Bio-Rad Laboratories は、本書及び付随するソフトウェア、データベースをいつでも変更、または改善する権利を有します。
Bio-Rad Laboratories, Inc., Informatics Division, 2000 Market Street, Suite 1460, Philadelphia, Pennsylvania 19103, USA との書面によ る契約なくして、本書及び付随するソフトウェア、データベース本書及び付随するソフトウェア、データベースの一部または全部の転載、複写、翻訳、 または電子媒体等への変換を禁止します。
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目次
はじめに 6 概 要 ...6 KnowItAll の起動とメイン画面 ...8 プラグインについて ... 10 サーチの実行 12 SearchIt プラグイン ... 12 データベースの選択 ... 12 スペクトルサーチ ... 15 データ処理が必要なスペクトルのサーチ... 19 ストラクチャーサーチ ... 21 プロパティ / ネームサーチ ... 25 ピークサーチ ... 27 多成分解析ツール ... 29 サーチプロファイル ... 33 ヒットリスト / データベースのブラウズ 35 MineIt プラグイン ... 35 データベースウインドウ ... 36 表示プロファイル ... 38 ストラクチャー / プロパティウインドウ ... 39 スペクトルウインドウ ... 39 MCS と OD ヒートマップ ... 41 サーチ結果レポートのカスタマイズ 43 ReportIt プラグイン ... 43 レポートテンプレートのカスタマイズ ... 44 レポートの編集 ... 46 レポートオブジェクトについて ... 48スペクトルの解析 50 AnalyzeIt プラグイン ... 52 チュートリアル ... 54 化学構造式からコリレーション ... 57 官能基ハンドブックの使い方 ... 58 官能基知識ベースの作成と利用方法 ... 58 化学構造式の作成 61 ChemWindow プラグイン ... 61 反応式の作成 ... 64 レポートの保存 ... 67 ユーザーデータベースの作成 ( オプション ) 68 新規作成 ... 68 スペクトルのインポート ... 70 プロパティの登録 ... 75 化学構造式の登録 ... 78 エントリーの削除 ... 79 PubChem を利用してデータベースに物性情報を登録する ... 80 ユーザーデータベースを検索に利用する... 81 ユーザーデータベースのインデックスを作成する ... 82 Appendix 補足 83 ツールバーのカスタマイズ ... 83 ユーザーエディション ... 84 スペクトルウインドウのカスタマイズ ... 85 スペクトルの表示方法 ... 90 スペクトルの追加と削除 ... 94 データベースパスの設定 ... 95 レポートテンプレートのパスの設定 ... 96 KnowItAll 2017 の新機能 97 FAQ より 98 索引 99
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はじめに
概 要 KnowItAll インフォマティクスシステムは、スペクトルの読み込みからデータ処理、検 索、解析、未知化合物の推定、検証、構造式やレポートの作成までをトータルにサポー トするスペクトル検索ソフトウェアです。複雑な操作をコントロールするため、それぞ れの機能はプラグインとして登録されており、次の操作のためのプラグインへのデー タの転送がスムーズに行えるよう設計されています。たとえばレポートの作成は転送 元のプラグインでレポートするオブジェクトを開き、ReportIt プラグインに転送して編 集を行います。これはスペクトル検索とレポート作成といった操作の流れから考える と違和感のないことがご理解いただけると思いますが、一般的なソフトウェアとはそ の操作の概念の異なる場合があります。 ここではスペクトルファイルの読み込みから検索、レポート作成まで一連の流れをサ ンプルスペクトルを使い実際に操作しながら KnowItAll の操作方法を習得していただ きます。 本書では Windows の基本的な操作 ( マウス、メニューやコマンド、ツールボタン、 エクスプローラ、IE の使い方など ) ができることが前提に、サンプルスペクトルを使っ てサーチや構造式やレポートの作成方法などの基本的な操作を説明します。購入され たエディションやオプションによって、対応していない機能がある場合がありますので、 ご了承願います。インストール 別添のインストールノートを参照下さい。 テクニカルサポート 本マニュアルやヘルプファイルを参照しても解決しない問題が発生したときには、次 の点を確認の上、下記へご連絡ください。 1. 使用中の KnowItAll のバージョンとシリアル番号 （KnowItAll を起動し、メ ニューの [ ライセンス ] ⇒ [KnowItAll の詳細情報 ] で確認できます。） 2. PC の仕様 (OS、RAM 容量、HDD 容量等 ) 3. 問題が起こった時の状況とメッセージが表示された場合はそのメッセージの正 確な内容 4. 問題を解決するために行ったこと。 問い合わせ先
バイオ・ラッドラボラトリーズ株式会社インフォマティクス事業部
〒
140-0002
東京都品川区東品川2-2-24
天王洲セントラルタワー20F
℡03-6361-7080
Fax 03-5463-8483
ツールボックス KnowItAllの初期画面 BrowseIt タイトルバー メニューバー 送り先バー ツールボックスのDataグループ プラグインアイコン（SearchIt) KnowItAll の起動とメイン画面 KnowItAll を起動するには PC のデスクトップ上に作成されているショートカットアイ コン をダブルクリックします。
KnowItAll を起動すると最初に BrowseIt プラグインが表示されます。BrowseIt に表 示される画面やツールボックスと登録されたプラグインアイコンは PC の環境や購入し たエディションによって異なります。 画面左側のツールボックスの各グループに登録されたプラグインアイコンを選択して、 操作を開始します。KnowItAll の各プラグインに共通のオブジェクトとその機能は次の 通りです。 ツールボックス 画面左側がツールボックスです。エディションによって表示されるグループや内容 が異なりますが、アプリケーション内の左側に常駐しています。KnowItAll を起動 したとき、BrowseIt プラグインが表示され、ツールボックスは Data グループが開 いた状態となります。各グループとプラグインアイコンの機能については次のペー ジを参照下さい。構造式を作成するときには Basic グループの ChemWindow プ ラグインを選択するなど、目的の操作に応じて、プラグインアイコンを選択します。 タイトルバー 画面最上部のタイトルバーには現在アクセスしているプラグイン名、プログラム名、 エディション名が表示されます。タイトルバーの左のアイコンをクリックして現わ れるコントロール / システムメニューには [ 元のサイズに戻す ]、[ 移動 ]、[ サイ ズ変更 ]、[ 最小化 ]、[ 最大化 ]、[ 閉じる ] のコマンドがあります。このアイコン をダブルクリックして、プログラムを終了させます。バーの右端に最大表示 / 最小 表示、アイコン化、終了のボタンがあります。 メニューバー 二番目のメニューバーでは [ ファイル ]、[ ライセンス ]、[ ヘルプ ] がすべてのプラ グインに共通のコマンドです。メニューバーに表示されるコマンド名はプラグイン の状況に応じて変化します。
送り先バー( 戻り先バー) 三番目の送り先バーには、現状の状況でオブジェクトが転送できるプラグインが表 示されます。状況に応じてタイトルが「戻り先」となったり、表示されるプラグイ ンが変化します。送り先バー左側の矢印で直近に使ったプラグインに戻ることがで きます。 アプリケーションエリア
