正常なサンプル解析の確認

チュートリアルプロジェクトのサンプルを解析したら、解析結果からサンプルが適切に解析 されたかどうかを確認し、必要に応じてデータを編集することができます。

データレイヤの選択 最終的な解析と編集を行いながら、Project ビューまたは Specimen ビューで様々な対象レイ ヤのデータを表示することができます。

データレイヤを表示するには

SeqScape ソフトウェアのメインウィンドウで、「Active Layer」ドロップダウンリストから

「HLA-C_CDS_{」を選択します（図} 4-1_）。

注：Project ビューには、選択したレイヤに関連するデータのみが表示されます。プロジェク

トアセンブリの概要には、そのレイヤで表される ROI（エクソン 2、3、および 4）と、各 ROI に含まれる未知のバリアントのみが表示されます。

図4-1 アクティブなデータレイヤの選択

Analysis QC

サンプルに対して解析プロセスの各手順が実行されたかどうかを確認するには、Analysis QC レポートの情報を確認する必要があります。

Analysis QC レポートを表示するには

1. Project Navigator で、TutorialProject ノードを選択します（図 4-2）。

図4-2 TutorialProject を選択した状態

2. 「Tools_」 > 「Report Manager_{」を選択するか、 をクリックします。}

3. Report Manager のナビゲーションペインで、「Analysis QC Report_{」を選択します（}

4-アクティブなレイヤを選択します。

プロジェクトを選択します。

正常なサンプル解析の確認

ABI PRISM SeqScape ソフトウェア v2.x チュートリアル 4-3

4. _「Report Settings_{」セクションで、「}Wrap Text」をクリックします（図 4-3_）。

5. レポートの「Specimen Analysis」および「Sample Analysis」セクションでデータを確認 します（それぞれ図 4-3 および図 4-4 を参照してください）。

図4-3 スペシメン A1、A2、A3 の Analysis QC レポート

「Specimen Analysis」セクション

レポートの「Specimen Analysis」セクションには、各スペシメンについて解析されたサンプ ル数と各解析ステップのクオリティが表示されます。表 4-1 に、色分けされた各グラフィック が示す解析のクオリティのステータスを示します。

また、各スペシメンのアライメントを数値で表したスコア（Specimen Score）と、各スペシメ ンのバリアント位置の数（Total # Variants_{）も表示されます。}

表4-1 記号、出力、説明、リンク

記号 データ出力と説明 記号のリンク先…

緑の四角形 - ^{完全なデータ出力} - 解析プロセスがすべて正常に

完了しました。 —

黄の三角形 - ^{部分的なデータ出力} - 解析プロセスで失敗したス

テップがあります。 表の「Sample Analysis」 セクション

赤の八角形 - ^{データ出力なし} - 解析プロセスがすべて失敗しま した。

「Wrap Text」をクリックします。 スペシメンの解析結果を確認します。

第4章 データの確認、再解析、編集

「Sample Analysis_{」セクション}

「Partial Output」または「No output」のアイコン（図 4-4）が表示されたスペシメンがある場

合、このアイコンをクリックすると、「Sample Analysis」表内の影響を受けたサンプルに移動 します。ここには、解析の特定の失敗に関する詳細なメッセージが示されます。

たとえば、スペシメン A3 _{の黄の三角形（図} 4-4）をクリックすると、サンプル A3-4F_05 _に ついて、フィルタリングのステップとアセンブルのステップの部分的な出力が作成されます。

このサンプルのミックスベースの割合（45.9%_）は、Analysis Protocol _{で指定された最大値}

（35%）を超えています。

図4-4 スペシメン A3 のエラーの説明

リンクによるサンプルファイルの表示

サンプル A3-4F_05 _{のリンク（図} 4-5）をクリックすると、選択したサンプルの Sample _ビュー

ワが開き、そのデータを表示することができます。

図4-5 リンクを使用したサンプルファイルの表示 リンク

正常なサンプル解析の確認

ABI PRISM SeqScape ソフトウェア v2.x チュートリアル 4-5

「Electropherogram_{」タブ（図} 4-6）には、サンプルのすべてのピークが灰色で表示されます。

これは、そのデータがすべて Clear Range の範囲外にあることを示します。すなわち、ソフト ウェアは、スペシメンコンセンサスシーケンスを作成するときにこのデータを含めません。

また、このサンプルに関しては、かなりのレベルのベースラインノイズが認められます。

図4-6 サンプル A3-4F_05 の Electropherogram ビュー

このサンプルデータをスペシメンアセンブリに含めるのであれば、次のセクションの手順に

従って Analysis Protocol のフィルタ設定を緩めます。

第4章 データの確認、再解析、編集