9 月 株式会社富士総合研究所（現:みずほ情報総研株式会社）研究員 2004年 10 月–2006 年 7 月 (社名変更により) みずほ情報総研株式会社 研究員
2006年 7 月–2010 年 9 月 みずほ情報総研株式会社 コンサルタント
2010年 10 月–2014 年 3 月 東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻 特任准教授 2014年 4 月–現在 早稲田大学 理工学術院 先進理工学研究科 電気・情報生命専攻 准教授
2016年 10 月–現在 産業技術総合研究所 招聘研究員 (産総研・早大 生体システムビッグデータ解析オープ ンイノベーションラボラトリ（CBBD-OIL) 班長)
2017年 4 月–現在 日本医科大学 大学院 医学研究科 客員教授
学会等での活動
国際学術雑誌
Editorial Boardof The Scientific World Journal (Computational Biology section) (2013–current) Editorial Boardof Dataset Papers in Biology [Bioinformatics section] (2012–current)
Editorial Boardof Frontiers in Non-Coding RNA (2011–current)
国際学会
Local Organizing Committee Co-Chairs of The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018)
Program Committee Co-chairsof The 28th International Conference on Genome Informatics Workshop (GIW2017)
Program Committee Member: IIBMP2016 Program Committee Member: WABI2016, 2017
Program Committee Member: BIBM2011, 2012, 2013, 2014, 2015
国内学会
日本バイオインフォマティクス学会 理事 (2014–2016)
日本バイオインフォマティクス学会 選挙管理委員 (2011, 2013)
賞罰
1998年： 川合数学奨励賞 1999年 3 月: 青葉理学振興会奨励賞 2008年 12 月: Oxford Journals JSBi Prize
2010年 3 月: 2008-2009 SIGBIO Best Paper Award 2011年 8 月： The 5th AYRCOB Best Poster Award 2012年 10 月： BIWO2012 Best Poster Award
2014年 12 月：GIW-ISCB-Asia 2014 Best Poster Award 2015年 4 月: 産業技術総合研究所 理事長賞（研究）
2017年 4 月：平成 29 年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞
2017年 9 月：第 6 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017) 優秀ポスター発表賞
公的研究プロジェクト
研究代表者 (PI)
1. 科学研究費助成事業 科学研究費補助金 挑戦的研究 (萌芽), 研究代表者, 「RNA-クロマチン相互作用予 測と応用」, 研究課題番号：17K20032, 平成 29 年 7 月∼平成 32 年 3 月
2. 科学研究費助成事業 科学研究費補助金 若手研究 (A), 研究代表者, 「機能エレメントと深層学習に基づ く長鎖ノンコーディング RNA の機能分類」, 研究課題番号：16H05879, 平成 28 年 4 月∼平成 32 年 3 月 3. 科学研究費助成事業 新学術領域研究, 研究代表者, 「ヒストンバリアントに基づくクロマチンの機能の
推定」, 研究課題番号：16H01318, 平成 28 年 4 月∼平成 30 年 3 月
4. 科学研究費助成事業 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究，研究代表者，「プライバシー保護バイオイン
フォマティクス基盤技術の開発と応用」，課題番号：25540131，平成 25 年 4 月∼平成 28 年 3 月 5. 科学研究費助成事業 科学研究費補助金 若手研究 (A), 研究代表者, 「修飾・編集ＲＮＡの構造予測手
法の研究開発」, 研究課題番号：24680031, 平成 24 年 4 月∼平成 27 年 3 月
分担研究者
1. 科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究 (A)，分担研究者，「エピトランスクリプトーム解析
のための RNA インフォマティクス基盤技術」，課題番号：25240044，平成 28 年 4 月∼平成 31 年 3 月
2. 科学研究費助成事業 科学研究費補助金 基盤研究 (A)，分担研究者，「RNA・タンパク質相互作用の網
羅的予測と検証」，課題番号：25240044，平成 25 年 4 月∼平成 28 年 3 月
連携研究者
1. 科学研究費助成事業 新学術領域研究, lncRNA-mRNA の相互作用ネットワークに基づく lncRNA の機 能推定, 連携研究者
2. 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム, 連携研究者
3. 科学研究費新学術領域研究『生命科学系 3 分野支援活動』ゲノム支援，連携研究者
4. 戦略的国際科学技術協力推進事業，個別化医療を実現するプライバシー保護ゲノム情報解析，連携研究者
Publications
Journal Articles (*: corresponding author; #: joint first authors)
1. Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada*, Identification of transposable elements con- tributing to tissue-specific expression of long non-coding RNAs, Genes (to appear)
2. Taikai Takeda, Michiaki Hamada*, Beyond similarity assessment: Selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm, Bioinformatics (to appear) 3. Michiaki Hamada*, In silico approaches to RNA aptamer design, Biochimie (to appear).
4. Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA inter- actions by integrating tissue specificity in human transcriptome, Biology Direct (2017), 12:15.
5. Tsukasa Fukunaga* and Michiaki Hamada*, RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interaction analysis, Bioinformatics, doi: 10.1093/bioinformat- ics/btx287.
6. Michiaki Hamada*, Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Martin C. Frith*, Training alignment parameters for arbitrary sequencers with last-train, Bioinformatics 33(6), 2017, 926-928.
7. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA- protein rigid body docking by incorporating force field for molecular dynamics simulation into the scoring function, J. Chem. Theory Comput. (2016), 12 (9), pp 4688–4697. DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00254. Publication Date (Web): August 5, 2016.
8. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai∗, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, Nucleic Acid Res. (2016), 44 (W1): W302-W307. doi: 10.1093/nar/gkw337.
9. Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Mieko Yamada, Tomoko Abe∗, AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana, Genes & Genetic Systems 2017 Mar 17;91(4):229-233.
10. Goro Terai#, Junichi Iwakiri#, Tomoshi Kameda, Michiaki Hamada∗, Kiyoshi Asai*, Comprehensive prediction of lncRNA-RNA interactions in human transcriptome, BMC Genomics (2016) 17(Suppl 1):article no. 12. # Joint first authors.
11. Junichi Iwakiri#, Michiaki Hamada#, Kiyoshi Asai*, Bioinformatics tools for lncRNA research, Biochim Biophys Acta (2016) Jan;1859(1):23-30. #Joint first authors
12. Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, Privacy-preserving search for chemical compound databases, BMC Bioinformatics 2015;16 Suppl 18:S6.
13. Michiaki Hamada∗, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki, Kiyoshi Asai, Learning chromatin states with factorized information criteria, Bioinformatics (2015) 31 (15): 2426-2433.
14. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada*, A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction, Computational Biology and Chemistry (2015) 57: 72–79.
15. Ryota Mori∗, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Efficient calculation of exact probability distributions of integer features on RNA secondary structures, BMC Genomics 2014, 15(Suppl 10):S6
16. Edward Wijaya∗, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada∗, Reference-free Prediction of Re- arrangement Breakpoint Reads, Bioinformatics (2014) 30(18):2559-67.
17. Junichi Iwakiri∗, Tomoshi Kameda, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada∗, Analysis of base-pairing prob- abilities of RNA molecules involved in protein-RNA interactions, Bioinformatics 29 (20): 2524-2528, 2014.
18. Michiaki Hamada∗, Fighting against uncertainty: An essential issue in bioinformatics, Briefings in Bioinformatics (2014) 15 (5): 748-767.
19. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada∗, CentroidAlign-Web: a fast and accurate multi- ple aligner for long non-coding RNAs, Int. J. Mol. Sci. 2013, 14(3), 6144-6156; doi:10.3390/ijms14036144 (special issue: Non-Coding RNAs 2012).
20. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada∗, PBSIM: PacBio reads simulator–toward accurate genome assembly, Bioinformatics, 29 (1): 119-121. 2013.
21. Michiaki Hamada∗Direct updating of an RNA base-pairing probability matrix with marginal prob- ability constraints, Journal of Computational Biology, 19(12): 1265-1276, 2012.
22. Hiroki Asida*, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada∗. Shape-based Alignment of Genomic Landscapes in Multi-scale Resolution, Nucleic Acids Research, 40 (14): 6435-6448, 2012.
23. Michiaki Hamada∗, Kiyoshi Asai, A classification of bioinformatics algorithms from the viewpoint of maximizing expected accuracy (MEA), Journl of Computational Biology, 19(5): 532-549, May 2012. 24. Michiaki Hamada∗, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, Probabilistic alignments with
quality scores: An application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection, Bioinfor- matics 27 (22): 3085-3092, 2011.
25. Michiaki Hamada∗, Koichiro Yamada, Kengo Sato, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai, CentroidHomfold- LAST: Accurate prediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences, Nucleic Acids Research 39(Web Server issue):W100-6, 2011. (Epub 2011 May 11)
26. Hironori Adachi, Akira Ishiguro, Michiaki Hamada, Eri Sakota, Kiyoshi Asai, Yoshikazu Nakamura∗, Antagonistic RNA aptamer specific to a heterodimeric form of human interleukin-17A/F, Biochimie 93(7):1081-1088, 2011.
27. Kengo Sato∗, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, IPknot: fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming, Bioinformat- ics 27(13):i85-i93, 2011.
28. Michiaki Hamada∗, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, Kiyoshi Asai, Generalized Centroid Estimators in Bioinformatics, PLoS ONE 6(2):e16450, 2011.
29. Michiaki Hamada∗, Kengo Sato, Kiyoshi Asai, Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences, Nucleic Acids Research 39(2):393-402, 2011.
30. Michiaki Hamada∗, Kengo Sato, Kiyoshi Asai, Prediction of RNA secondary structure by maximiz- ing pseudo-expected accuracy, BMC Bioinformatics 11:586, 2010.
31. Yuki Kato∗, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu, Rac- tIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming, Bioinformatics 26(18): i460-i466, 2010.
32. Kengo Sato∗, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Yasufumi Sakakibara, A non- parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures, Journal of Bioinformatics and Computational Biology 8(4): 727-742, 2010.
33. Martin C Frith∗, Michiaki Hamada and Paul Horton, Parameters for accurate genome alignment, BMC Bioinformatics 11:80, 2010.
34. Michiaki Hamada∗, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, CentroidAlign: Fast and Accurate Aligner for Structured RNAs by Maximizing Expected Sum-of-Pairs Score, Bioin- formatics, 25(24): 3236–3243, 2009.
35. Kengo Sato∗, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Toutai Mituyama, CentroidFold: a web application for RNA secondary structure prediction, Nucleic Acids Research, 37(suppl2): W277–280, 2009.
36. Michiaki Hamada∗, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, Predictions of RNA secondary structure by combining homologous sequence information, Bioinformatics, 25(12): i330–i338, 2009.
37. Michiaki Hamada∗, Hisanori Kiryu, Kengo Sato and Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai, Predictions of RNA secondary structure using generalized centroid estimators, Bioinformatics, 25(4): 465–473, 2009.