図は Data グループの SearchIt をクリックし、SearchIt プラグインを開いたもの です。 SearchIt はサーチ条件となるファイルの読み込み、その他の条件を設定をして、 サーチを実行するプラグインです。アプリケーションエリアの左上にプラグイン名 が表示され、状況に応じて、コマンドバー、ツールバーなどが変化します。右は Analytical エディションの SearchIt プラグインの初期画面です。購入したエディ ションによって表示されるアイテムが異なりますが、最初はデータベースタブのみ が表示されます。 データベースタブ SearchItアプリケーションエリア プラグイン名(SearchIt)
プラグインについて KnowItAll インフォマティクスシステムは機能ごとに独立したプラグインで構成されています。プラグインはグループに分類され、アイコンを クリックして開くことができます。グループと登録されたプラグインは次の通りです。( 表示されるアイコンはエディションにより異なります。) KnowItAll インフォマティクスシステム Analyticalエディション Basicグループ 構造式などの基本的な操作 アイコン プラグイン名 主な機能 ChemWindow 化学構造式の作成、編集 ReportIt 他のプラグインから転送されたオブジェクトのレポートレイアウト、レポートテンプレートの編集。 3DViewIt (ChemWindowエディションのみ) 二次元構造式を三次元構造式に変換 BrowseIt KnowItAllの初期画面。 Dataグループ <起動時にはDataグループが展開されます>サーチ条件の設定、データベースやデータの操作 アイコン プラグイン名 主な機能 ID Expert スペクトルをロードするだけで混合物サーチと官能基サーチを行う解析ツール。
Deformulation Expert （オプション） IRサブスクリプションデータベースのサブセット。有機化合物のデータベースのみを検索するツール。
SearchIt サーチの種類、データベースの選択、サーチアルゴリズムの選択、サーチ範囲などサーチ条件を設定します。
Mixture Analysis 混合物サンプルの検索条件の設定を行います。
MineIt MineIt/Create Database （オプション) サーチ結果の検証、データベースのブラウズをサポートするプラグイン。ユーザーデータベース構築オプションがあるとCreate Databaseと表示されます。
QC Expert （オプション） データベーススペクトルと測定スペクトルの類似性を数値化し、合否判定する品質管理用ツール。
ユーザーエディション
ユーザーグループに使用頻度の高いプラグインアイコンを集めて、ユーザーエディションを作成できます。
Appendixの「ユーザーエディションの作成」を参照下さい。
Spectral Processingグループ スペクトルのデータ処理
アイコン プラグイン名 主な機能
ProcessIt IR (Analytical/IRエディションに標準) IRスペクトルのデータ処理
ProcessIt Raman (Analytical/Ramanエディションに標準) ラマンスペクトルのデータ処理
ProcessIt NMR (Analyticalエディションのみ) NMRスペクトルのデータ処理、解析をサポート
ProcessIt MS (Analyticalエディションのみ) MSスペクトルのデータ処理
Spectral Analysisグループ スペクトルの解析支援ツール
アイコン プラグイン名 主な機能
AnalyzeIt IR (Analytical/IRエディションに標準) IRスペクトルのピークから官能基情報を検索し、スペクトル解析をサポート。化学構造式から、赤外吸収ピーク位置の示唆。
AnalyzeIt Polymer IR (オプション) 高分子化合物のIRスペクトルに固有の官能基情報を提供し、スペクトル解析を支援します。
AnalyzeIt Raman (Analytical/Ramanエディションに標準) Ramanスペクトルのピークから官能基情報を検索し、スペクトル解析をサポート。化学構造式からピーク位置の示唆も可能。
AnalyzeIt MVP （オプション) 大量のスペクトルデータを主成分解析するツール。ユーザーデータベース構築オプションが必要。
ValidateIt (Analyticalエディションに標準) 大量のデータをある要素で分離し、2Dプロットを作成します。
SearchIt プラグイン
KnowItAll では、サーチの種類やサーチ条件の設定を SearchIt プラグインで行いま す。ここではデモ用のデータベース Multi Technique Demo Database を利用するた め、サーチ結果は必ずしも良好なものではないことをご了承願います。 1. ツールボックスの Data をクリックし、SearchIt アイコン をクリックします。 2. SearchIt プラグインの左側にはサーチの種類を選択するサーチバーがあり、デー タベース選択用のデータベースタブが表示されます。（サーチバーやデータベース タブに表示される内容はエディションによって異なります。） データベースの選択 データベースが選択されていない ( データベースタブの下のウインドウに何もリストさ れていない ) と SearchIt プラグイン右下にある < サーチ > ボタンがアクティブにな らず、サーチを実行することができません。 1. SearchIt プラグインで < データベースタブ > をクリックし、データベース選択画 面を表示させます。 2. 通常はネットワークデータベースは使用しません。データベースタブに< ネット ワーク > のボタンが表示される場合は画面右上の < 詳細設定 > をクリックし、 サーバー設定タブ < インターネットのデータベースを利用する > のチェックを外し てください。 3. < 対象スペクトル > の < すべて > をクリックしプルダウンリストからデータベー スの種類、ここでは <Raman> を選択してください。 SearchItプラグイン-データベースタブ DataグループのSearchItをクリック 対象スペクトルを選択 データベースが何も選択されていない状態 SearchItアイコン サーチバー 検索対象ファイルの種類 SearchItプラグイン
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サーチの実行
サーチボタン選択された(検索する)データベース 4. < 利用できるデータベース > の左側のウインドウで検索対象とするファイルの種 類を選択します。ファイルの種類に対応する個別のファイルが右のウインドウにリ ストされます。 Reference - Licensed サブスクリプションライセンスが有効なデータベースと購入し たパッケージデータベース。 Reference - Unlicensed ライセンスが有効でないデータベース。 User DB ユーザーデータベース構築オプションで作成したユーザーデー タベース。 Hit List 保存したヒットリスト（検索結果）ファイル。
5. ここでは <Reference - Licensed> をクリックし、右のウインドウから Multi Technique Demo Database を選択します。
6. Multi Technique Demo Database や目的のユーザーデータベースなどがリスト されない場合には次の要領でパスの設定を行ってください。 ① データベースタブ右上の < 詳細設定 > をクリック。 ② 詳細設定ダイアログボックスのローカル設定タブをクリック。 ③ < 追加 > ボタンをクリックして現れる < フォルダーの選択 > ダイアログ ボックスで C:￥ユーザー￥Public ￥パブリックのドキュメント￥Bio-Rad Laboratories ￥KnowItAll を指定し、< フォルダーの選択 > をクリック。 ④ リストされたパスを選び、< サブフォルダを含む > にチェックをして<OK> を クリックします。 ⑤ 元の画面に戻り、利用できるデータベースのウインドウをスクロールダウンし、 目的のデータベース Multi Technique Demo Database を探します。 7. Demo Database を選択し < 追加 > ボタンをクリックすると選択したデータベー
