Microsoft PowerPoint - 3_TS-705(TaqMan_GeneExpressionAssays_製品情報及び検索方法修整10.pptx

Applied Biosystems™

TaqMan™ Gene Expression

Assays

インターネットオーダー方法

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TaqMan Gene Expression Assays の概要

世界最大規模のリアルタイムPCRアッセイ用デザイン済みプライマー＆TaqManプローブセット

TaqMan Gene Expression Assaysのプライマー&プローブセットは、数多くのアッセイ構築で培われたノウハウと経 験に基づいた弊社独自のアルゴリズムを採用しています。 ヒト、マウス、ラットのアッセイの、デザインの元となる遺伝子配列情報は公共のデータベースとセレラのゲノムデータ ベースを使用しており、リピートや偽遺伝子、SNPなどのリアルタイムPCR定量に影響をあたえる可能性のある要因 を排除しています。 またプライマー＆プローブは、Exon-Exonバウンダリーを中心に設計されているのでゲノムDNAの影響を受けにくく、 RNAiの確認、マイクロアレイデータの確認、スプライスバリアントの解析等に最適です。

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多くの遺伝子に対して、複数のTaqMan Gene Expression Assaysがデザインされています。

Exon Boundary特異的な定量が必要ない場合は、納期が早く、価格も割安なTaqMan Gene Expression Assays, Inventoried がご利用できます｡

スプライスバリアントに注目する定量実験を行う場合は、後述のMapViewでExon Boundaryを確認し、対応するア ッセイを選択してください｡

注）Inventoried 製品とMade-to-Order製品には、商品番号、価格、反応数および納期に違いがあるので注文の 際にはご注意下さい。

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蛍光色素VIC ラベルが追加されました。

DuplexでリアルタイムPCRを行う際は、発現レベルが低い遺伝子は従来のFAMラベルを選択し、内在性コントロ ール等の発現レベルが高い遺伝子についてTaqMan Gene Expression Assays, VIC PL（Primer-Limited）シリー ズを選択することをお勧めします。Primerの濃度を抑えることで発現量が高い遺伝子増幅が目的遺伝子の増幅 を阻害する事を避けることができます。

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TaqMan Gene Expression Assaysは、2ステップでのリアルタイム定量PCRによる実験手法にてご使用ください。 また、cDNA調整時の逆転写反応に用いるプライマーは､オリゴdTプライマーだけではなく、ランダムプライマーも ご利用ください。

TaqMan Gene Expression Assays 製品情報

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 TaqMan Gene Expression Assaysを検索するには？

− 以下のサイトへアクセスします。 − アプライドバイオシステムズジャパンウェッブサイトからのリンクもございます。 https://products.appliedbiosystems.com/ab/en/US/adirect/ab?cmd=catNavigate2&catID=60 1267 検索機能 をご利用いただくには、特別な登録は必要ございませんが、製品をご注文いただく 場合には、アプライドバイオシステムズのユーザーID事前登録が必要になります。 ユーザーIDをお持ちでない方は、以下の『インターネットオーダーシステムご利用案内』 より ユーザーIDの登録をお願いします。 http://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/store/pages.jsp?PGCD=15

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

トップページ（ http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/home/index.jsp）で サポート → アッセイ検索を選択します。

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

内在性コントロールについての情報も参照 ください。

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

Gene Expression Assaysもしく は、Non-coding Assaysを選択 遺伝子名、GeneBank ID等 のキーワードを入力 必要に応じてサーチフィールドを 選択 All Text も可 生物種を選択 設定後、Searchをクリック 他の検索オプションを設定後 条件を絞り込んだ検索も可能

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

キーワードの一部しか分からない場合は、入力したキーワードの後に * を入力することで曖昧 検索ができます。 例）インターロイキンすべての検索：IL* キーワード検索は、遺伝子名だけでなく、RefSeqやGenBank、Locus Link等の公共データ ベースIDや遺伝子シンボルでも検索可能です。 アッセイが見つからない場合は、RefSeq IDでの検索が有効です。 RefSeq の見つけ方は、こちらを参照ください。 キーワード検索のヒント

