MiGAP
の
DDBJ
クラスターシステムへの移行業務仕様書
平成２１年１０月
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
１． 目的
MiGAPはウェブベースの自動アノテーションパイプラインであり、複数の利用者が
未知の微生物ゲノム塩基配列を投入すると、注釈付塩基配列ファイルが返す機能を有する。 昨年度に b-MiGAP, s-MiGAPが開発されており、b-MiGAPはすでに一般に公開して いる。しかしながら、現在のサービスは能力の低いテスト用のＰＣにて提供されており、 処 理 速 度 が 低 く 、 デ ー タベ ー ス 更 新 中 は 、 さ ら に処 理 速 度 が 遅 く な る 等 の問 題 が あ る 。
MiGAP を DDBJ のクラスターマシンに搭載することにより、処理速度は飛躍的に改善さ
れるだけでなく、セキュリティやデータベースの管理にも有益である。当面は、現在の機
能をクラスターマシンのうち 16 ノードを使用し、開発用、検証用、データベース構築用、
パイプライン計算用機能を移行する。また、並列処理環境およびDDBJの管理規約に準拠
した改良を行う。 ２． 開発内容
PRIMERGY RX200 S3 16 ノードを使用して、MiGAP システムの移行を行う。ノードの割り
当ては、公開用Webサーバ（2ノード）、Web開発サーバ(1ノード)、データサーバ（1ノー
ド）、開発サーバ（1ノード）、開発テストサーバ（1ノード）およびパイプライン計算サー
バ（10ノード）とする。
（１）各ノードに必要なソフトウェア環境のインストール （２）悪意あるアクセスに対するセキュリティ対策
（３）Webサーバ利用者認証機能の改変
（４）Webサーバ切換機能の開発と設定作業
（５）NFS参照機能の設定
（６）パイプライン制御機能の改変と調整 （７）ノード管理・スレッド制御機能の開発
（８）データベース自動構築および各サーバへの自動転送機能
３．開発環境
設計を条件実施する際は以下の環境で動作することを前提とし、国立遺伝学研究所の環
境で動作テストを行う。
・ネットワーク：インターネット ・ブラウザー: IE7.0以上
その他の詳細については、国立遺伝学研究所と開発担当者間で協議の上決定し、必要な拡 張などについては提案を行うこと。
４．留意事項
（１） 仕様書について不明な点は、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターの担
当者と協議し、その指示に従うこと。
（２） 開発したプログラムの検収および運用開始時には、その支援作業を行うこと。
（３） システムプログラムは CD-ROM に焼付け可能なファイルとしてサーバーに格納する
こと。
（４） マニュアルはダウンロードおよび CD-ROM に焼付け可能な電子化ファイルとして用
意すること。
（５） ドキュメント類はワープロで作成し、作成したドキュメント類は印刷物ならびに磁 気記録媒体で納品すること。
５．発注条件
（１） 上記開発に必要な機器環境は、原則として設計者側において準備すること。
（２） 本開発に必要な物品等は開発者で調達及び負担を行うこと。
（３） 本開発は、進度に応じてその先の方針を判断しつつ進めるため、報告及び協議は国
立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターの担当者と必要に応じて行うこと。
（４） 本開発を実施する作業員は以下のスキルを保有すること。
・Webアプリケーションの開発
・クラスター用アプリケーションの開発 ・Java Appletの開発
・Linuxによる開発
６．保証期間及び保証条件
検収後、1 カ年以内に発見されたプログラムミス及びドキュメントの落丁等に対しては、
７．検収方法
システムは国立遺伝学研究所の所定の機器にインストールし、動作確認を行う。ドキュ
メント類は国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター担当者が内容、品質について
確認する。
８．納品物
（１）システム設計書 1部
（２）ソースファイル CD-ROM １枚
９．納品場所
〒411-8540静岡県三島市谷田1111 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
１０．納入期限
２００９年１１月３０日
１１．
秘密保持
請負者は契約期間及び契約終了後も、本開発により知り得た国立遺伝学研究
所の業務上の情報について厳密に保持するとともに、本関係者以外に漏洩して
はならない。但し、公知の事実に関してはその限りではない。
１２．著作権
（１）
著作権の帰属
本開発の成果物（ソフトウェア）及び納品物に係わる著作権（著作権法第
27
条及び第
28
条に規定する権利を含む。
）は、国立遺伝学研究所に帰属する
ものとする。また、当著作権に関する著作者人格権（著作権法第
18
条から第
20
条に定められる権利）については行使しないこと。
（２）
権利侵害の排除
請負者は、本開発の実施による納入物が第三者の知的所有権または営業秘
１３．その他