スが下のウインドウに表示されます。これで Multi Technique Demo Database が検索対象に設定されました。 ライセンスのあるデータベースのリスト 詳細設定ボタン 利用できるデータベース Reference - Licensed データベースを選択して<追加>をクリック 詳細設定-ローカル設定タブ データベースパスの設定
データベースの選択解除と再選択 1. データベースの選択を変更するには、まず「選択されているデータベース」のウイ ンドウからデータベースを選択し < 削除 > をクリックし、選択を解除します。 2. KnowItAll ではライセンスのないデータベースでも検索対象にすることができま す。ライセンスのないデータベースで検索した場合、検索結果のデータベース情報 はロックされています。<Reference - Unlicensed> をクリックし、インストール されているデータベースのリストを表示させます。ライセンスのないデータベース は * に囲まれて表示されます。 3. < すべて追加 > をクリックすると、ライセンスのないデータベースが下のウインド ウにリストされ、検索対象とすることができます。 4. ここではデモデータベースを検索するので、< すべて削除 > をクリックし、選択を 解除してください。
5. Reference - Licensed をクリックして、検索対象とするファイル (Multi Technique Demo Database) を選択し、< 追加 > ボタンをクリック、またはダ ブルクリックで検索対象のデータベースに設定します。 Tips 複数のデータベースを選択するには、 CtrlキーやShiftキーを押しながらデー タベースをクリックしてから<追加>をク リックします。 データベースの選択解除 データベースを選択してから<削除>クリック Tips <名称>をクリックすると、データベース名の昇順/降順で、<DBコード>をクリックすると、 DBコードの昇順/降順で並べ替えることができます。 名称をクリックしてデータ ベース名でソート DBソートコードをクリックして
測定スペクトルのロード スペクトルサーチ スペクトルサーチとは測定スペクトルとデータベーススペクトルの形や面積を計算し、 数値の近いデータベースエントリーをヒットリストとして表示させるものです。ここで はラマンスペクトルサーチを例に、スペクトルファイルの開き方、検索、データ処理の 方法などを説明します。 サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコン をクリックします。データ ベースタブのみが表示されます。データベース （ここでは前項で選択した Multi Technique Demo Database）が選択されていることを確認してください。 2. 画面左の < サーチの種類 > からスペクトル <Raman> をクリックします。< ファ
イルを開く > ダイアログボックスが現れます。 スペクトルを開く
1. 練習用のスペクトルファイルを開きます。< ファイルの場所 > は C:￥ユーザー ￥パブリック￥パブリックのドキュメント￥Bio-Rad Laboratories ￥KnowItAll ￥Sampels\Raman を指定します。 2. ファイルの種類を指定します。< ファイルの種類 > の < すべてのファイル > をク リックしてドロップボックスから *.dx を指定します。 3. dx(JCAMP) フォーマットのサンプルスペクトルファイルがリストされます。phenol. dx を選択します。プレビューウインドウにスペクトルファイルが表示されます。 4. < 開く > をクリックすると、SearchIt に Raman スペクトルタブが作成され、ス ペクトルがロードされます。
Note Ramanスペクトルサーチのとき、Ramanスペクトルタブにスペクトルがロードされてい ないと、Ramanのボタンの横に赤い×印が表示されます。スペクトルがロードされると 緑のチェックマークに変わります。
SearchItプラグイン - サーチ種の選択
スペクトルファイルオープンプレビュー スペクトル<Raman>をクリック
サーチ条件の設定 1. サーチアルゴリズム
① 検索時の計算式を設定します。初期値では<Correlation>が選択されています。 ② サーチアルゴリズムの右側の▼をクリックするとプルダウンメニューから
<Euclidean Distance><First Derivatives> を選択することができます。 2. 最適化 ① 最適化にチェックを入れるとヒット率の向上のためにデータベーススペクトル と測定スペクトルに数学的な処理を施します。 ② < 詳細設定 > をクリックすると、最適化の項目の選択と重複するスペクトルの 設定を変更することができます。 ここではすべての項目が選択されていることを確認し、<OK> をクリックします。 最適化は分光学に基づくデータ処理やサーチ条件の設定に代わるものではありません。 サーチの実行 1. < サーチ > ボタンはアプリケーションウインドウの右下にあります。 2. 設定したサーチに対し、サーチ条件が満たされていない場合、< サーチ > ボタン はアクティブにならず、サーチを実行することができません。 3. < サーチ > ボタンをクリックして、サーチを実行します。サーチプログレスバーが 表示されます。 Note サーチアルゴリズムの詳細については [ヘルプ]⇒[SearchItのヘルプ]⇒[スペ クトルサーチについて]を参照下さい。 サーチアルゴリズム サーチ領域設定バー サーチ条件の設定 <サーチ範囲を編集ボタン> クリックすると、サーチ除外範囲とサー チ適用範囲を数値で設定することがで きます。数値でサーチ領域を設定する 場合には<全領域を使用>のチェック マークをはずしてください。 サーチボタン 最適化のユーザー設定
MineItプラグインに表示されるサーチ結果 ストラクチャー/プ ロパティウインドウ スペクトルウインドウ データベースウインドウ サーチ結果 1. サーチ結果は MineIt プラグインに表示されます。サーチごとにタブが作成され、 検索結果が表示されます。ここでは「ヒットリス :phenol[ スペクトル名 ]」のタブ が作成されています。 2. 次のサーチと区別できるようにタブの名称を変更します。タブをダブルクリック して、縦カーソルを表示させ任意の名前をタイプします。ここではヒットリスト "phenol 最適化” とします。
3. リストは HQI(Hit Quality Index) の降順に表示されます。HQI は測定スペクトル とデータベーススペクトルを比較するサーチアルゴリズムに則って計算された数値 で、デフォルトの設定では 100 が完全一致を意味します。 4. スペクトルウインドウとストラクチャー / プロパティウインドウにはデータベース ウインドウのテーブルで選択されたエントリーのスペクトルと物性情報が表示され ます。（最初は一番先頭のエントリーを選択 ) 5. 各エントリーのⓘをクリックすると測定データとデータベーススペクトルで処理さ れた最適化の詳細を確認することができます。 6. 各エントリーをクリックして、アクティブにするとリストされたデータベースの内 容を確認することができます。ヒットリストのブラウズついてはヒットリストのブ ラウズの項を、スペクトルの表示設定の変更は Appendix のスペクトルウインド ウを参照下さい。 タブ名の変更 タブの名前部分をダブルクリックして、タ ブ名を変更することができます。 最適化されたヒットリスト
