Review Multi Dimensional Data
Multi Dimensional Acquire オプションにて収集された多次元データ（*.nd）セットを用いて簡 易表示を行ったり、フィルターで画像選別をすることで新しいスタックデータを構築し、 MetaMorph で解析可能な元画像を作成します。
.nd ファイルについて
Muliti Dimensional Acquisition で撮影されたデータは連番の Stack ファイル、もしくは Tiff フ ァイルとして保存されます。その為、Multi Dimensional Acquisition で指定した保存先には非常 に膨大な量のファイルが格納される事になります。
このままですと必要なタイムポイント、波長、Z 軸プレーンなどのファイルを探すのが大変です ので、それぞれのファイルがどの次元にどの位置に配置されるのかを管理しているのが nd ファイ ルになります。
nd ファイルは 1 つの多次元データセットに必ず一つ作成され、このファイルにより、Review Multi Dimensional Data にて膨大な量のファイルであっても簡単に必要な画像を閲覧する事が 可能です。
たとえるなら nd ファイルは本の目次のような働きをしており、何ページ目にどのデータがあるの かを管理しています。
また、Review Multi Dimensional Data では nd ファイルを作成しない他社製のアプリケーショ ンソフトウェアで撮影したデータでも簡単な操作で nd ファイルを構築したり、また、一部メーカ 及び、機種ごとの独自フォーマットによる nd ファイルと同等の管理ファイルを直接読み込む事も 可能です これにより、取得データ量の増大化による大量の画像データセットに対しても、MetaMorph で 撮影した場合と同様に管理する事が可能となります。 多次元データはこのように多 数の Stack、Tiff ファイルによ って構築されています。 これらの大量のデータの次元 関係を nd ファイルで管理し ています。
操作手順：
1. Apps メニューから Review Multi Dimensional Data…を選びます。 Review Multi Dimensional Data ダイアログボックスが表示されます。
2. ボタンをクリックし、Multi Dimensional Data Set Utilities ダイアログボッ クスで操作したいデータセットを選択します。
3. ここで操作を行なおうとするデータセットが表示されていない場合は、 を クリックします。Browse for Folder ボックスが表示されたらこの中から希望のデータセット が保存されているディレクトリを選び、OK をクリックします。
4. Data Sets（*.nd）ボックスから希望するデータセットをダブルクリックしチェックマークを つけます。
参考：Data Sets ボックスで選択されたデータセットのタイムポイント、 ステージ位置、波長、Z 軸情報を表示
5. ボタンをクリックし、Review Multi Dimensional Data ダイアログボックスに 戻ります。ここで数種類の波長データを持ったデータセットの場合は Wavelengths ボックス に波長情報が表示されるので、どの波長の表示を行ないたいかを選択します。 （チェックを入れると選択された波長の画像が表示されます。） 6. 画像表示グリッドをマウスでクリックすることで見たい場所（時間やフォーカス面など）の 画像をプレビュー表示できます。同様に Time ボタンや Z ボタンをクリックしコマ送りする ことも可能です。（なお、マウスの右クリックで画像の選択を任意に選ぶことも可能で、選ば れた画像にはマトリクス上に×マークが表示されます。また、各縦横の位置を示す数字タイ トルバーをマウスの右でクリックするとクリックした縦列あるいは横列全てを一度に選択す ることができます。もう一度同様にクリックすると解除できます。）
参考：Wavelengths の名称は MetaMorph で撮影したデータセットの場合は、Illumination 名 となります。MetaMorph 以外で撮影したデータセットの場合は、ソフトウェアにより 異なります。 ここを右クリックすることで Z 軸 1set 選択 ここを右クリックすることで Time 軸 1set 選択 電動ステージを使ってマルチポイント撮影を行った場合、表示するステージポイントの選択を 行う事が出来ます。
7. 選択した画像全てを連続的にプレビュー表示する場合は、Selections[X’s]タブ内のボタンを クリックします。（選択画像の全てを解除したい場合は Clear ボタンをクリックします。） 8. Z 軸情報を有するデータセットの場合、 ボタンをクリックすることで、 MetaMorph が最適なフォーカス面を自動抽出してくれます。（時間ポイントごとに選ばれた 画像には×マークがマトリクス上に入ります。）
参考：Select Best Focus は 1 タイムポイントにおける複数の Z 軸画像の中から最もコントラ ストの高い画像を選択します。
輝度の高いゴミやノイズ等の多い蛍光画像の場合、目的のフォーカスプレーンとは違う 画像を選択することがありますので、一度セレクトされた画像の確認を行い、フォーカ スが異なる画像は再度調整を行ってください。
※ 視野内に複数の細胞が点在するような画像の場合は、対象細胞を ROI ツールで選択 後に Select Best Focus 機能を使用してください
9. Display タブでは、プレビュー画像の興味領域指定（ROI ツールで領域設定をした後、Active Region ボタンをクリック）や全領域指定（Full Image ボタンをクリック）をはじめ