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

Availabilityで、Inventoried、Made to Order Assays情報の確認ができます。 Assay ID をクリックすると、各アッセイの詳細情 報が確認できます。 Inventoried Assaysは Inventoriedと表記され、 non-Inventoried Assaysは Made to Orderと表記されます｡ Ambion SiRNA製品 へのリンク Aligment Mapボタンをクリックすると、ゲノム地図 上でのアッセイマップ情報が確認できます。

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

Inventoried Assaysのみ

Inventoried Assays + Made to order Assaysを含む全製品

Made to order Assaysのみ

検索結果の絞込みを行う場合

チェックボックス選択後、

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法

アッセイの詳細情報画面 Aligment Mapボタンをクリックすると、ゲ ノム地図上でアッセイのマップ情報が確 認できます。 アッセイ_ID アッセイIDに対応する各種情報の表示。

• NCBI Entrez Geneに登録されている遺伝子情報（遺伝子名、遺伝子シンボル NCBIゲノム上のマップ情報など）

• NCBI RefSeqに登録されているmRNA（NM_xxxxxx）、タンパク質（NP_xxxxxx ）及びGenoBankに登録されているmRNA情報

• Exon Boundary,Assay Location各転写産物上でのTaqManアッセイの位置情報 （Probeが設計されているエクソンジャンクションの位置とそのおよその塩基番 号）

• IMAGEクローンのID情報

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Alignment Map • Alignment Mapの表示

• 選択したアッセイに対応する遺伝子Mapが表示されます。

• Show GenBank mRNAsをチェックすると、RefSeq以外のGeneBank mRNAも表示します。

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• でZoom in/Zoom outします。

• TaqMan Assayの上にマウスを置くと、 検出可能なトランスクリプトがハイライト されます。 • トランスクリプトの上にマウスを置くと、 対応するTaqMan Assayがハイライトさ れます。 • TaqMan Assayをクリックすると、アッセ イ詳細情報ページへリンクします。

TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Alignment Map

17 検索リストからのアッセイ選択のフロー エキソンの 指定がある 全てのアッセイから 指定のエキソンを含む アッセイを選択 Inventoriedアッセイ がある 全てのアッセイから 任意のアッセイを 選択 Inventoriedアッセイ が複数ある 目的に適した Inventoriedアッセイを 確認・選択 Inventoriedアッセイを 選択 YES YES YES NO NO NO →特に設計位置の指定がないときにはInventoriedアッセイをご利用ください。

18 Assay IDに含まれる情報 生物種 学名の頭文字の組み合わせです Hs: H. Sapience Mm: M. musculus Rn: R. norvegicus At: A. thaliana Dm: D. melanogaster Ce: C. elegans Rh:M. mulatta Cf:C. familiaris プライマー・プローブセット固有の番号 設計した順番に割り当てられているので、数が 大きいほど新規に設計されたセットであることを 示します Genomic DNA由来の増幅 m: genomic DNAが混入していても増幅しま せん s: 同一のエキソン上にプライマー・プローブが 設計されているので、genomic DNAが混入 していたら増幅します g: 染色体上に相同性の高い配列が存在する ため、genomic DNAから増幅する恐れがあ ります u:プライマーは異なるエキソン上に設計してあ りますが、プローブはエキソンジャンクションで はなく、どちらかのエキソン上に設計されてい ます。genomic DNAから増幅する恐れがあ ります 配列の特異性 1: ターゲット遺伝子特異的に検出することが できます H: 相同性が高いmRNAからも若干(10-15cycleのずれで）増幅する可能性がありま す

19 複数のアッセイから選択するときのポイント ～Assay IDからの判断～ •右から２番目のアルファベットが“m”のものを選択 •genomic DNAからの増幅を考慮する必要がありません •一番右が“1”のものを選択 •特異性の高いセットを選択 •番号が大きいものを選択 •最新のデータベース上の転写産物配列情報を元に設計 注記：上記は目安です ターゲットとなる配列情報も併せてご判断いただくことをお勧めします