ヒットリストの保存 1. 最適化したヒットリストを選び、メニューバーの [ ファイル ] ⇒ [ ヒットリストを別 名で保存 ] を選択します。ヒットリストの保存ダイアログボックスで適当なフォル ダとファイル名 (tutor4) を指定して、< 保存 > ボタンをクリックします。 2. MineIt で表示されるヒットリストのタブ名が「ヒットリスト :tutor4」に変わります。 レポートの作成 サーチ結果のレポートを作成します。ここでは [ ファイル ] メニューから印刷を実行し ますが、編集が可能な ReprotIt プラグインへ転送する方法もあります。これについ てはレポートテンプレートのカスタマイズを参照ください。 1. Tutor4.hlt を開き、レポートの体裁を整えるためスペクトルウインドウの表示を変 更します。 ☞ メニューバーの[表示]メニューから[表示モード]⇒[スタック]を選択。 2. 1 番目のエントリーを選択し、[ ファイル ] ⇒ [ 印刷 ] を選択すると印刷ダイアロ グボックスが現れます。プリンターや印刷部数などを設定し、<OK> をクリックし、 印刷を実行します。 レポートテンプレートの変更 1. レポートはデフォルトで設定されたフォーマットで印刷されます。このフォーマット を変更するには [ ファイル ] ⇒ [ レポートテンプレートの編集 ] を選択し、レポー トテンプレートダイアログボックスを開きます。 2. レポートテンプレートダイアログボックスには予め登録されたレポートテンプレー ト名とレイアウトの概要が表示されます。 3. 任意のテンプレートを選択し、< デフォルトに設定 > をクリックして、デフォルト テンプレートに選択したレポート名が表示されるのを確認します。 4. < 閉じる > をクリックして、MineIt プラグインに戻ります。印刷を実行するとデ フォルトに設定したテンプレートでレポートが印刷されます。 ヒットリストの体裁を整える 印刷ダイアログボックス デフォルトのテンプレートレポート デフォルトテンプレートの設定 デフォルトに設定されたテンプレート
データ処理が必要なスペクトルのサーチ
測定スペクトルとデータベースを同じ条件にすることがよいサーチ結果を得る第一歩 です。KnowItAll では Raman スペクトルのデータ処理は ProcessIt Ramanで行い ますが、ここでは SearchIt プラグインにスペクトルをロードしてから、データ処理を 行います。 新規サーチ 1. MineIt プラグインの送り先バー左の⇐を SearchIt プラグインに戻るまでクリッ クします。 2. メニューバーの [ ファイル ] ⇒ [ スペクトルまたは構造式を開く ] を実行し、< ファイルを開く > ダイアログボックスで、< ファイルの場所 > は C:\ ユーザー ￥Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\ Sample\Optimized Correction を指定します。リストされたスペクトルファイル から Raman Spectrum of Mint Candy.wdf を選択し、< 開く > をクリックしま す。
3. SearchIt にスペクトルがロードされている場合には、スペクトルファイルを置き 換えるかどうかのダイアログボックスが開きます。< 新規サーチ開始 > をクリッ クして下さい。新たに "Single scan measurement2"というタブが追加され、ス ペクトルが表示されます。 4. スペクトルウインドウ左下の < ベースライン補正する > のチェックははずしてくだ さい。 データ処理 1. スペクトルウインドウ右下の < スペクトル処理 > ボタンをクリックします。 SearchIt プラグインでスペクトルが表示されている状態で「送り先バー」の ProcessIt Raman をクリックしても同じです。 2. ProcessIt プラグインにスペクトルが転送されます。ProcessIt プラグインの送り 先バーは戻り先に変化します。データ処理したスペクトルはここのコマンドをク リックして SearchIt にスペクトルを戻します。 戻り先バー SearchItプラグインに戻る ProcessIt Ramanへ転送 スペクトル処理ボタン
ベースライン補正 1. 傾いたベースラインを補正します。プロセスツールバーのピーク削除のアイコン をクリックします。< ベースライン補正 > ダイアログボックスが開きます。 2. ここでは補正方法 = 直線、オプション = 自動選択を設定します。< プレビュー > ボタンを押すと、データ処理されたスペクトルがグレーの破線で表示されます。 データ処理を確認して、< 実行 > ボタンを押します。 スペクトルサーチの実行 1. データ処理が完了しました。戻り先バーの <SearchIt に保持して戻る > をクリッ クします。 2. データ処理されたスペクトルが SearchIt プラグインに転送されます。 3. データベースタブで Multi Technique Demo Database を設定して、< サー
チ > ボタンをクリックします。サーチ結果が MineIt プラグインに表示されま す。
4. メニューの [ ヒットリスト ] ⇒ [ 別名で保存 ] を選択します。< ヒットリストの保 存 > ダイアログボックスで "tutor5"と入力し < 保存 > をクリックします。
ChemWindowプラグインへ移動 ストラクチャーサーチ ストラクチャーサーチは化学構造式を作成して、完全一致または部分構造と一致する 化学構造式をデータベースから検索します。データベースに構造式が登録されていな いと実行できません。 サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコン をクリックします。前に行っ たサーチのログが表示されている時は [ ファイル ] ⇒ [ 新規サーチ ] を選択するか アイコン をクリックしてください。 2. データベースタブで、<References-Licensed> からデモ用データベース Multi Technique Demo Database を「選択されているデータベース」に設定します。 3. サーチの種類から < 基本 > の下にある < ストラクチャー > ボタンをクリックして ください。ストラクチャータブが現れ、構造式を表示する画面が現れます。 クエリー構造式の作成 1. サーチ条件となる構造式は、すでにある構造式ファイルをインポートするか、 ChemWindow プラグインで新規に作成します。ここでは新規に作成します。 2. < 編集 > ボタンをクリックして下さい。プラグインが ChemWindow プラグイン に移動します。ここで構造式を作成します。次のような Acetone の構造式を作成 します。構造式の作成方法は化学構造式の作成の項を参照下さい。 3. 作成が終わったら、戻り先バーの <SearchIt へ保持して戻る > をクリックします。 作成した構造式が SearchIt プラグインへ転送されます。 4. 検索条件は < 完全一致 > と< 部分構造サーチ > の二つの条件から選択すること ができます。ここでは < 完全一致 > を選択し、< サーチ > ボタンを押します。 ストラクチャータブ Note ストラクチャータブに構造式がロードされ ていないと、ストラクチャーのボタンの横 に赤い×印が表示されます。構造式が 表示されると緑のチェックマークに変わ り、＜サーチ＞ボタンがアクティブになり ます。 Note すでに作成してある構造式ファイルが 保存してある場合には、<インポート>ボ タンをクリックして、<開く>ダイアログボッ クスから構造式ファイル（*.dsf）を選択 することで、ストラクチャータブに構造式 を読み込むことができます。
MineItプラグインに表示されるサーチ結果 5. 検索が終了するとプラグインが MineIt に移動し、ヒットリストが表示されます。 デモ用データベースに登録されたアセトンのスペクトルが表示されます。ヒットリ ストの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい。 クエリー構造式の編集 1. クエリー構造式を編集して、もう一度検索します。SearchIt アイコン をク リックして、SearchIt プラグインに戻り、ストラクチャータブを選択します。 2. < 編集 > ボタンをクリックします。表示されていた構造式が ChemWindow プラ グインに転送されます。 3. アトムツールからスターマーク（★）を選択して、ボンド先端のヒットボックスをク リックします。 4. 構造式にスターマークが作成されたら、戻り先バーの <SearchIt へ保持して戻る > をクリックします。 5. 条件構造式にスターマークがついているのを確認します。ここではスターマーク部 分に「結合原子なし」を条件としますので、部分構造サーチを選択します。（部分 構造サーチの場合、★は結合原子なしを意味しますが、完全一致を選択すると「す べての結合原子」に意味が変わります。) 設定が終了したら < サーチ > ボタンを 押し、検索を開始します。 6. MineIt プラグインに新しいタブが追加され、新しい条件でのサーチ結果が表示さ れます。 構造式をSearchItへ転送