38. Michiaki Hamada∗, Mituyama Toutai and Kiyoshi Asai, Large Scale Similarity Search for Locally Stable Secondary Structures among RNA Sequences, IPSJ transaction on Bioinformatics, 2: 36–46, 2009. 39. Kiyoshi Asai∗, Hisanori Kiryu, Michiaki Hamada, Yasuo Tabei, Kengo Sato, Hiroshi Matsui, Yasub- umi Sakakibara, Goro Terai and Totai Mituyama, Software.ncrna.org: web servers for analyses of RNA sequences, Nucleic Acids Research, 36(suupl 2), W75–W78, 2008.
40. Michiaki Hamada∗, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, and Kiyoshi Asai, Mining frequent stem patterns from unaligned RNA sequences, Bioinformatics, 22(20):2480–2487, 2006.
41. Michiaki Hamada∗, Cheng Feng, Yuichiro Inagaki, Unpei Nagashima, Kazuaki Murakami and Hi- roshi Chuman, A High Performance Computing Environments for Prediction of Activity and func- tion of Biomolecules: An Application to Analysis of HIV Protease Inhibitors, Transactions of the Japan Society for Industrial and Applied Mathematics, 14(4), 267–288, 2004. (in Japanese)
42. Michiaki Hamada∗, Remark on application of distribution function inequality for Toeplitz and Han- kel operators, Hokkaido Mathematical Journal, 32: 193-208, 2003.
Proceedings (Peer-reviewed, Full paper)
42. Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai and Yasufumi Sakakibara, A non- parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures, The 9th Workshop on Al- gorithms in Bioinformatics (WABI 2009), 2009. Also in Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI) 5724, pp. 286-297, 2009.
43. Michiaki Hamada∗, Yuichiro Inagaki, and Hiroshi Chuman, Drug Discovery Using Grid Technol- ogy, In High Performance Computing and Grid in Asia Pacific Region, Seventh International Conference (HPCAsia’04), pp. 352-356, 2004.
Books
44. 瀬々潤, 浜田道昭 著, 生命情報処理における機械学習: 多重検定と推定量設計 (Machine learning in bioinformatics), 機械学習プロフェッショナルシリーズ，講談社，2015 年
45. バイオインフォマティクス学会編，バイオインフォマティクス入門，慶應大学出版会，2015 年
46. Michiaki Hamada, RNA secondary structure prediction from multi-aligned sequences, “Methods in Molecular Biology”, 1269, 2015, pp 17-38.
47. Kiyoshi Asai and Michiaki Hamada, Structural alignments, Part II: "Non-Sankoff approaches for Structural alignments", in Chapter 14 of "RNA sequence, structure and function: computational and bioinformatic methods" (in press, will be published in the early 2013).
48. Hitoshi Goto, Sigeaki Obata, Toshiyuki Kamakura, Naofumi Nakayama, Mitsuhisa Sato, Yoshihiro Nakajima, Umpei Nagashima, Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Masakatsu Ito, Takeshi Nishikawa, Tatsuya Nakano, Lennart Nilsson, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Inagaki, Michiaki Hamada and Hiroshi Chuman, Drug Discovery Using Grid Technology, Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers, edited by E.B. Starikov, J.P. Lewis and S. Tanaka (Elsevier B.V., Amsterdam, The Netherlands, 2006) pp. 227–248.
プレゼンテーション
国際学会
1. Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences in- side lncRNAs, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]
2. Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]
3. SCAST:A cost effective diagnostic framework based on cancer associated significant transcript screen- ing, The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), Yokohama, Japan, 15-17 January 2018 [poster, reviewed]
4. Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data, The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017, Seoul | Korea OCT 31 (Tue) - NOV 3 (Fri), 2017 [oral, reviewd]
5. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis. Computational RNA Biology Workshop 2016, 2016/10 [oral, reviewed]
6. Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction method based on seed-and-extension approach. ECCB2016, 2016/9 [poster, reviewed]
7. Michiaki Hamada, Training alignment paremters for Nanopore and PacBio sequencers, WABI2016, 2016/08 [poster, reviewed]
8. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Search of the sequences common in human lncRNAs, RNA2016, Kyoto, Japan. [poster, reviewed]
9. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai, Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, RNA2016, Kyoto, Japan. [poster, reviewed]
10. Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada, Computational prediction of lncRNA-mRNA inter- actions by integrating tissue-specificity of human transcripts, RNA2016, Kyoto, Japan. [poster, re- viewed]
11. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA- protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function, RNA2016, Kyoto, Japan [poster, reviewed]
12. Wataru Okada, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Investigation of evolutionarily conserved NEAT1- NEAT1 interactions, RNA2016, Kyoto, Japan. [poster, reviewed]
13. Michiaki Hamada, Comprehensive Prediction of lncRNA-RNA Interactions in Human Transcrip- tome, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), San Francisco Bay Area, United States, Jan 11th-13th, 2016 [oral, reviewed]
14. Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada (presenter), A semi-supervised learning ap- proach for RNA secondary structure prediction, The thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Confer- ence (APBC2015), HsinChu, Taiwan, Jan 21th-23th, 2015. [oral, reviewed]
15. Kotaro Ishii, Yusuke Kazama, Tomonari Hirano, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe; Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants in Arabidopsis thaliana; The 26th international conference on arabidopsis research; 2015.[poster, reviewed]
16. Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe; Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants, International Symposium on Genome Science 2015; 2015/01 [poster, reviewed]
17. Takashi Matsuda, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai; Prediction of joint RNA secondary structure by using their homologous sequence information; GIW2014; 2014; Tokyo, Japan; Best poster award [poster, reviewed]
18. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Koji Nuida, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai; Privacy-preserving search for a chemical compound database; ISMB/ECCB 2013; 2013. [poster, reviewed]
19. Hiroki Ashida, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; A New Approach to Elucidate Genomic Landscapes in MultiscaleResolution; 5th Asian Young Researchers Conferenceon Computational and Omics Bi- ology(AYRCOB); 2011/08 (Best poster award was given to this poster) [poster, reviewed]
20. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Kiyoshi Asai; Centroid series: fundamental pro- grams of sequence analysis for non-coding RNAs; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011); 2011/06. [poster, reviewed]
21. Hironori Adachi, Akira Ishiguro, Michiaki Hamada, Eri Sakota, Kiyoshi Asai, Yoshikazu Nakamura; Antagonistic RNA Aptamer Specific to a Heterodimeric Form of Human Interleukin-17 A/F; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011); Jun 2011.
22. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu; Binary Estimation Problems in Structural Informa- tion Analysis of RNA; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.
23. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu; Rac- tIP: Fast and Accurate Prediction of RNA-RNA Interaction Using Integer Programming; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). 2011/06.
24. Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai; IPknot: Fast and Accurate Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots Using Integer Programming; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). 2011/06.
25. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Toutai Mituyama; Software tools for RNA sequence analysis in ncrna.org; PSB2011, 2011/01.
26. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai; Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs; ISMB2010, 2010/07
27. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu; Rac- tIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming; ISMB2010(Poster). 28. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton; How (not) to Align Genomes; The 20th International
Conference on Genome Informatics December 14-16; 2009. (poster presentaion)
29. Michiaki Hamada, Kengo Sato(*), Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai; CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs; The 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009). (Poster presentation; Reviewed international conference) 30. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai; Predictions of RNA secondary structure by combining homologous sequence information; IThe 17th Annual Inter- national Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Con- ference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (Oral presentation; Reviewed International conference)
31. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai; CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs,The 17th Annual Inter- national Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 7th Annual European Con- ference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2009). (poster presentation; Reviewed international conference)
32. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai; Mining Local Secondary Struc- ture Motifs from Unaligned RNA Sequences Using Graph Mining Techniques; 5th Annual Interna- tional Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB); 2007. (poster presentation)
33. Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Taku Kudo, Taishin Kin, Kiyoshi Asai; RNAmine: Frequent Stem Pat- tern Miner from RNAs; The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006).(poster presentation)
国内学会
1. 藤田 理紗、有村 泰宏、山本 達郎、浜田 道昭、斉藤 典子、胡桃坂 仁志、非コード RNA Eleanor はヌク レオソーム中のヒストンの交換を促進する、 2017 年度生命科学系学会合同年次大会 [国内学会、oral] 2. 片山 研太、田頭 将喜、浜田 道昭、佐藤 政充、non-coding RNA の二次構造による網羅的分類、 2017
年度生命科学系学会合同年次大会 [国内学会、poster]
3. 浜田道昭，長鎖ノンコーディング RNA の機能の解明に向けた バイオインフォマティクス技術」 ∼ヒト で数万種類発見されている長鎖ノンコーディング RNA の機能 をいかに明らかにしていくか∼， EWE 三月会 11 月例会，日比谷市政会館，2017 年 11 月 20 日[招待講演]
4. 松谷太郎, 浜田道昭, 因子化情報量基準を用いた LDA のモデル選択, 第 20 回情報論的学習理論ワーク ショップ, 2017.11.8∼11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]
5. 細田至温， 西嶋傑， 福永津嵩， 服部正平， 浜田道昭, Latent Dirichlet Allocation を用いた腸内細菌叢 のコミュニティ解析, 第 20 回情報論的学習理論ワークショップ, 2017.11.8∼11, 東京大学 本郷キャンパス [ディスカッショントラック]
6. 浜田道昭，生命情報科学と私，第９回生命情報科学若手の会、西浦温泉ホテルたつき、2017 年 10 月 8 日 [招待講演]
7. Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, RIblast: an ultrafast RNA-RNA interaction prediction sys- tem based on a seed-and-extension approach, 第 6 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内学会，口頭発表（ハイライトトラック），査読有]
8. Mei Takeda, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Estimation of mapping parameters for PAR-CLIP data using LAST-TRAIN, 第 6 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内学会，ポス ター発表，査読有]
9. Yuta Arizono, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Classification of Chromatin States with Hierarchical Hidden Markov Model, 第 6 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内 学会，ポスター発表，査読有]
