スペシメンコンセンサスセグメントアセンブリの表示

ABI PRISM SeqScape ソフトウェア v2.x チュートリアル 4-9

「Specimen Consensus Segment Assembly_{」ペインには、次の} 2 つのセグメントビューがあります。

• Layout ビュー - そのコンセンサスセグメントとリファレンスについて、サンプルの位置と

方向が示された概略図が表示されます。

• Assembly _ビュー - そのコンセンサスとサンプルのヌクレオチドシーケンス、サンプルのエ

レクトロフェログラムデータ、およびビューの位置が表示されます。

完成されたスペシメンコンセンサスセグメントアセンブリを表示するには

1. SeqScape ソフトウェアのメインウィンドウで、HLA-C_CDS がアクティブなレイヤに

なっていることを確認します。

2. Project Navigator で、チュートリアルのスペシメンコンセンサスセグメントノード

（AF250557）を選択します。

3. 「Layout」タブ（図 4-11）を選択し、シーケンスがリファレンスシーケンス番号に対し

てどのようにアライメントされているか、また矢印で示されるサンプルの方向を確認します。

図4-11「Layout」タブのコンセンサスセグメントデータ

シーケンスの方向

第4章データの確認、再解析、編集

4. _「Assembly_{」タブ（図} 4-12）を選択し、選択したセグメントのサンプルデータを表示し

ます。青のボックスは、Assembly ビューに表示されている領域を示します。テキストシーケンスの上には、Active Layer ROI のバリアント位置とシーケンス範囲が関連付けられた、スペシメンコンセンサスシーケンスの図が表示されます。

図4-12「Assembly」タブのコンセンサスセグメントデータ

5. Sample Assembly 表（図 4-12）で、アセンブルされた各サンプルに関連するデータの概

要を参照します。

6. セグメントに含まれるすべてのサンプルのエレクトロフェログラムデータ（図 4-13）を表示するには、（Show/Hide All Electropherograms）をクリックします。

図4-13 エレクトロフェログラムが表示された状態青のボックス

サンプルシーケンスコンセンサスシーケンス

Sample Assembly 表

スペシメンコンセンサスセグメントアセンブリの表示

ABI PRISM SeqScape ソフトウェア v2.x チュートリアル 4-11

Clear Range

の変更 Clear Range _は、5’ _末と 3’ 末の両側でクオリティの低いまたはエラーが発生しやすいシーケンスを除外した後に残るシーケンスの領域です。Clear Range 外にあるシーケンスは、灰色のテキストで示されます。

各サンプルで適切な Clear Range の開始塩基を判断するには、Sample Assembly 表（図 4-14）のエントリを使用します。サンプル A1-2F_01 および A1-2R_02 では、Clear Range の開始塩

基（CR-Start_{）とリファレンス}セグメントの最初の塩基（Ref. Start）が一致していません。

たとえば、サンプル A1-2F_01 _の CR _{の開始塩基は} 29 で、これはリファレンスの開始塩基 27 に対応しています。すなわち、このシーケンスをリファレンスシーケンスの 5’ 末端まで拡張するため、サンプルの Clear Range _{が塩基位置} 3 から開始されるように変更する必要があります。

図4-14 Assembly 表のコンセンサスセグメントデータ

サンプルの Clear Range を変更するには

1. A1-2F_01 サンプルシーケンスの塩基位置 3 の左にポインタを移動し（図 4-15）、右ク

リックします。

図4-15 CR の変更

2. _「Set CR start [ at selection」コマンドを選択します。

サンプルの CR の開始塩基が新しい位置に調整され、元の CR の範囲外にあり灰色で表示されていた塩基がスペシメンコンセンサスシーケンスに組み込まれます。

リファレンスの開始塩基

サンプルの CR 開始塩基

Sample Assembly 表

第4章データの確認、再解析、編集

3. _手順 1 _および 2 _{を使用してサンプル} A1-2R_02 _の CR _{を調整します。}

Sample Assembly 表で、両方のサンプルのリファレンス開始塩基の設定が 1 _{になります}

（図 4-16）。

図4-16 両方のサンプルについて調整された Start Point

リファレンスの開始塩基

Sample Assembly 表

スペシメン コンセンサス セグメント アセンブリの表示