構造式とサーチ結果 KnowItAll ではボンドのシンボルや相対立体配置のチェックボックスを利用して、構 造式の立体化学をサーチ条件にすることができます。それぞれの設定の仕方は以下の 通りです。 ☞ 通常のボンドで構造式を作成 立体構造を無視して検索がされます。すべての立体異性体と立体化学を指定し ていない構造式が検索の対象となります。 ☞ ボンドにツール を使用 光学異性体 (R/S）すべてが検索対象となります。ヒットリストには立体化学に ついて指定のない構造式も含まれます。 ☞ ボンドにツール を使用 はシス・トランス双方 (Z 及び E）と不定を表します。下図の構造式を条 件にした場合、
HOOC
H
COOH
H
サーチ結果には次の 3 件がリストされます。HOOC
H
COOH
H
H
H
COOH
HOOC
☞ 下の構造式を条件に相対的立体配置にチェックをすると MineItプラグインに表示されるサーチ結果H
H
COOH
HOOC
O
O
N
H
O
O
N
H
ヒットリストには次の二つがリストされます。 1.O
O
N
H
O
O
N
H
2. ☞ 同じ構造式で、相対的立体配置にチェックをしない。 立体化学として一致するものだけがヒットします。( 上図の 1 のみがリストされ ます。)O
O
N
H
O
O
N
H
プロパティ/ ネームサーチ プロパティ/ ネームサーチは、データベースに付随したプロパティやスペクトル名を条 件にして検索します。 クイックサーチ データベースのすべてのテキストフィールドを検索対象とすることができます。プ ロパティーサーチのテキストサーチにワンクリックでアクセスできるようになりま した。条件の設定方法はテキストサーチと同じなので上述を参照ください。 サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコン をクリックします。データ ベースタブが表示されます。前に行ったサーチのログが表示されている時は [ ファ イル ] ⇒ [ 新規サーチ ] を選択するかアイコン をクリックしてください。
2. データベースは <Reference - Licensed> からデモ用データベース Multi Technique Demo Database を選択します。
3. プロパティ/ ネームサーチを行うには、サーチバーの < プロパティ/ 名称 > をク リックします。 4. プロパティ/ 名称タブが表示されます。分子量が 120 以上で、付随情報に 「Benzen」を含むデータを検索します。 サーチ条件の設定 1. プロパティのドロップダウンメニューから検索したいプロパティを選択します。< ブラウズ > をクリックして、ダイアログボックスのリストから選択することもでき ます。 2. ドロップダウンメニューには「テキスト」を先頭に「Name」や「Technique」など データベースに登録されている一般的なプロパティ、その下にそれ以外のプロパ ティがアルファベット順にリストされています。 3. プロパティのプルダウンから「mol. weight」を選択します。ここでは 120 以上を 条件としますので、<下限 > に "120"とタイプ入力します。 プロパティ/名称タブ 分子量の条件設定
4. 論理演算子 <AND> をクリックし、次のプロパティを設定します。 5. ドロップダウンメニューから「テキスト」を選択します。Value に入力する値がテキ ストの場合、サーチ条件は次の中から選択することができます。 「完全一致」 検索値とまったく同じプロパティを含むもののみをヒットリス トに表示させます。 「…を含む」 検索値の部分検索になります。 「…で始まる」 検索値で始まるデータベースエントリーを検索します。 6. ここでは「を含む」を選択し、< 値 > テキストボックスに "benzen"とタイプしま す。 7. これで分子量 120 以上で付随情報に Benzen を含むデータのサーチ条件の設定 が終了しました。< サーチ > ボタンを押します。サーチ結果は MineIt に表示され ます。 ヒットリストの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照 下さい。ヒットリストのブラウズや表示方法の変更については MineIt のデータベース ウインドウの項を参照下さい。 MineItプラグインに表示されるサーチ結果 Tips [編集]⇒[テキストを探す]でヒットリスト内 の特定のテキストを確認することができ ます。上図はBenzenを探し、プロパティの Synonymsがハイライト表示されています。 テキストサーチ プロパティから<テキスト>を選択すると、 データベースに登録されたテキストタイプ の付随情報すべてを検索対象とすること ができます。データベースによっては化合 物名が名称に登録されていない場合も あります。このような場合テキストサーチを 使うと便利です。 テキストフィールドの条件設定
ピークサーチ ピークサーチのクエリーとなるピークテーブルはロードさせたスペクトルから作成する 方法とマニュアルで作成する方法があります。 サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコン をクリックします。前に行っ たサーチのログが表示されている時は [ ファイル ] ⇒ [ 新規サーチ ] を選択するか アイコン をクリックしてください。
2. データベースは <Reference - Licensed> から Multi Technique Demo Database を選択してください。 3. Raman スペクトルのピークサーチを行うには、サーチの種類からピークの <Raman> をクリックします。Raman ピークタブが現れます。 ピークテーブルの作成- スペクトルをロード 1. [ ファイル ] ⇒ [ スペクトルまたは構造式を開く ] を実行し、< ファイルを開く > ダイアログボックスを表示させます。
2. KnowItAll\Training Files\Files\Spectral Identification\ID Expert-Raman から 5-Raman of Unknown Sample10101931.l6s を選択し、プレビューで確認 してから < 開く > をクリックしスペクトルをロードします。 3. < ピック > をクリックして、ピークテーブルを作成します。スペクトルウインドウ 中央にあるグローバルスレッシュホールドを上下にドラッグして、ピークピックす るピークの大きさを決めることができます。 4. 必要に応じてピークテーブル下の追加、編集、削除のボタンをクリックしてピーク テーブルを編集してください。 5. ピークテーブルが完成したら、< サーチ > をクリックしてピークサーチを実行しま す。 6. 検索が終了すると、MineIt プラグインにヒットリストが表示されます。ヒットリス トの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい。 Ramanピークサーチタブ スペクトルからピークピック ピークピックボタン
ピークテーブルの作成- マニュアル
1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコン をクリックします。前に行っ
たサーチのログが表示されている時は [ ファイル ] ⇒ [ 新規サーチ ] を選択するか
アイコン をクリックしてください。
