チュートリアルの RDG は、HLA-C アレルのリンクされたシーケンスライブラリを使用して 作成されているため、プロジェクトの確認プロセスで次に実行する手順は、ソフトウェアに よって自動的に作成されたライブラリマッチと各スペシメンコンセンサスシーケンスを比 較確認することです。まず、Library Search レポートを確認します。
Library Search
レポートの使用ライブラリ検索結果を表示するには
1. Project Navigator で、スペシメン A2 を選択します。
2. 「Tools」 > 「Report Manager」を選択するか、 をクリックします。
3. Report Manager のナビゲーションペインで、「Library Search Report」を選択します。
4. 「Report Settings」セクションで、「Wrap Text」をクリックします。
5. 「Window」 > 「Tile」を選択します。
レポートの Hit List 表（図 4-19）には、選択したスペシメンについて検出されたライブ ラリマッチが表示されます。各スコアには、ライブラリ内の特定のハプロタイプに最も 一致するマッチが示され、マッチ率が高い順に表示されます。
図4-19 ライブラリ検索のヒットリスト
Constant Position Error 表（4-15ページの図 4-20）には、スペシメンコンセンサスシー ケンスで、検索に関連付けられたライブラリのコンスタントポジションについて報告さ れた矛盾が表示されます。
「Position」カラムの値は、Project ビューへのリンクになっています。
スペシメン A2 では、2 つのコンスタントポジションエラーを確認する必要があります。
ライブラリ検索結果の確認
ABI PRISM SeqScape ソフトウェア v2.x チュートリアル 4-15
6. スペシメン A2 の最初のリンクをクリックします（図 4-20）。
これにより、サンプル A2-4R_04 のエクソン 4 の位置 45 に移動します。この位置では、
サンプルのベースコール K（G および T のミックス）とライブラリコンセンサスの塩基 G が一致していません。エレクトロフェログラムでは、シーケンス領域にあるいくつか の「ノイズ」の T ピークのうち 1 つが、この位置にある最初の G ピークからわずかに右 にずれていることがわかります。
図4-20 サンプル A2-4R-04 の位置 45
7. QV バー（図 4-20）の上にポインタを移動し、QV の数値を表示します。
ベースコール K の QV は 16（2.5% のエラー率に相当）です。また、その他すべてのラ イブラリエントリでは、この位置に G が含まれているため、このサンプルの正しいベー スコールは G であると判断できます。
8. 塩基を編集するには、サンプルの塩基をダブルクリックし、G と入力します。
ベースコールが小文字で表示され、QV バーが灰色になります。これは、ユーザによって 編集されたことを示します（図 4-21）。
図4-21 塩基の編集
第4章 データの確認、再解析、編集
9. スペシメン A2 の Library Search レポートに示された 2 番目のコンスタントポジション について、同じ評価プロセスを繰り返します。
10. 操作を完了したら、Library Search レポートを閉じます。
「
Library Identification
」 ペインの使用「Library Identification」ペインを表示して、スペシメン A2 のライブラリ検索結果を引き続き
確認します。
「Library Identification」ペインを表示するには
1. スペシメン A2 のコンセンサスシーケンスの塩基をクリックし、「Identification」ペイン を開きます（図 4-22）。「Identification」ペインには、選択したスペシメンコンセンサス シーケンスに対して返された一連のライブラリマッチの中での決定的位置が示されま す。
注：リストに表示されたマッチ階層を受け付ける前に、これらの位置のベースコールを マニュアルで確認してください。
2. ペインの高さを調整します（図 4-22）。
図4-22 Project Assembly ビューで「Identification」ペインが表示された状態
3. （View Column Selector）をクリックします。
「Identification」ペイン ここをクリック
します。
分割バーを ドラッグします。
ライブラリ検索結果の確認
ABI PRISM SeqScape ソフトウェア v2.x チュートリアル 4-17
4. 「Identification」ペインで最初の決定的位置のカラムを選択します（図 4-23）。
図4-23 Project Assembly ビューと「Identification」ペイン間のリンク
決定的位置のカラムは、Project Assembly ビューでカラムセレクタによってハイライト されたスペシメンコンセンサスシーケンスの塩基位置へのリンクになっています。
この例では、エクソン 2 の決定的位置 197 および 268 と、エクソン 4 の位置 210 を確認 し、スペシメン A2 について正確なライブラリマッチが返されるよう編集する必要があ ります。
5. 編集する際は、サンプルおよびコンセンサスのベースコール QV と、シーケンスコンテ キストおよびサンプル範囲の追加情報を参考にしてください。
QV の詳細については、『ABI PRISM® SeqScape®ソフトウェアユーザガイド』の第 10 章を参照してください。
第4章 データの確認、再解析、編集
最終的なライブラリ 検索結果
最終的なライブラリ検索結果を図 4-24 に示します。
図4-24 スペシメン A2 の最終的なライブラリマッチ
スペシメン A2 について返された最も一致するハプロタイプマッチは、次の 3 通りのアレル の組合わせのいずれかです。
Cw*07011、07012、または 0706 と Cw*02022
注：このプロジェクトを作成したときに、HLA-C 遺伝子座のエクソン 5 で Cw*07012、
Cw*07011、および Cw*0706 のシーケンスが異なっていることがわかっていました。すなわ
ち、エクソン 5 のデータは、このチュートリアルで使用する DNA スペシメン用に作成されて いないため、これらのシーケンスはこの分類では解決されません。
ライブラリ検索結果の レポート
エントリを受け付けた後に、確認済みの最終的なマッチのリストが示された Library Search レ ポートを再作成、印刷、またはレコード保管や報告のためにエクスポートすることができます。