20 Inventoried アッセイが沢山ある時の例① Assay IDの数字が一番大きい →最新のアッセイ 対象となる配列数が最も多い →網羅的に検出することが可能

21 Inventoried アッセイが沢山ある時の例②-a Assay IDの数字が一番大きい →最新のアッセイ 対象となる配列数が最も多い →網羅的に検出することが可能 このように最新のアッセイの対象とする配列数が多くない場合 →全てのバリアントを検出することができない可能性が高い →Mapにて対象となるExon位置の確認 Alignment Map スプライシングバリアントなどを表示

22 Inventoriedアッセイが沢山ある時の例②-b Hs01124177_m1 : 多くのSplicing Variantの検出 Hs00357143_g1 : 多くのSplicing Variantの検出 しかし“g”なのでgenomic DNA 由来の増幅の可能性あり Hs00360501_m1 : 3つのValiantだけを検出

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TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法

24 Username/Passwordは、 インターネットオーダー用 のユーザーIDを使用 （6ページ参照） Username・Passwordを入力後、Loginをクリック

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①必要なアッセイをチェック

②Add to Basketをクリック

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Shopping Basketをクリック

27 蛍光ラベル・スケールの変更 数量の更新 – ショッピン グバスケット内の製品の 数量を変更した場合、こ のボタンを押して下さい。 削除 －注文した製品1つ 、もしくは複数を削除する ことができます。 ご注文を先に進める場合、『次へ』ボタ ンを押します。 数量を変更すること ができます。

28 お支払方法について： お支払方法のPurchase Orderの 表示、Blanket Orderの空欄はそ のままで変更しないでください。 お名前には、登録ユーザーのお名 前を半角のアルファベットでご入力 ください。 ｢出荷情報｣ページが表示されます。 お支払方法を確認後、次へをクリックして、ご注文を続けます。

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ご注文の確認を行います。

ご注文を完了するには、『ご注文』ボタンをクリックします。 内容を修正したい場合は、『戻る』ボタンをクリックします。

30 • ご注文が完了し、受注伝票番号を発行します。 • 受注伝票番号が表示されます。番号をお控え下さい。 • ‘印刷用ページ’ボタンを押すと印刷に適したページが表示されます。 • ご登録いただいたお客様のe-mailアドレスに確認メールが送信されます。 • 『お買い物を続ける』ボタンを押すと、引き続き“Products＆Services”ページに戻ります。 『ご注文』ボタンを押すと、｢ ご注文の確認 ｣ページが表示されます。 yamada JPOrderAdminCS

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法：補足

– Advanced Keyword Search

“Advanced Keyword Searchをク リックすると、下記のようなオプショ ンキーワード入力画面が出ます。 必要に応じてキーワードを追加入 力します。

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法：補足

– Batch IDサーチ 1

1. “Batch ID Search”をクリックします。

Batch IDサーチの機能を利用すれば、複数のアッセイを同時に検索することが出来ます｡ Batch IDサーチには、複数のIDを直接入力する検索方法(オプション1)と、保存されたファイ ルを読み込みませて検索する方法(オプション2)があります｡

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TaqMan Gene Expression Assays 検索方法：補足

– Batch IDサーチ 2 2. オプション1：複数のIDを入力（コンマ、スペース、リターンで区切る）します。 3. オプション2：“Browse”ボタンをクリックして、お客様のローカルPCに保存され ているIDリスト、もしくは以前にサーチして得られたアッセイリストのExportファ イルを読み込みます。 4. 種の選択をします。 5. “Search”ボタンをクリックします。 6. アッセイの確認方法は、キーワードサーチの場合と同じです｡

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研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。 The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners.

TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc

本誌に記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。 記述内容は改良のため予告なく変更される場合がありますので、ご了承下さい。 ©2010 Life Technologies Japan Ltd. All right reserved.