2. データベースは <Reference - Licensed> から Multi Technique Demo Database を選択してください。 3. サーチの種類からピークの <Raman> をクリックします。Raman ピークタブが現 れます。 4. ピークテーブルを作成します。ウインドウ右側のテーブル下にある < 追加 > ボタン をクリックすると、< ピーク情報の編集 > ダイアログボックスが現われます。 5. ピーク位置と強度をタイプ入力し、<OK> ボタンをクリックします。これを繰り返 し次のテーブルを参照してピークテーブルを作成してください。 ピーク設定バー ピークテーブルはスペクトルウインドウ下のピーク設定バーを使って作成することもで きます。ピーク設定バー上にカーソルを移動させ、任意の位置でクリックします。すで にピックしたピークをドラッグして位置を移動させることも可能です。 6. 左のウインドウにサーチするピーク位置が表示されます。 7. < サーチ > ボタンをクリックするとサーチを開始します。 8. 検索が終了すると、MineIt プラグインにヒットリストが表示されます。ヒットリス トの保存、レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい。 ピークテーブルの作成 MineItプラグインに表示されるサーチ結果 ピーク情報の編集ダイアログボックス
多成分解析ツール
混合物スペクトルの解析を行うには Mixture Analysis プラグインを利用します。通常 のスペクトルサーチの結果が思わしくないとき MineIt プラグインの送り先バーから測 定スペクトルを Mixture Analysis に転送して、実行することもできます。
Mixture Analysis の実行
1. Data グループの Mixture Analysis アイコン をクリックし、プラグインを開
きます。
2. データベースタブでデータベースが選択されている場合は<すべて削除 > をクリッ クし、データベースの選択を解除します。
3. 対象スペクトルのプルダウンから <Raman> を選択します。<Reference - Licensed> を選択し [DB コード ] をクリックします。データベースが DB コード 順に並べ替えられます。一番上にある ZX<Raman-Controlled & Prescription Drugs> を選択し、< 追加 > ボタンをクリックします。選択したデータベース RZX が下のウインドウに表示されます。 ☞ ライセンスがない場合 <Reference - Unlicensed> をクリックし、インストールされているデータベー スのリストから RZX を選択して< 追加 > をクリックしてください。ライセンスの ないデータベースを検索した場合、ヒットリストのデータベース情報はロックさ れています。 4. ツールバーのアイコン をクリックします。< ファイルを開く > ダイアログ ボックスが現れます。ファイルの場所を C:\ ユーザー￥Public\ パブリックのド キュメント \Bio-Rad Laboratories\KnowItAll\Samples\Raman\Mixture Analysis\Raman Examples、スペクトルファイル Raman two component Liquid Mixture.irf を選択します。
5. < 開く> をクリックすると< 混合物スペクトル > タブに指定したスペクトルファイ ルがロードされます。
Mixture Analysisプラグイン
6. サーチ条件の設定 ① サーチアルゴリズム デフォルトは<Correlation>となっています。 必要に応じて設定を変更できます。ここでは Correlationのままとしてください。 ② コンポーネントの数 検出したい成分の数(予想される成分の数)を 設定します。2に設定します。 ③ 最適化 時間節約のためここではオフにします。 ④ ヒットの上限 サーチ結果にリストされる組み合わせの上限 数を設定します。データベースタブの<すべて のリストする>のチェックをはずし、ヒット数 の上限に"25”と入力して下さい。 ⑤ベースライン補正 チェックをはずします。 7. < サーチ > ボタンをクリックします。サーチの進行状況が表示されます。 サーチ結果
サーチ結果は MineIt プラグインに表示されます。Mixture Analysis のヒットリストは 次の 3 つの要素で構成されます。
Composite Spectrum
検出されたデータベースをエントリーを合成したもの。ストラ クチャー / プロパティウインドウにはリストされた構造式が表 示されます。HQI（Hit Quality Index) はこの Composite ス ペクトルと測定スペクトルを比較して計算されます。 データベースエントリー データベースより検索された個々のデータベースエントリー。 構造式やプロパティの確認ができます。ウエイトは Composite Spectrum を合成する際の計算の割合を示します。 Residual Spectrum 測定スペクトルと合成スペクトルの差スペクトル。この残渣ス ペクトルが平坦なほど、混合物を構成する要素と形が似ている ことになります。 サーチ結果の保存、レポートの作成は通常のサーチ結果と同じ要領で行います。 混合物サンプルのスペクトルをロード サーチを実行 Mixture Analysisのサーチ結果 Note データベースエントリーに表示されるウエ イトは、この数学的にこの割合で合成さ れたときのそれぞれのスペクトルの比重 となります。サドラーのデータベースはす べて0から1にノーマライズされており、い ろいろな共点の相対的な割合に関する 質的な情報を提供しているため、このウ エイトは混合物の要素の定量の目的に 利用することはできません。 ② ① ③ ⑤
除外要素の設定
サンプルの事前情報や特異なピークを手がかりにサーチ結果に含めたくない要素があ る場合、これを < 除外要素 > として検索対象外にすることができます。ここではサー チ結果から排除したい要素を選択する方法を説明します。
1. あとで判りやすいようにヒットリストのタブ < ヒットリスト；Raman two component Liquid Mixture> をダブルクリックし、<Mixture 1 回目 > とタブ 名を変更しておきます。 2. 一番目の Composite スペクトルを構成している RZX241 のエントリーを選択し ます。 3 < 除外 >カラムの○をクリックするとチェックマークが表示され、< サーチ実行 > のボタンが現れます。 4. < サーチの実行 > をクリックすると RZX241 のスペクトルを対象外としてサーチ が再実行されます。
5. サーチ結果が MineIt プラグインに表示されます。Mixture Analysis プラグインに 戻って、除外要素タブを確認します。除外要素タブには 1 回目のサーチ結果から 選択した RZX241 が表示されています。 6. スペクトルを選択すると、< 除外する要素で類似する範囲に含める割合の指定 > がアクティブになり、チェックを入れると除外スペクトルの類似性を設定（80 前 後が適切 ) することができます。 7. 除外要素タブに表示されたスペクトルを選択し、< 削除 > ボタンをクリックして、 除外要素から削除します。 ヒットリストから除外する要素を選択 サーチ実行をクリック 除外要素タブ
