この章では、次の項目について説明します。
プロジェクトの作成. . . 3-2 プロジェクトデータの解析. . . 3-5
第3章 プロジェクトの作成
プロジェクトの作成
プロジェクトを作成するには、次の作業が必要です。
• 第 2 章で完成した Project Template を使用して未入力のプロジェクトを作成する
• ソフトウェアに付属の HLA-C サンプルデータをインポートし、このデータをプロジェク トのスペシメンに関連付ける
未入力のプロジェクト の作成
未入力のプロジェクトを作成するには
1. SeqScape ソフトウェアのメインウィンドウで、「File」>「New Project」を選択します。
2. 「New Project」ダイアログボックス（図 3-1）で、第 2 章で作成した Project Template
（MyHLA-CProjectTemplate）を選択します。
図3-1 新規プロジェクトの名前付け
3. 「Project Name」フィールドに HLA-C_Tutorial と入力します（図 3-1）。
4. 「New」をクリックしてプロジェクトを作成し、Project Template の RDG、Analysis
Defaults、および Display Settings をプロジェクトにコピーします。新規プロジェクトが、
スペシメンおよびサンプルがない状態で開きます。
スペシメンとサンプル 新規作成した未入力のプロジェクトを使用して、スペシメンを追加し、サンプルをプロジェク トにインポートすることができます。スペシメンは、生物学的ソースまたは PCR 産物のすべ てのサンプルデータが収容される容器と考えることができます。
このチュートリアル用のサンプルファイルは、3 つのフォルダ（A1、A2、A3）に保存されて います。それぞれのフォルダは、DNA ソースまたはスペシメンを表します。各スペシメンに は、フォワードシーケンスサンプルとリバースシーケンスサンプルがそれぞれ 3 つずつ含 まれています。プロジェクトに追加されたサンプルファイルは .ab1 フォーマットで、まだア センブルされていません。プロジェクトの解析後、ファイルはアセンブルされたコンティグと して表示されます。
プロジェクトの作成
ABI PRISM SeqScape ソフトウェア v2.x チュートリアル 3-3
スペシメンの追加とサンプルのインポートの自動実行
このチュートリアルプロジェクトでは、サンプル名にスペシメン名（A1、A2、A3）が組み 込まれており、その後にデリミッタ、すなわちダッシュ（-）が続いています。「Import Samples」 ダイアログボックス（3-3ページの図 3-2）で希望のデリミッタ文字を入力し、サンプルファ イル名からスペシメン名が自動的に抽出されるようソフトウェアを設定することができます。
スペシメンの追加とサ ンプルのインポート
スペシメンを追加してサンプルをインポートするには
1. （「Import Samples to Project」）をクリックします。
2. HLA-C チュートリアルデータが含まれるフォルダに移動します（結果を 3-3ページの図
3-2 に示します）。フォルダの場所とファイル名については、1-3 ページの「チュートリ アルファイル」を参照してください。
図3-2 HLA-C チュートリアルデータが含まれるフォルダ
3. 「Use sample file name」チェックボックスが選択されていない場合は選択します（図 3-2）。
4. 「End」フィールドにダッシュ（-）が入力されていることを確認します（図 3-2）。
5. 「Files」タブで A1 フォルダを選択し、「Auto Add」をクリックします（図 3-2）。
第3章 プロジェクトの作成
6. A2 および A3 フォルダを選択し、それぞれ選択するごとに「Auto Add」をクリックし ます。
ソフトウェアによって自動的にスペシメン名（A1、A2、A3）が作成され、そのスペシ メン名と関連するサンプル名が「Samples to Add」ペインに表示されます（3-4ページの 図 3-3）。
図3-3 ペインに追加されたスペシメンとサンプル
7. 「OK」をクリックして「Import Samples」ダイアログボックスを閉じます。
スペシメンとサンプルがプロジェクトに追加されます。
注：図 3-4 に示すように、Project Navigator では、アセンブルされていない、または未
解析のサンプルとスペシメンのアイコンに赤の斜線が示されます。
図3-4 プロジェクトに追加されたスペシメンとサンプル