1. 連鎖地図作製
課題 1-1
マーカー 連鎖群 分類を⾏う際 何故 最短距離法 単連結法 かingle linkage meがhod を⽤い い 最⻑距離法 完全連結法 compleがe linkage meがhod meがhod = っcompleがe、を指定 平均距離法 meがhod = っaveおage、 を指定 分類を⾏い map.cかv 染⾊体番号 ⽐較をし 理由を 考察せ
課題 1-2
何故 線状 巡回 ー マン問題を解く場合 全 マーカー 等距離 あ マーカーを⼊ 良い 考察せ
課題 1-4
第 1 染⾊体 い 地図関数を Koかambi 関数 変え 連鎖地図上 位置
を求 map.cかv 与え い ⽐較せ
課題 1-3
第 2 染⾊体〜第 7 染⾊体 い 第 1 染⾊体 同様 マーカー 並び替え 連 鎖地図上 位置を求 map.cかv 与え い 連鎖地図上 位置 ⽐較 せ
課題 1-5
分離⽐検定を全 マーカー座 い ⾏い 有意⽔準 p い -log(p) し 散布図を描け 図⽰ い 分散分析 結果 -log(p)を描い
2. QTL 解析
課題 2-1
倍加半数体 doきbled haploid: DH ータを 戻し交雑 back cおoかか ー
タ し ⾒直す B を H す 問題 く解析 両集団 ⽣成
さ い 考え 何故 B を H す い 考察せ
課題 2-2
かcanone 関数を⽤い QTL 解析 い 並 替え検定 回数 n.peおm を変
え こ し い値 程度変動す を確認せ 実際 解析す 際
く い 回数 並 替え 必要 考え 考察せ
課題 2-3
Compoかiがe Inがeおval Mapping い 含 共変量 数 n.covaお 解析す 際 窓 ⼤ さ window.かize を変え 解析結果 影響を調
結果 い 考察せ
課題 2-4
連鎖解析 チュー ア 内 ⾏ 分散分析を環境 16 い ⾏い Simple Inがeおval Mapping 結果 Compoかiがe Inがeおval Mapping 結果 ⽐較し 結果 違い い 考察せ
課題 2-5
連鎖解析 チュー ア 内 求 環境間相関を 環境 16 最 似 い 環境 最 似 い い環境 中間的 環境 3 を選び
3. GWAS
課題 3-1
主成分分析 推定さ 遺伝構造を⽤い モ GWAS-Q い 主成 分数を 5 び 20 し 再度解析を⾏い 主成分数 10 場合 び ⾎ 縁関係 考慮し モ GWAS-QK 結果 ⽐較し 考察せ 変数 選択 し く い
課題 3-2
⾎縁関係 考慮し モ GWAS-QK い 主成分 数を 0 n.PC = 0 し 解析を⾏い 主成分 数 9 ⽐較をせ
課題 3-3
ベイ 回帰 モ 様々あ チュー ア BayeかB いう⼿法を ⽤い 回帰を⾏ BayeかA Bayeかian LASSO (BL) い 解析を⾏い
結果を⽐較せ ⼿法を変え ETA 代⼊さ い
model = っBayeかA、 あ い model = っBL、 す
得 結果 い
> ploが(fmBB$ETA$MRK$b, fmBA$ETA$MRK$b)
す BayeかB 推定さ マーカー 効果 BayeかA 推定さ マーカー 効果を直接⽐較す こ
課題 3-4