Source R:G:B:Gray にそれぞれの画像を指定し、Color Composite にチェックを入れること でカラー画像でのプレビュー表示が行なえます。
10. Z 軸情報を有するデータセットの場合 Z Projection タブで、３次元立体構築を行なった上で のプレビュー表示が行なえます。（但しプレビューの表示速度は遅くなります。）
①Z Projection：チェックを入れると、Z 軸を積み重ねた画像の構築を行います。
②Type：Z Projection 手法の選択を行います。蛍光画像は Maximum、透過画像は Minimum を
選択してください。
③Angle：Z Projection が有効時、画像の表示角度を設定できます。”90”と入力すると真横から見
たアングルとして表示されます。
④Planes：Z Projection の対象プレーンを指定します。All Plane にチェックが入っていると
全ての Z 軸情報を用いて Projection を行います。 ⑤Orientation：Angle での指定角度を水平方向、垂直方向のどちらで行うか設定します。 ⑥Border Color：Angle を使って画像を振った際、表示ウィンドウのブランク色を指定できま す。 ⑦Create Rotation：画像を振りながらのタイムラプス画像を構築します。 ⑧Z Distance：Z 方向の画像間の距離を設定できます。サンプルが薄すぎて視認しにくい場合、 User Specified で任意の長さ(μm)で厚さを一時的に増加して表示可能です。 参考：カラー画像は RGB(赤・緑・青)+透過画像用のグレーの 4 色 合成のみです。 黄色、水色などの中間色との重ね合わせ表示には対応してい ません。 ① ② ③ ④ ⑤ ⑥ ⑦ ⑧ 参考：Z Projection にチェックを入れるとプレビューの表示速度は遅くなりますが、一度全プレ ーンを再生しますと、構築データはメモリに蓄えられ、それ以降の再生速度が向上します。
11. モンタージュ表示を有効にしたい場合は Enable Montage にチェックを入れます。 # of Thumbnails：でモンタージュを構成するサムネイルの枚数設定が行え、設定が終わりま したら ボタンを押します。（サムネイルボックスの移動にはセレクタボタンを使用し、、 サムネイル内の画像をクリックすることでデスクトップ上の画像も更新できます。） 最後にマトリクス上に印された×マークの画像をスタックファイルとして構築する場合は、 ボタンをクリックします。 参考：モンタージュ範囲に×マークをつ けると、作成されたモンタージュ 画像に対応した画像に枠が表示 されます。
参考：モンタージュの作成にはサムネイル画像が必要となります。MetaMorph では Multi Dimensional Acquisition での撮影時に設定により撮影と同時にサムネイル画像を作成保存する事が可能です。 サムネイル画像を作成していないデータセットを読み込んだ場合、Enable Montage 実行時にサム ネイル画像を作成しますか？と確認してきますので、必要であれば実行してください。
ただし、サムネイル画像を作成する場合、全プレーン分の作成を行いますので、ドライブの空き容 量に注意してください。
＊Multi Dimensional Acquisition での撮影中に Review Multi Dimensional を使ったテクニック MetaMorph Version7.1 より、Multi Dimensional Acquisition で撮影中のインターバル時間内に、 Review Multi Dimensional にて nd ファイルを読み込む事で、それまでに保存したデータを表示する ことが可能になりました。
この機能により現在までの撮影状況が確認できますので、長時間のタイムラプス撮影の途中経過確認に 非常に便利です。
12. Multidimensional Acquisition にてタイムラプスの撮影時にイベントマークを設定し、使用 した場合、Review 時にイベントマークをつけたセルに設定したイベントマークのカラーが表 示されます。 これらイベントマークの確認および編集を行う場合は Event Marks のタブをクリックします。 ①タイムポイントにおいて入力したイベントマークあらかじめ設定されたイベントマークカラー で表示されます。なお、ひとつのタイムポイント(セル)において複数のイベントマークを入力 した場合は、複数のカラーが表示されます(上図 9 タイムポイント目を参照ください) ②入力されたイベントマークの編集を行います。 使用されている Event Type を編集します。 ① ② ③ ④
使用中の Event Type および Color が表示さ れていますので、変更する場合はダブルク リックで編集します。
選択されているイベントを編集します。 選択されているイベントテーブルの上のテーブルに新たにイベントを追加します。 選択されているイベントを消去します ③イベントマークの表示設定の ON,OFF の切替え設定を行います。 ④それぞれのイベントマークの内容が表示されます。なお、実験経過時間を表す Elapsed Time 欄 以外のセルにおいてダブルクリックしていただくことで、そのセルの内容を再編集することが 可能です。 ＊イベントマーク機能は Version7.5.3 より追加された機能となっています イベントの編集、追加作業はそれぞれのボタン を押すと左図のウィンドウが表示されます。 このウィンドウにて、Event Type,Color、イベ ント内容の編集のほか、多点タイムラプスにお いては全ステージポジションに反映するのか、 個別のステージポジションのみに登録するの か等の詳細な設定が可能です。