10. Wataru Okada, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose and Michiaki Hamada, Selection of novel arcRNA candidates from RNA-seq data and search for common local secondary structure motifs, 第 6 回生命 医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内学会，ポスター発表，査読有]
11. Yuki Takeda and Michiaki Hamada, Analysis of histone modifications using latent feature models, 第 6 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内学会，ポスター発表，査読有]
12. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Privacy-preserving profile HMM using homomorphic encrypt system toward secure genome analysis, 第 6 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国 内学会，ポスター発表，査読有]
13. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, Prediction of mRNA m6A sites in the mammalian genome, 第 6回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内学会，ポスター発表，査読有]
14. Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada, Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs, 第 6 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内学会，口頭発表，査読有]IIBMP2017ポスター賞
15. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Integrative analysis of multiple ribosome profiling datasets reveals widespread lncRNA-ribosome interaction in mammals, 第 6 回生命医薬情 報学連合大会 (IIBMP 2017), 2017/09/29 [国内学会，口頭発表，査読有]
16. 福永 津嵩, 岩切 淳一, 小野 幸輝, 浜田 道昭, lncRNA-mRNA の網羅的相互作用予測へ向けた高速な RNA- RNA 相 互作用予測ソフトウェア RIblast の開発, 第 19 回日本 RNA 学会（富山）, 2017/07/19 [国内学 会，口頭発表，査読有]
17. 千島 崇史, 岩切 淳一, 浜田 道昭, lncRNA の組織特異的な発現に関与する Transposable Element の同定, 第 19 回日本 RNA 学会（富山）, 2017/07/19 [国内学会，ポスター発表，査読有]
18. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Ribosome profiling reveals the plurality of ribosome- associated long non-coding RNAs in mammals, 第 19 回日本 RNA 学会（富山）, 2017/07/19
19. 福永 津嵩, 岩切 淳一, 小野 幸輝, 浜田 道昭. ヒト lncRNA-RNA の網羅的相互作用予測及びデータベース の構築 第五回 NGS 現場の会 2017/05 [国内学会，ポスター発表，査読有]
20. 曽 超, 福永 津嵩, 浅井 潔, 浜田 道昭. Identification and classification of translational apusing and ribosome-associated lncRNAs 第五回 NGS 現場の会 2017/05 [国内学会，ポスター発表，査読有] 21. 細田 至温, 西嶋 傑, 福永 津嵩, 服部 正平, 浜田 道昭. トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解
析 第五回 NGS 現場の会 2017/05 [国内学会，ポスター発表，査読有]
22. 松谷 太郎, 宇恵野 雄貴, 福永 津嵩, 浜田 道昭. トピックモデルを用いた, がんゲノムの変異シグネチャー 解析 第五回 NGS 現場の会 2017/05[国内学会，ポスター発表，査読有]
23. 細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析, 第 11 回日本ゲノム微生物学会年会, 横浜, 2017 年 3 月 4 日 [国内学会，ポスター発表，査読有]
24. Taikai Takeda, Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Models using Fac- torized Information Criterion, 第１９回情報論的学習理論ワークショップ（IBIS2016）, 2016.11.16 19 (京都大学 吉田キャンパス) [国内学会，ポスター発表，査読有]
25. 宇惠野雄貴，浜田道昭, がんゲノムデータからの Mutation Signatures モデルの探索，生命情報科学若手 の会 第８回研究会，2016 年 10 月 12 日∼ 14 日（北海道伊達市大滝セミナーハウス）[国内学会，口頭 発表，査読有]
26. Takafumi Chishima, Michiaki Hamada, Transposable element (TE) derived sequences in human lncRNAs, IIBMP2016, Tokyo. [国内学会，ポスター発表，査読有]
27. Taikai Takeda and Michiaki Hamada, Model Selection for Pairwise Hidden Markov Model, IIBMP2016, Tokyo. [国内学会，ポスター発表，査読有]
28. Yuki Ueno and Michiaki Hamda, Model selection for mutation signature, IIBMP2016, Tokyo. 29. Shimpei Nishida, Shun Sakuraba and Michiaki Hamada, Estimation of RNA free-energy parame-
ters for Watson-Crick stacked base-pairs using both computational and experimental approaches, IIBMP2016, Tokyo. [国内学会，ポスター発表，査読有]
30. Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, 16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation, IIBMP2016, Tokyo. [国内学会，ポスター発表，査読有]
31. Ibuki Mishina and Michiaki Hamada, Implementation and evaluation of privacy-preserving HMM using homomorphic encryption toward disease risk estimation, IIBMP2016, Tokyo. [国内学会，ポス ター発表，査読有]
32. 三品気吹・浜田道昭, 疾患リスクの評価へ向けた加法準同型性暗号によるプライバシー保護ＨＭＭの実装 と評価, 第 108 回 MPS・第 46 回 BIO 合同研究発表会, 2016 年７月, 沖縄 [国内学会，口頭発表，査読有] 33. 由良 敬, 岩切 淳一, 浜田 道昭, 浅井 潔, 亀田 倫史, 分子動力学計算を用いた蛋白質 RNA 複合体立体 構造 予測, 第 29 回分子シミュレーション討論会, 2015 年 11 月 30 日 (月) 2015 年 12 月 2 日 (水), 朱鷺メッセ (新潟コンベンションセンター)