必須要素の設定 除外要素と同様、サンプルの事前情報などから必ず含まれているであろう化合物のス ペクトルを必須要素として設定することができます。ここではサンプルスペクトルを必 須要素を設定します。 1. MineIt の検索結果に戻り、ヒットリストエントリーにある RZX240 をクリックし、 スペクトルをアクティブにします。メニューの < 編集 > から < アクティブスペクト ルをコピー > を選択し、スペクトルをコピーします。 2. Mixture Analysis プラグインの必須要素タブをクリックし、キーボードの Cntl+v でペーストすると、RZX240 が必須要素に表示されます。 3. < 必須要素タブ > にスペクトルが表示されたのを確認して< サーチ > をクリック します。 4. サーチ結果には設定したスペクトル RZX240 が含まれ、他の 1 要素の組み合わせ た 2 要素の合成スペクトルが作成されます。 Note 必須要素に設定したいスペクトルファイルがあるときには、必須要素タブの<追加>を クリックして、スペクトルを開き、必須要素に設定することができます。 必須要素の設定 必須要素を設定したMixture Analysisの結果 Mixture Analysis はデータベーススペクトルと測定スペクトルを比較し、データベーススペクトルを仮想的に組み合わせていくものです。ある特定の比率で 組み合わされたとき、オリジナルの測定スペクトルと最も近い形となるコンポジットスペクトルを得るものです。それぞれのコンポーネントは相対的なウエイ トが一緒に表示されます。この値はコンポジットスペクトルでの数学的に計算されたコンポーネントスペクトルの比重を示すものです。バイオ・ラッドのスペク トルデータベースはすべて 0-1 でノーマライズされているため、Mixture Analysis のウエイトは混合比率さまざまな要素に相対的な割合についての定性的な 情報であって、定量を目的に利用することはできません。 たとえば、最初のスペクトルのウエイトが 67、次のウエイトが 33 の場合、コンポーネントスペクトルは最初のスペクトルの 0.67 倍と 2 番目のスペクトルの 0.33 倍した数学的な組み合わせであることを意味しています。二つの要素に相対的なウエイトが表示されてはいますが、スペクトルが 0-1 でノーマライズされてい るため、最初の要素が 67%、二番目の要素が 33% の混合物であると解釈することはできません。 参照スペクトルのモル吸光係数が不明なため、二つのコンポーネントの正確なモルパーセントも不明です。相対的なウエイトを比較することで、いくばくかの 定性的な値を意味していることは言えます。
サーチプロファイル 解析の目的によって選択するデータベースを使い分ける時や、常に同じ条件でサーチし たい場合に便利なサーチプロファイルはサーチ条件を設定してからサーチプロファイ ルバーを使って登録します。( スペクトルライブラリーのライセンスが有効な場合の例 です。) サーチプロファイルの作成 1. SearchIt プラグインを開き、ツールバーの をクリックします。 2. データベースの選択します。 ① データベースタブを表示させます。データベースが選択されている場合には、 < すべて削除 > をクリックし、選択されているデータベースの選択を解除します。 ② 左上のウインドウの <Reference - Licensed> をクリックし、右のウインドウ に利用できるデータベースのリストを表示させます。 ③ リストの <DB コード > をクリックし、データベースコード順にに並べかえます。 ここから <RZX><RZ2X><RZ3X> の規制薬物関連のデータベース 3 個を選 択します。 ④ < 追加 > をクリックし、選択したデータベースを検索対象にします。 3. その他のサーチ条件の設定を設定します。 ① サーチの種類から < スペクトル > → <Raman> を選択します。< ファイルを 開く > ダイアログボックスが現れますが、これをキャンセルします。 ② スペクトルがロードされていない Raman スペクトルタブが作成されます。ス ペクトルがロードされていませんので、Raman の横に赤い × が表示されます。 ③ サーチアルゴリズムのプルダウンから <Euclidean Distance> を選択します。 ④ < ベースライン補正 > と< 最適化 > にチェックをはずします。 4. 規制薬物関連のデータベース、Euclidean Distance、ベースライン補正と最適化 なしの Raman スペクトルサーチの条件が設定されました。 Note サーチプロファイルはSearchIt、 Mixture Analysisそれぞれのプラグイ ンで設定することができます。 サーチプロファイルツールバー データベースの選択 Note ここでスペクトルファイルをロードして、プロ ファイルとして保存するとサーチプロファイ ルを設定したときに、常にロードしたスペク トルが開いてしまいます。
サーチプロファイルの保存 1. プロファイルツールバーの < プロファイルの追加 >アイコンをクリックします。 2. プロファイルの新規作成ダイアログボックスが開きます。適当な名称、ここでは "Raman-Drug"とタイプして、<OK> をクリックします。 サーチプロファイルの適用 1. SearchIt の をクリックします。 2. プロファイルツールバーのプルダウンリストから <Raman-Drug> を選択します。 3. < ファイルを開く > ダイアログボックスが現れます。サーチするスペクトルファイ ルを選択して、スペクトルウインドウにスペクトルをロードさせます。 4. < サーチ > ボタンをクリックしてサーチを実行します。 サーチプロファイルツールバー サーチプロファイルの新規作成 プロファイルの追加アイコン サーチプロファイルをプルダウンから選択
MineIt プラグイン サーチを実行すると、そのサーチ結果 ( ヒットリスト ) は MineIt プラグインに表示さ れます。MineIt は保存してあるヒットリストを開いたり、所有するデータベースを開い てブラウズする際にも利用します。ここではヒットリストを例にその使い方を説明しま す。 ヒットリストを開く 1. ナビゲーションバーの Data から MineIt をクリックします。 2. 保存してあるサーチ結果のファイルを開くには [ ファイル ] ⇒ [ ヒットリストを開 く ] を選択してください。< ヒットリストの選択 > ダイアログボックスが現れます。 3. 表示されたリストからスペクトルサーチで保存した tutor4.htl を選択して<OK> をクリックします。ファイルがリストされないときは < 詳細設定 > をクリックして、 ローカル設定タブでヒットリストを保存してあるフォルダーを指定してください。 4. MineIt プラグインはスペクトルウインドウ、データベースウインドウ、ストラク チャー / プロパティウインドウに分割されています。 MineItプラグインの初期画面 Tip 複数のヒットリストを一度に閉じるには [ファイル]⇒[すべて閉じる]を実行しま す。 MineItプラグインに表示されるヒットリスト ストラクチャー/プロ パティウインドウ スペクトルウインドウ データベースウインドウ
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ヒットリスト
/
データベースのブラウズ
ナビゲーションバー アクティブなエントリーの ID番号 次へ 最後へ トータル エントリー数 データベースウインドウ
ヒットリストは HQI(Hit Quality Index) 順（降順）にリストされます。（データベース は ID 番号順に表示されます。） ヒットリスト/ データベースのブラウズ ☞ データベースウインドウ内を移動し、 アクティブなエントリーを変更するには、 ナビ ゲーションバー、 スクロールバー、キーボードの上下の矢印、F9（前へ） F10（後ろへ） を利用します。 ☞ 表示させたいエントリー番号がわかっているときは、 データベースウインドウ下のナ ビゲーションツールバーにデータベースID番号をタイプします。 データベースなどエ ントリーの多いファイルを開いたときに便利な方法です。 ☞ ある特定の名前やプロパティ情報を検索するには[編集]⇒[テキストを探す]を 実行し、 目的の単語を入力します。 該当するレコードに移動し、 オレンジ色にハイ ライト表示されます。 エントリーの並び替え/ 削除 ☞ ヒットリストからエントリーを削除するには削除したいエントリーを選択し、 マウスの 右ボタンをクリックし<列を削除>を選択します。 元に戻すことができません。 ☞ 項目名の横の▽をクリックすると、 プロパティの値の昇順、 降順でエントリーを並び かえることができます。 ☞ メニュー[ヒットリスト]⇒[タグをつける]コマンドを利用して、 任意のエントリーを 上位に表示させるようにすることができます。 採用/保留/棄却/タグなしの順で 並べ替えられます。 エントリーの削除(元に戻せません) 項目名の△▽をクリックしてソート