＊MetaMorph 以外のソフトウェアで撮影した多次元データを Review
Multidimensional Data で読み込む方法
1.Main
Review Multidimensional Data ウィンドウ右上にある をクリックします。クリックすると、 Open Sequential Image As Multi Dimensional Image ダイアログボックスが表示されます。
Browse…：多次元データとして構築するベースファイルを選択します。
File Name Convention：多次元データを構築するファイル名の種類を(Ex:***)の例に従って選択します。 Settings：チェックを入れますと Open Sequential Image 実行後に入力した名称+拡張子 seq のファイルが作成さ
れ画像ファイルと同じフォルダに保存されます。
Review Multi Dimensional Data で画像を選択するために必要なファイルです。
2-1.Dimension Info
・File Name Convention が Simple Sequence の場合
Dimension Sizes：選択したファイル配列がどのパターンの次元配列情報なのかを選択し、それぞれの枚数を設定 します。詳細は次項をご覧ください。
Image Name：ファイル名におけるプレーンの increments を示す数値をハイライトにて設定します。 Image Range To Open：全ファイルを使用するか、もしくは、範囲を指定して行うかの選択ができます。
＊Simple Sequence における各次元情報の Increment の取り扱いについて
Simple Sequence ではファイルの配列順番(連番)により”Order of dimensions in selected file”の選択を決定 します。たとえば下記の 12 枚の TIFF ファイルを例に説明します。 GFP と RFP の画像を Z 方向に 3 枚、タイムラプスで 2 回撮影した合計 12 枚の画像です。 上記のファイル配列ですと、それぞれの Dimension の increment が下記の順で行われている事がわかります。 ・各波長、各時間方向それぞれ Z 方向に increment (Z=3) ・GFP から RFP に変わり(Wavelength(W)=2) ・時間方向に increment(T=2) となりますので、設定としては となります。各 Dimension の切り替え順番、それぞれの Dimension 構成枚数を間違えないようにしてください。 以上の設定が完了しましたら、Next ボタンを押して次の設定 3.Dimension Properties に移ります
File001.tif GFP Z=1 T=1 File002.tif GFP Z=2 T=1 File003.tif GFP Z=3 T=1 File004.tif RFP Z=1 T=1 File005.tif RFP Z=2 T=1 File005.tif RFP Z=3 T=1 File006.tif GFP Z=1 T=2 File007.tif GFP Z=2 T=2 File008.tif GFP Z=3 T=2 File009.tif RFP Z=1 T=2 File010.tif RFP Z=2 T=2 File011.tif RFP Z=3 T=2
Z⇒W⇒T
2-2. Dimension Info
・File Name Convention が Complex Sequence の場合
Increment By：プレーン更新となる Increment の基準を選択します。Image はファイルの数そのものが Increment の基準、Plane は stack ファイルに含まれるプレーンの枚数が Increment の基準として定義され ます(ファイルが Stack 形式である事が必要)。
Name：”Increment By”を”Image”とした場合、それぞれの次元情報数を示す数値がファイル名のどの数値なのか をハイライト処理にて指示します。ハイライトを施す部分は数値のみとしてください。
Changes By：”Increment By”を”Plane”とした場合、Increment を何枚ごとに行うかを設定します。
3. Dimension Properties
Open Sequence Image 実行後の各次元情報に指定した名称をつけることが出来ます。
Wavelength：取得波長毎に任意の名称を設定する事が出来ます。
Color：それぞれの Wavelength Image に擬似カラーを設定する事が出来ます。
Stage Label：電動ステージなどを使用してマルチポイント撮影を行った画像の場合、それぞれのステージポイ ントに名称をつけることが出来ます。名称を記入した後、Add ボタンを押すことで Stage Labels として登録できます
Z Distance：Z 軸方向に撮影した画像の場合、それぞれの Z 方向間の撮影間隔(μm)を設定できます。
4.Preview
ここまで行ってきた設定できちんと構築できるか Preview で確認できます。
設定に問題がある場合は、問題のある部分が赤色にて表示されますので、設定を見直してください。
設定に問題が無ければ OK ボタンを押して処理を実行します。
5.処理の実行が完了すると、多次元データとして確認する事が出来ます。
なお、本機能は File メニューにある Multi Dimensional Tools を開き、”Open Sequential As Multi Dimensional Image”から起動することも可能です。