34. 亀田 倫史, 岩切 淳一, 浜田 道昭, 由良 敬, 浅井 潔, 蛋白質・RNA 複合体の立体構造予測 Three dimensional protein-RNA complex structure prediction, 第５３回日本生物物理学会年会, 金沢大学, 2015 年 9 月 13 日∼15 日
35. 河原 郁美, 亀田 倫史, 池端 悠介, 芦原 悠太, 古板 恭子, 杉木 俊彦, 浜田 道昭, 藤原 敏道, 河野 憲二, 田中 好幸, 6 児嶋 長次郎, 小胞体ストレスセンサー Ire1p RNase ドメインの基質認識機構, 第 54 回 NMR 討 論会
36. 浜田道昭; 次世代バイオインフォマティクス技術の研究開発; 医薬会セミナー; 2013 年 9 月 25 日; 国立国 際医療研究センター; 口頭発表;[招待講演]
37. 浜田道昭;【特別講演】正確な塩基対推定のための RNA の 2 次構造予測–分布を考えることの重要性–; 分 子計算研究会; 2009 年 3 月;; 口頭発表;[招待講演]
38. 浜田道昭;【オーガナイズド講演】非整列 RNA 配列群からの頻出ステムパターンのマイニング; 第９回情 報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2006); 2006 年 10 月; 口頭発表;[招待講演]
39. 寺井 悟朗，岩切 淳一，亀田 倫史，浜田 道昭，浅井 潔; ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測; 第 17 回日本 RNA 学会年会; 2015 年 07 月 15 日; 札幌パークホテル; ポス ター発表
40. 岩切 淳一，寺井 悟朗，亀田 倫史，浅井 潔 ，浜田 道昭; RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測; 第 17 回日本 RNA 学会年会; 2015 年 07 月 15 日; 札幌パークホテル; ポスター発表 41. 由良 敬，岩切 淳一，浜田 道昭，浅井 潔，亀田 倫史; 分子動力学計算を用いた蛋白質 ï¡ˇeRNA 複合体立
体構 予測; 第 17 回日本 RNA 学会年会; 2015 年 07 月 15 日; 札幌パークホテル; ポスター発表
42. 浜田道昭; 早稲田大学理工学術院バイオインフォマティクス研究室における NGS 関連研究の紹介; 第 4 回 NGS 現場の会; 2015 年 7 月 1 日; つくば国際会議場; ポスター発表
43. 石井 公太郎，平野 智也，風間 裕介，浜田 道昭，小野 幸輝，阿部 知子; 全ゲノム変異解析のためのパイ プラインの構築; 日本育種学会 第 127 回講演会プログラム 2015 年春季; 2015 ; 玉川大学
44. Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki and Kiyoshi Asai; Learning chromatin states with factorized information criteria; 生命医薬情報学連合大会 2014 年大会; 2014 年 10 月 2 日; 仙台国際セ ンター
45. 浜田道昭; A comprehensive prediction of RNA-RNA interactions from human transcriptome; 2014RNA インフォマティクス道場; 2014; 札幌
46. 浅井潔，浜田道昭，小野幸輝; RNA ２次構造情報解析のための統合ウェブ; 第 16 回日本 RNA 学会; 2014 年 7 月 23 日; ウィンク愛知
47. 森 遼太，浜田 道昭，浅井 潔; Credibility Limit は推定二次構造の定量的な信頼度を示す; 第 16 回日本 RNA 学会; 2014 年 7 月 23 日; ウィンク愛知;
48. 岩切淳一，亀田 倫史，浅井 潔，浜田 道昭; RNA-タンパク質相互作用予測手法の開発; 第 16 回日本 RNA 学会; 2014 年 7 月 23 日; ウィンク愛知;
49. 由良 敬，岩切 淳一，浜田 道昭，浅井 潔，亀田 倫史; 分子動力学計算を用いた蛋白質 ï¡ˇeRNA 複合体立 体構造予測; 第 16 回日本 RNA 学会; 2014 年 7 月 23 日; ウィンク愛知;
50. 浜田道昭; Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non‐ coding RNAs; バイ オインフォマティクスとゲノム医療─その課題と将来展望─; かずさ DNA 研究所/産総研 生命情報工学 研究センター共催ワークショップ; 2013 年 11 月 20 日
51. Diksha Bhalla, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai; Using Deep Learning as a Classi er for Biological Datasets –Hepatitis Dataset as an example–; JSBi2013; 2013 年
52. Ryota Mori, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai; A method for calculating stability of RNA secondar y structure; JSBi2013; 2013 年
53. Kentaro HAMADA, Michiaki HAMADA, Kiyoshi ASAI; "Inferring constraints on amino acids from protein sequence alignment"; BIWO2013; 2013 年
54. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; "A fast and exact calculation for various score distri- butions of RNA secondary structure"; BIWO2013; 2013 年
55. Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asail Tomoshi Kameda; "The 3D structure prediction of Protein and RNA complex"; BIWO2013; 2013 年
56. Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa; Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asail; "An efficient privacy-preserving similarity search protocol for chemical compound databases"; BIWO2013; 2013 年
57. 浜田道昭; 2 次構造情報を基盤とした RNA バイオインフォマティクス技術・ツールの最近の進展，第 15 回日本 RNA 学会; 2013 年 7 月
58. 岩切 淳一, 亀田 倫史, 浅井 潔, 浜田 道昭; タンパク質-RNA 相互作用における RNA2 次構造認識機構：塩 基対確率に基づく解析; 第 15 回日本 RNA 学会; 2013 年 7 月; 松山;
59. 亀田 倫史, 岩切 淳一, 浜田 道昭, 浅井 潔; 蛋白質-RNA の複合体立体構造予測; 第 15 回日本 RNA 学会; 2013年 7 月
60. 米本悠，浜田道昭，浅井潔; 半教師あり学習を用いた RNA 二次構造予測アルゴリズムの提案; 第 35 回日 本分子生物学会; 2012
61. 森遼大，浜田道昭，浅井潔; カノニカル分布に基づく RNA 二次構造の存在確率分布記述手法の開発; 第 35回日本分子生物学会; 2012
62. Kana Shimizu, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Kiyoshi Asai; Developing Privacy- preserving database search protocol for chemical compound libraries; BIWO2012; 2012.
63. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada; Reference Free Approach for De- tecting Chromosomal Rearrangement; BIWO2012; 2012.
64. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; Semi-supervised Learning Approach to Predict RNA Secondary Structure; BIWO2012; 2012.