データベーステーブルをカスタマイズ MineIt のデータベースウインドウに表示させるデータベースの情報とその順序を検索 や解析の目的別にカスタマイズすることができます。 1. データベースウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックし、ポップアップメニュー から < 列を編集 > を選択します。 2. < プロパティ > ダイアログボックスが開きます。選択対象項目はカテゴリー別に 分類されています。名前の前の＋をクリックして、項目を選択し、矢印ボタン→を 押して、< 現在テーブルにある項目 > に移動させます。
3. ここでは Primary を開き、Synonyms と Formula を < 現在テーブルにある項目 > に追加します。 4. < 現在テーブルにある項目 > のどれかを選択すると、ウインドウ下の表示順のボ タンがアクティブになり、表示させる順番を変更することができます。下にリスト されたプロパティはデータベースウインドウの右側に表示されます。Synonyms と Formula を名称の下に移動させます。 5. <OK> をクリックして、ダイアログボックスを閉じます。MineIt のデータベースウ インドウには選択した項目が設定した順序で表示されています。 表示させるプロパティの選択/表示順の設定 Note ReportItプラグインに転送されるデータ ベースウインドウの情報はMineItに表示 されたものになります。レポートしたいデー タベース情報はMineItで設定しておきま す。 カスタマイズされたデータベースウインドウ 列を編集を選択
表示プロファイル 表示プロファイルは、解析の目的にあった項目が表示されるヒットリストの作成、常 に同じデータベース情報を表示させるレポートの作成に便利な機能です。前ページで 設定した表示内容を表示プロファイルとして保存します。 表示プロファイルの保存 1. MineIt プラグインのスタンダードツールバーの下に表示プロファイルツールバーが あります。 2. < プロファイルの追加 > をクリックします。 3. プロファイルの新規作成ダイアログボックスが開きます。 " 同意語 / 分子式 " と タイプして、<OK> をクリックします。 表示プロファイルの適用 1. ヒットリストを一度閉じ、再度 tutor2.htl を開きます。 2. プロファイルツールバーのプルダウンから < 同意語 / 分子式 > を選択します。設 定したプロパティが表示されます。 3. 一番上のエントリーを選択し、< 送り先バー > の ReportIt をクリックし、レポー トテンプレート選択ダイアログボックスで <LandscapeJ> を選択し、<OK> をク リックします。 4. ReportIt プラグインの２ページにあるテーブルには MineIt のデータベースウイン ドウと同じプロパティ（同意語 / 分子式のプロパティ）が表示されています。 表示プロファイルの作成/保存 表示プロファイルの適用 表示プロファイルツールバー プロファイルの追加
ストラクチャー/ プロパティウインドウ アクティブになっているエントリーの構造式とプロパティが表示されます。 ☞ [表示]⇒[ウインドウ/テーブル]⇒[ストラクチャー/プロパティ]で表示/非表 示を切り替えることができます。 ☞ 全プロパティタブには登録されているプロパティのすべてが表示され、 選択したプロ パティタブには[ファイル]⇒[ユーザー設定]⇒[表示するプロパティ]で選択し たプロパティのみを表示させることができます。 ☞ ストラクチャー/プロパティウインドウはPCのデスクトップ上にドラッグアウトすること ができます。 スペクトルウインドウ データベースウインドウでアクティブになっているエントリーのスペクトルが表示され ます。軸の拡大 / 縮小、スペクトルツールバーの機能については Appendix のスペク トルウインドウを参照下さい。 ☞ 選択ツール でスペクトルをクリックすると、 クリックしたスペクトルがアクティブに なります。 ☞ MineItプラグインの表示メニューからスペクトルウインドウのスペクトルの透過率表 示/吸光度表示を切り替えることができます。 ☞ スペクトルウインドウのスペクトルの色や軸の表示方法などはスペクトルツールバー の表示設定アイコン を開いて変更することができます。 ☞ スペクトルウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックするとズームモードの変更、 ズー ムを戻すなどのポップアップメニューから表示方法を変更することができます。 ☞ [表示]メニューから[スペクトルオーバービュー]を選択して、 表示/非表示を切り 替えることができます。 ☞ [表示]⇒[サーチ領域]でグレイアウトしているサーチ除外領域の表示/非表示 を切り換えることができます。 ストラクチャー/プロパティウインドウ X軸の2000cm-1以下を拡大
サーチパラメーターテーブル HQIオーバービュー サーチパラメーター サーチパラメーターにはヒットリストに付随しているサーチ条件が記録されています。 1. MineIt プラグインでサーチ条件を確認するには、[ 表示 ] メニューの [ ウインドウ / テーブル ] から [ サーチパラメーター ] を選択します。 2. サーチパラメータの情報は [ 編集 ] メニュー⇒ [ サーチパラメーターテーブルのコ ピー ] でクリップボードにコピーされ、他のアプリケーションに貼り付けることが できます。 Tips サーチパラメーターをKnowItAllのレポートに配置する場合はレポートテンプレートの 編集で<配置するオブジェクト>にサーチパラメーターを選択し、保存してください。 HQI オーバービュー 1. [ 表示 ] メニューの [ ウインドウ / テーブル ] ⇒ [HQI オーバービュー ] を選択して、 表示 / 非表示を切り替えることができます。 2. この HQI オーバービューはヒットリストの HQI( ヒットクオリティーインデックス ) の値とばらつきを表したもので、ヒットリスト全体を観察することができます。 3. バーチャートの一つをクリックするとヒットリスト上のエントリーがアクティブにな り、該当するスペクトルがスペクトルウインドウに表示されます。 高（緑） 低（赤）HQI
ODヒートマップ ODレベル100
MCS と OD ヒートマップ
MCS は選択されたヒットリストやデータベースエントリーの構造式を対象に、共通す る部分構造 (Most Common Structure) をリストする解析ツールです。OD ヒートマッ プと組み合わせて、構造式と IR スペクトルの相関性を観察することができます。右図 は構造式を含むデータベースに対しスペクトルサーチをしたヒットリストです。このヒッ トリストを利用して MCS と OH ヒートマップの応用例を紹介します。 1. ストラクチャー / プロパティウインドウの部分構造タブをクリックし、< 処理開始 > ボタンをクリックします。 2. ストラクチャー / プロパティウインドウには部分構造式と数量のリストが作成され ます。これはリストされた部分構造をもつエントリーがいくつあるかを示したもの です。 3. 一番多くの部分構造を持つエントリーを選択するために、46 と表示された部分構 造式をクリックします。 4. スペクトルウインドウには選択されたスペクトルのエントリーが表示され、データ ベースウインドウには選択されたエントリーがハイライト表示されます。 5. スペクトルツールバーの をクリックし OD ヒートマップを作成します。 6. 選択されたスペクトルの密度を色別に表します。赤は密度が高く、選択したスペ クトルに一番共通する領域であることを意味しています。紫の部分は共通する部分 が少ないことを示しています。 7. 画面右上のスライドバーは中央にあり (OD レベル 0)、これはすべてのスペクトル の領域 (100%) を表示しているいます。 8. 三角のスライドバーを右へ移動させます。OD レベルが高くなり、一番右端が OD レベル 100 となり、すべてのスペクトルに共通の領域であることを意味します。 OD レベル 100 は領域の 26% であることが表示されます。 9. 三角のスライドバーを左へ移動させます。OD レベルが低くなり、一番左端が OD レベル -100 となります。この例だと OD レベル -97 で一つのスペクトルにしかな い領域が表示され、全体の 34% であることがわかります。 データベースのMCSを作成 共通する構造を持つスペクトルを選択