65. Yukiteru Ono, kiyoshi Asai, michiaki Hamada; PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly; BIWO2012; 2012.
66. Ryota Mori, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; A quantitation and visualization technique for under- standing high dimensional distribution of RNA structures; BIWO2012; 2012.
67. Michiaki Hamada, Direct updating of an RNA base-pairing probability matrix with marginal prob- ability constraints; BIWO2012; 2012.
68. Kiyoshi Asai, Satoshi Yamasaki, Tomoshi Kameda, Goro Terai, Michiaki Hamada, Framework for prediction of RNA-RNA interactions; BIWO2012; 2012.
69. Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada; Reference Free Approach for De- tecting Chromosomal Rearrangement; IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix); 2012
70. Ryota Mori, Michiaki Hamada Kiyoshi Asai; A Method for Measuring RNA Secondary Structure Stability and Reliability Based on Canonical Distribution; IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix); 2012 71. Haruka Yonemoto, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; Semi-supervised Learning Approach to Predict
RNA Secondary Structure; IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix); 2012
72. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; A Classification of Bioinformatics Algorithms from the Viewpoint of Maximizing Expected Accuracy (MEA); IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)
73. Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada; PBSIM: PacBio reads simulator - toward accurate genome assembly; IIBMP2012 (CBI/JSBi/Omix)
74. 森遼大，浜田道昭，浅井潔; カノニカル分布に基づいた RNA の 2 次構造安定性解析の開発; 第 14 回日本 RNA 学会; 2012/7/19
75. 米本悠，浜田道昭，浅井潔; 半教師あり学習を用いた RNA の 2 次構造予測アルゴリズムの提案; 第 14 回 日本 RNA 学会; 2012/7/19
76. 荒井 ひろみ, 清水 佳奈, 浜田 道昭, 津田 宏治, 広川 貴次, 佐久間 淳, 浅井 潔; 検索行動におけるプライバ シ保護; 2012 年度人工知能学会全国大会（第 26 回）
77. Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; A CLASSIFICATION OF BIOINFORMATICS ALGORITHMS FROM THE VIEWPOINT OF MAXIMIZING EXPECTED ACCURACY (MEA); BIWO2011 (Jan, 2012). 78. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai; PROBABILISTIC ALIGNMENTS
WITH QUALITY SCORES: AN APPLICATION TO SHORT-READ MAPPING TOWARD ACCU- RATE SNP/INDEL DETECTION; BIWO2011 (Jan, 2012)
79. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, TakatsuguHirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai; DEVELOPING NOVEL PROTOCOL FOR PRIVACY-PRESERVING SEARCH OF BIT-VECTORS AND ITS APPLICATION TO THE CHEMICAL COMPOUNDS LIBRARY SEARCH; BIWO2011 (Jan, 2012)
80. Michiaki Hamada; Introduction to RNA informatics and maximum expected accuracy (MEA) prin- ciple; 東京大学医科学研究所中井研究室セミナー; Dec. 6
81. Edward Wijaya, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; Protein-Coding Based Assembly of Metagenomic Next-Generation Sequencing Data; CBI/JSBi2011; Nov. 2011.
82. Kana Shimizu, Hiromi Arai, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Kiyoshi Asai; Privacy preserving search for chemical compound libraries; CBI/JSBi2011; Nov. 2011. 83. 浜田道昭; 2 次構造情報に基づく RNA 情報解析技術の現在と今後; RNA/RNP を見つける会 2011; 2011
年 9 月.(口頭発表)
84. Hiroki Ashida, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai; A New Approach to Elucidate Genomic Landscapes in MultiscaleResolution; 5th Asian Young Researchers Conferenceon Computational and Omics Bi- ology(AYRCOB); Aug. 2011. (Best poster award was given to this poster)
85. 浜田道昭; Centroid シリーズ：2 次構造を基盤とした RNA 情報解析ツール群; 次世代バイオインフォマ ティクス研究会 2011; 2011 年 8 月.
86. 浜田道昭; リードのクオリティ情報を考慮した NGS データ解析技術; 次世代バイオインフォマティクス研 究会 2011; 2011 年 8 月.
87. 浜田道昭; プライバシー保護配列解析技術の開発に向けて; 次世代バイオインフォマティクス研究会 2011; 2011年 8 月.
88. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Kiyoshi Asai; Centroid series: fundamental pro- grams of sequence analysis for non-coding RNAs; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011); Jun, 2011.
89. Hironori Adachi, Akira Ishiguro, Michiaki Hamada, Eri Sakota, Kiyoshi Asai, Yoshikazu Nakamura; Antagonistic RNA Aptamer Specific to a Heterodimeric Form of Human Interleukin-17 A/F; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011); Jun 2011.
90. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu; Binary Estimation Problems in Structural Informa- tion Analysis of RNA; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.
91. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu; Rac- tIP: Fast and Accurate Prediction of RNA-RNA Interaction Using Integer Programming; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.
92. Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai; IPknot: Fast and Accurate Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots Using Integer Programming; The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011). Jun 2011.
93. Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C. Frith, Kiyoshi Asai; Probabilistic alignments with quality scores: An application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection; 第一回 NGS 現場の会研究会; 熱海; 2011 年 5 月.
94. Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Toutai Mituyama; Software tools for RNA sequence analysis in ncrna.org; PSB2011.
95. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai; Centroid series: fundamental programs of sequence analysis for non-coding RNAs; ISMB2010. [Poster; Reviewed international conference].
96. Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu; Rac- tIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming; ISMB2010(Poster). 97. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton; How (not) to Align Genomes; The 20th International
Conference on Genome Informatics December 14-16; 2009. (poster presentaion)
98. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai; CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs; 第 32 回日本分子生物学 会; 2009/12/9. (ポスター発表)
99. Michiaki Hamada, Kengo Sato, Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai; CentroidHom- fold: Prediction of RNA secondary structure by combining homologous sequence information; 第 32 回日本分子生物学会; 2009/12/9. (ポスター発表; 査読付き国内会議)
100. 浜田道昭; CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用した RNA の 2 次構造予測; CBRC 2009; 2009/12/04. (口頭発表; 査読なし国内研究会)
101. Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton, How (not) to Align Genomes; CBRC 2009; 2009/12/04. (ポスター発表; 査読なし国内研究会)
102. 浜田道昭; CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用した RNA の 2 次構造予測; 生命情報科学研究セ ミナー; 2009/11/06. (口頭発表; 国内セミナー)
103. 浜田道昭; 期待精度最大化推定とバイオインフォマティクス; 第 21 回 T-PRIMAL セミナー; 2009/09/30.
（口頭発表）
104. 浜田道昭 (*); Centroid シリーズ：RNA の２構造予測／アラインメントのためのツール群; 第 8 回 新し い RNA/RNP を見つける会; 2009/09.（口頭発表; 査読なし国内研究会）
105. Michiaki Hamada, Kengo Sato(*), Hisanori Kiryu, Toutai Mituyama and Kiyoshi Asai; CentroidFold: Predictions of RNA Secondary Structure for Estimating Accurate Base-pairs; The 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009). (Poster presentation; Reviewed international conference) 106. 佐藤健吾, 浜田道昭, 浅井潔, 光山統泰 (*); CentroidFold: RNA 二次構造予測ウェブサーバー; 第１１回
RNA ミーティング; 2009/7. （口頭発表; 査読付き国内会議）
107. 浜田道昭; 正確な塩基対推定のための RNA の 2 次構造予測 "分布"を考えることの重要性 ; 第 1 回生命情 報科学若手の会; 2009/04/26.（口頭発表; 査読なし国内研究会）
108. Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara; A Non- Parametric Bayesian Approach for Predicting RNA Secondary Structures; The 2008 Annual Con- ference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008). (poster presentation; Reviewed inter- national conference) (Oxford Journals JSBi Prize was given to this work)
109. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔; 期待精度を最大化する RNA 情報解析手法の開発; 第 31 回日本分子生物学会（BMB2008）; 2008/12/10. (ポスター発表; 査読有り国内会議)
110. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔; 期待精度を最大化する RNA の 2 次構造予測手法; CBRC2008; 2008/11/7. （口頭発表; 査読無国内研究会）
111. 浜田道昭, バイオインフォマティクスにおける優れた推定量の設計方法; 第 26 回生命情報科学研究セミ ナー; 2008/9/26.（口頭発表; 国内セミナー）
112. 浜田道昭, 木立尚孝, 佐藤健吾, 光山統泰, 浅井潔; 期待精度を最大化する RNA 情報解析手法の開発; 新し い RNA/RNP を見つける会; 2008/9/6.（口頭発表; 査読なし国内研究会）
113. 浜田道昭, 金大真, 浅井潔; RNA 配列群に現れる局所安定２次構造の大規模類似性探索; CBRC 2007; 2007. (poster presentation)
114. Michiaki Hamada, Taishin Kin, Kiyoshi Asai; Large-Scale Similarity Search for Locally Stable Sec- ondary Structures among RNA Sequences; JSBI2007. (poster presentation)
115. 浜田道昭; RNA 配列群に現われる局所安定 2 次構造の大規模類似性探索; 第 6 回新しい RNA/RNP を見 つける会; 2007. （口頭発表）
116. 浜田道昭; 非整列 RNA 配列群からの頻出ステムパターンのマイニング; 東北大学理学部数学科情報学セ ミナー; 2006/12/1.（口頭発表）
117. 浜田道昭; RNA 配列群からの頻出ステムパターンの抽出; 新しい RNA/RNP を見つける会 in お台場; 2006.（口頭発表）
118. 浜田道昭; サポートベクトルマシンを用いた機能性 RNA ファミリーの分類; 新しい RNA/RNP を見つけ る会 in 鶴岡; 2005/9/10. （口頭発表）
119. 浜田道昭, 加藤毅, 金大真, 浅井潔; Support Vector Machine を用いた機能性 RNA ファミリーの分類; 第 ７回日本 RNA 学会; 2005/08/08.（口頭発表）
120. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛; DrugML と Grid 創薬; 日本コンピュータ化学会 2004 春季年会; 2004/5/20. (ポスター発表)
121. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛; Grid 技術と XML データベースを用いた創薬プラットフォームの構築と その応用; 32 回構造活性相関シンポジウム; 2004/11/30. (ポスター発表)
122. 浜田道昭, 稲垣祐一郎, 中馬寛; DrugML とグリッド創薬; 31 回構造活性相関シンポジウム; 2003/11/18. (ポスター発表)
123. 山崎暢也, 吉田郁哉, 浜田道昭, 小野耕平, 渋木 尚, 世古千博, 大谷泰昭; 「ナレッジ活用による研究支援環 境 知見プラットフォーム」のご紹介 3 次元 SEM 像シミュレータへの適用 ; XSLSI テスティングシンポ ジウム/2002. (口頭発表)
Last updated: December 28, 2017
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